Entry information : BrPrx42_other(Brara.A012191 / Bra013576)
Entry ID 3037
Creation 2006-08-09 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2012-05-10 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2019-02-27 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: BrPrx42_other(Brara.A012191 / Bra013576)
Name BrPrx42_other(Brara.A012191 / Bra013576)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx009]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Brassicaceae Brassica
Organism Brassica rapa    [TaxId: 3711 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value BrPrx42_other
start..stop
S start..stop
BoPrx42_other 690 0 1..331 1..331
BnPrx42_other 690 0 1..331 1..331
TsPrx42 684 0 1..331 1..331
ThPrx42 684 0 1..331 1..331
Literature and cross-references BrPrx42_other(Brara.A012191 / Bra013576)
Literature Xiang,D., Venglat,P., Keller,G., Selvaraj,G. and Datla,R. Gene Expression Patterns during Brassica Zygotic Embryogenesis, Unpublished (2004)
DNA ref. GenBank:   AC189436.2 (57249..55511)
EST ref. GenBank:   CX269280 [5' end]
Cluster/Prediction ref. UniGene:   Bra.3530
Protein sequence: BrPrx42_other(Brara.A012191 / Bra013576)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   331 (308)
PWM (Da):   %s   37355.06 (35031.0)  
PI (pH):   %s   7.78 (7.82) Peptide Signal:   %s   cut: 24 range:24-331
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MGGKGAMMVA MLCLWALSAT TEAVVMEEEP GLMMNFYKDT CPQAEDIIRE QVKLLYKRHK NTAFSWLRNI FHDCAVESCD ASLLLDSTRR ELGEKEHDRS FGLRNFRYIE EIKEALEREC  PGVVSCSDIL VLSAREGIEA VGGPHIPLKT GRRDGRKSRT DMLESYLPDH NESISVVLEK FKSIGIDTPG LVALLGSHSV GRTHCVKLVH RLYPEVDPSL NPDHVPHMLH KCPDSIPDPK 
AVQYVRNDRG TPMVLDNNYY RNILDNKGLL LVDHQLAHDK RTRPIVKKMA KDQAYFFKEF TRAIQILSEN NPLTGSKGEI RKQCNLANKI H 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (3 introns) and 132 ESTs.
Promoter
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
GTTTTAACTT TTAAATCATT CTGATCTAAA TGAGTTCTGT ATGTACTGTC AGAACTCAAA ATGGAAAAAA TATATTATAG TTCACAAACA ATAATTGAGG AGCCTTTAGC TTTTGACACA  TAATAATATC GTCAAGTTGA ATATTTTCTT ATATAGTTTA ACTGTAAACC TTCGCCCTTT AATTTAAACA AAGTGATACT CCTAATTATA CGCAACATTA TTCTAAACGT CTATGCAGTA  GTAACCTAAA TCAAGTTTAA GCCAACATGA TTAAACACAC AAAAATAAGG GAGCACCCGA GAGATTGCAA CGTGGAAGCT TTGGCTAGCT AGTCTCATCT TCTTCTATAC CAATTTGCTA  GAGATTCAGT TTTGTTTGAC TTTCTTACTA TCAGTTTCTC TTCTCATACC TTGTCTAAGA GTATGGTAAA TCACTTTCTT ACCCGTTTAA ACTATGCAAA TCATTTAAGA