Entry information : LePrx56 (Solyc12g096530.1.1[2.3])
Entry ID 654
Creation 2005-09-15 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2014-08-27 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Achraf Jemmat
Last annotation changes 2015-10-06 (Achraf Jemmat)
Peroxidase information: LePrx56 (Solyc12g096530.1.1[2.3])
Name (synonym) LePrx56 (Solyc12g096530.1.1[2.3])
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx034]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Solanaceae Solanum
Organism Lycopersicon esculentum (Tomato)    [TaxId: 4081 ]
Cellular localisation N/D
Tissue types Flower buds
Trichomes
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value LePrx56
start..stop
S start..stop
CsaPrx76 466 7e-167 24..341 13..326
EcamPrx73 466 9e-167 16..341 1..325
EgrPrx73 466 2e-166 16..341 1..325
PtPrx52 463 2e-165 17..339 11..331
Literature and cross-references LePrx56 (Solyc12g096530.1.1[2.3])
Literature van der Hoeven,R.S. et al., unpublished
Cluster/Prediction ref. UniGene:   Les.7362
Protein sequence: LePrx56 (Solyc12g096530.1.1[2.3])
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   342
PWM (Da):   %s   37579.17 Transmb domain:   %s   i23-45o
PI (pH):   %s   7.84
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MEKLKLQIYS IQTLCLRKKK YKFSLLIFLC SIIFFSKTSC STLSFNFYGL SCPSAELMVK NTVRSASSMD PTIPGKLLRL LFHDCFVEGC DASILLEGNG TERSDPANKS LGGFSVIENA  KRVLEIFCPF TVSCADIVAL AARDAVEFAG GPNVQIPTGR KDGRISLITN VRPNIVDTSF TMDQMINIFT IKGLSLDDLV ILSGAHTIGS AHCNAFSDRF RVDTNGNFTL IDPSLDKAYA 
IELTKQCPAG AATSTITVKN DPQTPQLFDN QYFKDLIQHK GLFQSDSVLF NDVRTKKRVV EFANDQDGFF RSWSQSFVRL SVLGVKSGED GEVRTSCSVI N* 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 12, 3 introns) and 4 ESTs. Incorrect prediction from Phytozome (two 3' end possible: in frame with the exon 4: SGEDGEVRTSCSVIN* and with an extra intron and a small last exon SGEDEEVRTSCSVIN*). The first prediction more probable but no EST to confirmed.
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
