Entry information : LsalCP01 (LsalKatG1)
Entry ID 7346
Creation 2010-05-18 (Marcel Zamocky)
Last sequence changes 2012-01-18 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2012-01-18 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: LsalCP01 (LsalKatG1)
Name (synonym) LsalCP01 (LsalKatG1)
Class Catalase peroxidase    [Orthogroup: CP001]
Taxonomy Eukaryota Metazoa Arthropoda Maxillopoda Caligidae Lepeophtheirus
Organism Lepeophtheirus salmonis    [TaxId: 72036 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value LsalCP01
start..stop
S start..stop
MAspCP01 1010 0 1..729 6..737
DhaCP01_Y51 1010 0 6..729 5..730
DhaCP01_DCB2 1010 0 6..729 5..730
SpliCP01 992 0 1..729 18..749
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 18..2207 2190  
complement(join(18..2207))


exon

Literature and cross-references LsalCP01 (LsalKatG1)
Literature Yasuike M., Leong J.S., KoopB.F. Genomics in Lice and Salmon. (unpublished in 2010)
DNA ref. GenBank:   ADND02023062.1 (2207..18)
Protein sequence: LsalCP01 (LsalKatG1)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   342
PWM (Da):   %s   37367.81  
PI (pH):   %s   5.31
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MNQTGKCPVM HGNFEAQSAS KGKNNKDWWP NLLNLNMLHQ HSEKSNPMDD DFNYKEAFLA LDLDEVKKDI FDSMKTSKEW WPADYGHYGP LFIRMAWHSA GTYRVQDGRG GGGTGNQRFA  PLNSWPDNVN LDKARRLIWP IKQKYGRSLS WADLMILAGN CALEDMGLKT AGFAGGREDI WEPEQDIYWG TETEWLADNR YSGKRNLEDP LAAVQMGLIY VNPEGPNGVA DALASARDVR  DTFGRMSMND EETVALIAGG HTFGKCHGAG DAGLVGADTE GANLEKQSLG WENKYRTGKG EDTISSGLEG AWTPNPTNWD SDFLRLLLKY DWILVKSPAG AQQWIPSNTD EEDMVVDAHN  PSKKYPPIML TSDLALRMDP EYKKITERFL ADPELYADAF AKAWLKLTHR DLGPRARYLG KDAPKEVFSW QDPTPVVDKP TIDDSKINTL KSIISKSGLS VSELISTAWA SAATYRNSDM  RGGSNGARIR LAPQKDWAVN KPQQLAKVLT TYEKIQSEFN QGDQYVSIAD LIILGGNVGV EQAAQKAGKS INVPFSAGRT DATQEQTDIE SIAYLEPKAD AFRNYLEKDF QSTAEELMLN  KAQLMTLTAP ELTVLIGGMR VLGTNADNSK NGIFTEKEGS LTTDFFNNLL SIETSWSPVE GKTNLYKSSD SQTGENKWTA TRADLIFGSN SQLRALAEVY ACSDSEDKFL GDFVKAWAKV 
MNLGRFDLS 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (no intron). Strain="Pacific". No EST.
