Entry information : PtroKat01
Entry ID 6419
Creation 2008-12-12 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2010-10-20 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2011-02-21 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: PtroKat01
Name PtroKat01
Class Catalase    [Orthogroup: Kat001]
Taxonomy Eukaryota Metazoa Chordata Mammalia Hominidae Pan
Organism Pan troglodytes (chimpanzee)    [TaxId: 9598 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value PtroKat01
start..stop
S start..stop
GgoKat 1100 0 1..527 1..527
HsKat01 1096 0 1..527 1..527
PabeKat01 1084 0 1..527 1..527
MnemKat01 1078 0 1..527 1..527
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 34708808..34708873 66 N° 2 34718983..34719154 172 N° 3 34720784..34720894 111 N° 4 34721873..34722003 131
N° 5 34722886..34722990 105 N° 6 34723593..34723718 126 N° 7 34726553..34726744 192 N° 8 34727206..34727358 153
N° 9 34731783..34731921 139 N° 10 34734639..34734769 131 N° 11 34738501..34738608 108 N° 12 34741168..34741251 84
N° 13 34741578..34741643 66  
join(34708808..34708873,34718983..34719154,34720784..34720894,34721873..34722003 ,34722886..34722990,34723593..34723718,34726553..34726744,34727206..34727358,347 31783..34731921,34734639..34734769,34738501..34738608,34741168..34741251,3474157 8..34741643)


exon

Literature and cross-references PtroKat01
Literature Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium. Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome. Nature 437 (7055), 69-87 (2005).
DNA ref. GenBank:   NC_006478.2 (34708808..34741643)
mRNA ref. GenBank:   XM_001147928.1
Protein sequence: PtroKat01
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   527
PWM (Da):   %s   59541.62  
PI (pH):   %s   7.38
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MADSRDPASDQMQHWKEQRAAQKADVLTTGAGNPVGDKLNVITVGPRGPLLVQDVVFTDEMAHFDRERIPERVVHAKGAGAFGYFEVTHDITKYSKAKVFEHIGKKTPIAVRFSTVAGESGSADTVRDPRGFAVKFYTEDGNWDLVGNNTPIFFIRDPIFPSFIHSQKRNPQTHLKDPDMVWDFWSLRPESLHQVSFLFSDRGIPDGHRHMNGYGSHTFKLVNANGEAVYCKFHYKTDQGIKNLSVEDAARLSQEDPDYGIRDLFNAIATGKYPSWTFYIQVMTFNQAETFPFNPFDLTKVWPHKDYPLIPVGKLVLNRNPVNYFAEVEQIAFDPSNMPPGIEASPDKMLQGRLFAYPDTHRHRLGPNYLHIPVNCPYRARVANYQRDGPMCMQDNQGGAPNYYPNSFGAPEQQPSALEHSIQYCGEVRRFNTANDDNVTVRAFYVNVLNEEQRKRLCENIAGHLKDAQIFIQKKAVKNFTEVHPDYGSRIQALLDKYNAEKPKNAIHTFVQSGSHLAAGEKANL*

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 11, 12 introns). No EST. Isolate="Yerkes chimp pedigree #C0471 (Clint)".