TGGAGAAACT CAAACTACAA ATATATTCAA TCCAAACACT ATGTTTACGC AAAAAAAAAT ATAAATTTTC GTTACTTATT TTCTTGTGTT CGATAATATT TTTTTCGAAA ACATCATGTT  CAACTCTTTC ATTTAATTTT TATGGATTAT CTTGTCCCTC AGCTGAATTA ATGGTGAAAA ATACAGTAAG ATCAGCTTCT TCTATGGATC CAACTATACC TGGGAAATTG CTTCGTCTTC  TTTTTCACGA TTGCTTTGTT GAGGTAATAT TTCTAGTAAT TATCTATTTA ATTTTTATGC ATTACGCTTG TATAAAAGAA ATTTGGATTA ACTACTTTGC ATGCAATTAC GTAACTAGTA  GTGTATATTC TCACTTCAAT TTACACTCTA CTGTAGTTAA TTTTATCGAT TTGATGTGAA CACTGAATAA AGTTTAATTC AAATAAATTT AATAAAGTTC TTAAATTCTT CCTCAAATAA  TACTTCTGAT CTTAATTTAC ATGACATCAT CTGATCAAGC ATGAAGTTTT ATAAATAAAA TAAATACTTA ATTGTGATCT AGAAATATTG TATTATTATA AATTATCTCA TTTAAGCAAT  TAAGTAGTTT TCAATATAAA TAAGTGACAT TAATCACTTC TAAGAAAATA AAAAGAAAAA AAAAACATGT CATAAATTAA GGCAAATGAC GTAATATTTT ATCATATGAA AGATTGATTA  ATTTTTTTCT GAATAATAGG CCCTCCTGTC TATCCTTGTC CATTTAAGTA CCAAACTATA TTTTTGTGTT GATTAGGATT AAAAACTCGT AACTTGCATC TAACTTACAC ATCTGATATC  ATACATTGCG CTCTTATTAC TAGATCAAAA ATCCCCTGAG GCTAAAATAT TGAGGAGGAT TATAATATTT TTAAAATTTT TTTTTAGGGT TGTGATGCAT CTATATTATT AGAAGGAAAT  GGAACAGAAA GAAGTGATCC AGCAAACAAA TCACTTGGAG GATTTTCAGT AATAGAAAAT GCCAAAAGGG TTTTGGAAAT ATTTTGTCCT TTTACGGTTT CTTGTGCTGA TATTGTTGCT  TTGGCGGCTA GAGATGCTGT TGAATTTGTA TGTTTTTCTA AAACTTATTT GTTACTCAAC CGTCATTAAT AAGGATTAGC GATGAAGTAA TTTTTATTGT TTAGCAATAT AAGTTATCCA  TTGTTGATTT CTATTTTTTT ATAGTGTGTT TTTGTTTGTT TAATTAATGT ATGTTAATTT TATGTGACAT GTTTAATTTG TGATTAAAAA ATTATTTAGT TCGTCGCTTA TAAATATTTG  ATGTTTAAAT GGAGAAGGAT ATATAAAAAA AGTTCATTAT TCATCGAGTT TTGACTAGTA TACATTTAGT TAATCTTCAA AAATTTAGAT CAAGATTGAG AAAAAAAAAA CTATTGTACT  TATCGTTACT ACCTTTTTAA TACGTATTTT TGTTTGAAAA CATAGAGAAC TTCCTGTATT AGAGAAAATT AAATGTTTTC ATATGTTTGA TCGATTCTTA TTACTATTCA AGATTGACTT  GTTGAAAATG TTTTTGATGT TTCGATGGAA ATGTTTGTTC AAAATTCTTT GATAGTAAAT TTGTTTGAGA CTGAAACGTT AATTGTTGTT ATTTTGATGA TTATAAAAAC AGGCAGGAGG  GCCAAATGTT CAAATTCCAA CAGGAAGAAA AGATGGAAGA ATTAGTTTGA TAACAAATGT GAGACCAAAC ATAGTGGACA CAAGTTTCAC AATGGATCAA ATGATTAATA TTTTTACTAT  AAAGGGACTT TCTTTAGATG ATCTTGTTAT CCTATCAGGT ACATGCATTA TATTATTTAA TTAAGCAATT TATTTTTCAT TGATCTTTAA TTTTTATCCT AAAAATCGAA TTTCTAAAAG  GTGCCAATAA TTTCTAAGGT GAGAAGACAA AGTCATAATG TATTTAATAT TAGGGTCACA AAAACTTTAT GAGTAGATAG TACTAAAATT TAAGTAGGGT TACAAGAATT TAAAGTCATT  TATTTCTCAT ATTTGATAAT AACTATGACT CAATTCCATA TAAACTATAA TATTAGATTT AAACGTTTAA TATACAATAA AATTACTCAA TTTAGCGATA AATTTGATTC TCTTCCCATA  AAATAATGTT TAGATATGTA AAAAGGAGAT CGAGTTACAC GTGTTCTTAA TCTTAAATGT AAAGATATAG GGATCCATAT ATATACACAT AATATATTTG TTTAGATAGG CCTCAATGAC  CCCTTTCTCA TTTTGAAAAA CTTATGTAAT CCTATTCTAA CCCGATTCGA TATGGAATGA