Entry information : CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Entry ID 12952
Creation 2014-09-09 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-02-16 (Achraf Jemmat)
Sequence status complete
Reviewer Christophe Dunand
Last annotation changes 2016-06-08 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Name (synonym) CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Class Ascorbate peroxidase    [Orthogroup: APx002]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Charophyceae Characeae Chara
Organism Chara braunii    [TaxId: 69332 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value CbraAPx01
start..stop
S start..stop
NhyAPx05 544 0 1..433 1..461
NhyAPx02 541 0 1..433 1..460
RobtAPx04 453 6e-160 118..434 4..337
SsAPx04_AU1 446 1e-155 80..434 53..419
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 1581041..1581298 258 N° 2 1565602..1565769 168 N° 3 1564009..1564137 129 N° 4 1559773..1559860 88
N° 5 1557001..1557068 68 N° 6 1555675..1555761 87 N° 7 1552199..1552273 75 N° 8 1551162..1551239 78
N° 9 1548185..1548289 105 N° 10 1546940..1547041 102 N° 11 1538406..1538564 159  
complement(join(1538406..1538564,1546940..1547041,1548185..1548289,1551162..1551 239,1552199..1552273,1555675..1555761,1557001..1557068,1559773..1559860,1564009. .1564137,1565602..1565769,1581041..1581298))


exon

Literature and cross-references CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Protein sequence: CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   438
PWM (Da):   %s   47358.13 Transmb domain:   %s   o414-436i
PI (pH):   %s   8.71
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MAAIAAQGASLCKSTTLATLSSAGAGDGGETCQRGRLTRGVQGNDVFQARSAVRSGSADERAPRVRSLLPQLPPRRRKFSSQFLPSSQGKSSERNRNPPKEGMALSVLVLQQRQSV*ELSS*GAQGRH*KRSSRANIAIQFWYGLVGTTRERITRRSKNGPRPAVQRQA*GSSQRLITVQTQVRGLPGGLRSR*GMADWMPALQSSVPPMEISQVLLLHLRQITFARSSTAWD*MIDIVALSGAHTIGRSRPDRSGFGKESTKYTKDGPGAPGGQSWTPEWLVFDNSYFKEVKAKRDEDLLVLPTDAALFEDEGFKAYAEKYAEDQEAFFRDYAESHAKLSELGCKFDPPEGIVIDEPASAADSGFEKFVAAKYSAEAAKPSPKKDGLSPEMREKIRKEYVGWGGSPDEPTPNYFLYIIIGISVLAVIVKFLGIVQS*

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from RNA seq and genomic (scaffold_100, 10 introns). First and last introns are very long (undetermined nucleotides)
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCGGCTATCGCTGCTCAGGGGGCTTCGCTTTGCAAGTCAACGACATTAGCCACCCTCTCATCTGCCGGGGCTGGCGATGGCGGAGAAACCTGCCAGCGAGGGAGGCTGACACGTGGC