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTGACAGCCGGGATCCCGCCAGCGACCAGATGCAGCACTGGAAGGAGCAGCGGGCCGCGCAGGTACACTCTGTGCTCCCCGAGCGGGCCCGAGGGTCCGTTTAGAAAGCGGGGGCG
TCGGCAAGTAAAGGCCCGGCTTCCCCCGGGGCGGCGCTCGGAGGGACTGTACCGCGGCTCACTGGGCAGGGGGATCCCCTTCGGTGCAGACGGACTCTTACATTCGCCGGAGCAGGGGAG
GGGGGTTCGGGTAGTGGTGCGCGGGACTGCAGGCTTTGTTGTCCGCGACAGGCTCGGGTGGTTGCTTCAGAATTTTGCACTTTTGCCAACTGGGACAGAGGTCGCAGCTTGGGGACAGAA
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TGGGGTCCCAGCAGGGCAAGGATTGTGTTTTACAATCTTGATGTCTCCAGCACCAGTCACAGTGACTGGTACGTACTATGCACATTATTAAACGACTAAATAAAAGAACTTTTACATCCA
TTGTCTCATTTGCACTTCAGAATGTCAAGCCTAGCATTTTAGAGCTGGGGGGTGACATTAGGGATTGGTTAATGCGTTTATTCTATTCTTTGAGCACCTGTAGGTGCTAGGCACTGTTCC
GGGGCAAGGTGTACAAATTCCAGTGCGGTAAGAACAACACCCTTGAGAAGCTGAGAGTCTAGTCTGGGAGACGAGACACATAAACAGATGACTACACACCAGCGTGGTGAGGGCTCTAAT
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GGCCTGTGCCCACGGGTGCAGAGTCTCAGAGGGCATCTATGAGGAGGTTGGATTAGATGAGACCGCATCTGGTCTGAGTCTACTGTTGGCAGATTGGCCCAGGGAGTCTAAAGGTCTTGC
CCTGTTCCCTGGCTGCTGGTTAATGGTAGAGAGAGGACTGCAGCCCTGTTTTCCCTATTCTGCCTAGTGCTCTTGCTCAAAACTGAGGTTCGTGAACTGGGGTATTAATGCTAAGTGCTC
ATGGATTGCTTTAATGGTTCCCTGTTTGGGAAAAGGCTGCCATTCTCCTCCAAGGGCCTGGAAAATCTCCCCTCTTGGCCCTGTTCTTTGTTATATACCATTAGGTTGGTTCATGAGCTC
TTAAAGTAAACCAGAGAGAGGTAGAGTCTTAGTAAAGGATGTGCCACTACTTCGTGGCAGAGACAAGGTTAGAATTCAGCTTCTTGGACCCAAGACTCTTTCCTTACCCAGTGGGTGCAA
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TGAGACGGAGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTATGATCGCCACTCACTGCGAACTCCACCTCCTGGATTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGA
TTACAGGTGTCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGACTGGAACTCCTGACCTCAGGAGATCCGCCCGCCTTGGCCT
CCCAAAGTACCGAGATGTGTGAGCCACCGCGCACGGCCAATATTTTCATTTTTAAAGGACTCCCCTTTATTCTGAGACTAGCTGCCTTCTTCCTTGTTTGGGAGAATCATGAACTGTTGA
AGTCCCTGCTGTTGATTTACCTTACATAGTTGCCCATGTGAGAAATGGCTGACTCAAAAAGCACATCTATAGTTGGGAGGCTCTTAATTGAAATACAGCCATCCCCTTTGTCCATGACAT
CTCAGGGCACTGTGTACATCGTCCTGATTGGCAGTCACATTGATGTCTTATTGTTCCTCAGTTTTAGCTGCTCTTAGTAAAAACCGCTTACTTCTTTTAGGCACTTCTCCCTCCCCCCAG
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TATCTGCCATTTAGATTCTACAAGGAACATTTTGCCCTGTGTCTTTTATTACGTTACTCCATCTGTCTGTCCATCCTTTAATTCATTCAAGTTGTTTCATGTATTAGCAGTTTGTTCTTT
TCATTGCTGAGTAAGATTCCATTATTTGAATATACCACCATTTGGATATCCTGTTGCTGGACACCTGGGCTATTTAATTTTTTTTCTATTGTAAGTCAAGCTGCTGTGGCTGGGCATGAA
GGCTCATGCCTATAATCCTACCACTTTTGGAGGCTGAGGTGGGAGGATAGTTTGAGCTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTAAGCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACAACAAATAAAAGAA
GTGGCCAGACATGGTGACACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAAGTTGAGTTGGGAGGATTGCTTGAGCTTGGGCTGTGGAGGCTGCAGTGAGCCATGATTACATGACTGCACTCTA
GCCTGGGTGACAGAGGGAGACCCTGTCTTAAAAATGAAAAATAAATAAAGCTGCTATAAAAATTCTTACATAAGTCTTTTTGTGCACAGGTGGTTTTATTTCTCTTAGGAAATACCTAGG
AGTAGATTTATTGGGTCATAAGGTAAGTGAATGTGTTATGAGAAACTGCTGAGCCTTTTTCCAAAGTGGTTGTACCATTTTATACTTCATCAGCAGTGTATGGGAGTTCCAGTTGCTCCA
CATCCTACCAACTTTTGGTGTTGTCAGTCTTTTACTTTTAGCTGTTGGGTGTGCAGTGGTATCTCATTATGGTTTTAATTTGCTTTGCTCTGATGACTAATGATGCAAAGCATCTTTTTA
CATGTTATTGACCATTGGTATATATTCCTTTGAAGTATATGTTCAAATTTTCTGTCTTTTTAAAAATTGAATTGCTTTTAAATTATTGATTCATAGCCCATATTTTAAGTTCTATCATGT
GGAATCATGTGTAGGCTAAGTGTTATAATAATAAATCTCAACATGTATCATGGTATAAACATATTAGAAATTTATGGCCGGGCGCGGTGACTCACACCTATAATCCAGCACTTTGGGAGG
CTGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAAACTAGCCTGACCAATATGGAGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCC
AGCTGCTTGGGAGGCTGAGGCAGGATAATGGCTTGAACCCTGGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCGAGATCCTGCCATCGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCATCTCAAAA
AGAAAAAAAAAGAAATGTATTCCTTTCCTACATGAATGGCCCAAAGTGGTTTGAGGTTGAAGGAGGTGGGTGGGTGCTCTGCTTCCCACAGTTATTGAGGGCACCAGGCTGAAGGAAGCT
CCCCCTTGGTCAACACATGGCTTTTATGGGCGTCACTGTCCAGCACAGAAGGCTCAAGAGCATGGAGAAGGGTATATGAGTGTGGGAAGGTTTAGGGTCCAGGGTCACTGCCACTTACAT
TCTGTTGGCTAGAACTCTGTTACAGGCCACACCTGGGGTAGTCTACCCCCTGTCCAGGAAGCTGACTCTACTATATTATCCAAAGCGTACATTTCATATTTGGTGAAAATCTGTCCAGCC
ATTTTCTTGTGATGCGGCAATGGACATGCAACATAATTTCTTTTTAAAGAATATGTCATTTTTACTTTCTGACATTAAGATATTCTGTTAGAAAATTATGACAGTAACAGATGGTATTTA
AAAAAAATCTCCCCTTGCTTGGTAAATGCTTTTATCTAAGTGGGCAGCTTTGTGCTAATATGCTCTCTTCCACTTCCCAATTAGTTTTGATGCTTTACTGATCTAGGAGAGCTTTACGGT
TTGGGACTACTATAGGAGAACACTCTGTTGCCACCTCTCTCAAGAATCAGAGTGTCCTATTTTGGAAACACAGTCAGCCAATGTGAAAGCAATTTATTGGGCGTATCTTCTGTGGTCAGA
TTTGGTTTGCTGACAGGTGAATTGGGAGTTTTGTAAACTTTAATAAGTGAGCATTGAGTCAGATGTGTTCATGAGTATGACCTCGATCCACTTAAAAATTCTTATTTCTTTTTCTCTCTT
GGCAGGAGGGAGGTGGTTGTGCAGGTATTCCCAGCCACTTTGAAGGGAACTTAAATGGGAACTTTATTGCTCGCTGCTTAGAATGCCATGGGCTCTTCTTTTGAGATACTTACCTTTAAC
CCATTTCCTGTTTTTTTTTTTTAAGTGCAGCTTGCTGCCAGTGCTCTTTTCTTGGGGGTAAATGGGAAATGTTAATAAGTAGCCTCTGATCCCTTTAAAATGGGAGAATTTGACCATTTG
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GGTAACCCTGGTAATAACTGCGTTGATGTTACACTGCCAACATTTGGGATGGAGAAGGGGTGACTGAGTGACTTAACCCTTGGTCCACATGTGCTTTCATTTCTCCTGAAATATACCTAG
GTATGGAATCGCTAAGTCATTATGTGCAGTGGGAGAGACTATGGGAGATGGGACAGAAATTTTTAAGGTTTCATTTCTTTTTCTTAGCTTTTGCATGGTGGGTAGGTCTATGCAAACCTA
