Entry information : CrubPrx17-1A (Carubv10005220m)
Entry ID 12843
Creation 2014-02-04 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2014-02-04 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2014-04-10 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: CrubPrx17-1A (Carubv10005220m)
Name (synonym) CrubPrx17-1A (Carubv10005220m)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx018]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Brassicaceae Capsella
Organism Capsella rubella    [TaxId: 81985 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value CrubPrx17-1A
start..stop
S start..stop
CagraPrx31 680 0 1..332 1..332
BstrPrx75 627 0 8..332 3..325
AhalPrx10 611 0 1..332 1..329
AtPrx17 608 0 1..332 1..329
Literature and cross-references CrubPrx17-1A (Carubv10005220m)
DNA ref. Phytozome 11:   scaffold_7 (11634707..11633546)
Protein sequence: CrubPrx17-1A (Carubv10005220m)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   333 (309)
PWM (Da):   %s   37007.5 (34406.0)  
PI (pH):   %s   4.91 (4.90) Peptide Signal:   %s   cut: 24 range:24-332
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MSLLLQPHLI LYLLILTAVV VNGEILRPRF YSETCPEAES IVRREMMKAM IKESRSVASV MRLQFHDCFV NGCDASVLLD DTPYMLGEKL SLSNINSLRS FEVVDDIKEA LEEACPATVS  CADIVIMASR DAVALTGGPD WEVKLGRKDS LTASQKDSDD IMPSPRANAT FLIDLFERFD LSVKDMVALS GSHSIGKGRC FSIMFRLYNQ SGSGKPDPAL EPRYRKKLNK LCPLGGDENV 
TGDLDATPQV FDNQYFQDLV SGRGFLNSDQ TLYTNRETRG YVKMFSEDQA EFFRAFEQGM VKMGDLQSGR PGEVRLNCRV VNRSPIGVLF DS* 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (introns 1 and 2).
Promoter
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
CATCTATGTA ACTAATCATT TTTTGTTTAC CATTCATTAA TTGTATCTGC AGTTGTGACG TTTCAAAAAA AACAAAAAAA AATTGTTGCG GACCAAGTGT AGACCAAATT CATGTATAAA  TAGAGTTGGT CCGCCGTGGT TTATTGTCCG CTCCAAAAAT AGAATGGACT AAACCGCTGA CAGATTTGTC CATCCTGACC GCTTTAATCA TTCACACCTA AATATATTAT ATTCGTTATA  AAGTAGGCCT CGCGAGCACA AATATATGTG AATAGCAAGT TTTAGCAGAT TATGCTCGTG CATCTACATT TAATTTCTAT ATCGACATGA AAATTTTATT TACGGTAATA ATTAAATTAA  TTTTATTTGA CAGATAATAT TTTTATATTG ATGGCGTTAT ATAACAAAAT GATAAAATGA TAATTTATCC ATGTTATAAA ATTAGGTTAA TGATCTTTTT TATGTACGTT AATTTTGGAA  TTGAATTAGA CTCAAAATGG GCTGGACTTG ATAGACATCA TATCATCTCC AATAGACTTT TCCATGTTCT CATTGGCAGC CCATTAAGTG CATTTCTCCT TGATCTTCGA TCTCTTTTGA  CTACTTGGTC GAATTTGCTG ATGAAAAACG AGATTGGTTG ACTTGTATCA TTTCTTTACC TTGAGATTAG TAGAAACATT TCATGGTTGC CAAACATAAT TCTTGAAGCT CCTAAGCCAC  TTGAACCTAA AACTCTTCTA GTGAAAACTA GATTGATCTC CTTTGGCCCA TGGGATGGAC CAAATCTTAT ATTTTTAGAC TTGTTGAAAC ATAAGAGATC AATTAACATC TCCAAGTGGT  TTTGTGTCGA AATTGTTGTT GGTCTAAATA CCACTATCTT TGGCTCAGAC TCGAAACTGG CTTTGGGACA GTTCCACTAA CTTGAAAGTT TTAGATAAGG ATAGACGAGA TATAAATTAA  AAGAACTAAA TAAAATGATG AAAAAGGACA ATTTGTTCGG CTGCTGAAAT TATGAACCAA TGAGATTAAA TAGTTGCTTC CTATTGCCAC ACCATTCCTC TTATCTCACT ACACCCACTC  AATTTTAATA TGTTGTCAGT TTGTCACAAT ACTAGTAAAG CATAATTTGT TATGTAATAA TTTTTATATT TAGAGTATAG TTTTTAGGAG GTAAGATTTA CTGTTTAGAA TTTAAGACTT  GATTTTGAAA TTTTAATTTT GAAAGTTTAA TTTTGGAAAA TAGGAGAGTG TGTGCTAAAT TTGAAAAAAA AAACATAAAT TAGTGTTATT TTTGAGAATT TTCCATAATT GTTTCATTAA  AAATTGTAAA ATCTATATAG AGAAATTCTT CAAAATATTA CATTTTTATT GTTCTCTTTC CAAAAAAAAA CAAATATTAA CCTTTTCATA