Entry information : AtPrx24 (At2g39040 / PER24 / AtperoxP24 / ATP47)
Entry ID 117
Creation 2006-02-02 (Filippo Passardi)
Last sequence changes 2015-06-03 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Achraf Jemmat
Last annotation changes 2015-11-04 (Achraf Jemmat)
Peroxidase information: AtPrx24 (At2g39040 / PER24 / AtperoxP24 / ATP47)
Name (synonym) AtPrx24 (At2g39040 / PER24 / AtperoxP24 / ATP47)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx013]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Brassicaceae Arabidopsis
Organism Arabidopsis thaliana    [TaxId: 3702 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type Roots
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value AtPrx24
start..stop
S start..stop
AlyPrx24 630 0 4..350 3..346
CagraPrx53 627 0 4..350 3..348
CrubPrx91 626 0 4..350 3..348
TsPrx24 608 0 6..350 8..357
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 16300901..16301173 273 N° 2 16300628..16300822 195 N° 3 16300303..16300468 166 N° 4 16299463..16299881 419
complement(join(16299463..16299881,16300303..16300468,16300628..16300822,1630090 1..16301173))


exon

Literature and cross-references AtPrx24 (At2g39040 / PER24 / AtperoxP24 / ATP47)
Protein ref. UniProtKB:   Q9ZV04
DNA ref. Phytozome 12:   Chr2 (16301173..16299463)
mRNA ref. GenBank:   NM_129461.2
Cluster/Prediction ref. Phytozome Gene 12:   19642555 UniGene:   At.37216
Omic ref. ePlant:   At2g39040 TAIR:   At2g39040
Protein sequence: AtPrx24 (At2g39040 / PER24 / AtperoxP24 / ATP47)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   350 (323)
PWM (Da):   %s   38098.78 (35040.0)  
PI (pH):   %s   8.79 (8.73) Peptide Signal:   %s   cut: 28 range:28-350
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MANKSLEIRFLFPLVLFLVVKLLCVDGKGFNNNGHKIRKGRWEGKLKMNFYHNSCPGAEDIVRQIVWKKVEANRSLAPKLLRVHYHDCFVRGCDASLLLDSVAGKAVSEKEARPNLSLSGFEIIDEIKYILEKRCPNTVSCADILTLAARDAVSYEFERPLWNVFTGRVDGRVSLATEAARDLPSAGANFTTLQKLFAESDLDVVDLVALSGAHTIGIAHCGVFGRRLLNFTGKGDTDPSLNPSYASFLKSECSDKSLRLNPSAVVGMDPTGPLAFDSGYFVSLLKNKGLFTSDAALLTDPSAAHIASVFQNSGAFLAQFGRSMIKMSSIKVLTLGDQGGEIRKNCRLVN

