Entry information : AtrPrx04(AmTr_v1.0_scaffold00017.182)
Entry ID 1204
Creation 2006-10-09 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2014-04-18 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2020-11-10 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: AtrPrx04(AmTr_v1.0_scaffold00017.182)
Name AtrPrx04(AmTr_v1.0_scaffold00017.182)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx004]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Amborellaceae Amborella
Organism Amborella trichopoda    [TaxId: 13333 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type Flower buds
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value AtrPrx04
start..stop
S start..stop
AtrPrx17 632 0 1..351 1..351
PpePrx02 503 1e-180 8..348 14..355
FvPrx01 497 3e-178 7..348 11..353
LjPrx02 496 6e-178 4..334 3..333
Literature and cross-references AtrPrx04(AmTr_v1.0_scaffold00017.182)
Literature dePamphilis,C., Soltis,D., Soltis,P., Farmerie,W., Ma,H., Tanksley,S., Leebens-Mack,J., Field,D., Buzgo,M., Kim,S., Ilut,D., Landherr,L., Hu,Y., Wall,K., Albert,V., Carlson,J., Doyle,J., Frohlich,M., Miller,W., Oppenheimer,D. and Theissen,G. unpublished (2002)
EST ref. GenBank:   CD483621 [5' end]
Protein sequence: AtrPrx04(AmTr_v1.0_scaffold00017.182)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   351 (333)
PWM (Da):   %s   38225.67 (36369.6) Transmb domain:   %s   i7-26o
PI (pH):   %s   7.36 (6.99) Peptide Signal:   %s   cut: 19 range:19-351
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MAVSKGFLVL LPLAFVVAIS TIATAQISDL PIVSGLSWSF YESSCPKLEE IVRKRLKQVF KKDITQAAGL LRVHFHDCFV QGCDGSVLLE GSASGPDEKD APPNLTLRPE AFKIIEDLRR  RVHKKCDRTV SCSDITALAA RESVFLAGGP EYPIPLGRRD SLNFATQEAT LANLPGPTST TSVLLEAYAN KSLDATDLVA LSGGHTIGIS HCPSFDNRLF PSQDPTLDKT FAKNLYKICP 
ISDTNATTVL DIRTPNVFDN KYYVDLMNRQ GLFTSDQDLY TDKRTRSIVT SFAVDQSLFF EKFVLGMIKM GQMSVLTGRR GEIRANCSAR NPSRFLVPLG GEGEEGVAAS F 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (introns 1 and 2) and 1 EST sequence (early flower buds).
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCCGTCT CTAAAGGGTT TTTGGTGCTA TTGCCGCTTG CCTTTGTGGT GGCCATATCC ACCATTGCAA CAGCTCAGAT ATCTGATCTT CCTATTGTGT CGGGGCTCTC ATGGAGTTTC  TATGAATCTT CATGCCCTAA ACTTGAAGAA ATTGTTAGAA AGAGACTGAA ACAGGTCTTC AAGAAGGACA TCACCCAAGC TGCCGGCTTG CTCCGTGTCC ATTTCCATGA CTGCTTTGTT  CAGGTGACCG ACTCTTTTTA ACTTTTTTCT TTTTTTTTTG TTGGTGATAT TTGCCTCTAT CTCAGTCATT TTGTGTTGTA TTGGCGTCTC TCTCTCTAAC GGTCTCACCC AATACCTCTC  TCGTGGTTGT TAATGAGGCG GCATATGGGC CGCGTAACCC GCTCAAAAAA AACCAGGCTA AAACTAGGGC AGGACGATGG CCCGGCCTTG TGCAGGGCAG AAAAACTATG ACCCGATGGT  AGGACCAGGC TGAAACATGC CAATCTCGGT