RedOxiBase: View Perox 9330

Entry information : RcAPx04 (29648.m002024)

Entry ID	9330
Creation	2011-06-30 (Qiang Li)
Last sequence changes	2011-10-03 (Qiang Li)
Sequence status	complete
Reviewer	Qiang Li
Last annotation changes	2012-01-04 (Qiang LI)

Peroxidase information: RcAPx04 (29648.m002024)

Name (synonym)

RcAPx04 (29648.m002024)

Class

Ascorbate peroxidase [Orthogroup: APx002]

Taxonomy

Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Euphorbiaceae Ricinus

Organism

Ricinus communis [TaxId: 3988 ]

Cellular localisation

N/D

Tissue type

N/D

Inducer

N/D

Repressor

N/D

Best BLASTp hits

Perox	score	E-value	RcAPx04 start..stop	S start..stop
MeAPx05	608	0	3..360	17..378
HbAPx02	597	0	3..354	2..358
MeAPx01	598	0	3..354	18..374
PtAPx07	588	0	3..360	19..374

Gene structure Fichier

Exons►

Exon	Start..End	Size	Exon	Start..End	Size	Exon	Start..End	Size	Exon	Start..End	Size
N° 1	797175..797357	183	N° 2	797452..797562	111	N° 3	798175..798295	121	N° 4	798372..798472	101
N° 5	798567..798654	88	N° 6	799462..799529	68	N° 7	799616..799702	87	N° 8	800636..800710	75
N° 9	800806..800883	78	N° 10	801414..801518	105	N° 11	801919..801981	63	N° 12	802123..802125	3
join(797175..797357,797452..797562,798175..798295,798372..798472,798567..798654, 799462..799529,799616..799702,800636..800710,800806..800883,801414..801518,80191 9..801981,802123..802125)

Literature and cross-references RcAPx04 (29648.m002024)

DNA ref.	Phytozome 11: 29648 (797175..802125)

Protein sequence: RcAPx04 (29648.m002024)

Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)

Length (aa):	361
PWM (Da):	38865.93
PI (pH):	8.58

Sequence
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Send to Peroxiscan

.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2

MAASLAGAASSRLLPSASRSRLSLSSSSFSSLSLSASSSYSVSPLISLRSSPIVPRIFLNKKGSLMSTVAAASDPAQLKSAREDIKELLKSKFCHPILVRLGWHDAGTYNKNIEEWPQRGGANGSLRFEVELKHGANAGLVNALNLLKPIKDKHSGVTYADLFQLASATAIEAGGPKIPMKYGRVDVSAPNECPEEGRLPNAGPPSPADHLREVFYRMGLNDEIVALSGAHTLGRSRPERSGWGKQETKYTKNGPGAPGGQSWTAEWLKFDNSYFKDIKEKRDEDLLVLPTDAVLFEDPAFKVYAEKYAEDKEAFFKDYAEAHAKLSNAGAKFDPPEGIVLDGAVGEQFVAAKYSSGKD

Retrieve as FASTA

Remarks

Complete sequence from genomic. Incorrect prediction from phytozome (Extra sequence at 5' end has been removed).

