Entry information : StPrx73 ( PGSC0003DMG400024053 [3.4] / Peroxidase N)
Entry ID 13461
Creation 2015-09-03 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2015-09-03 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Achraf Jemmat
Last annotation changes 2016-02-04 (Achraf Jemmat)
Peroxidase information: StPrx73 ( PGSC0003DMG400024053 [3.4] / Peroxidase N)
Name (synonym) StPrx73 ( PGSC0003DMG400024053 [3.4] / Peroxidase N)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx022]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Solanaceae Solanum
Organism Solanum tuberosum (Potato)    [TaxId: 4113 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value StPrx73
start..stop
S start..stop
LePrx40 647 0 1..330 1..330
NtPrx30-1A 569 0 1..330 1..329
LePrx59 534 0 3..330 4..330
GrPrx41 485 2e-174 1..330 2..331
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 1..219 219 N° 2 794..982 189 N° 3 1217..1382 166 N° 4 2398..2816 419
join(1..219,794..982,1217..1382,2398..2816)


exon

Literature and cross-references StPrx73 ( PGSC0003DMG400024053 [3.4] / Peroxidase N)
Literature Xu,X. et al., Potato Genome Sequencing Consortium. Genome sequence and analysis of the tuber crop potato. Nature 475 (7355), 189-195 (2011)
Protein ref. GenBank:   XP_015168362.1
DNA ref. GenBank:   NW_006239144.1 (709952..712863)
mRNA ref. GenBank:   XM_015312876.1
Cluster/Prediction ref. Phytozome Gene 11:   24423664
Protein sequence: StPrx73 ( PGSC0003DMG400024053 [3.4] / Peroxidase N)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   330
PWM (Da):   %s   35581.81 Transmb domain:   %s   i7-29o
PI (pH):   %s   6.97
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MRKPCNFTLYYSLFVTFMIMFVVVNSQLTTDFYAKTCPSVLKVVRKEVQNAIKNEMRMAASLLRLHFHDCFVNGCDGSLLLDGNSTTSEKFAAGNINSARGFEVIDNIKKAVEDACSGVVSCADILAIAARDSVLLSGGPTWKVRLGRRDGLIGNVSGANSGLPAPFHSLNTIISMFQVVGLNVTDVVSLSGAHTIGLAKCATFDNRLTNFSGSGGPDTTLDTTLVTELQNLCPSTSDGNNTAPLDRNSTDLFDNHYFKNLLNQRGLLESDQILYSSNDAIPTTKTLVETYSNSSSVFFSDFVNSMIKMGNISPLTGSNGEIRKNCRVIN

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 1, 3 introns).
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAGGAAGCCATGCAACTTTACTTTGTATTATTCTCTATTTGTGACTTTCATGATCATGTTTGTAGTCGTAAATTCACAATTAACAACTGATTTTTATGCAAAAACATGTCCAAGTGTT
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TATTGTATTCTAGTAATGATGCTATACCAACAACTAAAACATTGGTAGAAACTTATAGTAATAGTTCAAGTGTCTTTTTTAGTGACTTTGTTAATTCTATGATTAAGATGGGAAATATTA
GCCCTCTTACTGGATCTAATGGGGAGATTAGAAAGAATTGTAGGGTAATTAATTAG

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAGGAAGCCATGCAACTTTACTTTGTATTATTCTCTATTTGTGACTTTCATGATCATGTTTGTAGTCGTAAATTCACAATTAACAACTGATTTTTATGCAAAAACATGTCCAAGTGTT
CTCAAAGTTGTTCGTAAAGAAGTCCAAAATGCAATCAAGAATGAAATGAGAATGGCAGCTTCATTGCTTCGTCTTCATTTTCATGATTGCTTTGTTAAT
GGGTGTGATGGATCATTGTTG
TTGGATGGTAATAGCACCACAAGTGAAAAGTTTGCAGCAGGGAACATAAATTCTGCTAGAGGTTTTGAAGTGATAGACAATATTAAGAAAGCTGTTGAAGATGCATGCAGTGGAGTTGTT
TCTTGTGCTGATATACTTGCTATTGCTGCTAGAGATTCTGTCCTATTA
AGTGGAGGACCAACATGGAAAGTGAGATTGGGAAGAAGGGATGGATTAATTGGTAATGTATCAGGAGCAAAT
AGTGGACTTCCAGCTCCTTTTCACTCTCTCAATACTATCATTTCCATGTTCCAAGTTGTTGGACTCAATGTTACTGATGTTGTCAGCTTATCAG
GTGCTCATACAATTGGTCTAGCAAAA
TGTGCAACTTTTGATAACAGATTAACAAACTTCAGTGGATCAGGTGGACCAGACACAACCCTAGACACCACCCTAGTGACTGAACTCCAAAACTTATGCCCTTCCACAAGTGATGGAAAC
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ATACCAACAACTAAAACATTGGTAGAAACTTATAGTAATAGTTCAAGTGTCTTTTTTAGTGACTTTGTTAATTCTATGATTAAGATGGGAAATATTAGCCCTCTTACTGGATCTAATGGG
GAGATTAGAAAGAATTGTAGGGTAATTAATTAG

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
GCTAAATATA TATATTTTAC TTTTGAAACC ATGAGGAAGC CATGCAACTT TACTTTGTAT TATTCTCTAT TTGTGACTTT CATGATCATG TTTGTAGTCG TAAATTCACA ATTAACAACT  GATTTTTATG CAAAAACATG TCCAAGTGTT CTCAAAGTTG TTCGTAAAGA AGTCCAAAAT GCAATCAAGA ATGAAATGAG AATGGCAGCT TCATTGCTTC GTCTTCATTT TCATGATTGC  TTTGTTAATG GGTGTGATGG ATCATTGTTG TTGGATGGTA ATAGCACCAC AAGTGAAAAG TTTGCAGCAG GGAACATAAA TTCTGCTAGA GGTTTTGAAG TGATAGACAA TATTAAGAAA  GCTGTTGAAG ATGCATGCAG TGGAGTTGTT TCTTGTGCTG ATATACTTGC TATTGCTGCT AGAGATTCTG TCCTATTAAG TGGAGGACCA ACATGGAAAG TGAGATTGGG AAGAAGGGAT  GGATTAATTG GTAATGTATC AGGAGCAAAT AGTGGACTTC CAGCTCCTTT TCACTCTCTC AATACTATCA TTTCCATGTT CCAAGTTGTT GGACTCAATG TTACTGATGT TGTCAGCTTA  TCAGGTGCTC ATACAATTGG TCTAGCAAAA TGTGCAACTT TTGATAACAG ATTAACAAAC TTCAGTGGAT CAGGTGGACC AGACACAACC CTAGACACCA CCCTAGTGAC TGAACTCCAA  AACTTATGCC CTTCCACAAG TGATGGAAAC AACACAGCCC CACTTGACAG GAACTCCACT GACTTATTTG ACAATCACTA CTTCAAAAAC TTGCTTAATC AAAGAGGACT TCTTGAATCT  GACCAAATAT TGTATTCTAG TAATGATGCT ATACCAACAA CTAAAACATT GGTAGAAACT TATAGTAATA GTTCAAGTGT CTTTTTTAGT GACTTTGTTA ATTCTATGAT TAAGATGGGA 
AATATTAGCC CTCTTACTGG ATCTAATGGG GAGATTAGAA AGAATTGTAG GGTAATTAAT TAGTCAATG 

Retrieve as FASTA