Sequence Properties
first value : protein second value (mature protein) |
Length (aa): |
336 (304) |
PWM (Da): |
36246.42 (32842.7) |
Transmb domain: |
i12-29o |
PI (pH): |
9.16 (8.95) |
Peptide Signal: |
cut: 33 range:33-336 |
|
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
|
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2 |
MCSAARGVRRHGSPVIIAWAIVFFSVFASSEAQLQVGYYNYTCPR AEDLVRNVVRAAILRDPGNGPGLVRLFFHDCFVRGCDASVLLDAVPGSNARVEKMSQANNPSLRGFAVIDRAKRVLERRCRGTVSCADIVAFAARDACGIMGGIDFAVPSGRRDGAVSAESDVLNNLPPPFFNATQLVAGFAAKNLTADDMVVL SGAHSFGRSHCSAFSFRLYPQVAPDMDAAYAAQLRARCPPPAAPPATGRRDRVVDLDPVTKLVLDNQYYKNIQRGEVLFTSDATLVSQSDTAALVDLYARNRKLWASRFAAAMVKMGNLD VLTGSQGEIRKFCNRVN* |
Retrieve as FASTA
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Remarks |
chromosome 1. No ESTs. Incorrect prediction from Phytozome (Exon 1 and start of exon 2 are missing, extra intron in 3' leading to the lack of GEIR). Exon 1 detected 6000 bp upstream |
DNA ►
Send to BLAST
|
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2 |
ATGTGCAGCGCAGCACGCGGTGTTCGTCGTCACGGCTCGCCGGTGATCATAGCGTGGGCGATCGTGTTCTTCTCCGTTTTTGCGTCGTCGGAGGCGCAGCTGCAGGTCGGATACTACAAC TATACTTGCCCCAGGGCGGAGGACCTCGTCCGCAACGTCGTCCGCGCCGCCATCCTCCGCGACCCCGGCAATGGCCCCGGTCTCGTCCGCCTCTTCTTCCACGACTGCTTCGTCAGGGTC AGTACACTAACACCCGCAAACCAGCTACTCTCTCCGTCCCAGTATGTCCTAATTTAATTAGGATGAGATTAGACTTTTACTAGAACTACAAATTTAGACAACTAGGAAGGTAGCCCGCGC ATTCACGCGGACACGTACCGTACGTAGGATAAATTTGAGAAACTTATAAAGGCGGTATACCAACGAAATAATATCTGCAAAGTTTTAAAATTATGTTTTTTTAATAAATTTTCTTTGTTA GAATTGTATGACGAATTTAATTGTTATTTATAAAATTACCGGAGATTAGGGTTGGTAACTTACAGTATAAAAAATGGTATCTGAGACATATGACTCTTGAGATTCCATATGAAAAGAGAG AAAACTTAACTCTTGAGATTCCATATGAAAAGAGAGAAAACTTAAGTTATAAAATACATTACATATACAACCATATATAATTAAACCATATATAATTAATGGCTCTACCCATTTTTGTAG AAAAATTGATAATCAATTTATTATTTGATGGCAAACATAGATTGGTCATAGCTATGGATAATTCCGCATAGGAAATTATGAATTCCATAGGGAAAGAGAGAAAACTTAAGTTATAAAAGG CATTACATACACAACCATATATAATTAATGGCTCTACTGATTTATATAGAAAAACTGATAATTAATTTATAAAACAAAATATATGACCCTCGATTTTAGACCATTATTTCTAGCCATTGG 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TTAATAGCAGAGCTCACTGCTTTACTATAAGTCAATGTTGGAGCTAACTTGTATAATAGTTTAGCTATAAGGTTAACTTTATTTTTTCCATTCTCTCTCTTTCTCACTCTATGAATTTAA TGCAATTTTTTTAGAGCTTGTGTGGAGCTGGCTCTTGCATGAGAGTCAAAACTACCCACTTTTCTTTATCTCTCTTCCACATAAGCATATAGCTTGCTTATAACCCATTACTATCCTTGC