CCCTCAAAGTCTGAGGAAGCTGAGAGGCCAAAGAAAGAGGCTGACAAATCAAGTTTCTCAGAAAGAAATGTTTAATACGGACTTAGGACCAGAAACCATGTCTGTGTCTTGCGTGTTGGC
GGACAAGATGGTGGATCCCATACCATTACCCCTCAGACCCAGGGCTTAATACCATAGGGAAGGGCAATTCAGAAGGGAGGTATGGCATGACTGAAGTATGATAATGTCAAGGTTGTTTGA
CCTCAGGGCAGGATTTATAGTAAATAGGGGCTCTTTCACAAGGAATAATAGATAAACTGGAAATCTTAAAACTGGAGTTAATCAGAAGTCAGCATGGTGGATCAGTATCTAAGATGGAAT
TGCTTTAGCTTCCACAGCAGTCAATATCTAGACCACCCTTATTATTTTCCCACAGACTAAGAAATTTGAAGGTCAGGACAGTCTTTGGTTTCCTGTAAGTGGGTGTATACGTTGTAGGCA
CTTGAATCTTTGTTGAATAAGTGGAGAATGTTAGGCAGTTATTTGCTAGAAAACGCTAGGCACATTCTTTATCACAGAATGAAAAGACGTCATTATGACTCCTCTGGGACTGACGGGCAA
TTTGCATTAACCAATCTTTTAATTAAAAGTGGAAGAATATGTTTAGGTTCTTGAAACTTCTGTGAGTGAAGGGAACTACTAAGTGGAAAGTGTAATATGTTGATAAAATATTTCACCAGA
TGAAGCCAACGTTACTCCTCCCAGGAAAACTTCTTCATTTATGTATTAGCTCTGGCCAAAAGAAGCCTACAAAGGCAGCAAAGTCAAAATAGAATTTTACTTTAAGTCCCTACCTCTAAT
AATTGTGCTAGTTTTTAGCCAAGCTAATTTCTGTGGCAGTTTTCATAACAAGTTTGTCTAAAGGTGTTTGATCAGAATTTATAAATTAAAATATTTCTCTCATTTTTTGGAGGGGCGATG
CAGGGAGAGGGATAGACTGTTGCTGCTTCCTCCTGCTTGTTAGAAAGGCTCTTGGCCATATCATATTGGTCCGTGGTTTAGTTTATTTGCATGCTGAATCCACACACATTTGTTTTATGT
TTGTTAGTATATTGAGCAGTGTATTAGGGATCAGGGATATAGATGTAAAGGGAGTACACAGTCTAGAGAGGAAAAATAGTGACAGGCTGGGCGCGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCAGCA
CTTTGGGAGGCCAAGATGGGCGGATTTCTTGAGGTCAGGAGTTTGAGATCAGCCTGGCCAACATGATGGAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGATGGTGGTCG
CCTGTAATCCCAACTACTTGGGAGGCTGAGACGGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAGGAGGCGGAGGTTACAGTGAGCTGAGACCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGA
CTCCATCTCAAAAAAAAAAGAAAAACAGTAACATAAACAGGCAATTACAATATTTTGTTATATGGGGCACAAGAAGATGCCCTTGGCCCTGCTTCATGAGTGGTGTGGGGCAGTGTAGAG
AGAGCAGTTCAGGAGAGGTACGTATGGATGTCATGGGAGCTAGCAGCCAGGAAGATGTAAACATGTTAACAAGGACCTCTCCAGAGAGAGGTCTTAAAATTGTCCAGCCATAGAGAAGCT
TTTCTCTCTTTAAAAATATTCTGGCTCTAAAGTTATTCATTGAGTTAAAAACAATAATTGCAAGTTGGAGGAAATCTCTTTGCCTGTCCTTACGTGTTACATGTAACAAGTAAACCTGTG
CCACAACACTGACATCTCTGCAAAGTTACTTAAGTTTTCTGAGTTTGTAGTATCGCCCATTAAATGGGATTAATAATATCGATCTCCGGATTATTGACAGGCTTAAGTGAGATAACTTGC
GTGGTCCATTTTCTAGCCCCACCCTCTCATTTCATCTAGTAAATCTTCATTGCATTAATTATTTTCAACTTAAATACACCGCATCCTGCTCCTCACCTTCTAATATTAATAAATACTCTA
TCTTTCAGGTTAGATCAGTTCCTCTTATCCAATGTTGCGCTAAACATCCCCTGAAGTTGGGGGATCTTTTCCTTTCTAGTTTTTGCTCCCTGGCTTCCCTTTTCTGTTGCTGACTGTTGA
AGCTTTCCTGCCCCACTGGCTTTGAAGGTAAATTGTATATACATGAGCTTGTGGGGAAAGCTGTTATATAAATGAAGACAATTGATCTAACTATTAGAGTGGGGAAATGGAAGAGATTCT
GAAGCCTCCATTTGTAACTTAAAAACTCAGGTTTCATTTCTTAACAGGATTGATGTTAAGGAGGGGATTCCTTCATTGGGCAGGAGGGAGGACTGCCATAATTCCAGCATTCCCACTCTT
