Entry information : LeMSD01(Solyc06g049080.2)
Entry ID 15954
Creation 2019-10-30 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2019-10-30 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2019-10-30 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: LeMSD01(Solyc06g049080.2)
Name LeMSD01(Solyc06g049080.2)
Class Mn SOD    [Orthogroup: MSD001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Solanaceae Solanum
Organism Lycopersicon esculentum (Tomato)    [TaxId: 4081 ]
Cellular localisation N/D
Tissue types All tissues
Flower buds
Fruits
Leaves
Seeds
Inducer Constitutively induced
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value LeMSD01
start..stop
S start..stop
HaMSD02 401 1e-144 1..228 1..228
ThasMSD01 393 2e-141 1..228 1..233
HaMSD01 390 2e-140 1..228 1..226
AtMSD01 375 5e-134 1..226 1..229
Literature and cross-references LeMSD01(Solyc06g049080.2)
Protein sequence: LeMSD01(Solyc06g049080.2)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   228
PWM (Da):   %s   25299.02  
PI (pH):   %s   7.84
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MALRTLVSRR TLAAGLGFRQ QLRGVQTFSL PDLPYDYGAL EPAISGDIMQ LHHQKHHQTY ITNYNKALEQ LHDAISKGDA PAVAKLHSAL KFNGGGHINH SIFWNNLAPV SEGGGEPPKG 
SLGWAIDTNF GSLEALVKKM NAEGAALQGS GWVWLGVDKE LKRLVVETTA NQDPLVSKGA NLVPLLGIDV WEHAYYLQYK NVRPDYLKNI WKVINWKYAN DVYENECP* 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic and ESTs. Highly expressed.
Promoter
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ACAGGGACCA TGTTTGTAAA AGCTTATGAT GTGAAATAAT AGCTGAGTGA CACGAGCAAC CTATTTTTCT CAAGTTTTAG TTGCTGGTTG ATGTAATCGA TGTATGGATC CCAAATAAAA  CTACTTTTTA TCTCGTGAGT TGTGACTCAG TTTCTTGGAC ATCCAGTTCA TGCAAATATA GTAACAGGTT GAAGTTCGTA GCTGATTTTA CTGAACATCT GCGTCTCTCC TGTGTCGATA  TTCAGAATAA GCCTGTATAC TACTATCACC GCGCTCCATA CTATTGCAAC CTTAGTTCCA AGGTGGTAAT GTTACTACAT AGCTGACCTA ATTGATCCTG ATGTAATGAT GTTAATTGCA  GCTGATTCTA AATGGATCTA CTTTACAAAA CTACATGAGC AACAAACACC TTAATCTCAA TGTAGTTGCA TTGGCTATGT AAATCGTCCA TATTCATTTC ACACACTTTT TTTTCTCCAA  CAAGAGCTAA ATACGTTCTC AACTTTCACC CAAGTGTTAC ATATTTCTTT ATACACCCAA GCTGGGGTCA AAAACATGAT ACGCTAAACT TAGCATAACT CTGCCTAGTT AAACCAAAAC  TAGGGGTGGA TCAGCAACCT CCAAATTTCT GAATTGCTCC CGTGGAAGCA GGTGCATGCA CAACGTGGAA