DNA ►
Send to BLAST

.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2

ATGGCAGCTTCACTCGCAGGCGCCGCCTCTTCTCGTCTCCTCCCCTCCGCTTCTCGCTCTCGTCTGTCTCTATCCTCCTCCTCATTTTCCTCTCTCTCTCTCTCTGCGTCTTCTTCTTAC
TCAGTTTCTCCTCTGATATCTCTCCGATCTTCTCCTATCGTACCTCGCATCTTTCTAAATAAGGTTTGCGATCTATTTTACACTATGCATTAAAGCATTTTCAGTTTTTGGAGAATATTT
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CAAGTCTAAGTTCTGCCATCCTATTTTGGTAAATAAAAATTGCTACTACTATGTAAATGTTGTGTTTATATTTATATATACATTTTGCAGGTAAGCTTATTTAGTGATTTGATCTAGCTG
TATACTTAGCTCTTAATTTCGATTTTAATGCTTGAAATTTATAAAATGTGGTGTCTCAGTGGTAGTTATCCTTCAATTTTTGCTGCTTTAATTTTTTTTTTTAAATCTCGAAAAGCTAAT
ATTATGTGGAGCATATGATATTTCTATGTGCTCTGTTGTGAACTTGTTAAGAATGATTTGATCTGGCTGCTGTATTTAGCTCTTTCTTGGTTTGCATCTTGATTATCTTGCTTAAAAGGT
ATTCTGTAATGGTAGTTATGTTCATTTGAGCTGATTTTAATTTTGTTGCTTTATTTTCCACGACGGAGATGGTTATTTTTTTTTTAAAATATTGAAAATGTAAATAAAGGTGATTTTCTA
TTTATTTTTTTTAAATGTCGAGAACCTAATATTTATAATACATATTAATACCTCATAATGCATATCAAATTTGAAGATTAAGATACTTATTATTTCAAGATTTTCAGATGCTAATCGTGC
AATTTGTTTTAAGATTTTAATTTTTCTTAATGAATTACAGGTTCGATTGGGATGGCATGATGCTGGAACATACAACAAGAACATAGAGGAGTGGCCACAAAGAGGTGGAGCCAATGGAAG
TCTCAGGTTTGAAGTTGAGCTGAAACATGGAGCCAATGCAGGTATTATATCTTTTCTCATCTATAAATTAGCTCTTTTCTTTAAATCACATTTATTCCTTATGAGCTGTTACTTTAGGAC
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TCAGCACCTAATGAGTGCCCTGAAGAGGGCCGTCTTCCTAGTGAGTGCATTTGAGTTGTATACTCTTCTTTTTTTTTTTAAAAAAAGTGCCTATTCCTGTGTGGGTTCCTTTATAAAATG
TGGACTGGAATTCTTATGAAATCACTGCTGCTGCTGCTTGATGACTTAAATCAAGAAATAATAGTAGAAACATGTTTCTTTTCTCCTTTTCACTTTTCTTCTTTTTAAAAGGAAGAACCA
AGGTTGCATTCTGCGAATGATATGCTCGTGCTTGTGGAAAGCCAACAAAAATTGATGAACCATGTTAATATGCCTTGTTTGCCTATCTGACTTTTAGAGTTCTGGCTGGTTTCTAATATT
GTTAAGCAGGATTTTTTACTATTATAGTATGCTAATTTATCTGTCTAAATTCTTGGTACAAATAGGTCACTGTAATCTGGTCTCCATACTTCTTGATAATATTAAACCATTTTAATTATC
GGATAATTAAATCTGAGTCACCTTATCAGTAAGCAGCCACTGTGTTTTAGTTATCCATGTCCAGGTGAGAGAGTTAGGATTGTTTTTGTTTTATGCAGCATCCATGACAGCAGTTGCCTA
GTAGAGTAGGCTTTTCCATGTCATTTTTGAATTTCATACTGGGGTTTTCAGTATTTAATATATATTGGTGAATTGGACCTATAGATGTCTTCTGTTGATGAAATATTCTATTTTAGGCAG
TTGAATCCTTCAGACCTTTTTCCAGAATAGTTTAATATAGTTCTATTTTTGTTCCTCTTAACTATCTGAGGCTGCCTGTGGACAACTTCTGCATAACTGATTGTTAAAATATTTGCATGA
CGCTTAGATGCTGGTCCTCCTAGCCCTGCTGATCATTTGAGAGAAGTTTTCTATAGAATGGGATTAAATGACAAGGTAACCTTAACTCTATAAATATTTTAGTGTTTATTTTATCTTTAT
ATGCATCCGGTGTTCATTGTTGAATTTTTTTTTCTCTACAGGAAATAGTAGCATTATCTGGTGCACATACTTTGGGAAGGTCCAGACCAGAACGTAGTGGTTGGGGCAAACAAGAGACAA
AGTATACGGTATTAAGCGCAATCTTTTGACCAGTTAGATATAGTATAGTTTATTTGTCTGAGTAGGTTAGAATTGGACATTTGTCGTTCACTTGTTTCCAATCTTCAACTGAGGATTCGA