TCGCCACAAG GCTTTTTATT TTTTTTCTTT TTTTTTTTGG GTTATATGGC CGAACTGGCC TTAATAGGAT TATGGACCGG GCTTGTGCTC  TCTCCATGAG GCCGGGGAGA AAAGTCATGG CCCGAGGGTA GGACTGGGCT AGGCTGGGTC CATGGCCGGT TGGGTCCTCC CCAGACCTTT TTTTTTTTCT TTATGTTTTT TATTTGGCTT  AGCCAGCCTT AATAGGGCTA GGAGCCGGGC CTGGGACAGC CCCATGGGAC TAGGCTCCCG CCCGGTACCC CTCTGTTAAA AACAAAAAAA AAAAACTCTT TTTTTTTTTT TTGAAAATGG  GTTAAATCAT CTTATTTATG TGATTATTTA CGGGTGAAAA ATGTGTGTTT TTAGGGTTGC GATGGGTCGG TATTGTTGGA AGGATCAGCA AGCGGGCCCG ATGAGAAGGA TGCGCCCCCC  AACCTCACTC TGCGCCCCGA AGCCTTTAAA ATCATTGAGG ATTTGAGAAG ACGGGTTCAC AAGAAGTGCG ACCGCACCGT CTCCTGCTCA GATATCACTG CCCTTGCTGC TCGTGAATCT  GTTTTCCTCG TATGACTCTT CCTTATATAT TCTCATGTAT CATCTTCCTT ACTTTCTTTA TTTTTATATG AAGAGAGCGT ATCAGGTGAT AGTGAAAGCC ACCAAAACAA AAGGGAGTTT  TATTTTACTT TTTCAATGGC CCAAAATTGG CGTTTTTTTC TTTTTTTCCC CCTTCCAAAA AGCAATTTCA TTAGAAAAAG AAAAAATTAT TGGAGTCCAG AAATGCTCCA AATCAACTCC  CCTCGCAAAG AAGACAAGTC TTTGAACCGG ATGAGGACGA ATGTTTTTTA AGAACTCGAT AGTCTTTTCA AAAATATCCG GGTGAACGGG TGATGATCAT AAGATTATCT TTTTGCCAAA  AATATTTTTT TTGCCAGAAG ATATTTGTTT TTTAACGGGG AATTTCCCTT TTTTTTCCTG AAGATTTCAT TCTCCAATAG GAGCATACTA GCCATTTATT GTCTTAGATA TAACCCGAAT  AATTGAATAA AGCCCGAATA ATTGTATAAC CCTTATTTTG GGAGGTAATT TTGACCCATA ACTAACTTCA ATAAAAAAGG AAGTGATnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnTAT TAGTAGGGCA  GTACCTTAAA TCTTGGGGAA CAAACATGCT AAAGAAAAAA CTAAAAAGCA AAATGTAAAA AATTAGTTAA AACTTGAGTT GTTCCAAGGG GCAATATTGA AAAAAAGTGA GTTGATTGAC  CTTCTCTATA ATTTCTTCAT ATAAATAGAG CATTTCATAT TTGACTTAAA ATTTTAGGTT TTGTATGTAA TTATCACTCT ACTAATAACT TTGCGAGTGG CACGCTTTTA TGCTCTTAGA  AAAAATGATC TCTTGGATGA ATAGAAACAT TTTTTTTGAT AGTGAGATCT AAGTGTTAGA AAGCTAAAAA TTCAAAAAAA AAAATTCTTT TAAAAATAAC CATACTATAG TTCTTAGGTG  GTTCCCAAAA TTTCGAAGTA GAGAGAAAAA AATTCTTCCC AAATAGGCCA TCTTGCCCAA ATAGAGTGGG TATGGGATAT TGTGGTTTTC CATAGTACTT GTGAGGAAAA TTTGCTTATA  TTTTTCTCAC TGTTTTGTTC TCTCCATTGT CTGATATAGT TACTATGTAA AAATTGCCTA TTCTATTTAT GGATACCTCT CAAATGAATT TTGTAGGTAT TCTATTTTCA ATATTTTCAG  CATCGCACCT ATATCTCAGT TTTTTTTTTT GGTTTTTCCT GAAGAATTAC AAATACTCTA TTATTTCAAC TTTGGATGCA TCCTACTCTT AATATTTTTT TGTATTATAT CTTAAACTCA  GACACTTTTT TTTTTTTTAC CTCCAGCCAA ATAGTCAAAA GCATTTTGAT ACCAAAATAC CAATTTTTTT TTCTTTGCCC TTTTTCTTTT TCTTTCTTAT TTTATTTTTG GTTGTCTTTA  TAGACACATG AGCCTTATTT TTTTTCTCTA CCTCCCTCCG TCCATATCTC TCTCTCTCGA CCCACTTTCA CTTTCTCCTG CGTTCTTTAC CCTCCCTCGT TATTTCTCTC TCTAGAATTC  ACTTGTCCGT AATGTGGTCC GACACCATCA CTCTTTTTTA GAGAGAAAAA AAATGAATGA GGGTATAGAG AAAAAAAAAA TTATATTTTA ATCTTAAAAC TATTTGATTG GGGATAAATA  CAAAAAAAAA AATAATGATG TAATTTAGGG TATAATACAT AAAGTAGTGA GATTGAATGG GTAGAAAGTT GAAAAAAAAA TTTCATTGTT TTTAAAGACT