TCACTGATTT TTTCAAGCCT TTTGCAACAG TAATGACTCC CCTTCATCGA  ACGAACTTTA ATGGCACGAG CTCATTTCAG CAGCCTGTTG GAGATGCTTC ACAATCTTCA CACATACAAC CATGGGGCAG TCTGTTTTAA TCGCATTTGG GGCAATATGG GATCTGCTAA  CAGCATAACC TCCCTGCAAT AAAACCCTTG ATGATGTTAA TCTTATGTCT AACGCTTGTA ACAAGTAATA AATCTAAGGG CGCAGATGTC AAGGAGATTA TGCTTAAAGT TCACTGATGC  AATAATGCAA CTGCTCCATC AGCAATGTTT AGGCACATGA ATAAGAAAAC CCAACAACAT CCTCAGTATA GTTCCACAAA TGAGGTTAGG GGAGGGTTTT GTGGGTAGAG AGGCTTTTCT  AAAAGGCCGT CGACTTGAGA AATCATTTTC CAGAAGTAGG TTTTGAAAGA AATGCAAGTG TAAAGATGAA AATATTAAAG AAAGAAAAGT ACTGACGGCA AAAATAGTGA AGATAACTAG  TAACAGAAAC AAAAGCAGTA AATAAGATAA TATTAGCATA ATAATAATAA TGGAGGTTTA TTCACAGATA CACTTGGCAC AGAACAGGCG ATATTGGCAT AAAATCACCC GAGGGAGAGA  ACCCATGCAA AAACATCATT TACTTGTGAG CTAAAAACAT CTTTGCTCCC AAAGCCTGAA TAAAAGACGT CCTGCACAAC CCGTTCAACC CACCTAAATG ATTATATGGC AGTTTACTCC  TACAGATTGT GTGTTAAGGC CATTGCACAC GATGCCTATT TTACTCTAAA TATAAGTTCC TATTAAAGTT TAAAAACGTT GAGTTTAAAT TAAAAAAGTA GTCATATGTT ATTGAACATT  AACTTTTTTA TGTTCAGGTT ATTTAAAATT GACTAACATT TTTGTATGAA TAAGCATTTC ACAGAATTAT ATTAAATATG ATTTAGCATA TTGAGATACA ACAAATATAT TGTGGTTGAT  AAGTTGATTT GTATATGATG TTACCATTTT CAAAAAATAC ACTTATTATA AAGGGTGTAA TTTTTCTGAA GTGAGCACTA AAGTGGTGCC ACAAATTATA GTTGAGTTTA TTATTAAGAG  GAGAACTTTT AAAAACAAAT ATTTCTTGTA CTTCAAATAC TTCATGACTA AGCTTTAAAT GTCAGCTGTG CATTAGGAAT TCAAATTCAA AACAGTTCAA TTTAATGTTC TCGTATTTTA 
TTTATTTGAA TTTATTGAAA AGGTTCATAA CTAATTGAAA AGATCTGTAG AATCTCAAAG CAAGTCGCAG CAAACACTAT 

Retrieve as FASTA  
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
TCATTTCCAC CACATCTCTC TACTAGAAGC ATTTAGAAAT TAAAAATAAT CGAAAATGGC TCTTCGGACT TTAGTGAGCA GACGGACCTT AGCGGCAGGG CTAGGGTTCC GCCAACAACT  TCGTGGCGTT CAAACCTTTT CGCTCCCCGA TCTCCCATAC GACTATGGCG CCCTGGAGCC GGCAATTAGC GGTGATATAA TGCAGCTCCA CCACCAGAAG CATCATCAGA CTTACATCAC  TAATTACAAT AAGGCCCTTG AACAGCTCCA TGATGCCATC TCCAAAGGAG ATGCTCCTGC CGTCGCCAAA TTGCACAGTG CCCTCAAATT TAACGGCGGA GGTATCTCCA TTTCTCTCTC  TCTTTTGTTT TTTACTGAAT AATTCATTGA TTTGAATTTA TTTGAGGAGG TTCTAGACAC TTCGCTTTTT TACACTTTGT CCGTTGCTAT GGTTTGTTGA ATTTGATTGA TTGATTGTGT  TATTGCATTT GTTTGAGATT AATTGGATTT GAATTGAACT GGATTTGAGA GATTGATCTT CCTAGTATTA AAACGGACTA GGTGGTTCTT TAATTTGATG GTGTATTACT CTCGGTGGAA  TTAATTATCT CAGTTCAATG