ACTTATAATC ATATACTATC GATTTCATTT CACTTAAGAC GTGAAATTAC AATCTTTTTT  ATTTTATTTC GTCATGTTTC CATAAGAATT TATATAGCAT GTGAGAAATA TTGAAAATTA ATTAGCAATA TTTTTTATTA TTGTTTCTTA TACTTCAATT ATCTTTTGCT ATTTAATATG  TTGCTACTTT TCTTTCTTCC ATACTTCCAC CATTATACTG TTTTTCTATA GCATTCTTCT GATTTTTTTT TAAAAAAAAT CGAGAATCAA TAAAAAAACA TTCACTATAC CTCCAGAAAG  GTAGGTTTAT TATATATTTA TGAAAAATAG TTTTTGATCG GTCTATATAT ATAAACATAA CATAATTTTT TAACGAGAAA TATTTGATTG ACCATTCTGG ACTATATATG ACTTACATCA  CTGGGTGTAA CTACGTAAGA TCTTCATACA GTACTACTCC TTCCCTAAAT TTCACTTGTG CGATTACATT GCGTATATGA CGTTACTAAT ACTTTTGTTG TATGCCAAAA AATTGTAGGT  GCACACACAA TAGGATCAGC ACATTGCAAT GCATTTAGTG ATCGTTTTAG AGTGGACACA AATGGCAATT TCACTCTAAT TGACCCTTCA TTAGACAAAG CATATGCAAT AGAGTTAACA  AAACAATGTC CAGCAGGGGC AGCAACTTCA ACAATTACAG TAAAAAATGA TCCTCAAACA CCTCAACTTT TTGACAATCA ATATTTCAAA GATTTAATAC AACACAAGGG GCTTTTTCAA  TCCGATTCTG TTTTATTTAA CGACGTACGT ACAAAGAAAA GAGTCGTTGA GTTTGCGAAT GATCAAGACG GATTTTTCAG GAGTTGGAGT CAATCTTTCG TGAGACTTTC TGTGCTCGGA 
GTGAAGTCCG GAGAGGATGG AGAGGTTAGA ACTTCTTGTT CGGTTATAAA TTAA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGAGAAAC TCAAACTACA AATATATTCA ATCCAAACAC TATGTTTACG CAAAAAAAAA TATAAATTTT CGTTACTTAT TTTCTTGTGT TCGATAATAT TTTTTTCGAA AACATCATGT  TCAACTCTTT CATTTAATTT TTATGGATTA TCTTGTCCCT CAGCTGAATT AATGGTGAAA AATACAGTAA GATCAGCTTC TTCTATGGAT CCAACTATAC CTGGGAAATT GCTTCGTCTT  CTTTTTCACG ATTGCTTTGT TGAGGGTTGT GATGCATCTA TATTATTAGA AGGAAATGGA ACAGAAAGAA GTGATCCAGC AAACAAATCA CTTGGAGGAT TTTCAGTAAT AGAAAATGCC  AAAAGGGTTT TGGAAATATT TTGTCCTTTT ACGGTTTCTT GTGCTGATAT TGTTGCTTTG GCGGCTAGAG ATGCTGTTGA ATTTGCAGGA GGGCCAAATG TTCAAATTCC AACAGGAAGA  AAAGATGGAA GAATTAGTTT GATAACAAAT GTGAGACCAA ACATAGTGGA CACAAGTTTC ACAATGGATC AAATGATTAA TATTTTTACT ATAAAGGGAC TTTCTTTAGA TGATCTTGTT  ATCCTATCAG GTGCACACAC AATAGGATCA GCACATTGCA ATGCATTTAG TGATCGTTTT AGAGTGGACA CAAATGGCAA TTTCACTCTA ATTGACCCTT CATTAGACAA AGCATATGCA  ATAGAGTTAA CAAAACAATG TCCAGCAGGG GCAGCAACTT CAACAATTAC AGTAAAAAAT GATCCTCAAA CACCTCAACT TTTTGACAAT CAATATTTCA AAGATTTAAT ACAACACAAG  GGGCTTTTTC AATCCGATTC TGTTTTATTT AACGACGTAC GTACAAAGAA AAGAGTCGTT GAGTTTGCGA ATGATCAAGA CGGATTTTTC AGGAGTTGGA GTCAATCTTT CGTGAGACTT 
TCTGTGCTCG GAGTGAAGTC CGGAGAGGAT GGAGAGGTTA GAACTTCTTG TTCGGTTATA AATTAA 

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