GTGCAGGGGAACGACGTGTTCCAAGCGCGCTCTGCTGTTCGATCAGGCTCTGCAGATGAGAGGGCGCCACGTGTCAGAAGCTTGTTGCCTCAGTTGCCGCCGCGACGTCGCAAGTTTTCT
TCTCAGTTCCTTCCTTCT
GTACGTCGAGCAACTTCCCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTATTCTCTTTCTGTCTCTCTTTCTTTGTTTCTTCGTGAGCA
GGGTGGATATCTGATCAGAGCTCTCTATGCCATTTTATATTTTATATTTTATTTTTTGCTCAAATACCATTTTATATTTTATTTTTTGCTCAAATACTATCGTATATTCATCTGATTACA
AATCAAGATTCGAATTCAGGATGTGTTTACTGCCTTCTTCCCCCGAATACAACGAACGGTCATTATAACTGTATTTGAGGCATCTTTCTGTCTAGATACAGCCATAATGACCGTACGTTG
TATTCGGGGGAAGAAGGTAGCAATTCGTTCTACATTTGTGTATCATTCAGTCACATTCGTGAATAGGTGAACATTGCCTCCACCTTCATCCATACTTTCCTCCCTTTCTCTTCTTCCTTC
TCGTCTTCGTTTTCGTCTTCATCTTCGTCTTCTTCTACCAGTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTGGTTAAAGGTTCTTTTCCTTGCTTCTTTTTGTCTTCTTCGTCTGCGTCT
TCCTTCTGCTCCTGGATGACTTTTTCATTCTACTTTTATTTACAATAATGATTTCTTTTAGACATGCAGAGTGTTAATTTTATTGATTACATCTTAACAGTCCTGGGCCATATCTTCGAT
CTCTGTCCGTCGTTCCTCGTCCTCGTCCTCGTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCNNNNNNNNNNNNNN
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AAATTTGCCTTGCATTGTACATATTGGTCAATGGTGGCGGGCAATCCCTCCACATCTCCATCCGGGGGCCAAGTCCCACTAGCAGCGTTGAGTTTCCTCAACGACTGAATCTGGACGTGT
TTGTGGATATGTGTAGAAATGGCGTTGAGTTTTCTCAACTGCACATCTCCACGAACACGTCCAGATTCAGGCGTTGAGGAAACTCAACGCTGCTAGTGGGACCTCGCCCCGGAATGCTGG
GGCCTTCATCATTGGCCAATATGAATGAATAATGCAAGGCAAATTTAATATTTGGCTTGTAAAAATCGGCCACGGTAACTAAAGCATCAACTACCCCCCCCCCAAAAAAAAGAAAAAAAA
AAGCATCAACTATTCCAATGAAAAAAACAATCAAGAGTGGCCAGGGCCGTGGTCTCACTAGCAAAGGGGATAGGAGAGAAATCCTGAATCTGGCAATGTTGTATGCAGAGGTCACAGAAA
AAAGCAGTTCTATGTCGATTTTTTCCTGCTCCTGTCCTCAAACACGTCCAGATTCAGGCATTCACTCCGATGCTCTTTGCTAATGGGACCACGGCCCAGGGGTATTTTGTTTCTCCCGTC
CTCCTTTCGTTTATTTTGGTGATGAAAAAACCAAAAATGTGACTGCTTGGCCAAAAAAAAAAAAAAACCGAGAAAAAATAGTGCCTACCCGCCGTAGTTGGCCAAGGAATGTTATTTTAA
CTTATTGATCAAAAAATTATGAAGGAAATGCATGAAATTCATCCTCCTCCACCCCCTCCACCCCCCCCCCTTCCCCTCCCTTTGCCCCTGGGTCCAAGTCCCACTAGCAGCGTTGAGCTA
CCTCAACGCCTGAATCTGGACATGTTTGTGGAGACGTGCAGTTCAGGAAACTCAACACCATTTCTGCACATCTCAGCAAAAGCGTCCAGATTCAGGGGTTGAGGTAGCTCAACGCTGCTA
GTGGGACTTGGCCCCTGTCTCTCTTTCTTTTTTCCCCAAAAATAACGGCTAAAAGCCTAAAATAGTAAAATTTTTGAACTTCGACTTTTTTTTTTTCCCCCCCGTTTCCGAAGGAATTCT
TATTATTTTAATACGCGCCCAGTCCGCCAGGCAATACGCAACTTTTTTTTATTTTTATTTTTTGTCACACAACAAATATCAATCCAGTTCCAAAAAGGTAACCAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCTCCTCTCTTCACCCCTAACCCAACAGCTGCCAAATCTTC
TACCTCTTCAATACATCGACAAACTAATTCAGTCAATTTCTCGACTTGTCCCTATCGTCCTTAATTTAGACCCGGGGCCATGCTAATTAAGGTTCTGAAAATTATAATAATAATAATAAT