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 2, 3 introns), 2 cDNA and 3 ESTs.
Promoter
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATATTAATTT ATAAATTTTT TAGATTTGCT TCTTATTCCA TAGTAAAATC TCTATAAATT AATGATGTTG GGACCATAAA TTTCTATTAA TTTATAGAGG TATTAATTTA TCAATAAATT  AATAATTATT AATTTATAGA GAGTTTAGAC TAATTTTGTA ATTTTAAAAA AATATTATGT TTAAATTAAT TTTGTTTTAT TTATAATCAT TATTTTTCTA GAAATAATTG CAAATAAGAC  TAAATTATTG TGTCTATAAA ATAACAAAAA AGTGTTTTCG ATGTAGTAAA ATTATTAAAA TTGAACATTA CTAAGAATTA GTATAATAAA AATAAAAATA ATAGCAGATT CATATTTTAC  TAATATTTCT AACATACTCC CTCTGTTCTT TTTTGTTTGA TTGTTTAGAA AAAACACACA TATTAAGAAA ACATATTAAA TGTTGATTAT AAATGTATTA TTTTTAGTTT TTTACAGTTT  TTTATAACTT TAAACCAATA ATAATTAACT ATTTTTCTTG AAAATTACAA TTCGTCAATA CTAACCAATA AATATTACAT GGAAAACTTA AAAAATCAAT CTTTTAGAAA CAATTTTTTT  TTCTAAACAA TCAAACAAAA AGGAATAGAG TGAATATAAC TTATATATAT ATATATATAT ATATATACAA CAAAAAGGAA TAGAGTGAGT ATAACTTATA TATATATATA TATATATATA  TATATATATA TATACAACAA AAAGGAATAG AGTGAGTATA ACTTATATAT ATATATATAT ATATATATAT ATTTTAAGAA TTTTTTACAA CTATTAATTT ATGTTATTAA TAAGACCATA  TATTTACATA GGGATTTTAA AATAATTATT TATCTTATTA ATTTATCGAT TTGTGTAATT TTTTACACTG GTCCCAACTC ATGACCAAAA ATTTTTATTA ATTTATAAAA GTTATTAATT  TATCGAGTAT TAATTTATAG AGGTTATAAT GTAAATAGTA TAAATTCATT AATAACTTGT GAATTTCTGT GTCTTTGCTT CTTTGGAGAA AAAAAAATTA TATGCTAAAT CAACGCATAC  TAGAGTTGGG AGTTGGGCCT TTAAAATAAT AAGTGGGCCT TTACCTTGTG GACTTAGGCC ATATGAGCCC GAGAAAATAG ATTAAAACGA TTGGTGCCTT TGGAAGCGAC GACTTCGTTT  GACTTTTCAA CTTAACGTTT TCGTCTCAAA TATAGCCGTA GACAAAAGAC GATTGCGTCA ACTAAAAGGT TAAAAGAGAC AGAAAATTTT GAACAAACGT TTCAACTATA TGTGAACAAA  ATTTTGATTT TTTTCCCAAA ATTCCCATTG CATATGGAAA AAGATTTTGA TTTGGACCAT GATTTTTTTT TTGTTGAATT AATGTTAAAT AGACCATGGA TATTGAATTT CTTTTGTGAG  TGTATGTATG ATATGTAAAA GCTTCAAATT GTGAAATTTA CAATCCGTTT ACTCCTTTGA TACTATATAT AAAAACACCA AGTTATTGCA AGATGGAAGG ATTAAGAATT TAAGATAATG  GCCGGCCACT GACAAAGAAG GTTAAACTTT CATTAGGACA ATGAAAGTTT AAAAGAATAA CAAAAAAAGA AATGCGTGAA TAAATGGAGA TAGCAGTGAA ATCTATAAAT ATCTGCATAA  TGGATGTTCA CGTTATAGTT CAACTAATGA AGCTAAATTA TTATTTGCGG GAATTATAAA TACTTCTAAA TAATTATGTT GACTTGCAAC TTAATAATTA ATCCTTCATT TTCACAACAC  ATACAGGGAA CTTTGCTTGG CCACCCAGAC ATATTATTAT TTCAATAATT ATTCAATTGC TAAAAAATAT TAGAAACTCA ACGGGCATAT ATGAAGTATG GAGCCTCAGT TTCTATATAA 
AGCAACTCTG CCAAGTGCAT TCCTCATATA CAAAAGGAAG AAACACTTAA AAGAAAATAT CAAATCTAAA GTCGATCAC 

Retrieve as FASTA  
Terminator +
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TAAATTTTCA CTTTTTTTTT TATCTTAATA CCGTATAAAT TTGATTATCA TGTAATCATC ATTTGAGATA TGTTTTTCTT AATTTTATTA CAATACTAAG ATTTTAATGA TCCATATATA  TATTTAAGTG GAATTGTATG TTTCCAATTT ATCTGTTTAA TTACCACTTC TATGTCTTTT TGACAAGGCC CGTACTTTAG CATGTGTAAG TAGAACGCTG TCCGGTTAAA AAAAAAACAG  TGCAGTCTCT ATATAAATTG AGGTCAATAA TTTAAAAATT TTATTTATTC ACATTAAATA CACCTTGAAA ACTTCTTTTA AACATGGCTT ATAAATAGTT TGAAGAAATC TCCATTTTAT  TCAAATCCGA AAACACAGAA GATACTTTTG TAACCATAAT CACAAATACA TCTTTATCTT AAACTTGAGA TGTTTTATTC AACAAATTAA AAACAAGTGA GAAACAAACT TTAAAGGACC  GATCGCTCGA TGGGTCTCAT GCAAATCATC ATGCTGCTAG ATGTTTAGCT TGTCAATAGC TTGAAGTGCA TCGCCAGTGA GCCTACAAAG TCTCCATTCC TTAAAAACCT GCGCACCCAT  CTGCTCATAG AAGTTGATAG CATTCACATT CCAATCGATC ACAATCCACT CCACTCTTCC GACACCCAAC TTCACTGCTT GCTTTGCCAC AGCGGTCAGT AGCAGTTTTC CGAAGCCTTT  TCGTCTGTAA GGTTCTCTCA TGAAGATATC CTCGATGTAG AAACCCTGTT TCGCTAGAAA ACTTGGGTAG TTCGGGAAGA ACAGAACGAA TCCAGCCACC ACCACGTCGT TGAGCTTATC  CGGCAAGAAC TTTTCTCTGT CCGGATCCTC GATAGGGAGA TCAACCTTAT GCGTCTCAAG AAAGGGGGTG AAATCAGGGG ACGAAGCGTC ATGAGTGGTG GGAAATGGGG AAGGGGAGAT 
TTCCAAGAGG AAGACGGTGA CGGCTTGGAA CGGACGGGAG T 

