Entry information : AtrCSD02 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00057.130)
Entry ID 14631
Creation 2017-12-12 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2017-12-15 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-12-15 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: AtrCSD02 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00057.130)
Name (synonym) AtrCSD02 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00057.130)
Class Cu/Zn SOD    [Orthogroup: CSD001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Amborellaceae Amborella
Organism Amborella trichopoda    [TaxId: 13333 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value AtrCSD02
start..stop
S start..stop
ThasCSD01 272 2e-95 25..176 1..152
ThasCSD01-1 270 7e-95 25..176 1..152
LeCSD01 268 9e-94 25..176 1..152
HaCSD01 265 4e-92 24..176 44..197
Literature and cross-references AtrCSD02 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00057.130)
Protein sequence: AtrCSD02 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00057.130)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   176
PWM (Da):   %s   17854.71  
PI (pH):   %s   5.14
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MVCGACVECL NFKLLAAFDE ITYKMVKAVA VLGSKEGVSG TVFFTQEGDG PTTVTGSLSG LQPGPHGFHV HALGDTTNGC MSTGPHFNPV GKEHGAPEDE NRHAGDLGNV TVGEDGTANF 
TIVDSQIPLS GPNSIIGRAV VVHADPDDLG KGGHELSKTT GNAGGRVACG IIGLQG* 

