Entry information : BrPrx40-1Aa_other ( Bra033551[1.0] / Brara.A01920[1.3])
Entry ID 11254
Creation 2012-07-25 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-02-04 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Achraf Jemmat
Last annotation changes 2016-02-04 (Achraf Jemmat)
Peroxidase information: BrPrx40-1Aa_other ( Bra033551[1.0] / Brara.A01920[1.3])
Name (synonym) BrPrx40-1Aa_other ( Bra033551[1.0] / Brara.A01920[1.3])
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx028]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Brassicaceae Brassica
Organism Brassica rapa    [TaxId: 3711 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value BrPrx40-1Aa_other
start..stop
S start..stop
BnPrx40_other 672 0 1..344 1..346
CagraPrx20 634 0 1..344 1..349
TsPrx40 632 0 1..344 16..363
AlyPrx40 631 0 1..344 15..362
Literature and cross-references BrPrx40-1Aa_other ( Bra033551[1.0] / Brara.A01920[1.3])
Protein sequence: BrPrx40-1Aa_other ( Bra033551[1.0] / Brara.A01920[1.3])
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   345 (322)
PWM (Da):   %s   36641.12 (34024.7)  
PI (pH):   %s   4.18 (4.14) Peptide Signal:   %s   cut: 23 range:23-344
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MKNLFNLFLI MLLVSMPILS LAANFSETCE DGSGEPGSGF GIGFGIVLEF GLYRNSCPEA ESIVYSWVET AVLQDPRMAA SLLRLHFHDC FGCDASVLLD DTEGLVGEKT APPNLNSLRG  FEVIDSIKAD LESVCPETVS CADILAMAAR DSVVVSGGPS WDVEVGRIDG RTASKQAATT SLPSPNSTVP TLVSIFQKLG LSQTDMVALS GGHTLGKAKC TSFTARLQPL QTGQPANHGD 
NLEFLESLQQ LCSTVDTSVA ITQLDLVTPS TFDNQYYVNL LSGEGLLPSD QALAVQDPGT REIVETYAAD QSVFFEDFKN AMVKMGGITG GSEGEVRKNC RAIN* 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (3 introns).
Promoter
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
CGAAAACCCA TCAATGATAA ACTTCAGACG GAACTTTTTT TTTTTTTTTT GGGCAAATCT TCAGACGGAA CTTAAGTGCA AGTACAGAAA CAGATTCAGA CAAAACTAAT GAGATGAAAA  CCCAAAACTT ACAAAAAAAA AACAAAAAAA GAGCAAAGAA GAGGGTTCGG TTTTACCATT CGCGACAAAA CTTCATTGTA CTCATCTTCG CTGGATCTCT TCAGCTCACT AATTTTCACA  CACAGTCTCT CTCGAGTGTT CTTTGGCGGG ATCGTTCAGA GTAGAGAAGG TCAAGCAGCT GCTCTCTAGA ATCTAGTAAA AGCTCTGTAT TGTTGGGGTT TAGCACAGTC GCTGTCCTTA  AAAGCCCATG GGCCAGCCCA TTTACAAGGT TTACTGTTTT GACTATTTTA ACTTTATTTT TTATTTGTTC CTCTTGAAAT ATTTTACTAA TCAACAAAAT ATTATAGAAT GATAAATAAA  ATTATTTAAA ATAAAAATAA ATAAAGTTTC ACCAAACAGT TAAAGGAATG TTGAGTATAT TTATTATGTA GTGCTTTAAT TAAATAAACC ATTACCTTAT TTATTTCTAT AATTAATACT  ATATATTTGA ATTCTTATAA CTAAAACTAG GGCAAATCTC CAAAATAGCA CCTTTCTAAG TTTATATCAC AAAAATAGCA CTCAAAAACT AAAATGACCA AAATAGCATT TTATCTTTTG  AAAAATTTAA ATTTTTTTAT TTTCAAAATT TGAAATCTTA TCCCCAAAAC CTCACTTCTC AACTCTAAAC CCTAAAACCT AAACTCTAAA CCCTAAACCC TAAATTCTAA