Retrieve as FASTA  
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTAATAAGAGTTTAGAGATTCGGTTTTTATTTCCACTTGTTTTGTTTTTGGTTGTGAAATTACTTTGTGTTGATGGTAAAGGATTCAATAATAATGGCCATAAGATAAGAAAAGGA
AGATGGGAAGGTAAGCTGAAGATGAACTTCTATCACAATAGCTGCCCTGGAGCCGAGGATATCGTGAGGCAGATAGTGTGGAAGAAAGTCGAAGCAAACCGTAGCCTGGCTCCCAAGTTA
CTGAGGGTTCATTACCATGACTGCTTTGTTAGG
GTATGATGTGCATGTAGGGTTTTTTCTTTATGTGAACATCTTTCTTATAAAGATAAGTCTGATGTGGATGATTTTTAGGGGTGCGAC
GCATCGCTGCTTTTAGATTCGGTTGCTGGAAAAGCAGTGTCCGAGAAGGAAGCGAGACCTAATCTCTCGCTTTCCGGGTTTGAAATCATCGATGAGATCAAGTATATTCTCGAAAAACGA
TGCCCTAACACCGTCTCTTGCGCTGACATTCTCACTTTAGCCGCCCGAGATGCCGTCTCTTATGAA
GTAATACATATGAACAAACTCGTCTAAAAAATTTCATGATTAGAAATCAAAAAT
TTAGTATTTTACTAGTCGCATATGTTAGTTTTAGATGTCTTTCTTATCAAATGAAACCAATAATCAATTCTAACTCCCTGAGTTTCTATGTTTGATGTGTTATAGTTTGAACGGCCGCTA
TGGAATGTGTTTACCGGACGTGTTGATGGAAGAGTTTCATTGGCAACGGAGGCGGCCAGAGACTTACCATCCGCTGGGGCAAACTTCACCACTCTACAGAAACTCTTTGCCGAGAGCGAT
TTGGACGTCGTTGACCTCGTCGCTTTATCAG
GTTTACCATATTTGATATATCATTTTTTGGTAATCACATTTGCATATACGTTACTGATAAGAAACCAAGTGAATTAAAAGCTAACCAAT
GAAAATTGGGAACAAATAATAAAACTAAAGAACGCATAAAACTATAAGAAAATCGCGGGAATATCAGACCACGTGCATGTCCATGTTAGGAAGTGTATGGGATGCTACAAATTAATTTCC
TCCAATCTTCAAGAAAAAGTATAATATCCGATCGTATATATACCATCAAATATTTGAGGATAATCTTGGAAAAGGCGTTGCACGTGATAATTATTCAAAAGTCAATTAATCTTCTTAGGA
ATGATACACTAATATTTTCATATAAATCATTCATTTAATCACCTAATTTTTCGATTATATATTAAAAAGAAACGAAATTGTATGAAAAATAGGAGCACACACGATAGGAATAGCACATTG
CGGTGTGTTTGGCAGAAGGCTCTTGAACTTCACCGGAAAAGGGGACACAGATCCTTCCCTAAACCCTAGTTACGCCTCCTTCCTCAAATCCGAATGCTCCGACAAATCTTTAAGACTCAA
CCCTTCCGCAGTGGTCGGAATGGACCCTACTGGTCCTCTCGCCTTTGACAGTGGCTACTTCGTCTCTCTACTCAAGAACAAAGGACTCTTCACCTCCGACGCCGCCTTGTTGACTGATCC
CTCCGCCGCTCACATTGCTAGTGTTTTCCAAAACTCCGGCGCTTTTCTTGCTCAGTTTGGTCGGTCCATGATAAAGATGAGTTCCATCAAAGTCCTTACTCTTGGAGATCAAGGTGGTGA
GATTCGTAAAAATTGTCGCCTCGTCAACTGA