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAACCAAA CTGGAAAATG CCCTGTTATG CACGGTAATT TTGAAGCACA AAGTGCTTCA AAGGGTAAAA ATAACAAAGA TTGGTGGCCT AATCTTTTAA ATTTAAACAT GCTTCACCAG  CACTCTGAAA AATCTAATCC TATGGATGAT GATTTTAACT ACAAAGAAGC TTTTTTAGCA CTTGATTTAG ATGAAGTAAA AAAAGATATT TTTGATTCAA TGAAAACATC AAAAGAATGG  TGGCCTGCAG ACTATGGTCA TTACGGACCT TTATTTATTC GTATGGCTTG GCATAGTGCG GGAACTTACC GCGTTCAAGA TGGTCGTGGT GGTGGTGGTA CAGGAAACCA GCGTTTTGCG  CCATTAAACA GTTGGCCAGA CAACGTTAAC TTAGACAAAG CAAGAAGGCT TATTTGGCCA ATCAAGCAAA AATACGGCAG AAGCTTATCT TGGGCAGACT TAATGATTTT AGCAGGTAAC  TGTGCATTAG AAGATATGGG ACTTAAAACT GCTGGGTTTG CAGGTGGTAG AGAAGATATT TGGGAACCAG AGCAAGACAT TTACTGGGGT ACAGAAACAG AATGGCTAGC AGACAATCGT  TACTCAGGTA AACGTAATTT AGAAGACCCA CTAGCTGCTG TACAAATGGG ACTAATTTAT GTTAATCCAG AAGGCCCTAA TGGCGTAGCT GATGCATTAG CTTCCGCTAG AGATGTTAGG  GATACTTTTG GTAGAATGTC TATGAATGAT GAAGAAACAG TTGCCTTAAT TGCTGGTGGC CATACCTTTG GTAAATGTCA TGGAGCAGGA GATGCTGGTT TAGTGGGTGC TGATACAGAA  GGAGCAAATT TAGAGAAACA AAGCTTGGGC TGGGAAAATA AATATCGAAC AGGTAAGGGT GAAGACACTA TTAGTAGTGG GCTAGAAGGA GCGTGGACAC CAAATCCAAC TAATTGGGAT  AGTGATTTCT TAAGATTGTT ACTTAAATAT GATTGGATAC TTGTTAAAAG CCCAGCGGGT GCACAACAAT GGATTCCTAG TAATACGGAT GAAGAAGATA TGGTCGTTGA TGCTCATAAC  CCATCTAAAA AATACCCTCC TATAATGCTA ACATCTGACT TAGCATTAAG AATGGATCCA GAGTACAAAA AAATTACTGA GCGCTTTTTA GCAGATCCTG AACTATATGC TGACGCGTTT  GCAAAAGCAT GGTTAAAATT AACTCATAGA GACTTAGGTC CTAGAGCAAG ATACTTAGGT AAAGATGCCC CTAAAGAAGT ATTCAGCTGG CAAGACCCTA CTCCTGTAGT AGATAAACCT  ACTATTGATG ATTCAAAAAT TAACACACTA AAATCTATTA TTTCAAAAAG CGGGTTATCA GTATCTGAAT TGATTTCTAC AGCTTGGGCT TCTGCGGCAA CTTACAGAAA TTCTGATATG  CGTGGTGGAT CTAATGGTGC TCGTATTCGT TTAGCACCTC AAAAAGATTG GGCAGTTAAC AAACCTCAGC AATTAGCTAA AGTACTTACT ACTTATGAAA AAATTCAATC TGAATTTAAT  CAAGGAGATC AATACGTTTC AATTGCAGAT TTAATTATAT TAGGTGGTAA CGTAGGTGTT GAACAAGCTG CACAAAAAGC AGGTAAATCA ATTAATGTTC CTTTCTCAGC AGGTAGAACA  GATGCAACTC AAGAACAAAC AGATATTGAA TCTATAGCAT ATCTTGAGCC TAAAGCAGAT GCATTTAGAA ACTACTTAGA AAAAGACTTT CAAAGTACTG CTGAAGAATT AATGTTAAAT  AAAGCACAGT TAATGACATT AACGGCACCG GAATTAACAG TACTTATAGG TGGAATGCGT GTATTAGGAA CAAATGCTGA CAATAGTAAA AATGGCATTT TCACAGAAAA AGAAGGCTCA  TTAACAACTG ATTTCTTTAA TAACTTATTA AGTATAGAAA CAAGTTGGTC TCCAGTTGAA GGTAAAACTA ACTTATACAA AAGCAGTGAC TCTCAAACAG GAGAAAATAA ATGGACAGCA  ACACGTGCCG ATTTAATTTT TGGTTCTAAT TCTCAATTAA GAGCGCTAGC AGAAGTATAT GCATGTTCTG ATTCTGAAGA CAAGTTCTTA GGTGATTTTG TAAAAGCATG GGCTAAAGTA 