AGAAGAAATT AGGAGGAGTC CAATTTTGGA CCCTCTTGAG GTCTGATTGA ATGAATCATC ATGGCCGATG GCTGATATTT TTCTAAATAC AAATTCTGGT  TGTGGTAATG ATGTCAGTTG ACTGCTGAAA TGGTCTTTTT GCTTTTCTGG ATAATGAGAA ATCCGTAGAT ATACAGTAAT TAGTTACAAC TTTGGTGGTC CAAAAGATAA ACCTCAGATT  GTCACAAACT AATATGCTGA TTATCATCCC AGAAGTATGT TGGTTCTGCA CTTCCTCTTG CAACTTGTGT TGAGTCTCCC ACATTGGCTA GGGGATGGGG GACTATATGA CTTGGGCAAT  TCTTACCTCC AGAGCTAGTT TTTGGAGTGA ATTAGGCCCA AGGTTCATTT CTTTAACAAG TTGCACTTGA TTTGCATCCA TGCCTGAAAT CCATTGATGT GGCCAAACAA CCAGTTGTCA  ACGAATTGTT TGTGTTGATT TCATGAGTAG TCTTTCTTAT ATCCAAGTTG ACGATTTTAT TTTTTCAACT TTTCACACAG GTCATATTAA TCACTCAATT TTCTGGAATA ACCTTGCCCC  TGTCAGCGTA AGCTTACTCC CTCATTACTT GATTGTTCTG CTTTGAGGGG GAATAACATA ACTGCTTAAT CATATTGCAG GAAGGTGGTG GGGAGCCTCC AAAGGGTTCT CTTGGCTGGG  CTATTGACAC TAACTTTGGT TCACTGGAAG CTTTAGTAAA AAAGATGAAC GCAGAAGGTG CTGCTTTACA GGGCTCTGGC TGGGTGGTAG GTCTCGCTTC CTTTTCTTGG GGTTTTGTTG  GTCAGCTTAT GTTGCTGCAA ATCAAGCTTT GGATTGTACC TTTTATTTAT TTATTGAGCT TGAATATATG TTTGCAGTGG CTTGGTGTGG ACAAAGAGCT TAAGCGCCTG GTGGTTGAAA  CCACTGCAAA TCAGGTGATT GATGCATGTT CTGTTTATCC TAAATTAATA GATAGCTGAG CATCATCTTC AACAAGTGAA GCTGATGCCT CCACTTTGTT GCCTTGACTT AGAGGTTAAT  ATTACCCAAG AAAGTGTGAA AACAAAATAC ATAAAACTGC TAAATTCTTG ATTGCTTACA AGTCTTAGAG CTGTAGACTA AATAATCTGA CTTCCATTTA TTATTAGCTG CCATAATTGA  TAGATGTATT TTTTATGTTA ATTGATGCTG TCTTTGCTCG GTCTGAGACT CTGAGTTTTC CTCTTTGGTT AATGAACTTC TCTAACCGGT CCTTTAGGAT TATTTGCATT TCCCGACCTC  CTTGGTCTGT CAGTATTCTG CAGTCTACAT CATACTGTCC GGCTTTAACT GTAGATGGGT CTTATTTTTT ATCTTTTTTG ACAATCCTTT TTATACAGAG GAATGTATAA GAATGTTGGC  ATATGCTTTC GCAATAGTTG CTTGTCAGGT TGTCTTATGA ATTATGATAG GGCTCATTTT TGGGATTATT TTGTTCTTGC AGGACCCTTT GGTTTCTAAA GGAGCAAATT TGGTACCTCT  TCTGGGTATA GACGTTTGGG AACACGCATA CTACTTGCAG GTGATTTGAT TATTCTGTTT CAGTCTTTAG TACCCAAATA TCATGTGTCT ACAATGTTGT GATAATATTC GTGATACTAC  CAATGTTTTT TTTCCAAAGC ATGATTGACG TTGCTACTTC TTGCAAGCCA AGATTTTCTC TTTACTTGTT GGTGGAGTTA ACTATATGCT TTTGACCTTT GTATGTTGCA CAGAACTGAA  AAAAAGGTTT AATAATAAGG GTGAATGAGC TTCTATGCAT GAATTTTTTG AAGAGCTTCT TGTCTTTTGT CATAGTTTAT GGACAGAGAT GTTTTCAAAA GCCATTTTTA TTAAGTTGGT  AGTTTTCATC CAAATATTAG AATTATTATT GAACTTGACT GATTCGCTTT GCTTTTTTGT AATGCAGTAC AAAAATGTAA GACCAGATTA CCTGAAGAAT ATATGGAAAG TTATCAACTG  GAAATATGCC AATGATGTTT ACGAAAATGA GTGCCCCTGA ACAGGGACCA TGTTTGTAAA AGCTTATGAT GTGAAATAAT AGCTGAGTGA CACGAGCAAC CTATTTTTCT CAAGTTTTAG  TTGCTGGTTG ATGTAATCGA TGTATGGATC CCAAATAAAA CTACTTTTTA TCTCGTGAGT TGTGACTCAG TTTCTTGGAC ATCCAGTTCA TGCAAATATA GTAACAGGTT GAAGTTCGTA 