Retrieve as FASTA  
Remarks
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGTCTGTG GAGCCTGTGT TGAGTGTTTG AATTTTAAGC TGCTTGCTGC CTTTGATGAG GTGAATTGTG CCTATCCGGT CAGGAAAAGA AGTAATATTT GAGGTTCTTA GTTATTAATC  TTGCCTTCAT CCCCTTTAGT TAGTAGTCTC TTTTTTCTTG TAGCAGATCA CATATAAGAT GGTGAAGGCG GTAGCTGTTC TTGGTAGCAA AGAGGGTGTT AGTGGCACAG TTTTCTTCAC  TCAAGAAGGA GATGGTAACC TTGTCTGTTT TTCATTTCTT ATTTTGATTC TCAGGAGAGG ATACATTTTT TTGTTGGATG GAGGATGGTA ATTCTATTTC AGCAAATTTT TTATATTTTC  ATGTGACTGC ACTAACAGAC GGCATCATTA GTAAACATGA TTTCTTTCTT GTAGGACCTA CTACTGTAAC TGGAAGCCTT TCTGGCCTGC AACCTGGGCC CCATGGTTTC CATGTTCATG  CCCTTGGTGA CACCACCAAT GGCTGCATGT CGACTGGTAC GACTTCAGTG GGACACCTCC TTTGTTTTTT CTTTCTTTTC TTTTTTGTTT CCTCTCTTCA GAGGATGACT TTAGTGGGAC  ACCTCCTTTG TTTTTTTTTT TTGCTTTTTT GTTTGCCCTC TTCAGAGGGA GGGAGGGAGG GAGGGAGGCT ACTTTGACAC ACACACATGC AGAGTGAGTC GCAGAGAGAG AGCGAGAGAG  AGATTAACAG AGAGGGAGGC TACTTTGACA CACACACATG CAGAGTGAGT CTCAGAGTGA GAGAGAGACT AACAGATTTT TCGATTACCA GGCCCACATT TTAATCCTGT TGGCAAAGAA  CATGGTGCAC CAGAGGATGA AAACCGCCAT GCTGGTGATC TTGGAAATGT CACTGTTGGG GAGGATGGTA TTTATTATTG ACTATTTCTC TTGTGTCTAT TTCAGTCGCT TTTCCTTTGT  TTCTCTGACT ATTATTGGCG CTAAAATTTC TGTTGTCATT ACCTTCTTAG CAAAAAGGAA ATGCCCTTTT TCCCCTATTG TTACGAAAAG GGAATGCTTT CTTTCTTCTG CTTTCACTTT  TTATGGATTG GTATCTGATA TCATCCTATA TAAATGTAAA GCTATGCTAA AAAATCATCT TCATGAGTAA AGCTTGAATT GAGGATTGAG CATATCCTTT GCATGCATAA TTACTCTAAG  ATTTAATGTT GGATAGCAGC GGCACAGTTG TCATAATTGG GATCCTAATT ATCATTTCTT TTTAGCCTTA AAGAGAGACC TCATAATTTC CTTGCCTCTC TCCCCACCAA CACGCACATG  TAGACAAACA TAAGACATAG ACATGCACAT GCAAGCGTGC ACACCATACT TTTGCACACA TATATACTGG GGGCTTCTCC TTTGCTTTGG TTATTTATTT GGTGCATTCT TGATGCTTTC  TTGCTGATTT CCTTCGTTCT TTTGTTTAGT GATGAGATTA TGTTTCACGT GGTCTAGGTC CTTCCCATTA TGTGGCTTTA GATTAGTCTG CAGCATCTGT TATTCTCTAT TTTATTTTCA  GCTGGCTCGT TGACATTGCT AATTTTTTAT AACATCATCC ATTGCACTTT TTCTTCTAAT AAAATGCTCT CCGGATATGT ATTACACATG CTCGTTAGTA ATACATCTTG TTTCCATTTT  CATCTTAAAT ACAATGTTCA TATGCAAATA GGTGTAGATA GATTAGGACT ATGAATTTGG GCATGTCACT TACAGCCATC CTTGTTTGCA GGTACTGCTA ATTTCACCAT TGTTGACAGC  CAGGTAACTT GCTATGTTTT GTAAGCTATT TTCTATGTGT GTGTGTGCTT GTACGCACAT TTATGGGGTT TCCTGGTATG TGATTCTAAT CAGCTTTATG TTTGCAGATT CCACTCTCTG  GGCCAAACTC CATTATTGGA AGGGCTGTTG TTGTCCATGC CGATCCTGAT GACCTCGGAA AGGGTAGGAC TATCTTTAGT TCTGTTGTTC GTTAGGCCTA CAGAAATATG ATTATTCTTC  CTTATTTTTA CCACTCCATA AGAATATTCA CTATCTCTAA ATCGTTGCTG TTGGACGTAC GCATGTACAA ACTCATGTGC TCCAAGTGTG TTACCCACAA TGAACTCTTT CTGCCCCATT  ATTTAAGCAC TTCATATTTC TTCTGAAATG TCAGTAGCCC CCTCATTTCC AAAGAGTAAT TTGTTTTCTC AACCTTGGGT CAGTTTCAGT ATATTTCATC TGAATTTTGG CTATAATTTA  TACTACATGG GACCTGATTT TAGTGCAATA CCACAACTAG TGATTTGTAT GACGTTCAAC GAACATTTTG GCCAAAGCCA TAGCCCTGGC ACTATCATAA GCAGAGTGCA TTATTAACTC  TCTTCAACCG TGATTTGTTG AAAAAATTGT TTTTTTTTTT CTGGCTTACT GTTAAATAAT CTGTGTAGGT GGACATGAAC TCAGCAAAAC CACTGGAAAT GCTGGTGGCA GAGTTGCCTG  TGGTAAGCTC CTTCACTATA ATTCCCTTCA TTGTTGTGTC TGATCAAGTG CAATAACTAT TCTTTTATCA TGAAATCTGA GAATGAATAT TGATTGCCAA AAACGAAAAA TATAGTCACT 
GATGATTCCT GTATATTTCG AAACAAAAAA AAAAAATTGC AGGTATTATT GGTCTCCAAG GCTGA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGTCTGTG GAGCCTGTGT TGAGTGTTTG AATTTTAAGC TGCTTGCTGC CTTTGATGAG ATCACATATA AGATGGTGAA GGCGGTAGCT GTTCTTGGTA GCAAAGAGGG TGTTAGTGGC  ACAGTTTTCT TCACTCAAGA AGGAGATGGA CCTACTACTG TAACTGGAAG CCTTTCTGGC CTGCAACCTG GGCCCCATGG TTTCCATGTT CATGCCCTTG GTGACACCAC CAATGGCTGC  ATGTCGACTG GCCCACATTT TAATCCTGTT GGCAAAGAAC ATGGTGCACC AGAGGATGAA AACCGCCATG CTGGTGATCT TGGAAATGTC ACTGTTGGGG AGGATGGTAC TGCTAATTTC  ACCATTGTTG ACAGCCAGAT TCCACTCTCT GGGCCAAACT CCATTATTGG AAGGGCTGTT GTTGTCCATG CCGATCCTGA TGACCTCGGA AAGGGTGGAC ATGAACTCAG CAAAACCACT 
GGAAATGCTG GTGGCAGAGT TGCCTGTGGT ATTATTGGTC TCCAAGGCTG A 

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGTCTGTG GAGCCTGTGT TGAGTGTTTG AATTTTAAGC TGCTTGCTGC CTTTGATGAG ATCACATATA AGATGGTGAA GGCGGTAGCT GTTCTTGGTA GCAAAGAGGG TGTTAGTGGC  ACAGTTTTCT TCACTCAAGA AGGAGATGGA CCTACTACTG TAACTGGAAG CCTTTCTGGC CTGCAACCTG GGCCCCATGG TTTCCATGTT CATGCCCTTG GTGACACCAC CAATGGCTGC  ATGTCGACTG GCCCACATTT TAATCCTGTT GGCAAAGAAC ATGGTGCACC AGAGGATGAA AACCGCCATG CTGGTGATCT TGGAAATGTC ACTGTTGGGG AGGATGGTAC TGCTAATTTC  ACCATTGTTG ACAGCCAGAT TCCACTCTCT GGGCCAAACT CCATTATTGG AAGGGCTGTT GTTGTCCATG CCGATCCTGA TGACCTCGGA AAGGGTGGAC ATGAACTCAG CAAAACCACT 
GGAAATGCTG GTGGCAGAGT TGCCTGTGGT ATTATTGGTC TCCAAGGCTG A 

Retrieve as FASTA