ACCCTAAACC  CTAAACCCCA CCCCTTGAGT GCTATTTTGT GACTTTTGAC TTTGAGTCCT AGTTTGGGAA CAAAAACTTG ATTTAGTGCT ATTTTGGTCT TTTTCTCCTA AAACTATTTT ATTTTTATGC  AAAACATGTA TATAGTGAAT AAAATTTTTA TTTATGGTGT TTATCAATAG CATTAGATTT TTTTGTAGTA TAGATATATG AAAATAAATC AATAAGAATT ATAATAAAAC ATGTTTTCTA  ATATTTTTAT TAGGTTATTT TTAATAATTA TTGCTATATA ATAATAATAA TATAAAATAG TTATATTAAA TATTTTATAA TTTATATATG TCATTCTGCA AGACTTATTC AATCACAAAA  TTTTCAATTT TTCTTTTTTT TTTATTTTTC ATTCTGCAAC GTAATTTTAT TTTCAATCAT TCCATCGTTA TCCAATGTTT GATAACTTAT GTGGTCGACA AATAGATAAA AGGAAAAAGG  ACCACACGAA ATAAATTTGA CTCTTTCTTC ATTGCATGTA CCTTTTCAAC AGTAACCACC ACATGCATAT TACCATGCAC CTTATATCAT TCTGTAATAA TTTGTACATA CATATACAAT  ATTTTAATAA CTATTTTGTC CCCATGAAAT AAATGACCAT AATGTTCACA AAACCAATTA TCTTGGTGAC CAAAATAGAA AACAAACTTC CTAAAGATTC CAAGTATTGA ATTGGTCCGA  CTCTGAACTA CTCCTGACTC TTTAGTGTAC ACTGCATACC GACACATCTT TCTCTCTGTG TAGAAGCAAA ATTTGTGATT TTCTCTTCAT TAATTCATTA CAATGTCAAA CTCTTTTGTT  CCTTCTATTT GTAAATCGTA TTACATGAAC ATGTAATCAT CTGCATCATT TTGAATATGT TACATTTTCT TATACAAACA CACGAACATT AATTTACATA CATATATGAT TGATTACTAG  TAATTGGGTT GTTGTAGTGC ACATGCAGCC ATGAACTCAT ACATATATAG TAGGTGTGTT ATGTACCATA TATGCATGTG TCCATACATG ATTAATTGTT TCTATAAATA TAGACACACA 
TAGATACTAG CTTCCTAAAA CAGTACCAAC TCCACTGAAT GTTAATACTC AAGAAGAAAG TGGAGAGAGA TCATATAACG 

Retrieve as FASTA  
Terminator +
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
AATAAAAGGA TATAACCAAT TATGTTCATG ATCAGACTTG ATGATATCTT ATATATATAA ATTAAAGAAG TCTGCATAGG ACTTTGGTTT ATATAAGAAT CTATGGAAGA AATGAACACA  GATAAACAGT AAAATCTATA CATTTGTTTG TCCTTGATGA GAGTATATAT GCATACACTG AGAAGTGGGT GAGTCAAAGA TAAAAACAAC AAAATTACAT AAACATAGAC ATTGACTTGA  CGAATTTGGT GGAACAAAAG AATTTGATGT TCAAGTTGCA AGTTGCAACA TAAAAAACAT GTTGACATTT TGACATGGCA CTAAACATAA AACATTAAAT AACGTGATAT AGGTAGATTG  AGCTGAAGCC ACACGACCAA GACAATCCTA TAAGATTCAC TAAATGAAGA TATAAAAAGG GAAGAAGTTT ATGGTTAGCA ATCCACAAGA AAAACGCGAA GATAAACTTT CTCAATTTAG  AGAGTAAAGA TTACTTTTGA ATGGAGAGGG AAAACACACA TAGGTACATG AATGTGTCTA GTTATACTAC ACACTATAAA TCCAAGGTAG CAAGCAAAAA AAAAAAGAAG GTTGTTTTAG  GTTGTGTAAT TCCTAGCAAA AGTGTTGTAA ACATCTTATA GATTTTTAAT AAAAGGAAAA CTCAGTGCAC TACTTAAGAA TTTTTTAGGA ATCTTGTATT GAATTAAAAT GTGTTTTCAA  TTGGTATTAG AGCGGGCATT TGAACCTTTA AAGATCTCAC TACAAGAAAA CGTAGCAGTA ACAACGGCGT TTTACGACGA AATTATTTCC TCGTAAATTT ACATCAGCTT TACAACGCAA  TTACGACGAG ACATAATTTC GTCGTAAACT CCATGGTAAT TTACGACGAA ACGTTTTCGT CGTAAAGTCA ATGTAAGTTT ACGACGAAAG TACGTGGAAT GCAAAATAGT TGTAAACATT 
ACATCGACAT TACAACGAAT CATGGTACCG TTATATAAAG 

Retrieve as FASTA  