GCTGATTTTA CTGAAC 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCTCTTC GGACTTTAGT GAGCAGACGG ACCTTAGCGG CAGGGCTAGG GTTCCGCCAA CAACTTCGTG GCGTTCAAAC CTTTTCGCTC CCCGATCTCC CATACGACTA TGGCGCCCTG  GAGCCGGCAA TTAGCGGTGA TATAATGCAG CTCCACCACC AGAAGCATCA TCAGACTTAC ATCACTAATT ACAATAAGGC CCTTGAACAG CTCCATGATG CCATCTCCAA AGGAGATGCT  CCTGCCGTCG CCAAATTGCA CAGTGCCCTC AAATTTAACG GCGGAGGTCA TATTAATCAC TCAATTTTCT GGAATAACCT TGCCCCTGTC AGCGAAGGTG GTGGGGAGCC TCCAAAGGGT  TCTCTTGGCT GGGCTATTGA CACTAACTTT GGTTCACTGG AAGCTTTAGT AAAAAAGATG AACGCAGAAG GTGCTGCTTT ACAGGGCTCT GGCTGGGTGT GGCTTGGTGT GGACAAAGAG  CTTAAGCGCC TGGTGGTTGA AACCACTGCA AATCAGGACC CTTTGGTTTC TAAAGGAGCA AATTTGGTAC CTCTTCTGGG TATAGACGTT TGGGAACACG CATACTACTT GCAGTACAAA 
AATGTAAGAC CAGATTACCT GAAGAATATA TGGAAAGTTA TCAACTGGAA ATATGCCAAT GATGTTTACG AAAATGAGTG CCCCTGA 

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
TCATTTCCAC CACATCTCTC TACTAGAAGC ATTTAGAAAT TAAAAATAAT CGAAAATGGC TCTTCGGACT TTAGTGAGCA GACGGACCTT AGCGGCAGGG CTAGGGTTCC GCCAACAACT  TCGTGGCGTT CAAACCTTTT CGCTCCCCGA TCTCCCATAC GACTATGGCG CCCTGGAGCC GGCAATTAGC GGTGATATAA TGCAGCTCCA CCACCAGAAG CATCATCAGA CTTACATCAC  TAATTACAAT AAGGCCCTTG AACAGCTCCA TGATGCCATC TCCAAAGGAG ATGCTCCTGC CGTCGCCAAA TTGCACAGTG CCCTCAAATT TAACGGCGGA GGTCATATTA ATCACTCAAT  TTTCTGGAAT AACCTTGCCC CTGTCAGCGA AGGTGGTGGG GAGCCTCCAA AGGGTTCTCT TGGCTGGGCT ATTGACACTA ACTTTGGTTC ACTGGAAGCT TTAGTAAAAA AGATGAACGC  AGAAGGTGCT GCTTTACAGG GCTCTGGCTG GGTGTGGCTT GGTGTGGACA AAGAGCTTAA GCGCCTGGTG GTTGAAACCA CTGCAAATCA GGACCCTTTG GTTTCTAAAG GAGCAAATTT  GGTACCTCTT CTGGGTATAG ACGTTTGGGA ACACGCATAC TACTTGCAGT ACAAAAATGT AAGACCAGAT TACCTGAAGA ATATATGGAA AGTTATCAAC TGGAAATATG CCAATGATGT  TTACGAAAAT GAGTGCCCCT GAACAGGGAC CATGTTTGTA AAAGCTTATG ATGTGAAATA ATAGCTGAGT GACACGAGCA ACCTATTTTT CTCAAGTTTT AGTTGCTGGT TGATGTAATC 
GATGTATGGA TCCCAAATAA AACTACTTTT TATCTCGTGA GTTGTGACTC AGTTTCTTGG ACATCCAGTT CATGCAAATA TAGTAACAGG TTGAAGTTCG TAGCTGATTT TACTGAAC 

Retrieve as FASTA