Entry information : RcPrx46 (29863.m001072)
Entry ID 9371
Creation 2011-06-30 (Qiang Li)
Last sequence changes 2011-10-03 (Qiang Li)
Sequence status partial
Reviewer Qiang Li
Last annotation changes 2012-01-04 (Qiang LI)
Peroxidase information: RcPrx46 (29863.m001072)
Name (synonym) RcPrx46 (29863.m001072)
Class Class III peroxidase     [Orthogroup: Prx007]*
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Euphorbiaceae Ricinus
Organism Ricinus communis    [TaxId: 3988 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value RcPrx46
start..stop
S start..stop
PpePrx02 457 8e-164 9..281 84..357
PtrtrPrx06 454 8e-164 2..280 3..281
NtPrx15 454 1e-162 9..281 79..354
FvPrx01 452 1e-161 9..281 82..355
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 243824..244051 228 N° 2 247764..248381 618  
join(243824..244051,247764..248381)


exon

Literature and cross-references RcPrx46 (29863.m001072)
DNA ref. Phytozome 12:   29863 (243824..248381)
Protein sequence: RcPrx46 (29863.m001072)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   282
PWM (Da):   %s   30776.29  
PI (pH):   %s   4.58
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
LIVLYVRTYTQGCDGSVLLDGSASGPSEQEAPPNLSLRQQAFKIIDDLRQRVHEECGRIVSCSDIVAIAARDSVALSGGPDYDIPLGRRDGLTFATRNATLANLPAPSSNTSTLLTSLATKNLNATDVVALSGGHTIGISHCTSFEDRLYPTQDPTMDKTFASDLKGTCPTSNYTNTTVLDIRSPDRFDNKYYVDLMNRQGLFTSDQDLYTDTRTRDIVKSFAVNQSLFFEKFVFSMIKMGQLSVLTGTQGEVRANCSVRNSDNTYLVTVVEEDLETLSELR

Retrieve as FASTA  
Remarks Partial sequence from genomic. Incorrect prediction from phytozome (5' end is missing due to the 'NNNNN' in DNA).
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TTAATTGTATTGTACGTACGTACGTACACACAGGGATGTGACGGATCAGTGTTGCTTGATGGATCGGCAAGCGGACCAAGCGAACAGGAAGCGCCGCCCAATCTGAGCTTGCGGCAACAG
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GAGTGTGTTGACAGGTACACAAGGGGAAGTTCGTGCCAATTGTTCGGTGAGGAATTCGGACAATACATACTTGGTTACTGTGGTAGAAGAGGATCTGGAGACGTTGTCCGAATTGAGA

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TTAATTGTATTGTACGTACGTACGTACACACAGGGATGTGACGGATCAGTGTTGCTTGATGGATCGGCAAGCGGACCAAGCGAACAGGAAGCGCCGCCCAATCTGAGCTTGCGGCAACAG
GCATTTAAGATCATCGACGACCTGCGCCAGCGGGTGCATGAGGAGTGCGGCCGTATCGTCTCTTGTTCTGATATAGTCGCTATTGCCGCTCGCGATTCTGTTGCCCTG
TCAGGTGGCCCT
GATTATGATATTCCACTGGGAAGACGAGATGGACTAACCTTCGCAACGCGAAATGCAACCTTGGCTAACCTGCCAGCACCCAGTTCTAACACTAGCACACTCCTCACTTCCCTAGCCACC
AAGAACCTGAATGCCACCGACGTTGTAGCCCTATCCGGCGGCCATACAATCGGTATTAGCCATTGTACCTCTTTCGAAGACCGATTGTATCCAACCCAAGATCCTACAATGGACAAAACT
TTTGCTAGTGACCTCAAGGGAACTTGCCCTACATCAAACTACACTAATACTACAGTGTTGGATATTAGATCCCCTGATAGGTTTGACAACAAGTATTATGTTGATCTCATGAATCGCCAA
GGTTTGTTTACCTCGGATCAAGATTTGTACACGGACACAAGGACAAGGGACATTGTTAAAAGCTTTGCTGTTAATCAATCCCTGTTCTTTGAAAAGTTCGTGTTTTCAATGATCAAGATG
GGGCAGTTGAGTGTGTTGACAGGTACACAAGGGGAAGTTCGTGCCAATTGTTCGGTGAGGAATTCGGACAATACATACTTGGTTACTGTGGTAGAAGAGGATCTGGAGACGTTGTCCGAA
TTGAGA

Retrieve as FASTA