ATGAATTTAG GTCGTTTTGA CTTAAGCTAA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAACCAAA CTGGAAAATG CCCTGTTATG CACGGTAATT TTGAAGCACA AAGTGCTTCA AAGGGTAAAA ATAACAAAGA TTGGTGGCCT AATCTTTTAA ATTTAAACAT GCTTCACCAG  CACTCTGAAA AATCTAATCC TATGGATGAT GATTTTAACT ACAAAGAAGC TTTTTTAGCA CTTGATTTAG ATGAAGTAAA AAAAGATATT TTTGATTCAA TGAAAACATC AAAAGAATGG  TGGCCTGCAG ACTATGGTCA TTACGGACCT TTATTTATTC GTATGGCTTG GCATAGTGCG GGAACTTACC GCGTTCAAGA TGGTCGTGGT GGTGGTGGTA CAGGAAACCA GCGTTTTGCG  CCATTAAACA GTTGGCCAGA CAACGTTAAC TTAGACAAAG CAAGAAGGCT TATTTGGCCA ATCAAGCAAA AATACGGCAG AAGCTTATCT TGGGCAGACT TAATGATTTT AGCAGGTAAC  TGTGCATTAG AAGATATGGG ACTTAAAACT GCTGGGTTTG CAGGTGGTAG AGAAGATATT TGGGAACCAG AGCAAGACAT TTACTGGGGT ACAGAAACAG AATGGCTAGC AGACAATCGT  TACTCAGGTA AACGTAATTT AGAAGACCCA CTAGCTGCTG TACAAATGGG ACTAATTTAT GTTAATCCAG AAGGCCCTAA TGGCGTAGCT GATGCATTAG CTTCCGCTAG AGATGTTAGG  GATACTTTTG GTAGAATGTC TATGAATGAT GAAGAAACAG TTGCCTTAAT TGCTGGTGGC CATACCTTTG GTAAATGTCA TGGAGCAGGA GATGCTGGTT TAGTGGGTGC TGATACAGAA  GGAGCAAATT TAGAGAAACA AAGCTTGGGC TGGGAAAATA AATATCGAAC AGGTAAGGGT GAAGACACTA TTAGTAGTGG GCTAGAAGGA GCGTGGACAC CAAATCCAAC TAATTGGGAT  AGTGATTTCT TAAGATTGTT ACTTAAATAT GATTGGATAC TTGTTAAAAG CCCAGCGGGT GCACAACAAT GGATTCCTAG TAATACGGAT GAAGAAGATA TGGTCGTTGA TGCTCATAAC  CCATCTAAAA AATACCCTCC TATAATGCTA ACATCTGACT TAGCATTAAG AATGGATCCA GAGTACAAAA AAATTACTGA GCGCTTTTTA GCAGATCCTG AACTATATGC TGACGCGTTT  GCAAAAGCAT GGTTAAAATT AACTCATAGA GACTTAGGTC CTAGAGCAAG ATACTTAGGT AAAGATGCCC CTAAAGAAGT ATTCAGCTGG CAAGACCCTA CTCCTGTAGT AGATAAACCT  ACTATTGATG ATTCAAAAAT TAACACACTA AAATCTATTA TTTCAAAAAG CGGGTTATCA GTATCTGAAT TGATTTCTAC AGCTTGGGCT TCTGCGGCAA CTTACAGAAA TTCTGATATG  CGTGGTGGAT CTAATGGTGC TCGTATTCGT TTAGCACCTC AAAAAGATTG GGCAGTTAAC AAACCTCAGC AATTAGCTAA AGTACTTACT ACTTATGAAA AAATTCAATC TGAATTTAAT  CAAGGAGATC AATACGTTTC AATTGCAGAT TTAATTATAT TAGGTGGTAA CGTAGGTGTT GAACAAGCTG CACAAAAAGC AGGTAAATCA ATTAATGTTC CTTTCTCAGC AGGTAGAACA  GATGCAACTC AAGAACAAAC AGATATTGAA TCTATAGCAT ATCTTGAGCC TAAAGCAGAT GCATTTAGAA ACTACTTAGA AAAAGACTTT CAAAGTACTG CTGAAGAATT AATGTTAAAT  AAAGCACAGT TAATGACATT AACGGCACCG GAATTAACAG TACTTATAGG TGGAATGCGT GTATTAGGAA CAAATGCTGA CAATAGTAAA AATGGCATTT TCACAGAAAA AGAAGGCTCA  TTAACAACTG ATTTCTTTAA TAACTTATTA AGTATAGAAA CAAGTTGGTC TCCAGTTGAA GGTAAAACTA ACTTATACAA AAGCAGTGAC TCTCAAACAG GAGAAAATAA ATGGACAGCA  ACACGTGCCG ATTTAATTTT TGGTTCTAAT TCTCAATTAA GAGCGCTAGC AGAAGTATAT GCATGTTCTG ATTCTGAAGA CAAGTTCTTA GGTGATTTTG TAAAAGCATG GGCTAAAGTA 
ATGAATTTAG GTCGTTTTGA CTTAAGCTAA 

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