AATAGTCAGTGTCATCAGGAAAGACCACCTCAAGCTTTAGTACTTTATTCATTTATCCAACTCTGCACCTGCTGCCTTTGGGTGTGGTATTTATTCTTGACCATATCACCCTGACCCGGT
AACCAGAAGGGAACATGTGATGTGCTCTCATCTCTGCCTTAGGGGCAGCTCCCTCCCCACGTTAAGAATGCTGGCATGTAAATAACACTCTCATCTGTTTAGCGTTCCTTTTACTGAGCT
TCTTGGTATCTTTTCTCATACTTGTACCTTTTATGGGATGTCCCCCCCTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTGCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCAGCTCAC
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TTTTTTAAAGGCTGCCTTAAATACCTTGTTTGTATGTTGAAAAGAGCATTTAAAGAGTGAACAGATTTGGTTTGCTCTGGCTCTCTAATTATTTTAACTTTGTTATCACCCAATAGTTCT
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AAGTTGGACCCAGGCTCTAGTGCTGGCACTCATAGTTTCTCCCTGCTGCCATATTGGCCTCTTCCTACTTGGATGAAGATATAACTCTAGTGGCAAGGGCATTTACTAGTGTGTGAGAAG
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GAAGAGGCAGGAATTTATTTTAATGTACAGGACAGACATGCATGGGGAGTAAAACTACAGACTCCACTCTAGGTGTGTGGAAATACTAAAAATAGTGCTTTTCTCTGTGTGTGAAGTTGG
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GTTGTCTGTGGTCAAAAGTATTCTCTGACCGTGGAACTAGATGAAGCTAAGAGCTTCCAGGATCATGTGGGGCTAGAAGAATGCCGCTCTAACCCTAGAGGAGGGACAGCTGAGTGTCTT
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CTTGAAGGTCGTGGCAGTAATAAAGCGTTTGTAAGTTCTGAGTAAAGTATTGACCAGCACAGCTTCCCTGGAGACCATCTTCTCATTGCGGGATTGGACGTTTCACTGTTAAGCTTGTAG
GACGCTTTTGTGCACCTCTCTGACTGGGAGCTTTGCAGAACCCAGTGGCTTTCTCTGGAGCAGGTGCTGAGCACATTTTCAGGCTCCAAAATCATCTTTCTGCTCTTCAGAGCAAGTTTC
TTAGCAGATTGGTGTCGAGATTTGTCAAGGGTTTCTGGGGCATGACTAAAAGTTTCAGGCAATAGCCCATCTTGTCAGATTTTAGTACTTTGGACACAGGAAATTAAAAAAGAGGGCAGA
TGGTATAAACATTGCAAAGCTATGTACCCGTGACAGTGTAAATAAAAGGTTTGATTGTGCTAACTCTTCTGCACTTTCTTTCTGTGTTTCTGTAGAAAGCTGATGTCCTGACCACTGGAG
CTGGTAACCCAGTAGGAGACAAACTTAATGTTATTACAGTAGGGCCCCGTGGGCCCCTTCTTGTTCAGGATGTGGTTTTCACTGATGAAATGGCTCATTTTGACCGAGAGAGAATTCCTG
AGAGAGTTGTGCATGCTAAAGGAGCAG
GTAAGTGCTGTGTTTATTTGCTGTAAAAGATTGTTTCACAGCACCTGGGTCAAGTGTTATTTCCCAAAGGATTGGAAGACCTTTAACACAAGT
GCCAGATCTCCATTTGTGGGAGAAAGGAAAAACATCCAGCAGTAGGGAAATTAGTAAATAAATGATGGTTATTTCCTCAGGTTAAACATTATATATAAAATTGTTTCTTTTAAAAATAGC
AATCTTCCATTTCTCCCATCATTGAAGGAATAAAAATACAATAAGTCCTCACTTAACGTCAATAGGTTCTTGGAAACTTTGACTTTAAGCTAAACAACATGTAATGAAACCAATTTTATG
ATAGGCTAATTGTCATAAGCAAGAGTTAAGTTCCTATGGCATATTTCTGATTGATAAAACATCACCAAACTTCTAAATAGAAGACTCAAAATACATCTTATATTAAACATTGAAATAAAT
GTGAGCCGTACATACCTTTAAGAAAGATTAGTAAAATAAGATAGTTATTTACTAGCTTATTCCAGTTCAAGGTGGTGGGAGGCCAGAGCCTGTCCTGGCAGGTTGGGGTACAAGGCAAGA
GCCAGCCCTGGACAGGATGCTGTCCATTGCAGGGTGGACTCACATTGGGACCATTCAGACATGCCAGTTCACCTAACACGCACATCTTTGGGATGTGGGGGGAAGCTGGAGTACCAGGAG