TCTAAGTAGTTTAATAGACTTTTAGTATATAATAATAGATAGATGTGTCAATTCATAGTTTTAGAATGAGATTGTTACGTATTGGGACGGAGGGAGTAGCTAACTAAGCTCGTTTGCATG GTCAAGGCTGACCCTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTCTGCGTGTGTGTACGTAGGGGGGTGTGACGCGTCCGTGCTGCTGGACGCCGTCCCGG GCAGCAACGCGAGGGTGGAGAAGATGTCGCAGGCGAACAACCCCAGCCTCCGGGGCTTCGCCGTCATCGACCGCGCGAAGCGCGTCCTGGAGCGGCGTTGCCGGGGCACCGTCTCCTGCG CCGACATCGTCGCGTTCGCGGCGCGCGACGCCTGCGGCATCATGGGCGGGATCGACTTCGCCGTGCCGTCGGGGAGGCGCGACGGCGCCGTCTCCGCCGAGTCCGACGTGCTCAACAACC TCCCGCCGCCGTTCTTCAACGCCACCCAGCTCGTCGCCGGCTTCGCCGCCAAGAACCTCACCGCCGACGACATGGTGGTGCTCTCCGGCGCGCACTCCTTCGGCCGCTCCCACTGCTCCG CCTTCTCCTTCCGCCTCTACCCGCAGGTCGCGCCCGACATGGACGCCGCCTACGCCGCGCAGCTCAGGGCGCGGTGCCCGCCGCCGGCGGCGCCGCCAGCGACGGGGAGGCGGGACAGGG TGGTGGACCTTGACCCGGTGACGAAGCTGGTGCTCGACAACCAGTACTACAAGAACATCCAGAGAGGGGAGGTACTGTTCACGTCGGACGCCACGCTCGTCAGCCAGAGCGACACGGCGG CGCTCGTCGACCTGTACGCGCGGAACCGGAAGCTGTGGGCGTCGCGGTTCGCCGCCGCCATGGTCAAGATGGGCAACCTCGACGTACTCACGGGAAGCCAAGGGGAGATCAGGAAATTTT GCAATAGAGTAAATTAG |
Retrieve as FASTA
|
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CDS►
Send to BLAST
|
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2 |
ATGTGCAGCGCAGCACGCGGTGTTCGTCGTCACGGCTCGCCGGTGATCATAGCGTGGGCGATCGTGTTCTTCTCCGTTTTTGCGTCGTCGGAGGCGCAGCTGCAGGTCGGATACTACAAC TATACTTGCCCCAGGGCGGAGGACCTCGTCCGCAACGTCGTCCGCGCCGCCATCCTCCGCGACCCCGGCAATGGCCCCGGTCTCGTCCGCCTCTTCTTCCACGACTGCTTCGTCAGGGGG TGTGACGCGTCCGTGCTGCTGGACGCCGTCCCGGGCAGCAACGCGAGGGTGGAGAAGATGTCGCAGGCGAACAACCCCAGCCTCCGGGGCTTCGCCGTCATCGACCGCGCGAAGCGCGTC CTGGAGCGGCGTTGCCGGGGCACCGTCTCCTGCGCCGACATCGTCGCGTTCGCGGCGCGCGACGCCTGCGGCATCATGGGCGGGATCGACTTCGCCGTGCCGTCGGGGAGGCGCGACGGC GCCGTCTCCGCCGAGTCCGACGTGCTCAACAACCTCCCGCCGCCGTTCTTCAACGCCACCCAGCTCGTCGCCGGCTTCGCCGCCAAGAACCTCACCGCCGACGACATGGTGGTGCTCTCC GGCGCGCACTCCTTCGGCCGCTCCCACTGCTCCGCCTTCTCCTTCCGCCTCTACCCGCAGGTCGCGCCCGACATGGACGCCGCCTACGCCGCGCAGCTCAGGGCGCGGTGCCCGCCGCCG GCGGCGCCGCCAGCGACGGGGAGGCGGGACAGGGTGGTGGACCTTGACCCGGTGACGAAGCTGGTGCTCGACAACCAGTACTACAAGAACATCCAGAGAGGGGAGGTACTGTTCACGTCG GACGCCACGCTCGTCAGCCAGAGCGACACGGCGGCGCTCGTCGACCTGTACGCGCGGAACCGGAAGCTGTGGGCGTCGCGGTTCGCCGCCGCCATGGTCAAGATGGGCAACCTCGACGTA CTCACGGGAAGCCAAGGGGAGATCAGGAAATTTTGCAATAGAGTAAATTAG |
Retrieve as FASTA
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