GACAGCTTGT  AATCGGTTAT AGATTTGATT ATTTTTCTTA AAAAAAATGA AAGAAAAAAG TCAAGAGTAA GGAGTGGTGA ACGTGTATTA ATAGCTCATC CCGAGGATCA AGATGCAATC AATATTTAAA  GACTTTACAA TGGATGAACA TATTAAATCT AATAGTCTAT AGTCTTTACT GACAATTATT ACATTTAGTA AACTAGTCGT AAATATAAAT AATTTCAGAG AAGAAGTATA CAACTGGAAT  CTTTAAGAGC ATCTCTATTA GTAACTCCTC TTCAAATTTA TAATTTTTTA TTATTAATTT TTTTGTTTGA TTTAAAAAAA AAACTAAACA ATCGCGGGTC ACAACGTGTC GTGCAGTCCG  CGAAACAGTG ATAAACTCGC AAGACACAAA TTCACTGGAG AGAGTTGGAG GAGGCAAATT CATCACTATA CATTATTTTA ATATTTTTTT TTTTGGAATC TGTGTGAACC TCATAAATTC  AGTAATGGAG ATGCTCTAAG TTACATTAAA TAACAGAGGT TGCAAAATAA ATAAGAATCC ACATTGACTT CATCGAAATG AAAGATTCTC TGATCTAGAG GAGCGGTATA TTTCGGATAA  TTGCAAATCA ACCCGTTAAC TTTTTTTATT TCAGCTATTA CACCCCTTAT ATTACATTTG TTACAGCCGC CCCCTTTGTA TTGACAAAAG AAGTAGATAT TTTTTCTGTC ACAGGGTCCA  GTGATCCTAC CAGTACCAGT GATGCACTCA GTGAGACCAA AATCCAAAAC TTATTGGTTT AGCTAACCAA AACACCCTTT TAAATTATAC AAATTATCCA AAATGCCATC CACTTTAAAA  TCTCCAACAA ACTTATGTAT TTTCTCATAG GTACTGTCAC TGTGTACTAC GTAGCCAACT AGCATTAATA ATACAAAATG GTTTTAAATT TCTTACCCAG TTTAATTTTT CCATAAAAAT  GTATGTTTAT AAACCGTAAG GTAATTTCAA GTAAATTTCC ACGAAGTAGG TTATAAGACA ACAGTTAAGA ACTTAACATC AACGTTCATA CATAAATATT TGCTTAAGAA ACTAATATTA  TTAATTGTTT CTTTGAAATT TAAACTTACA CTAATTCAGT TGTCCCGTCA ATAAAGAATG CAAAATTCTT TTTTTTTTGT TGTATAAAGT GCATACAAAT TTTTCGTAGT AGTAAGTGTA  CGCAATACAA TATTCTTAAT AACTATTGTA GTCTTATGAT AATAATTTGA TTTCTAAAAG TTAAACACGA ATAATTCAGA AAGTAGAGCT TAATGGTCTA TTAGTATCAG GATGATCATC  AATGACATAA ATAGATTCGT GGAAACGTGA AAACCTAACC TACTTGCCTT AGTTTACTAT AACCTCCAAA TTAATAAAAT ATTTTTTTGT TTGAAAAATA AAGAAGAAAA CACTATTTTC 
CTTTATTTAA GGACGCTGCA TTGCTTGCTC ATCCACTCAA CTCAAGAGTG TAGTGAGAGA GAAGACGAAA GAGAGAAAAA 

Retrieve as FASTA  
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGGAGGAA AAGGTGCGAT GATGGTGGCG ATGCTTTGCC TTTGGGCACT CTCTGCAACA ACTGAAGCAG TTGTAATGGA GGAGGAGCCA GGCTTGATGA TGAACTTCTA CAAGGACACG  TGTCCTCAGG CTGAAGACAT CATCCGTGAA CAAGTCAAAC TCCTCTACAA ACGCCACAAG AACACCGCTT TCTCTTGGCT CCGTAACATC TTCCACGACT GCGCCGTCGA GGTCCGTACT  CTCTCTATCT CTCTTTGCAT GGTGGAGTTT CGTATATTTT TTGGGATAAT TTTAGTGGAT AAGTACTGAT CTCTGTGTTA AAATATAGCT ATAGGTTTGC TTTTTTAACT GAAACAGAGC  TTAAGATTTA CTATGTTTTG TTTTGTTGCA TATAGTCATG TGATGCGTCG CTTTTGCTGG ATTCAACAAG AAGAGAGCTA GGAGAGAAAG AACACGACAG GAGCTTCGGT CTGAGAAACT  TTAGATACAT TGAGGAGATT AAAGAAGCTC TCGAGAGGGA GTGCCCTGGT GTTGTCTCAT GTTCCGACAT CCTCGTCTTG TCCGCAAGAG AAGGCATCGA AGCAGTGAGT TAAATTTCAT  