Entry information : PtAPx08 (POPTR_0002s08240 / Potri.002G081900)
Entry ID 2879
Creation 2006-04-04 (Felipe Teixeira)
Last sequence changes 2012-03-07 (Qiang Li)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2012-03-07 (Qiang Li)
Peroxidase information: PtAPx08 (POPTR_0002s08240 / Potri.002G081900)
Name (synonym) PtAPx08 (POPTR_0002s08240 / Potri.002G081900)
Class Ascorbate peroxidase    [Orthogroup: APx002]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Salicaceae Populus
Organism Populus trichocarpa (Western balsam poplar)    [TaxId: 3694 ]
Cellular localisation Thylakoid-bound
Tissue type Buds
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value PtAPx08
start..stop
S start..stop
PtAPx07 712 0 1..409 18..424
MeAPx05 691 0 1..409 16..428
EguAPx08 657 0 1..409 26..446
PbAPx04 652 0 45..359 1..315
Literature and cross-references PtAPx08 (POPTR_0002s08240 / Potri.002G081900)
Literature REFERENCE 1 JGI

REFERENCE 2 Ralph,S., et al., Genomics of hybrid poplar (Populus trichocarpax deltoides) interacting with forest tent caterpillars (Malacosoma disstria): normalized and full-length cDNA libraries, expressed sequence tags, and a cDNA microarray for the study of insect-induced defences. Mol. Ecol. 15 (5), 1275-1297 (2006).
DNA ref. Phytozome 11:   scaffold_2 (5719658..5723365)
Cluster/Prediction ref. JGI gene:   342411 UniGene:   Pth.7930
Omic ref. ePlant:   Potri.002G081900
Protein sequence: PtAPx08 (POPTR_0002s08240 / Potri.002G081900)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   413
PWM (Da):   %s   44973.07 Transmb domain:   %s   o389-411i
PI (pH):   %s   9.35
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MASLRGSAAT VRLLHSASRV RLSLSPASSS LSISSSSSYS PSSLKCLQFS PLAPHIFKDQ KRSSMSTVAA ASDPAQLKSA REDIKELLKS KSCHPILVRL GWHDSGTYNK NIEEWPRMGG  ANGSLRFDIE LKHAANAGLV NALKLIKPIK DKYSGVTYAD LFQLASATAI EEAGGPKIPM KYGRVDVSAP EECPEEGRLP AAGPPKPADH LREVFYRMGL NDKEIVALSG AHTLGRSRPE  RSGWGKPETK YTKNGPGAPG GQSWTAEWLK FDNSYFKDIK QRKDDDLLVL PTDAALFEDP SFKVYAEKYA EDQEAFFKDY AEAHAKLSNL GAKFDPQEGI VLDGVAGEKF MAAKYSSGKR 
ELSEAMKQKI RAEYKAIGGS PDKPLQSNYF LNIMITIAVL AFLTSLLGNY VCF 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (11 introns) and 3 ESTs. join(5719658..5719837,5719948..5720058,5720226..5720346,5720433..5720533,5720620..5720707,5720857..5720924,5721012..5721098,5721915..5721989,5722092..5722169,5722253..5722357,5722832..5722896,5723200..5723365)