AATATCCAAA AGTTATATTT TTCTTAAATT  GCTACAAACA CAAAATTTGG TTTTTAAGGG TTTAAAATTT ACTATTTTAA CTTTATAGTT TACTATCTTA TATTTAAAGT ATAGTTTTAA GAGGGTATTA TTTAATATTT AGGATTTAAT  TTTGAAAATT GAAAGATTAA TTTTAGTAAT GGTATTTTGG AAAAATGTAT ATTTTAATAA TATTTTTTAG AAAATAAAAC TAATAATAAA TTTTTTGAAA ATAGAATATT TATGAGAATT  ATCCATCTAT TTACAATAAT TAATGCTATT AGTGTAATTA GATAATCACT ATAGGTGACT AGTGATAATA TTAACAATTA CATAGATATA TATTACTGGC TAAAAATAAT TACTTACTCT  AGTTTTCCAC CAATAAAGAA AAAAATAATT AATCTTTTTA CTATTTTTTT TGGGCAAACA TGGAAAAAAA TAAGATATAT TTTCTGTTTC TTTCCTCATT TTAGTAATTC CTCTTCAAGA 
AAGATCTTAA TAACCCAACA AAGTCACTTC TTCTTCAATC ACTGAACCCC AAAAGAATAA AAAAGCATTA AAGAAAAAAG T 

Retrieve as FASTA  
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGTCTCTTC TTCTTCAACC TCACCTCATC CTCTACCTAC TAATCTTGAC GGCGGTGGTG GTTAACGGTG AGATTCTCCG ACCAAGATTC TACAGTGAGA CATGCCCTGA AGCTGAATCC  ATAGTAAGAA GAGAAATGAT GAAAGCTATG ATCAAAGAAT CAAGAAGCGT TGCTTCAGTC ATGCGTCTTC AATTTCACGA CTGTTTTGTC AATGTAAAGC TCATAGAATC TTTCTCTTTC  TCTCTTACTC TCTCTGTTCT TGATTCTTAA CTCTGTTTCT CTAATGAATC AATTCAGGGA TGTGACGCAT CTGTGTTGCT TGATGATACA CCATACATGC TTGGTGAGAA ACTATCACTT  TCCAACATCA ATTCACTGAG ATCTTTTGAA GTTGTTGATG ACATTAAAGA AGCTTTAGAG GAAGCTTGTC CAGCTACTGT TTCTTGTGCT GATATTGTTA TCATGGCCTC TCGTGATGCT  GTTGCTCTAG TAAGTAGAGA ACTCACTTTC TTTGGAACAT TCTCTGTTTA GTGGTTTCGG TTTTGTGATT TTGGTCTTGA ATAATCAGAC AGGAGGACCT GATTGGGAGG TGAAGCTAGG  GAGGAAAGAC AGTTTAACAG CGAGTCAGAA AGATTCAGAT GATATAATGC CAAGTCCAAG AGCCAATGCA ACTTTCTTGA TTGATCTTTT CGAAAGATTC GATCTTTCTG TAAAAGACAT  GGTGGCTTTA TCAGGGTCTC ACTCAATTGG TAAAGGTCGA TGTTTCTCGA TCATGTTTAG GCTTTATAAC CAGTCCGGGT CTGGTAAACC TGATCCAGCT TTGGAACCAA GATACCGTAA  GAAGCTTAAC AAGCTTTGTC CTTTGGGTGG AGATGAGAAT GTGACTGGAG ATTTGGATGC AACACCTCAG GTTTTTGATA ATCAGTACTT CCAAGATTTG GTTTCAGGGA GAGGGTTTCT  GAACTCTGAC CAGACTTTGT ATACGAATCG AGAGACAAGA GGGTATGTGA AGATGTTTAG TGAGGACCAA GCTGAGTTCT TCAGAGCTTT TGAACAAGGG ATGGTGAAGA TGGGTGATTT 
GCAATCTGGG AGACCTGGAG AGGTTAGGTT AAATTGTAGA GTTGTTAATA GAAGTCCTAT TGGTGTGTTG TTTGACTCTT GA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGTCTCTTC TTCTTCAACC TCACCTCATC CTCTACCTAC TAATCTTGAC GGCGGTGGTG GTTAACGGTG AGATTCTCCG ACCAAGATTC TACAGTGAGA CATGCCCTGA AGCTGAATCC  ATAGTAAGAA GAGAAATGAT GAAAGCTATG ATCAAAGAAT CAAGAAGCGT TGCTTCAGTC ATGCGTCTTC AATTTCACGA CTGTTTTGTC AATGGATGTG ACGCATCTGT GTTGCTTGAT  GATACACCAT ACATGCTTGG TGAGAAACTA TCACTTTCCA ACATCAATTC ACTGAGATCT TTTGAAGTTG TTGATGACAT TAAAGAAGCT TTAGAGGAAG CTTGTCCAGC TACTGTTTCT  TGTGCTGATA TTGTTATCAT GGCCTCTCGT GATGCTGTTG CTCTAACAGG AGGACCTGAT TGGGAGGTGA AGCTAGGGAG GAAAGACAGT TTAACAGCGA GTCAGAAAGA TTCAGATGAT  ATAATGCCAA GTCCAAGAGC CAATGCAACT TTCTTGATTG ATCTTTTCGA AAGATTCGAT CTTTCTGTAA AAGACATGGT GGCTTTATCA GGGTCTCACT CAATTGGTAA AGGTCGATGT  TTCTCGATCA TGTTTAGGCT TTATAACCAG TCCGGGTCTG GTAAACCTGA TCCAGCTTTG GAACCAAGAT ACCGTAAGAA GCTTAACAAG CTTTGTCCTT TGGGTGGAGA TGAGAATGTG  ACTGGAGATT TGGATGCAAC ACCTCAGGTT TTTGATAATC AGTACTTCCA AGATTTGGTT TCAGGGAGAG GGTTTCTGAA CTCTGACCAG ACTTTGTATA CGAATCGAGA GACAAGAGGG  TATGTGAAGA TGTTTAGTGA GGACCAAGCT GAGTTCTTCA GAGCTTTTGA ACAAGGGATG GTGAAGATGG GTGATTTGCA ATCTGGGAGA CCTGGAGAGG TTAGGTTAAA TTGTAGAGTT 
GTTAATAGAA GTCCTATTGG TGTGTTGTTT GACTCTTGA 

Retrieve as FASTA