GCCGTTTATT TCTCTGATTA CGAAACTGCA TGTTGTTTTT TGGTGAATCT TATGTAAAGT GTGTGTGTGT GTGTGTGATT TTGAGTAGGT GGGAGGACCA CATATTCCCT TGAAAACAGG  AAGGAGAGAT GGACGTAAGA GCAGGACTGA TATGCTTGAG TCTTACCTTC CCGACCACAA CGAGAGTATC TCCGTCGTTC TTGAGAAGTT CAAGTCCATC GGTATCGACA CTCCCGGCCT  TGTAGCCCTC CTCGGTACCA TTACCTTTCC TCTTCCTTGA TTATTTACTC ACCTAGTGTC TGCCAAAAAT ATAACGCTCG AAAGTCAAAA AAGTCTATCA CCATCCAATG AAATAGTCTT  GCTCATATGC CCTAGTTCAA GAAACTTACT CATGCACGAA AGTATGAAAC ATTCTTAAAA ATTAGGAATA TCAATTAACC ACTTGAACTA GTCTCCTCGG ATCTCATCGA AATATGCGAT  CTGAGTTGGA AAACTGAAAA TAATCCTTAT CCGATATCTC CTGGTAAAAA CGGATCGGTC CAAAGTCAAA ACTAACTCCC AAAGACTATA ATACCCTTTG CTAAGTCCTG GTCCATTGAC  CATAGCACAA GGTTATTTTG GTCAAGAAAA TTAAAAATAG TATAGGAGTA CACCAATAAA AATTTATTTA GGTCTTTTAT TAAGTTGGAT ACTGTACGAT TTTGACATTT TGTTATATCA  CGTGTGTAGG ATCACACAGC GTCGGAAGAA CTCACTGTGT GAAGCTGGTG CACCGTTTGT ACCCTGAGGT GGACCCATCC TTGAACCCGG ACCACGTCCC TCACATGCTC CACAAGTGTC  CCGACTCGAT CCCTGACCCA AAGGCAGTCC AGTATGTGCG TAATGACCGC GGTACACCTA TGGTACTAGA CAACAACTAC TACCGTAACA TCCTAGACAA CAAGGGTTTG CTCCTTGTGG  ACCACCAGCT CGCACACGAC AAACGAACCA GACCAATTGT TAAGAAGATG GCTAAGGACC AGGCTTACTT CTTCAAGGAG TTCACTAGAG CCATCCAGAT CTTGTCCGAG AACAACCCTT 
TGACTGGTTC CAAGGGTGAG ATCAGGAAGC AGTGCAATCT GGCAAACAAG ATTCACTGA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGGAGGAA AAGGTGCGAT GATGGTGGCG ATGCTTTGCC TTTGGGCACT CTCTGCAACA ACTGAAGCAG TTGTAATGGA GGAGGAGCCA GGCTTGATGA TGAACTTCTA CAAGGACACG  TGTCCTCAGG CTGAAGACAT CATCCGTGAA CAAGTCAAAC TCCTCTACAA ACGCCACAAG AACACCGCTT TCTCTTGGCT CCGTAACATC TTCCACGACT GCGCCGTCGA GTCATGTGAT  GCGTCGCTTT TGCTGGATTC AACAAGAAGA GAGCTAGGAG AGAAAGAACA CGACAGGAGC TTCGGTCTGA GAAACTTTAG ATACATTGAG GAGATTAAAG AAGCTCTCGA GAGGGAGTGC  CCTGGTGTTG TCTCATGTTC CGACATCCTC GTCTTGTCCG CAAGAGAAGG CATCGAAGCA GTGGGAGGAC CACATATTCC CTTGAAAACA GGAAGGAGAG ATGGACGTAA GAGCAGGACT  GATATGCTTG AGTCTTACCT TCCCGACCAC AACGAGAGTA TCTCCGTCGT TCTTGAGAAG TTCAAGTCCA TCGGTATCGA CACTCCCGGC CTTGTAGCCC TCCTCGGATC ACACAGCGTC  GGAAGAACTC ACTGTGTGAA GCTGGTGCAC CGTTTGTACC CTGAGGTGGA CCCATCCTTG AACCCGGACC ACGTCCCTCA CATGCTCCAC AAGTGTCCCG ACTCGATCCC TGACCCAAAG  GCAGTCCAGT ATGTGCGTAA TGACCGCGGT ACACCTATGG TACTAGACAA CAACTACTAC CGTAACATCC TAGACAACAA GGGTTTGCTC CTTGTGGACC ACCAGCTCGC ACACGACAAA  CGAACCAGAC CAATTGTTAA GAAGATGGCT AAGGACCAGG CTTACTTCTT CAAGGAGTTC ACTAGAGCCA TCCAGATCTT GTCCGAGAAC AACCCTTTGA CTGGTTCCAA GGGTGAGATC 
AGGAAGCAGT GCAATCTGGC AAACAAGATT CACTGA 

Retrieve as FASTA