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTAATAAGAGTTTAGAGATTCGGTTTTTATTTCCACTTGTTTTGTTTTTGGTTGTGAAATTACTTTGTGTTGATGGTAAAGGATTCAATAATAATGGCCATAAGATAAGAAAAGGA
AGATGGGAAGGTAAGCTGAAGATGAACTTCTATCACAATAGCTGCCCTGGAGCCGAGGATATCGTGAGGCAGATAGTGTGGAAGAAAGTCGAAGCAAACCGTAGCCTGGCTCCCAAGTTA
CTGAGGGTTCATTACCATGACTGCTTTGTTAGG
GGGTGCGACGCATCGCTGCTTTTAGATTCGGTTGCTGGAAAAGCAGTGTCCGAGAAGGAAGCGAGACCTAATCTCTCGCTTTCCGGG
TTTGAAATCATCGATGAGATCAAGTATATTCTCGAAAAACGATGCCCTAACACCGTCTCTTGCGCTGACATTCTCACTTTAGCCGCCCGAGATGCCGTCTCTTATGAA
TTTGAACGGCCG
CTATGGAATGTGTTTACCGGACGTGTTGATGGAAGAGTTTCATTGGCAACGGAGGCGGCCAGAGACTTACCATCCGCTGGGGCAAACTTCACCACTCTACAGAAACTCTTTGCCGAGAGC
GATTTGGACGTCGTTGACCTCGTCGCTTTATCAG
GAGCACACACGATAGGAATAGCACATTGCGGTGTGTTTGGCAGAAGGCTCTTGAACTTCACCGGAAAAGGGGACACAGATCCTTCC
CTAAACCCTAGTTACGCCTCCTTCCTCAAATCCGAATGCTCCGACAAATCTTTAAGACTCAACCCTTCCGCAGTGGTCGGAATGGACCCTACTGGTCCTCTCGCCTTTGACAGTGGCTAC
TTCGTCTCTCTACTCAAGAACAAAGGACTCTTCACCTCCGACGCCGCCTTGTTGACTGATCCCTCCGCCGCTCACATTGCTAGTGTTTTCCAAAACTCCGGCGCTTTTCTTGCTCAGTTT
GGTCGGTCCATGATAAAGATGAGTTCCATCAAAGTCCTTACTCTTGGAGATCAAGGTGGTGAGATTCGTAAAAATTGTCGCCTCGTCAACTGA

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATATACAAAA GGAAGAAACA CTTAAAAGAA AATATCAAAT CTAAAGTCGA TCACATGGCT AATAAGAGTT TAGAGATTCG GTTTTTATTT CCACTTGTTT TGTTTTTGGT TGTGAAATTA  CTTTGTGTTG ATGGTAAAGG ATTCAATAAT AATGGCCATA AGATAAGAAA AGGAAGATGG GAAGGTAAGC TGAAGATGAA CTTCTATCAC AATAGCTGCC CTGGAGCCGA GGATATCGTG  AGGCAGATAG TGTGGAAGAA AGTCGAAGCA AACCGTAGCC TGGCTCCCAA GTTACTGAGG GTTCATTACC ATGACTGCTT TGTTAGGGGG TGCGACGCAT CGCTGCTTTT AGATTCGGTT  GCTGGAAAAG CAGTGTCCGA GAAGGAAGCG AGACCTAATC TCTCGCTTTC CGGGTTTGAA ATCATCGATG AGATCAAGTA TATTCTCGAA AAACGATGCC CTAACACCGT CTCTTGCGCT  GACATTCTCA CTTTAGCCGC CCGAGATGCC GTCTCTTATG AATTTGAACG GCCGCTATGG AATGTGTTTA CCGGACGTGT TGATGGAAGA GTTTCATTGG CAACGGAGGC GGCCAGAGAC  TTACCATCCG CTGGGGCAAA CTTCACCACT CTACAGAAAC TCTTTGCCGA GAGCGATTTG GACGTCGTTG ACCTCGTCGC TTTATCAGGA GCACACACGA TAGGAATAGC ACATTGCGGT  GTGTTTGGCA GAAGGCTCTT GAACTTCACC GGAAAAGGGG ACACAGATCC TTCCCTAAAC CCTAGTTACG CCTCCTTCCT CAAATCCGAA TGCTCCGACA AATCTTTAAG ACTCAACCCT  TCCGCAGTGG TCGGAATGGA CCCTACTGGT CCTCTCGCCT TTGACAGTGG CTACTTCGTC TCTCTACTCA AGAACAAAGG ACTCTTCACC TCCGACGCCG CCTTGTTGAC TGATCCCTCC  GCCGCTCACA TTGCTAGTGT TTTCCAAAAC TCCGGCGCTT TTCTTGCTCA GTTTGGTCGG TCCATGATAA AGATGAGTTC CATCAAAGTC CTTACTCTTG GAGATCAAGG TGGTGAGATT  CGTAAAAATT GTCGCCTCGT CAACTGATAA ATTTTCACTT TTTTTTTTAT CTTAATACCG TATAAATTTG ATTATCATGT AATCATCATT TGAGATATGT TTTTCTTAAT TTTATTACAA 
TACTAAGATT TTAATGATC 

Retrieve as FASTA