Entry information : CagraAPx03-2 (Cagra.1533s0006)
Entry ID 14925
Creation 2018-03-01 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2018-03-01 (Christophe Dunand)
Sequence status partial
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2018-03-01 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: CagraAPx03-2 (Cagra.1533s0006)
Name (synonym) CagraAPx03-2 (Cagra.1533s0006)
Class Ascorbate peroxidase     [Orthogroup: APx013]*
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Brassicaceae Capsella
Organism Capsella grandiflora    [TaxId: 264402 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value CagraAPx03-2
start..stop
S start..stop
CrubAPx03-3 412 5e-148 1..216 76..292
AlyAPx23 379 7e-135 1..216 76..292
AlyAPx23-2 341 5e-120 3..216 80..292
CrubAPx03-2 337 3e-118 3..216 79..290
Literature and cross-references CagraAPx03-2 (Cagra.1533s0006)
Protein sequence: CagraAPx03-2 (Cagra.1533s0006)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   216
PWM (Da):   %s   24042.36 Transmb domain:   %s   o190-209i
PI (pH):   %s   5.69
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
IVISEEVKTK HPKITYADLY QLAGVVAVEV TGGPDISFVP GRKDSNACTE EGRLPDANQG FKHLKDVFYR MGLSDKDIVA LSGAHTLGRA HLERSGFDGP WTRDPLKFDN SYFVELLKGE 
GSEGLLKLST DATLLDVPEF RRYVELYAKD EDAFFRDYAE SHKKLSELGF SPTASVTKET QWMITFELKL SQLGVVVVAA AVVAFGCFNE VRKRMK* 

Retrieve as FASTA  
Remarks Partial sequence from genomic. 5'end is missing due to scaffold border.
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATTGTTATTT CAGAGGAAGT GAAGACTAAA CATCCCAAAA TCACTTATGC GGATCTTTAC CAGGTAACTA ACTTGAACTT TAGCAGTTTT TCTACTGGAA TGAAGAGTGT AAAAATGATC  AGTGTGATAT CCCTTTTGTT CAGTTGTGTT GGCAGTATAA TTTCTCACGG ACCTTGTTTT TACCTCTTCA TTCAGATTTT TCAAGGATTT TTTAGTAGTT GTGTTGTGTC TCAGAAATTC  ATCAGTGGTG TTGGCTAGTT GAGCGATTAC GGTCCTCAGG GTATAGAAAT TAGGGAATTG ACAATTTGCA GCGCTTCAGG GTTGATATAT TTGGCTGATT CACAGTGTGA AGATTCTTTT  ACACAGATTA GTACTTATGG TCTCTTTTGT GTTCTCTGGC TTTAACAAAT CTAATGTAAA GGCTTGGTTG TTGAGAATGA CCAGAACAAA TTCCCAATAC GGCTGCTATT ATCTTATAGC  TAAGTTTTGG ATCTCTCATT CATTTTCACA TGAAATTCAT TCTGTCATTT TTCAGCTTGC GGGTGTGGTA GCGGTTGAAG TTACTGGTGG ACCTGACATC AGTTTTGTGC CTGGCAGAAA  AGTAATAATC TCTAAACCAT TAAGATGGTA TAAAAGCTTA CCACCAAATG CAATTACTGA TTAATTGTAT GTTTCTCTCT TATAGGATTC AAATGCCTGC ACCGAGGAAG GAAGGCTCCC  TGATGCTAAT CAAGGTTGGA TGGAAATCTT TTTCCATTAA CCAGAAACTC CAATGTGTTT TACATAAAAC AAAATACCTA ATTTATTGAA TATGAGTATA GCAAATAATC ACTGTACAGT  ATAATCTTCT GTTCGAATGT GTTCTTTGAC CTCAATGAGA GTTTGAAGTT ATGTCTTCTG ATTTACATGT AGGTTTCAAA CATCTTAAAG ATGTCTTCTA CCGGATGGGA CTGTCTGATA  AAGATATTGT GGCACTCTCA GGGGCTCATA CTCTGGTACA TTCTTTGTTC CACAATTCAT ACTTGTCGTT TGGTATTTTA ACAAATAAGT TGTGTATAGT TTTTCTAATT AGATTTCAAT  TAATGTTTAG GGAAGGGCTC ATTTAGAGAG ATCAGGTTTT GATGGACCAT GGACTCGAGA TCCTCTGAAG TTTGATAACT CATACTTTGT GTAAGATCCT CTAATGTCAT TGACAATATT  TTTTGTGGGA GACAACAAAT AGTTCCTCTG ACTGATCACT GAATTGTTTA TTTATATGAT ATATGTTTGT CATAGGGAAT TGCTGAAAGG AGAAGGATCA GAAGGTTTGC TGAAACTTTC  CACGGATGCG ACTTTGTTGG ATGTCCCAGA GTTCCGTCGT TATGTTGAGC TTTACGCAAA GGTATTATTC TGATCCAAGA AACCGATTTG AGCAATTAAC CAGAGCTGCA AATCGAGTTT  CATAAAAGAC AAGCCTAAGA TTATTGTATT GCAACAAGTA TAAGTTTTTT GTTTCAACAA GCATAAGTTT CTAATATTTG TTCCAACAGG ACGAAGATGC ATTCTTTAGA GACTATGCAG  AGTCACACAA GAAACTCTCA GAGCTCGGTT TCTCACCAAC GGCTTCAGTC ACTAAGGAGA CTCAATGGAT GATAACTTTC GAATTAAAAC TCTCACAGCT CGGAGTCGTA GTCGTTGCTG  CTGCTGTTGT GGCCTTTGGC TGCTTCAATG AAGTCCGCAA AAGGATGAAG TAAATAAAGG AGAGTAAGAA ACGATTCCTC TAATCTTGGG TTTTGTTGCA AAACGAAACA TTGTAAAAAA  CACGAATCTA CTATGGATCG GTTCATCGGT ATGTAGATGA TTCGGATCTT AACCGGACAT ATCATTGGAA TTGGTACGAA TTGGTTCAGT TCTTATTGAA TCGGTTTGGT CCAGTACTAG 
AAATCATGTC TTCTACTTTG GTTTATTACA GTCACGATTA GGATTGGTTT AGAA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATTGTTATTT CAGAGGAAGT GAAGACTAAA CATCCCAAAA TCACTTATGC GGATCTTTAC CAGCTTGCGG GTGTGGTAGC GGTTGAAGTT ACTGGTGGAC CTGACATCAG TTTTGTGCCT  GGCAGAAAAG ATTCAAATGC CTGCACCGAG GAAGGAAGGC TCCCTGATGC TAATCAAGGT TTCAAACATC TTAAAGATGT CTTCTACCGG ATGGGACTGT CTGATAAAGA TATTGTGGCA  CTCTCAGGGG CTCATACTCT GGGAAGGGCT CATTTAGAGA GATCAGGTTT TGATGGACCA TGGACTCGAG ATCCTCTGAA GTTTGATAAC TCATACTTTG TGGAATTGCT GAAAGGAGAA  GGATCAGAAG GTTTGCTGAA ACTTTCCACG GATGCGACTT TGTTGGATGT CCCAGAGTTC CGTCGTTATG TTGAGCTTTA CGCAAAGGAC GAAGATGCAT TCTTTAGAGA CTATGCAGAG  TCACACAAGA AACTCTCAGA GCTCGGTTTC TCACCAACGG CTTCAGTCAC TAAGGAGACT CAATGGATGA TAACTTTCGA ATTAAAACTC TCACAGCTCG GAGTCGTAGT CGTTGCTGCT 
GCTGTTGTGG CCTTTGGCTG CTTCAATGAA GTCCGCAAAA GGATGAAGTA A 

