Entry information : BrPrx17-1Aa_other (Bra038526)
Entry ID 3045
Creation 2009-08-05 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2012-07-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Christophe Dunand
Last annotation changes 2014-04-10 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: BrPrx17-1Aa_other (Bra038526)
Name (synonym) BrPrx17-1Aa_other (Bra038526)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx018]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Brassicaceae Brassica
Organism Brassica rapa    [TaxId: 3711 ]
Cellular localisation N/D
Tissue types Etiolated seedlings
Flower buds
Flowers
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value BrPrx17-1Aa_other
start..stop
S start..stop
CrubPrx17-1A 606 0 1..327 1..330
CagraPrx31 605 0 1..327 1..330
BrPrx17-1Ab_other 604 0 1..327 1..327
AlyPrx17 602 0 4..327 3..327
Literature and cross-references BrPrx17-1Aa_other (Bra038526)
Literature Bancroft,I., Huckle,E.J., Trick,M. and Beckett,P. BAC end sequence of Brassica rapa, Unpublished
DNA ref. GenBank:   AC232478.1 (40901..39737)
EST ref. GenBank:   EX086826.1 [5' end]
Protein sequence: BrPrx17-1Aa_other (Bra038526)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   330 (310)
PWM (Da):   %s   36638.36 (34429.1)  
PI (pH):   %s   5.15 (4.93) Peptide Signal:   %s   cut: 21 range:21-330
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MSLLLPHLII HLLLLTMVTG EILRPRFYSE TCPEAESIVR DEMKKAMIRE ARSVASVMRL QFHDCFVNGC DGSVLLDDTP NMLGEKLSLS NINSLRSFEV VDDIKEALEK ACPSTVSCAD  IVIMASRDAV ALTGGPDWEV KLGRKDSLTA SQKDSDDIMP SPRANATFLI DLFERFDLSV RDMVALSGSH SIGKGRCFSI MFRLYNQSGS GKPDPALEPV YRKKLNQLCP LGGDENVTGD 
LDATPRVFDN QYFKDLVSGR GFLNSDQTLY TSRETRGYVK RFSEDEGEFF RAFEEGMVKL GDLQSGRPGE VRLNCRVVNT RHNDVLLGDS 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (intron 1 and 2) and 2 ESTs (BQ791070). Incorrect prediction from Phytozome: short PS is missing.
Promoter
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
GGTAATTAGA AGAACTAATA GGGTTTAATC GTATAGTTCC CTTTAGGGAC AAAGCAAAAT TATTGGTCCC CTCTTATTTT TTGTAGTTTT TGTTTAGATC AAGATTTATA GTTTAATAAT  CTGTAGTAGT ATTATTTTTT GTTATATATA TTTAAATTTT GTAATAAATT TTCTAATTGT GGGTGAAAAA AAATATCTGA AAGTAATCGG AATATAAAAC CTTCTTTTTT ACATATCACG  ACTTTAATGG ATATTGGCTC CGGCATGTTG GGTGTGTTTC AACTTTCAAC GCATCTAGCA GACTAGCACA ACTATAAATG TTGCATTCAG CGTTTTCAAA ATAAGTAGGA ACTTATGTTA  AGAGTGAAAG TACTTAGAAA ATATACTTAA TTTCTTATGG CTGAATAATT TTTTTTATGC TGCATATTTT CAAAATAAAC CGTTTATTTT AATATTCAGT TTTACCATTT AGTAATAATT  TAGGTGAACA GTAACGGTAG CATTGATCAC CACAAGCATT TATTTTTTCT TTCTTTCTTG TACATATGTA CTATTTGTAA TTTTGTACTG TATATTTGAG CAATTTTATA CCAACCCAAC  TTAACTGTGA AGATAAGGTT TATATTCCAT TTCTACAAAG TCAAAAGTTG GCTTCGAATG TTTTTTTTTT ACTAATGGTT TTGCTTCGAA TGTTATAAAT GTGTTTACAC CATTTGATTA  AGAACCTATA TCTATGACCA TTGACCAGGA TTAATGTTGG ACTCGGTTAA GACATGCGCC TTGCGCAGAA TAAACATTAT ATATAAAAAT TATTTTATAT ATTATATTTT AAATATATTA  TAAAATAATA AATATATATT TAATAATAAA AAGTCAGTAA CTATTACTTA TATAATTTAA TTGGTACGAA CATATAAATA AATTTTATAA TCCAAAAAAA ATATTTTTTT TTTTCTATTT  GATATGGTAT ATAATTAAAT TTAAATGATA GTAACATATA TATAGTATAT TTTAATATTA ATATCTATTA AATGATGTGT TCTAATGTTA TTTTATCATT TGTATCTGTT ATAGCAAAAA  CTTTAAATTA CTGATAATAA AATTTATCTA AAAATATAAT TAAAAAGATA ATTTATATAT ATATATATAT ATATATATCT TTTAATCTTA ATACTAATTA AATGAGACTT TCGACTTATA  TGATTTTGTA ATCATTTGTA TCATGTCATA ACAAAAAATT TTAAGTCACG GATCATGAAA TTTGAAAGTG AGACTTTTAA CAGTTTTAGT TATTTATACT CGTTTTTAAA AATTTTAAAT  ATAGCATAAA CAAAAAAATC AAAATTTTTA TTATACGGTT AATATGATTG TTTAATTTAT TTTAATAGTT TAAATTAAAC AAATATAATA TAAGATAGAC TTATTTTTAT CAAATATTTA  TTATTCAAAA TCGTTAATTG TCATATATAT ATATTTTAGC CACATTAGGT AATTTTGTAA TTTTATTTAA GAAAATAATG AAGCATTTAT GGTTAGTTTA AAAAAAAAAT TATATTTAGA  TGGACCAATA TATTTTTCTA AAGATTCTAA TAATCATTTT AGTGATGACA CATGACTACA AAAAATGTTA TAATGTTTCT CAATTAATAT ATAGGAGATT CTAATACTCT TATACATATA  AAATTTGGAA ACTACAGTAA CTACCTGTTG GGACCAAACC TTTAACTAGG AATCTTTTAT TTTGTAACAC CTCTAATTAG GAATTATTTT ATTAAAATCA GATATTAAAA TGACATTTGG  AAGATCACCA CCACACTTGC ACAAAACCCA CTTAAGGCAA TCATTCTTGA AAACCACCAA AAACTCTCTC TATAAATCTC TTCTCTCCAT TAAAAACCAA ACACAAAGTA AGGAAAAAAA 
AAAGAAAACA TTTTAATAAT TAAAAAAAAA GTATGTCTCT CCTTCTTCCC CATCTCATCA TCCACCTACT TCTCTTGACG 

Retrieve as FASTA