Entry information : GbPrx24(Ginbil_2001856_SGTW / peroxidase16)
Entry ID 13096
Creation 2015-02-26 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2015-02-26 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Christophe Dunand
Last annotation changes 2020-11-23 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: GbPrx24(Ginbil_2001856_SGTW / peroxidase16)
Name GbPrx24(Ginbil_2001856_SGTW / peroxidase16)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx071]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Ginkgoopsida Ginkgoaceae Ginkgo
Organism Ginkgo biloba    [TaxId: 3311 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value GbPrx24
start..stop
S start..stop
CmichPrx06 559 0 7..329 6..330
PabPrx121 548 0 9..331 11..333
SmPrx08-1_40 394 1e-138 28..328 27..328
SmPrx08-2_107 385 6e-135 28..328 27..326
Literature and cross-references GbPrx24(Ginbil_2001856_SGTW / peroxidase16)
Protein sequence: GbPrx24(Ginbil_2001856_SGTW / peroxidase16)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   332 (303)
PWM (Da):   %s   35454.95 (32500.4) Transmb domain:   %s   i7-29o
PI (pH):   %s   7.36 (7.36) Peptide Signal:   %s   cut: 30 range:30-332
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MGAPVNNGAF VLMILSSSLL LMNLGLVQAG LSPNFYIRSC PNVVQIVATV VSKHLKQDVT MGAPIVRMFF HDCFVEGCDA SVLLMSPNKT AERDAAPNLT LTQFDVIDEI KSGLEKACPG  VVSCADILAL AARDAVLQTG GPSWAVELGR RDGLKSSDFD AATHLPSSLS NAQALIDNFG SNGLSIRDVV TLSGAHTFGK THCSAVSRRL YGFSSSGGID PTLNKTYAMS LRKQCTLPTN 
PNAKVPLDPS TPNKFDNIYY QDLLQGQGIF SSDSALVLDA RTKVFVTEYA NDEDSFRDQF GDAMIKLGRI GVLTGQQGQI RKRCGFVNSK SN 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (uncorrect prediction from SymDB; part exons 2 and 3) and RNA seq (gba_locus_13175_iso_3_len_1649_ver_2). No EST found.
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGGTGCTC CAGTCAATAA TGGTGCATTT GTGTTGATGA TTCTGAGCTC AAGCTTGTTG TTAATGAATT TGGGGTTAGT TCAAGCTGGC CTAAGTCCAA ATTTCTATAT CAGATCTTGC  CCAAATGTTG TTCAAATTGT TGCTACTGTT GTTAGCAAAC ATTTGAAGCA GGATGTCACA ATGGGAGCTC CTATTGTAAG AATGTTCTTC CATGACTGCT TTGTGGAAGG TTGTGATGCA  TCTGTTTTGT TGATGTCCCC AAACAAAACT GCCGAAAGAG ATGCAGCACC AAATCTTACT CTAACCCAAT TTGATGTTAT TGATGAAATC AAGAGTGGTT TGGAAAAAGC TTGCCCGGGT  GTGGTTTCCT GTGCTGATAT TCTTGCTCTT GCTGCAAGAG ATGCTGTTTT ACAGACTGGA GGACCTTCCT GGGCTGTTGA GCTAGGTCGA AGAGATGGCC TTAAATCTAG TGACTTTGAT  GCAGCTACTC ACCTTCCTTC ATCTCTATCA AATGCCCAAG CGCTAATAGA TAACTTTGGC