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATTGTTATTT CAGAGGAAGT GAAGACTAAA CATCCCAAAA TCACTTATGC GGATCTTTAC CAGCTTGCGG GTGTGGTAGC GGTTGAAGTT ACTGGTGGAC CTGACATCAG TTTTGTGCCT  GGCAGAAAAG ATTCAAATGC CTGCACCGAG GAAGGAAGGC TCCCTGATGC TAATCAAGGT TTCAAACATC TTAAAGATGT CTTCTACCGG ATGGGACTGT CTGATAAAGA TATTGTGGCA  CTCTCAGGGG CTCATACTCT GGGAAGGGCT CATTTAGAGA GATCAGGTTT TGATGGACCA TGGACTCGAG ATCCTCTGAA GTTTGATAAC TCATACTTTG TGGAATTGCT GAAAGGAGAA  GGATCAGAAG GTTTGCTGAA ACTTTCCACG GATGCGACTT TGTTGGATGT CCCAGAGTTC CGTCGTTATG TTGAGCTTTA CGCAAAGGAC GAAGATGCAT TCTTTAGAGA CTATGCAGAG  TCACACAAGA AACTCTCAGA GCTCGGTTTC TCACCAACGG CTTCAGTCAC TAAGGAGACT CAATGGATGA TAACTTTCGA ATTAAAACTC TCACAGCTCG GAGTCGTAGT CGTTGCTGCT  GCTGTTGTGG CCTTTGGCTG CTTCAATGAA GTCCGCAAAA GGATGAAGTA AATAAAGGAG AGTAAGAAAC GATTCCTCTA ATCTTGGGTT TTGTTGCAAA ACGAAACATT GTAAAAAACA  CGAATCTACT ATGGATCGGT TCATCGGTAT GTAGATGATT CGGATCTTAA CCGGACATAT CATTGGAATT GGTACGAATT GGTTCAGTTC TTATTGAATC GGTTTGGTCC AGTACTAGAA 
ATCATGTCTT CTACTTTGGT TTATTACAGT CACGATTAGG ATTGGTTTAG AA 

Retrieve as FASTA