AAAACCTATCTAGACATGGGGAGAACATGCAGACTCCACACAGATGGTGGCCTCAGCTAGGAATAGATTTTTTTCTCATCAACGTTGTAATGAAACAATGTTGAACAAAACAATGTTATT
TGAGGGTCTGCTGTACAGAAATACAGACATAGACACATGCACTGCAATTGCAACTAAGTTTAAATGATGTACTTATTGGGTAATTACTGGAATGAGCTGCAAAATTTGGGGTAGTTATGT
TAGGGTGGTGGGTTTGTGATGGTTTTTCCTTTCTTTGTTTCCAACAATTTCTGTAAAACTTTCTTTATTGCTGTTATATCAGACACAAAAGATGGGGGTGGTATTTGAAAGAAAGTGAAA
AACTCAGTTGGAAAAAGAGCTCCACAGAAAGGAAGTTTTTCTCTTAGCTTGCTGACTTGGACTTCCAGTTAGGACTTCTGCATTTCTTCATCTCTTCTTCCTGGATAAGGCTTCTTCCCA
TCTTCTCCAGTGATTTGTGTGTATTTTTCCATCTTGACTTGTTTAGTTTATTGCTTGCTTTGTATCATCGTTGCTAAGTGTTGAAAAGATTCTTTCTCTTATGTTTTCATCTCCTCTTCT
CTCTGTTCTTCTCTTTCTCTCATAGGTCCTACCTGTACTTCAGGCCCGTCTGAGACCCTGTGTCCTTGGGCCAACCTTGATGACTTCTAGCCTCACTCACCTCCTTCTCTTGGCTCCAGC
TATGTGGCATTCAACTTAGCACTGAATGATAGAATAGGGCTTTGCATTTCACCCTCTTTATTTTGTGTTTGGGCATTTCCCCTTCCTCCAACATACTGGAAGCTCCCAGAAGGCTGGTGC
TAACCATCATTTTCTCTTGTCACCCAGGTGCCTGTTGAGGACCTGAATGTCTGAGTAATGGTCTCATGGTAAGGATTTCTGTGTCTTTCTCGTTAGGGGCCTTTGGCTACTTTGAGGTCA
CACATGACATTACCAAATACTCCAAGGCAAAGGTATTTGAGCATATTGGAAAGAAGACTCCCATCGCAGTTCGGTTCTCCACTGTTG
GTAAGTTGGTTTATTGGTGTGATTGGTATGGCT
TAACTCAACTTCACCTTTTGGGGATGTTTATAACTTAAAGAAAAAGTTATTAGAAAATAGGAAGCAAGCACTTCTCCAAGTTATGGCAAGGTTTTACAGTAGAAGACATATTTGGAGACA
CATAGGAAGTTACTTGTATTTCTGTTTGTTGAGATCTTAGGAAATCACACTTACACAGAGGCTACCTCTGCAATTCTGTGACATTTGGAAAGAGCTTTCCTAAAAGTGGTTGCCTCTAAC
AGAAGAATAGAGTGGAAATCTTATTTAATAACTATGCCTACAGCTGACCTTTATTGAGAATTAATTCTGTGCCAACTGTGGTTAGGTGCTTTACAGATATAATCTCTGATTTGTAGATCT
ACTTTGCAGAGTGGGGTTCTTTTTATTTTTGAGAGGCTAAGTGATGTTTCTCACGTTACAGAGATAGTATTAGAGCTATCATACTATATTTCAACATACCTAGTGCTTCACTAGTTCCGT
TTCTGTGTCAGTCTCTGCATTTTAAAAATACTGTGGAATGTAAAAATAAATGAAATTAAGAACTAAGAACCAATATTTTAACTCATTTTCTTAATGTTAACCTCATCATTTTGACAACTC
ACTTATTCTGTTTGTCACTACTTTAAGCCTCATAATTATTTTCTTCCCTTATTTTAATTAAAAGTTCAATTACCTGTTTGAACAAAGTTATCTTATTATGGTAAATGAATGACATTGTCA
GCTGTTATTACATGTGTTCTCTTATTGCTCTCAATTAATTATTTTGTTTGATTTGTGGACTGAATTAGCTGGTGGGTAGGAATAATAACCTGGGCACTTAAATACCTAATTTAGTTCTTG
GAAGTGGATTAGAAAGGATGGATCCAGGTGCTTCTTTATGTCTCCAGGCTTCTTGGATGCAAAGTGCTGTGGCTTATGCTTCCTGTTTCCATTTGAATATTGTAGCTGGAGAATCGGGTT
CAGCTGACACAGTTCGGGACCCTCGTGGGTTTGCAGTGAAATTTTACACAGAAGATGGTAACTGGGATCTCGTTGGAAATAACACCCCCATTTTCTTCATCAGGGATCCCATATTG
GTAG
GTAATAGAGTATTTTGCACTCAACAAATGTTTGTTGACTTAAATTGATTTCAAAGAGGTTGGCATTTGAGGAGAAGCCGTGGGAAAGGCAGAAAGAAAAGAATGTGAGTTGTCTGGACTA
CTTTTTTCAACACATTTTTCTGTATTTAATAAGATAAAGTAAGAACAGTTACCATTGGTCTTAGATTTGTCATTTTAAGACAGATTGACTTAATGGGAAGTGAGTTTAGTTTTCCTTGCA
GAGCATCGAAGATTAGTAAAAAGAGGGACTTTACTTTGGAAACAAGCAGAGGGTGTCTCTACATGCTCTGAGTCAGCAGGAGGGGGTGTGTGTGCGTGCGCGCATGCGGGAGGGTGGGTA