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGAAGAATC TCTTTAACTT GTTCCTTATT ATGCTTCTCG TTTCTATGCC AATTCTCTCA CTCGCTGCCA ACTTCAGCGA GACTTGTGAA GACGGAAGTG GAGAACCCGG TTCAGGTTTC  GGTATAGGGT TCGGCATAGT TCTAGAATTC GGGTTATACC GGAATAGCTG CCCTGAAGCC GAATCTATCG TCTACTCATG GGTCGAAACC GCGGTTTTAC AGGATCCAAG AATGGCTGCT  TCTCTTCTCC GTCTTCATTT CCACGACTGT TTTGTCAATG AAAGTCCTCT CATCTTATAT TTCGTTTTAA TTATCTTGGT TAAATAGCTA ATACAAACCA TTAAACCGGA TGAAATCCAA  ATCAATAATG GTTAAGTAGA GGAGAAGTTT AAACCGGGAT GTGTTTTGTA TTACATTATA GGGATGTGAT GCTTCGGTCT TGTTGGATGA CACAGAAGGA TTGGTCGGTG AAAAAACTGC  ACCTCCGAAC CTCAATTCTC TACGAGGATT CGAAGTGATA GATTCGATAA AGGCTGATCT TGAAAGTGTA TGTCCAGAGA CTGTCTCATG CGCAGACATT CTTGCCATGG CTGCTCGAGA  TTCAGTCGTT GTGGTAAATA CTTTCTTCAT TTTTTTCTAA TTATAATAAG AGAGACCTTA TAAATGTATA AACCGGTTAT CATTAAACAC TTTAAACCGG GTTTTTGAAG TCGGGTGGAC  CAAGCTGGGA CGTCGAAGTA GGAAGAATAG ACGGTCGAAC CGCGAGTAAA CAAGCAGCAA CGACTAGCTT ACCATCACCA AACTCAACCG TACCAACTCT CGTCTCTATC TTTCAGAAAC  TCGGTCTTTC GCAAACCGAC ATGGTCGCTC TTTCCGGTAC AGTATTCTTC CTTTTCTCTT ACCTAAGCTA ACCGGTTTGT CATAAACCGA AGATAATCAT ACTTAACCGA TGTAAACCAG  GTGGGCATAC ACTGGGAAAG GCAAAGTGCA CTTCATTTAC AGCTCGGTTA CAACCACTAC AAACTGGACA ACCAGCTAAC CACGGAGACA ACCTTGAGTT CCTTGAGTCA CTACAACAAC  TGTGCTCGAC AGTGGACACT TCTGTAGCAA TCACTCAGCT TGACTTGGTG ACACCGTCAA CATTTGACAA CCAGTACTAT GTTAACCTTC TCTCGGGTGA GGGGTTGCTT CCATCAGACC  AAGCTTTGGC GGTTCAGGAC CCAGGAACAA GGGAGATTGT TGAGACCTAT GCAGCCGACC AGTCAGTATT TTTCGAAGAT TTTAAGAATG CTATGGTTAA GATGGGAGGG ATAACCGGTG 
GTAGTGAGGG GGAGGTTAGA AAGAACTGTA GAGCCATTAA CTAA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGAAGAATC TCTTTAACTT GTTCCTTATT ATGCTTCTCG TTTCTATGCC AATTCTCTCA CTCGCTGCCA ACTTCAGCGA GACTTGTGAA GACGGAAGTG GAGAACCCGG TTCAGGTTTC  GGTATAGGGT TCGGCATAGT TCTAGAATTC GGGTTATACC GGAATAGCTG CCCTGAAGCC GAATCTATCG TCTACTCATG GGTCGAAACC GCGGTTTTAC AGGATCCAAG AATGGCTGCT  TCTCTTCTCC GTCTTCATTT CCACGACTGT TTTGGATGTG ATGCTTCGGT CTTGTTGGAT GACACAGAAG GATTGGTCGG TGAAAAAACT GCACCTCCGA ACCTCAATTC TCTACGAGGA  TTCGAAGTGA TAGATTCGAT AAAGGCTGAT CTTGAAAGTG TATGTCCAGA GACTGTCTCA TGCGCAGACA TTCTTGCCAT GGCTGCTCGA GATTCAGTCG TTGTGTCGGG TGGACCAAGC  TGGGACGTCG AAGTAGGAAG AATAGACGGT CGAACCGCGA GTAAACAAGC AGCAACGACT AGCTTACCAT CACCAAACTC AACCGTACCA ACTCTCGTCT CTATCTTTCA GAAACTCGGT  CTTTCGCAAA CCGACATGGT CGCTCTTTCC GGTGGGCATA CACTGGGAAA GGCAAAGTGC ACTTCATTTA CAGCTCGGTT ACAACCACTA CAAACTGGAC AACCAGCTAA CCACGGAGAC  AACCTTGAGT TCCTTGAGTC ACTACAACAA CTGTGCTCGA CAGTGGACAC TTCTGTAGCA ATCACTCAGC TTGACTTGGT GACACCGTCA ACATTTGACA ACCAGTACTA TGTTAACCTT  CTCTCGGGTG AGGGGTTGCT TCCATCAGAC CAAGCTTTGG CGGTTCAGGA CCCAGGAACA AGGGAGATTG TTGAGACCTA TGCAGCCGAC CAGTCAGTAT TTTTCGAAGA TTTTAAGAAT 
GCTATGGTTA AGATGGGAGG GATAACCGGT GGTAGTGAGG GGGAGGTTAG AAAGAACTGT AGAGCCATTA ACTAA 

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