GACTTAGAAATCAAATGGTTATGCAATGAATTGTACTTTATTGTAGAAGAAGCTAAAGGTTCTTTTAGAGCCTGCCCTGCGAACTCATTTTGAATCTCTACAACTCTTAGATCCACTTCC
ATTTCCTGTTTTTTGACGGGTGTTACTAACATTCTTTTTTTTTCTTTCTATATGTTACTGCCTTGGTGGCAGCAAGAATATGAATATGACCAGAAAATTGAAAAGTGCAACTTTATATTT
ATTGCAGTGGTCAAAGCTTAGTAATGCGGTTAACTTTTCTTACCTTGAAATGTTCAAGAAGTGAAATCGTGTTTGTTAAACAACCTGGCCTGATACTTTAATGATGGATTTGACAATGTC
TTTTTTGATGCGCTAGTTGTTCACTTGGTCATGTATTTATTGATGAAGTTTTCAAGTCTTCATAATCTCAGTGAAACTTCTTAAAATGTCTAATTGCTAGCATATGGTTTCAGACGAAAG
GTCAGAATTTATTTTTCACATGCTAAATCTCTATGGCCCGTTCACTTAACTGTTACATGTATTCTTATTGTCCTTAATATAATATACTTTTGAGCATTTTGACGTATGATCTATAGCATC
TATATTAGTTTAACATTCATTTGTGTGAGTGGGTTTGACTGTATGATTGTACATGTGTGCATCTTGATTTGTCGTCAAATTCCTATCAAGGCCTTTTTACTTCCTCCTGTGGAATATATT
CATTATATCCTGGAAAACGATTGCAATTATAGTAGCAATAACAGCTTTAACAACAGCAATAATAAGAGTTATCTTTTCATATTGGATCTGCTGCATGACAGAAAAATGGGCCTGGAGCTC
CAGGAGGACAATCCTGGACAGCAGAGTGGCTGAAATTTGATAATTCCTATTTCAAGGTTTGAAGGGAAAACTTGCTATTTAGATCACGTGAAAAGAATTAGGTGGCAAGAGGTGGTAATT
CTTGATTGTTGAATGTGACTTATCCATACAGGATATTAAAGAAAAAAGGGATGAAGACCTGCTTGTATTGCCAACTGATGCTGTTCTTTTCGAAGATCCTGCATTCAAGGTAAATTAATT
ATGTTTGAGCAAGATGGGTTAAGAGACGTACAATATGCTGAATCAATTATCTTGAAAATAATTAGGGAAAGTACAAAAGTGTATCCTTTGGTTGCACCTTTTTTCCATTTAGGACTGACT
TTTTTCTTGTCATTTTCGGGTTTGTAGTTTTTTTTCCCTTTCATTCTTTACCCTCCCAACTAATGTTGATATATATTTTTTAATGTCAAAACATTAATAAACATTGATTTTCAATAAAAA
AAGTCATTTTTCTAAGTTATTTACTGTCAAACTGACTAATAGGATAGTCCTAAAAATATATAAACTTATTTTAAAAATTATTTCATCTTATTTCTCATAAAATTAAAAAATACGTATTAA
TTTATTAATCTTGCGTTCATTATAATTAGTTGTATATTGAAAAGAAAATAAAGCTAAAGACTTTAAAATAATAAGATTAAAATAAGGGACGTAATTTTTTATACTTTTTTCCAAATATTA
TATCTTGTTAAAGGTAGCTAAGCAATATAAAATTTGCAGGTATATGCTGAAAAGTATGCTGAAGATAAGGAGGCATTCTTCAAGGATTATGCTGAAGCCCATGCTAAGCTGAGCAATGCA
GGGGCCAAATTTGATCCTCCTGAGGTTTGTTATCACGAGTGTTATGAGTGCTTGTCTTTTGGTGCTACATTTATTCTTTTTCTTCTTTTACATGTCATTACCCTGACTCAATTCCTTTGC
ATAAACGAATGCGATATCGTTTTGGCTGTTGTAAAAACTTCTGTCTTAAAATAGGCGTCGAATTGATGAAATGTAACAGGTACCTGAACATGTGTATCTAGTGATTCTTCATGGGTTCAG
CCTAACTAATCCTTACTAATTGGTTACATTAGGCACACCCGACAATGCACGGAAACCTGTACACAAGCGCACCTACTATTTCTCTGTTTCCTTTGATTTGGCTTGGAAATCCGATCAATT
AATTTTACTAGAATAGTAGAAAGTCGGTGACTTTGAGAAACTGATTGATGAATTTGATGATCAGGGTATTGTGTTAGATGGCGCTGTGGGAGAGCAGTTTGTGGCAGCCAAGTACTCATC
TGGGAAGGTTGGAACTAGAAAGTGTTTCATTTATTTTTTGTATAGGGGTTATCAATTCCTTGCTTATTGGTCACGTGAAAGATTTTTACGTAGGAAATTAAATTTTTGCAAAATTGTTCA
TTTTTTTTACTTTTCATGATTGCTGCAGGAT

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CDS►
Send to BLAST

.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2

Retrieve as FASTA