Entry information : AtrMSD01 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00077.26)
Entry ID 14752
Creation 2017-12-12 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2017-12-14 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-12-15 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: AtrMSD01 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00077.26)
Name (synonym) AtrMSD01 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00077.26)
Class Mn SOD    [Orthogroup: MSD001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Amborellaceae Amborella
Organism Amborella trichopoda    [TaxId: 13333 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value AtrMSD01
start..stop
S start..stop
AtMSD01 306 2e-107 1..200 1..201
ThasMSD01 304 2e-106 24..200 27..203
HaMSD01 302 9e-106 1..200 1..196
HaMSD02 296 2e-103 1..200 1..198
Literature and cross-references AtrMSD01 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00077.26)
Protein sequence: AtrMSD01 (evm_27.model.AmTr_v1.0_scaffold00077.26)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   205
PWM (Da):   %s   22488.64  
PI (pH):   %s   6.6
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MALRILFKKP CFPIPSHYGS TVPLRQFKTF SLPELPYDYG ALEPAINGEI MQLHHQKHHQ AYVTNFNNAL ELLDQALAKG DASSTVQLQS AIKFNGGGHI NHSIFWKNLA PVNEGGGEPP 
KGPLGLAVEE HFGSLEELIK KMNVQGAALQ GSGWVWLALD KETKTLSVET TANQDPLVTK GASLVPLLGI DVWEHAYYLQ ILPVD* 

Retrieve as FASTA  
Remarks
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCGCTGA GGATTCTCTT CAAAAAACCC TGTTTCCCAA TTCCAAGCCA CTATGGATCG ACTGTGCCTC TCCGTCAGTT CAAGACCTTC AGTTTACCAG AACTCCCTTA TGACTATGGA  GCCCTAGAGC CCGCCATCAA TGGCGAGATC ATGCAACTTC ACCATCAAAA GCATCACCAG GCCTATGTCA CGAATTTTAA CAATGCCCTT GAGCTGCTCG ATCAGGCCTT GGCTAAGGGT  GATGCCTCTT CGACTGTGCA GCTTCAGAGT GCCATCAAAT TTAATGGAGG AGGTTGCTAG TTTTCTGAAT TGGATTCTGA TTATTCAATT TCTTTTGTAT TTTTCTTTAT GTTTTAATCT  CAGTTTGTGT AGTAGTTGGA GTGAGTCAGG GCTTTAGATG GAAAGTAGTA TTTTTGTTGT TGTGAGAATG TAGATGGAAA GCAGTATTCA TTTGATAATT TTTTGTTTGT GCTAGTGTTT  GGCGGTTATT GCTCTGATTC ATGGGTTTTT ACATTTGGAT GGTTGGTATG GATTTAGCGC GTCAAAATTT GGCGGTATAA GTAGTTTTCA AGTTCTTACT GGTTGATGTT TACCATTTCC  GCTATTATTG AATTTGGAGG AACCTAGGGT TTCTTGAATT CTAGGTTTCT ATTGCCCGGT GAATCTTTTT TCCTTAGCAT TGGACTTTTT TTTTGCCGAT TATGTATTGA CTCCAAATCC  TTTTCACATA AATGGGATGT ATTAGCGTTT TTTAGTCTCG TCATGTTGAA GAGCTTGAAT TTATGCTGCT GATGACTCTT CCTTATTTCT CTCTGTAATG CTATAATGGA TTCGTCTTTT  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CTGGTTGATT TCTTGACAGT ATGTATTTTT ATTGAATGAA ATTCCCTTAA TTCAGTTACA GTCATGGGTA AAATGTCTGT ATTTGAGGCA AGTCCCCTTT TATTGGCTCT CATAGCTGGG 
AAAGTCTGCA CATTGTTCAA GAACTTCATC ATTAATGGAA TGAATTTGTT CAAAGAAAGT GAGTAGAAAA GTTAGAGCTC AATCTTTGCA GATATTACCT GTTGACTGA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCGCTGA GGATTCTCTT CAAAAAACCC TGTTTCCCAA TTCCAAGCCA CTATGGATCG ACTGTGCCTC TCCGTCAGTT CAAGACCTTC AGTTTACCAG AACTCCCTTA TGACTATGGA  GCCCTAGAGC CCGCCATCAA TGGCGAGATC ATGCAACTTC ACCATCAAAA GCATCACCAG GCCTATGTCA CGAATTTTAA CAATGCCCTT GAGCTGCTCG ATCAGGCCTT GGCTAAGGGT  GATGCCTCTT CGACTGTGCA GCTTCAGAGT GCCATCAAAT TTAATGGAGG AGGCCATATA AACCACTCAA TTTTCTGGAA AAATCTTGCT CCTGTTAATG AAGGAGGGGG TGAACCTCCA  AAAGGTCCTC TTGGTTTGGC GGTTGAAGAA CATTTTGGCT CTCTTGAAGA ATTGATAAAG AAAATGAATG TTCAGGGTGC TGCTTTACAG GGTTCTGGAT GGGTGTGGCT AGCTCTTGAT  AAAGAAACAA AGACACTTTC GGTTGAAACA ACAGCAAATC AGGATCCACT GGTAACCAAA GGAGCAAGCC TGGTTCCATT GTTAGGGATT GATGTATGGG AGCATGCTTA CTACTTGCAG 
ATATTACCTG TTGACTGA 

Retrieve as FASTA