ATTAACAACAGTATAATTATAATATTAATAACAACAGTATAATAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAACAATAATAATAATAAGAAGAAGAAGAAAAATAAAGGTTCTCTTTG
TAGTTCCAAAATTATTTAACGGGAAAAAAAGAAAAACGCATATCCCTCGCGGGGGCTAGGTCCCACTTGCGCTTCCCTCTTTATTTTTTTTATTCTTCCCTTTTTTTCCCCCTTCGTTTC
GTCTGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATTTCTCGATTTATGCTTGTCATCCTTACGCAGGGGCCATGTTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAACGGTTGTCCCGAAGGACTTGT
TTGAAACACACAAAAAAAAAAAGAAGCTTCAGGAAAAAAAAAAAAAAATCTTCAGAAATTTGTAGATTCGTTTTCGCTTTTTTCTCTTTGACACATGATTGGTCCTGCTCCTCTTCAGCT
TGACCTGTGATGACTCGTTCATCAGACGGATCTCATGACATATGTGAAGGTATATATATAGATATATATATACCTCGTTTGTTGTCCTCTTCTCCCTCTCTGCCTACGGTTTACCGGGCA
GTTCTATTTGACGATATATATTACCGGGCAGTTCTATTTGACGATATATATATATATCGTCAAATAGAACTGCCCGGTAAACCGTAGGCAGAGAGGGAGAAGAGGACAACAAACGAGGGG
CTGTGACAAACTGTTTCGTCGGAGTTTCACCGACTATGTATATCGACGAAACAGTTTGTCACAGCCCCTCGTTTCTTGTCCTCTTCTCTCTCTCTGCCTACGGTTTACGGGNNNNNNNNN
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GAGGAACGGCTGGGCTAAGAGGAATGATTGGTTCCCCGTTCCCGAACGTATATTTTATTATTTTGAATATTTTCACATTTGGACGCAGCTGAGGTGGAACGAGCAATAATGCGTCCTCTT
GCCCGCCTTGCCAGATCAGAAACAGGCTGGTTTATTATGGAAAATCTATCACCTGGTGGTCCCCACAGCGCAATGGCTGGCAAACAACAGTCAGCACAAGGATCAGATGTGTACTGCAGG
GTGTGGACCGGTGGACTCTGTCCCTACCGGTAGTAACCTCTTTGTGCGGTGCCCGACTGCTCGGACCTTTTGGGAATGGTGGGCGCACGAAGGAGCAGACAAGTCTTAGGTGGACGTCGC
GGACTCCGAGGTGGACGATGCAGCGAGGCCTGTGGATCCTGCGGAATGAACGCTGCAGGCAGGGATGCAGGAAGGGAACATCTGCACCGCTGCAAGCATACCAACCAAGAACAGGGGCTG
AAAAATATCAGAGTTGCCCTCCTGGCTGATCTATCGAGATGCAGGCACGCAGGGGAGCAGAAGGAACGAGCCGTCAGGGCAAGATGGGGCCTGTATCCGCAACTGCTCGGCCGGGACCCC
CAGATGGGCCATGATATGCAGTTTGGCCCCTTGCCTGATGCGCCACATGGCACTGCCTAGACCCGAGACAGAGGAAGAATCAGATTAGAGACCTCCACTGATTTGTACTATAGTTAGGAG
GGATGGGTGGGATTGATAGCTGGAGGCTAATAGATGTACTATAGTAGGGAGGATGAAGGGCTGGAAGTAGGTAGATAGGAGAGAGGAACAAGGGAAACTCACTGCTACCAGCGTCGTCAC
CATTGGTTGATGGAAAGGTGTGCTTTCTCATGTTTTGTTGTTTTGCAGATCTCAAGGCAAGAGCTCAGAGCGAAACAGAAATCCTCCAAAAGAGGGAATGGCATTGTCAGTCCTTGTGCT
TCAGCAGAGGCAATCGGTGTGAGAGTTGAGCAGCTAAGGGGCGCAAGGGAGGCATTGAAAGAGATCATCCAGAGCAAATATTGCAATCCAATTTTGG
TAGGATTCTGCCTTTTCCTTCTC
CGCTTCATCTGTCTGTCTGTCTGTTTATCACCCTGTCTGTATCTCTGTCTATCTGTCTGTCTGTCGGTCGCTTGGTCAGTTGGTTGGCTGGCCGGGTGTGTCAGATGATCGACTAGTCAG
TCGGTCGGTCAGTTGGTCGGTTGGTCGGTCAGTCAGTAGGTTGGTTGGTTGGTCGGTTCGGTCGGTCAGTGGGTTGGTTGGTTGGGTCAGTTGGTCGGGTCGGTCAATCAGTCGATTGGT
GAGCCCACTGCCAGCCTGCCTGCCTTTCTGTCCATGGGTCAGTCTGTTTGTTGCTCTGTGTGTCAGTCAGTCAGTCAATCAGTCTGTCTGTTTGTCCACCTATCTGCCCACCTGCCCATA