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCTTCTC TCAGGGGTTC CGCCGCCACT GTCCGCCTCC TTCACTCCGC CTCTCGCGTC CGTCTCTCTC TCTCTCCAGC GTCCTCCTCA TTGTCTATTT CCTCCTCTTC CTCTTACTCT  CCTTCCTCTC TCAAATGCCT CCAATTCTCT CCTCTCGCAC CTCACATTTT TAAAGATCAG GTCTCACTTC CCTCTCTCAC TCTATTTACA TATTTAAATT ATACGTTGCT CAGGCTGTTT  TTTTTTTCAT TTTTGTGATT TGTTTTGTTT TTATTTCTTT TTGAGTGAAG AAACGATCGT CAATGAGCAC TGTTGCTGCG GCGTCTGATC CTGCTCAGTT GAAGAGCGCG AGAGAGGATA  TTAAAGAACT CCTTAAATCT AAATCTTGCC ATCCTATTCT GGTAATACGA TTTTACAGTA TTATTATTCT GTTAATTTAC TTGATATAAC AATTTTCTCT CTTTAAATTC AAATATTAAC  TCTTAATAAT TTGCTTGCCA AATAAAATTA TCGCTTTCTA GTTTCTATGC TGATTTAATG TTATTATTTA TTATTATAAT TTTTATAGGT TCGGCTGGGG TGGCATGACT CTGGCACATA  CAACAAGAAC ATAGAGGAGT GGCCAAGAAT GGGTGGAGCC AATGGAAGTC TTAGATTTGA TATTGAACTT AAGCATGCAG CCAACGCAGG TAATTGCTTC ACATTGTAAT TACTGTAACT  AACAATTAGC TTGGTTTTTG TAAATATTCT TTGCCTAACC AACTTGGAAT ATTAGGGCTC GTTAATGCAT TGAAACTGAT TAAGCCTATC AAAGACAAGT ATTCTGGTGT GACATATGCG  GATTTGTTCC AATTGGCCAG CGCAACTGCA ATAGAGGTCA CGGTTGCTCT TTCGTGGATT TTATGTGATT TGTTTGAAAT CACTATCTTA ACATTTTACT GATAAATGTG TTGCTTTTGC  AGGAAGCTGG TGGCCCGAAA ATTCCTATGA AGTATGGCAG GGTGGATGTC TCAGCTCCTG AGGAATGCCC AGAAGAGGGG AGGCTTCCTG GTTAGTATTT TCATTTGGAT CCTTATCAAC  CATTTCGATT AGTTTGGTTT TGTTGCCATA ACCTTTTATT TTCTTTTAGA GAAGCTTAAC GCTTGTTATA AAGTAACCAC AGTTTAGTAT TGATTTTTAA AATCCTAATT GGTGTGTAGC  TGCTGGCCCC CCTAAACCTG CGGATCATTT ACGAGAAGTT TTCTACAGAA TGGGATTAAA TGACAAGGTA ACTTTAATTT CATATTATGC TTTACTCGAT GATTCCTCAA TGTGCTTTTT  TATTTTGTTT GCTGTTTAAC TCTTTAAACT GCAGGAAATA GTTGCATTGT CTGGTGCACA CACACTAGGA AGGTCTAGAC CAGAACGCAG TGGTTGGGGC AAACCAGAGA CGAAGTATAC  GGTATTTAAG CAGCATCTTC TGATTTTTAG AATATATGTT TTTTCTAGAG CTGCTTAATT GTAGACCTGG CAATCATCAT TTATGACTGT TATTAACGTG TCCTCTAGGA AATGTAACCT  GCCAAATAAA AAGATTTTAT AGACTTTTGT ATCTCATTTA GCAGTTTAAT TTACTAGTAA TCAATTGATT CCTTTTGCGA TCGTGGATAT AGCTTTAAGT ATATTACACT AGCTAGGAAC  TTTAGATGAT GGTTCCTAGA GATTGCCCAA CCTCATATTC AGAGTTACCT TGAACGATTA TCTAATCCTC AATACCCTGT AATCCTAATT GCTAAACCAA TAACTTTGAT TTCGATACAT  CTTTCTCTCA TTTGACATCA CTGTGAAATG GGAGATGTGC ATATCTTTAG GTCACGGGCT AATAGTTGTG CAAGTGAGAT GCTATAAAGT GACTATCAGT CAAATCATTC CCTCTTTCTC  TCTATGCTCC CTTTTTTCTG GTGCACAACA ACTAGTGATA TTATCTGCCA GGCAATTTTT AAAGCCAAAA CATGCAGTTG GAGATGTTAG ATCTCAATTC CAGGTTCCTA TTAACAACTA  TTGTTTTCCT TGATAAAATG TGCAGTTGAT CATTTTGACA TGGGATTTAT TGCATGGTTT CCAGTTGACA AATATATGTA ATTGAAGTTT TTTCTTTAAT ATCACTATCT TTTGTCTCAT  CTTGCAGCTT TGTATGGATG GTAATAATAG AAACAGTATT AGCTATAGAA AGCATCAATA ACATCTAGAT ATTTACAATT TATCTGCTGC GTTACAGAAA AATGGGCCTG GAGCACCAGG  AGGGCAGTCC TGGACAGCAG AATGGCTGAA GTTTGACAAT TCCTACTTCA AGGTTTGACG ATCAGAATGT GGTACTTATG CCATAAACAG ATATAAAAAT TTAGGGGTGG GGGTGTAACA  ATGCTTGTTT GCTGAATATG ATTTACCTGC GCAGGATATT AAACAAAGAA AGGATGATGA TCTGCTTGTA TTGCCAACTG ATGCTGCTCT TTTTGAAGAT CCTTCATTCA AGGTAAAATG  GATTGAAGTT TGAGTAAGAT GGTCAAGAAG CACATAACAA TCTTTTTAAT TAGCATAGTT TTGCATAAAC TGCAGGTGTA