ATCTGACCCT TTCCCTTTTT  TTACCATACC CGTTAAACGT CTCTCTCTCT ACCTTTTCTG CGAACAAAAA AAAAAAAGAG GGTGGGCAGA GAGATTTAAT GGCCAGACAA AGTGGAATTT AGTCTTTAAA ACAAATTTTT  TTTTTTTTAT CTATGGGGGG ATAAAAATGG CCAGAGAAAG TGGAGTTTAG TCTTGAAAAG AATGTTTTTT TAATTTATTT ATTATTATTT AATTTATTTA TTATTATTAT ATCGGGGATA  AAAATAGCAA TTTAATAACA GGTGGGCTAT TAAAAATATT AGGGGGTAGA ATTCGGGGGA TATTCATAAT TTACTCTTCT ATTAATATTC AACATAGTAG CATAATATAG AAATTTCAGT  ATTCAAGGAA GAAGAACAAG TAAATTAACC ATTATCTTTT TCTATAACAG AAGGGAAGAC TAGAAGCACA ATAACGCTAA AAAAAGAGGT GATAGCAAAA TAAATAAAAA TCTCTGGTTT  AATGAAGAGT AACAATTAAC AAGGAAATTT AAAGAATTAT GTGCGTCTCT GAGTGAGGAC CAAGATCAGT GTCAATGTAT TGCATTGAGT TGAAACTTTG ATGAACATGC GCAGGCGGGA  GGCCCTGAAT ACCCCATTCC CCTCGGCCGA CGTGACAGCC TCAACTTTGC GACTCAAGAA GCAACTTTGG CGAACCTCCC AGGCCCCACG TCCACCACCT CCGTCCTCCT GGAGGCCTAT  GCCAACAAAA GCCTGGATGC CACCGACCTC GTCGCCCTCT CAGGCGGCCA CACCATCGGC ATTTCACACT GCCCCTCCTT TGACAACCGC CTCTTCCCCT CCCAAGACCC CACCCTCGAC  AAAACCTTTG CAAAAAACCT CTACAAAATT TGCCCCATTT CCGATACCAA TGCTACCACT GTGCTCGACA TTCGAACCCC AAACGTGTTT GATAACAAAT ACTATGTTGA CCTCATGAAT  CGACAAGGTC TGTTCACTTC GGATCAAGAT TTGTACACTG ACAAGAGGAC GAGATCGATC GTCACGAGCT TTGCGGTGGA CCAATCACTG TTTTTCGAGA AGTTCGTGTT GGGGATGATC  AAGATGGGGC AGATGAGTGT GCTTACTGGG AGACGGGGGG AGATTAGGGC TAATTGCTCT GCTAGGAACC CTTCCAGGTT TTTGGTACCC CTTGGTGGGG AGGGAGAGGA GGGTGTTGCT 
GCCTCCTTTT AG 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCCGTCT CTAAAGGGTT TTTGGTGCTA TTGCCGCTTG CCTTTGTGGT GGCCATATCC ACCATTGCAA CAGCTCAGAT ATCTGATCTT CCTATTGTGT CGGGGCTCTC ATGGAGTTTC  TATGAATCTT CATGCCCTAA ACTTGAAGAA ATTGTTAGAA AGAGACTGAA ACAGGTCTTC AAGAAGGACA TCACCCAAGC TGCCGGCTTG CTCCGTGTCC ATTTCCATGA CTGCTTTGTT  CAGGGTTGCG ATGGGTCGGT ATTGTTGGAA GGATCAGCAA GCGGGCCCGA TGAGAAGGAT GCGCCCCCCA ACCTCACTCT GCGCCCCGAA GCCTTTAAAA TCATTGAGGA TTTGAGAAGA  CGGGTTCACA AGAAGTGCGA CCGCACCGTC TCCTGCTCAG ATATCACTGC CCTTGCTGCT CGTGAATCTG TTTTCCTCGC GGGAGGCCCT GAATACCCCA TTCCCCTCGG CCGACGTGAC  AGCCTCAACT TTGCGACTCA AGAAGCAACT TTGGCGAACC TCCCAGGCCC CACGTCCACC ACCTCCGTCC TCCTGGAGGC CTATGCCAAC AAAAGCCTGG ATGCCACCGA CCTCGTCGCC  CTCTCAGGCG GCCACACCAT CGGCATTTCA CACTGCCCCT CCTTTGACAA CCGCCTCTTC CCCTCCCAAG ACCCCACCCT CGACAAAACC TTTGCAAAAA ACCTCTACAA AATTTGCCCC  ATTTCCGATA CCAATGCTAC CACTGTGCTC GACATTCGAA CCCCAAACGT GTTTGATAAC AAATACTATG TTGACCTCAT GAATCGACAA GGTCTGTTCA CTTCGGATCA AGATTTGTAC  ACTGACAAGA GGACGAGATC GATCGTCACG AGCTTTGCGG TGGACCAATC ACTGTTTTTC GAGAAGTTCG TGTTGGGGAT GATCAAGATG GGGCAGATGA GTGTGCTTAC TGGGAGACGG 
GGGGAGATTA GGGCTAATTG CTCTGCTAGG AACCCTTCCA GGTTTTTGGT ACCCCTTGGT GGGGAGGGAG AGGAGGGTGT TGCTGCCTCC TTTTAG 

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