TATTTTTTCCGTGAAGAAATACTATAAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACTGGAGTCCATGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATGGCAAAACCATATCTCTGCA
AAAAAATACAAAAATTAGCTAAGTGTGGTGGCTCATGCCTATAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGATTTGCTTGAGCCCAGGAGGTCAAAGCTGCAGTGAGCTGTGATCAT
GCCATTGCAATCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACCCTGTCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAGACTATAGTTTTGAGTATATTTGAAATACTTTAGGGTATCTTAGATGCTAGTTGTCTA
TGCTGAGTAAATTTCATATTATGGTTTGGCAGTTTAAAATTCTAGGATTGTATTTAGAATTATAATCCATAAACCTAGTAATAGGCATGTATAATGAAAGACACCATAATTCCTGTAAAC
TTAGTTTTCGGATTTTTTTCTCTCTTTTTTCTATTTAGTTTCCATCTTTTATCCACAGCCAAAAGAGAAATCCTCAGACACATCTGAAGGATCCGGACATGGTCTGGGACTTCTGGAGCC
TACGTCCTGAGTCTCTGCATCAG
GTATGAACCCTTTTTTGCCATTGTATTATATCACCTGGGATGCAGTGTTTAATTATGCCTCTTCATAAAATGTCTCTCCAGTTTTGGCTATTTTATT
GGAATCAGCTTCCTCAGATTTCTTGATCATGAAGAGTTTTGTAGTAACTGGCTTTACTAATCATCCCCCATTCATTGGCCTTAAATGATGATGATGATGATGATAGATAGCTAGCAACAT
TGTCAGTTGATATTTAGCAGTAGTAAGGATGAAAGTCTGTAGTGTAAGGTAAAGCTCTGTATTAAGGAAGTGGGGGGAAAGTAGTACCAAACAAATTTGCTATGCAAATAAATTTTGAAT
AACAAATTAGGCCAATTTTCAGGTTGTTTTGGCTTTCCTTCATAGAATTTTGAGTCATAGTATTAGTGATTTGCATATCATTTTGATTTAAAATTTTTCTGTTATTTTCTACAAGTGAAA
TAATAATGGTAACCCTTCCCATGGGAAATTGGCTAGTATGTTTTATGTCATTAAGGGACTTTCTGGAAACTAAGGAATATCTTAAAAATCAAGGATGTTTTGATTTAAATGAAAACATTT
TTGGCTTTATATTTCTGTTCTTTAGGTTTCTTTCTTGTTCAGTGATCGGGGGATTCCAGATGGACATCGCCACATGAATGGATATGGATCACATACTTTCAAGCTGGTTAATGCAAATGG
GGAGGCGGTTTATTGCAAATTCCATTATAAG
GTATGTGTTACCTTTGGGGCAGAGGGTACAAGGCTCCTACCGCACACCTCCTTATTTTTCCTGAAGGATTGAGCAAAGATTAAGGCTTC
TCCCACTTTTCCCTCACCTCCATCCCCAAAGATGGGAAGTATTGATCTCATTGATCAGTACTGTATTTTGTTGGCTACCACCTGAGGACATAACTTCACACTGTCCTATTAGAACTGTGT
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TTTAAAACAGAATGCGATTCACACCTTTGTGCAGTCCGGATCTCACTTGGCTGCAGGGGAGAAGGCAAATCTGTGA

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTGACAGCCGGGATCCCGCCAGCGACCAGATGCAGCACTGGAAGGAGCAGCGGGCCGCGCAGAAAGCTGATGTCCTGACCACTGGAGCTGGTAACCCAGTAGGAGACAAACTTAAT
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GG
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AATGCGATTCACACCTTTGTGCAGTCCGGATCTCACTTGGCT
GCAGGGGAGAAGGCAAATCTGTGA

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cDNA