TGCAGAGAAA TACGCTGAAG ATCAGGAGGC ATTCTTCAAG  GATTATGCGG AAGCCCATGC CAAGCTAAGC AATCTTGGGG CAAAATTTGA TCCTCAAGAG GTTTGTTAGC CAAGTGTCGT CCCTAGATGT TCAATGCATG CCTTTTGTCT TAGGCCTACT  TTATCTACTT TATCTGTAAG CCCCCCTGAA AATATTTGAA AGGTCTTGGA AAAATGTTCA TCTTATGCAC GCAGCTCTTT TTTTTTTTTC AGATAATAAA TACGTGAGAG CTGCTTATGA  CTGATGTTTA TGATTTCCAA GCCCTCTAAG ATAATCCCTG ATTGATGACA TATCACATGA ATGTGCATTC ACACTCAAGT GCACACGCAC GCATTCTTTC CTTGTACTCT AGGGGTTAGA  TCTAACTACC CATTCTTAAC TTGTCTATGG ATGCTTACTC ACTCAAACAC CAATTTTTTA ATTTCTTTTC CATGTCTAAT TTATTGAAAC TCCCATGATT AGATTCAATT GTAAAGTACA  ATTGTTATGA GAAAGTTGAT AACTTGAAAA ACTAACTGAT GTTTTGGTGA TCAGGGAATT GTGCTAGATG GTGTTGCTGG AGAGAAGTTC ATGGCAGCCA AGTACTCTTC CGGGAAGGTT  GTAATTACTA GCATCTTGTT TCAAAACATT CTTTTAATTA TTAATTGTCA AAACTCCCTG CTTTTTAGGG CTGCATGGAT GGTTTATATG GCAGAAATAT ACATATGCAA AATGTTCATT  TTTTCACTTT TCATGATTCA CTGCAGGATT AAAAAACAAG TATCTTGTTT TCTACTGCCG TTTCTTATAA TAATACAGAC AGGATGAATG TATTTGCAAT TTCTGTGAGA TCACATATAA  AACTTGGAAG TCGAAATGAA GAAGAAAGGA ATAAAATTCA ATTAGTGATG CTATTTGAAT TACAGAGAGT TATCAGAGGC TATGAAACAG AAGATACGAG CAGAGTATAA AGCAATTGGT 
GGAAGCCCAG ATAAGCCTCT CCAGTCTAAC TATTTTCTAA ATATCATGAT CACGATTGCT GTTCTTGCAT TCTTAACATC TCTTCTTGGA AATTATGTTT GTTTTTGA 

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCTTCTC TCAGGGGTTC CGCCGCCACT GTCCGCCTCC TTCACTCCGC CTCTCGCGTC CGTCTCTCTC TCTCTCCAGC GTCCTCCTCA TTGTCTATTT CCTCCTCTTC CTCTTACTCT  CCTTCCTCTC TCAAATGCCT CCAATTCTCT CCTCTCGCAC CTCACATTTT TAAAGATCAG AAACGATCGT CAATGAGCAC TGTTGCTGCG GCGTCTGATC CTGCTCAGTT GAAGAGCGCG  AGAGAGGATA TTAAAGAACT CCTTAAATCT AAATCTTGCC ATCCTATTCT GGTTCGGCTG GGGTGGCATG ACTCTGGCAC ATACAACAAG AACATAGAGG AGTGGCCAAG AATGGGTGGA  GCCAATGGAA GTCTTAGATT TGATATTGAA CTTAAGCATG CAGCCAACGC AGGGCTCGTT AATGCATTGA AACTGATTAA GCCTATCAAA GACAAGTATT CTGGTGTGAC ATATGCGGAT  TTGTTCCAAT TGGCCAGCGC AACTGCAATA GAGGAAGCTG GTGGCCCGAA AATTCCTATG AAGTATGGCA GGGTGGATGT CTCAGCTCCT GAGGAATGCC CAGAAGAGGG GAGGCTTCCT  GCTGCTGGCC CCCCTAAACC TGCGGATCAT TTACGAGAAG TTTTCTACAG AATGGGATTA AATGACAAGG AAATAGTTGC ATTGTCTGGT GCACACACAC TAGGAAGGTC TAGACCAGAA  CGCAGTGGTT GGGGCAAACC AGAGACGAAG TATACGAAAA ATGGGCCTGG AGCACCAGGA GGGCAGTCCT GGACAGCAGA ATGGCTGAAG TTTGACAATT CCTACTTCAA GGATATTAAA  CAAAGAAAGG ATGATGATCT GCTTGTATTG CCAACTGATG CTGCTCTTTT TGAAGATCCT TCATTCAAGG TGTATGCAGA GAAATACGCT GAAGATCAGG AGGCATTCTT CAAGGATTAT  GCGGAAGCCC ATGCCAAGCT AAGCAATCTT GGGGCAAAAT TTGATCCTCA AGAGGGAATT GTGCTAGATG GTGTTGCTGG AGAGAAGTTC ATGGCAGCCA AGTACTCTTC CGGGAAGAGA  GTTATCAGAG GCTATGAAAC AGAAGATACG AGCAGAGTAT AAAGCAATTG GTGGAAGCCC AGATAAGCCT CTCCAGTCTA ACTATTTTCT AAATATCATG ATCACGATTG CTGTTCTTGC 
ATTCTTAACA TCTCTTCTTG GAAATTATGT TTGTTTTTGA 

Retrieve as FASTA