TCTAATGGTC TCAGCATCAG GGATGTTGTC ACTCTTTCAG GGGCTCATAC GTTTGGGAAA  ACACACTGCA GTGCTGTTTC AAGGCGCTTG TATGGATTCA GCAGTAGCGG TGGGATCGAT CCCACATTAA ATAAAACTTA TGCAATGAGC TTGAGAAAGC AATGCACATT GCCCACCAAT  CCAAATGCAA AGGTTCCTTT GGACCCATCA ACCCCAAACA AGTTTGACAA CATTTATTAC CAAGATCTGT TACAGGGCCA AGGCATTTTT TCTTCAGACT CTGCTCTGGT ACTCGATGCC  AGGACTAAAG TTTTTGTTAC AGAATATGCT AATGATGAGG ATTCTTTTCG CGATCAGTTT GGTGATGCCA TGATCAAATT GGGAAGGATT GGTGTTTTGA CAGGCCAACA AGGCCAGATT 
CGTAAGAGAT GTGGTTTTGT GAATTCAAAG TCCAACTAA 

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
AACCAGCACC AGAAGAGGGT TATTCAGGAA TACAAAAAAT AGCAATGTAA ACAATTTCAA AGAAAAAAAA CGAATGTCTA TCTCTGCATC TAATCTGGAG TCTTGGTCTT CAGTCTGGAC  GTTTGTGGAT GTAAAATTCA TGGTTAATGG ATCATACTTA TAATTTAAGC CCATTCAGAC CACTAGTACC TACAAGGATT AGGTTGTATA AAGGAATGTT TTGTTCAATG GGAGCAATAC  ACATGTAATG TAGTACAAGC CTTGGAATTT ACAGGGGATT CTAGCATTAT GGGTGCTCCA GTCAATAATG GTGCATTTGT GTTGATGATT CTGAGCTCAA GCTTGTTGTT AATGAATTTG  GGGTTAGTTC AAGCTGGCCT AAGTCCAAAT TTCTATATCA GATCTTGCCC AAATGTTGTT CAAATTGTTG CTACTGTTGT TAGCAAACAT TTGAAGCAGG ATGTCACAAT GGGAGCTCCT  ATTGTAAGAA TGTTCTTCCA TGACTGCTTT GTGGAAGGTT GTGATGCATC TGTTTTGTTG ATGTCCCCAA ACAAAACTGC CGAAAGAGAT GCAGCACCAA ATCTTACTCT AACCCAATTT  GATGTTATTG ATGAAATCAA GAGTGGTTTG GAAAAAGCTT GCCCGGGTGT GGTTTCCTGT GCTGATATTC TTGCTCTTGC TGCAAGAGAT GCTGTTTTAC AGACTGGAGG ACCTTCCTGG  GCTGTTGAGC TAGGTCGAAG AGATGGCCTT AAATCTAGTG ACTTTGATGC AGCTACTCAC CTTCCTTCAT CTCTATCAAA TGCCCAAGCG CTAATAGATA ACTTTGGCTC TAATGGTCTC  AGCATCAGGG ATGTTGTCAC TCTTTCAGGG GCTCATACGT TTGGGAAAAC ACACTGCAGT GCTGTTTCAA GGCGCTTGTA TGGATTCAGC AGTAGCGGTG GGATCGATCC CACATTAAAT  AAAACTTATG CAATGAGCTT GAGAAAGCAA TGCACATTGC CCACCAATCC AAATGCAAAG GTTCCTTTGG ACCCATCAAC CCCAAACAAG TTTGACAACA TTTATTACCA AGATCTGTTA  CAGGGCCAAG GCATTTTTTC TTCAGACTCT GCTCTGGTAC TCGATGCCAG GACTAAAGTT TTTGTTACAG AATATGCTAA TGATGAGGAT TCTTTTCGCG ATCAGTTTGG TGATGCCATG  ATCAAATTGG GAAGGATTGG TGTTTTGACA GGCCAACAAG GCCAGATTCG TAAGAGATGT GGTTTTGTGA ATTCAAAGTC CAACTAATTA ATTTGTGGGC TTTGGCAAAG AGGGAATGAC  AGAGAATAAC AAAACTGTAA AAATGTTAAT TAGTTTCCAT GTGATGTTAT TGATATTCAA TAATCCAAAT CTTATGCACT TCTTCAAACC TAAGTTTAAA GCACGAGGGC ATGGGCTTGT  GAAGAAAAGA TGGCATCCAA AAGCAGAAAA ACAGGGATAT TGGTGCCATT GAAGTGGAAG AGGAGTGAAG AAAAGACATG AAATGATAAG AATGGAGTCT CAATTTTGTA ATGTGAAAAA 
AACATAGTTT GAGTACCCAT GTTGTTGGAT GTATTATTAT TCTCTGGTTT GAAGTGGATA TATATATAGT GTGGATTGGT GGTCAAAAA 

Retrieve as FASTA