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GTGTGGTGCT GATTGGCTGA GCCTGAAGTC GCCACGGCCG CAGGGCAACA GGCAGATTTG CCTGCTGAAG GTGGAGACCC ACGAGCCGAG CCCTCCTGCA GTGTTCCGCA CAGCCAACCG  CACGCTATGG CTGACAGCCG GGATCCCGCC AGCGACCAGA TGCAGCACTG GAAGGAGCAG CGGGCCGCGC AGAAAGCTGA TGTCCTGACC ACTGGAGCTG GTAACCCAGT AGGAGACAAA  CTTAATGTTA TTACAGTAGG GCCCCGTGGG CCCCTTCTTG TTCAGGATGT GGTTTTCACT GATGAAATGG CTCATTTTGA CCGAGAGAGA ATTCCTGAGA GAGTTGTGCA TGCTAAAGGA  GCAGGGGCCT TTGGCTACTT TGAGGTCACA CATGACATTA CCAAATACTC CAAGGCAAAG GTATTTGAGC ATATTGGAAA GAAGACTCCC ATCGCAGTTC GGTTCTCCAC TGTTGCTGGA  GAATCGGGTT CAGCTGACAC AGTTCGGGAC CCTCGTGGGT TTGCAGTGAA ATTTTACACA GAAGATGGTA ACTGGGATCT CGTTGGAAAT AACACCCCCA TTTTCTTCAT CAGGGATCCC  ATATTGTTTC CATCTTTTAT CCACAGCCAA AAGAGAAATC CTCAGACACA TCTGAAGGAT CCGGACATGG TCTGGGACTT CTGGAGCCTA CGTCCTGAGT CTCTGCATCA GGTTTCTTTC  TTGTTCAGTG ATCGGGGGAT TCCAGATGGA CATCGCCACA TGAATGGATA TGGATCACAT ACTTTCAAGC TGGTTAATGC AAATGGGGAG GCGGTTTATT GCAAATTCCA TTATAAGACT  GACCAGGGCA TCAAAAACCT TTCTGTTGAA GATGCGGCAA GACTTTCCCA GGAAGATCCT GACTATGGCA TCCGGGATCT TTTTAACGCC ATTGCCACAG GAAAGTACCC CTCCTGGACT  TTTTACATCC AGGTCATGAC ATTTAATCAG GCAGAAACTT TTCCATTTAA TCCATTCGAT CTCACCAAGG TTTGGCCTCA CAAGGACTAC CCTCTCATCC CAGTTGGTAA ACTGGTCTTA  AACCGGAATC CAGTTAATTA CTTTGCTGAG GTTGAACAGA TAGCCTTCGA CCCAAGCAAC ATGCCCCCTG GCATTGAGGC CAGTCCTGAC AAAATGCTTC AGGGCCGCCT TTTTGCCTAT  CCTGACACTC ACCGCCATCG CCTGGGACCC AATTATCTTC ATATACCTGT GAACTGTCCC TACCGTGCTC GAGTGGCCAA CTACCAGCGT GACGGCCCGA TGTGCATGCA GGACAATCAG  GGTGGTGCTC CAAATTACTA CCCCAACAGC TTTGGTGCTC CGGAACAACA GCCTTCTGCC CTGGAGCACA GCATCCAATA TTGTGGAGAA GTGCGGAGAT TCAACACTGC CAATGATGAT  AACGTTACTC AGGTGCGGGC ATTCTATGTG AACGTGCTGA ATGAGGAACA GAGGAAACGT CTGTGTGAGA ACATTGCCGG CCACCTGAAA GATGCACAAA TTTTCATCCA GAAGAAAGCG  GTCAAGAACT TCACTGAGGT CCACCCTGAC TACGGGAGCC GCATCCAGGC TCTCCTGGAC AAGTACAATG CTGAGAAGCC TAAGAATGCG ATTCACACCT TTGTGCAGTC CGGATCTCAC  TTGGCTGCAG GGGAGAAGGC AAATCTGTGA GGCCGGGGCC CTGCACCTGT GCAGCGAAGC TTAGCGTTCA TCCGTGTAAC CCGCTCATCA CTGGATGAAG ATTCTCCTGT GCTAGATGTG  CAAATGCAAG CTAGTGGCTT CAAAATAGAG AATCCCACTT TCTATAGCAG ATTGTGTAAC AATTTTAATG CTATTTCCCC AGGGGAAAAT GAAGGTTAGG ATTTAACAGT CATTTAAAAA  AAAAAATTTG TTTTGATGGA TGATTGGATT ATTCATTTAA AATGATTAGA AGGCAAGTTT CTAGCTAGAA ATATGATTTT ATTTGATAAA ATTTGTTGAA ATGATGTATG TTTACATATC  ACCTCATGGC CTATTATATT AAAATATGGC TATAAATATA TAAAAAGAAA AGATAAAGAT GATCTACTCA GAAATTTTTA TTTTTCTAAG GTTCTCATAG GAAAAGCACA TTTAATACAC  CAGTGTCATC AGAAGATAAC TTGAGCACCG TCATGGCTTA ATGTTTATTC CTGATAATAA TTGATCAAAT TCATTTTTTT CGCTTGGAAT TACATTAATG TTAATTCGGC ACTGATTTCA 
CAACAGATCA ATTTGTAATT GCTTACATTT TTACAATAAA TAATCTGTAT TTA 

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