TGTTCGTCCCTCTGTCTGTCTGTCAGTCTCTTTATCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CTCTCCCTACCTCTCCATCCCTCTCCCTCCCTCTCCCTCCCTCTCCCTCCCTCACCTCCTCTTCTCTGTCACTGGCCTTTGCTGATGACAGCAATGCAGCTGTGTTGTTGAATGGGACAG
GTACGGCTTGGTTGGCACGACTCGGGAACGTATAACAAGGAGATCCAAGAATGGCCCACGGCCGGCGGTGCAACGGCAAGCATAAGGTTCAAGCCAGAGATTGATCACGGTGCAAACGCA
GGTGAGAGGG
TACTCACACATGGACTTTTCTGGATGTATCTGACGGCAATTACGGCCGACCATGGCTGTATGTGACTCCAATTACGCCCGGAGCTGACTCCAAAAGGTCCTATTGTGAGT
ACGCCAAACGATCAGTTCGGGAGGAACTTGCTCCAGCTATTTAAAACGAAAGCAATTGAAAAAAAGAAGAAATGGAAGAAAAAGAAAGGCAAGGATGGGCCCAGTGAAGCAAATAGCCCG
CAGGCAGGTAACTGACTCCTGGTAGCAAGAACACCGTTGAAATGCAGGCCATGCCGCAATAGGATATTTTATTATTTTTCATGCGTAGTACATGAGCAGATGCGCAAACTGCCAGTACTC
GGCCCCAGCCTTGCAGAAAATGAAGTGGTCCCCACCACCACAAGTTTCGGGGCTTGGCCGTCGTTGACGAATTTCAACAGTGGCCTTCGTCGCGTTTCCGGCCTCCAGAAGTCGAGGTGA
GGGGCCCACAGCCACTTTTCCGGCCTCCGAAAGTCGCAGTGAGGAGTCTGCGGCTGATGTATGGCTGTGTGCTGGTGGTTTAATCATCTTTAATCATTGTTTAAATGTTGTTGTTGTTGT
TGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGTTGCTTTTTGCGGGAGCCTTAGTGCAATCCTAGCAGATAGCACATACAGTAACTCTAGTATGATACATATCCTAGAACAGC
ACATGCACTAGAATAGCACATGCTCTAAAATAGCACATGCACTACTAAGAGTAGCACATGCTCTTGAGTACCACATGCAAGAATAGCACATGCACCAAAGACAGCATATATATTTGTATA
GCAAATGTACAAGCATAGCCCATAATCTACTAGTATAGCACATTTTCAAGCATACCCCGTACACCCGTATAACGCAGATACTAGCGCATATACACACATAGCACATGAACAAGCATATCC
TATATACTGCGGTAGTATAGCACATGTACTCTCATTTAGCACGTGAACAAGCATCGCCCACGTACAAACATAGCCCGTATGCACTAGTATAAAAGAGATACTAGGACATGTACAAGCATA
GCCCATTCACTAGCGTAGCTCATATACATTACCCATCTGAAAACAGTATAACACAGATGCTAGCATATATCAAATAGTGTACTCGCAATACATCTGCCTCAAAGTGTGGTCAGGTACATT
CAGAAACGTAGGGAGGGAAGGGGGGGGAGGGGGGGGGGGGAGAGGAATGCCTCAATCTATCTCTTGTATTTCTCTCCATGGATTCCGTTTGCTGCCATCTTCACCGGAATGGAAACCCCA
GTCATAATTGCTGTATCTAGACTGAAAGTTGCCCCGTATACGGCTATAATGACCACGTGTTCTATTCCAGTGACGATGGTTGGCAGCATTTCTTCTTCTTCTTCTTNNNNNNNNNNNNNN
NNNTGTATCTAGACTGAAAGTTGCCCCGTATACGGCTATAATGACCACGTGTTCTATTCCAGTGACGATGGTTGGCAGCATTTCTTCTTCTTCTTCTTGTTCAGTCTGGAATATCGTTTG
TAACAATTCCTTCAAAGCATTTTTTCATTTTTTTATAACGCGGCACCTTGCGAATATGTTGTGCTGTATCTAAAGCTTTGAGTGATAAGTTTTCAAAGTGTTGAAAATGCGCTTGTACAT
GAAAAATGTGCTAAGAGGGGTTTCCCGCTTATATGCTTTCAGCGGTTCTCCCATACCAACGTAGCTACCCGGCAATGCCACTGGCATGACAACCGGTCCACCATAGGTTGACCCATCCCA
GTCCTCTCGTACTAGGGATGGCTTCTCTCAATTCTCTTCACATCACCAACGGTAGATAGTGAAACAGTTTTCACCTTTGGCAGTAGCCGATGCAGATCCCAGGGGTCGATCCCTTGACCT
CAGCTTACCTGTGTACAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CDS
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.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
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