Entry information : CrubPrx17-1B (Carubv10024601m)
Entry ID 12844
Creation 2014-02-04 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2014-02-04 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2014-04-10 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: CrubPrx17-1B (Carubv10024601m)
Name (synonym) CrubPrx17-1B (Carubv10024601m)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx020]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Brassicaceae Capsella
Organism Capsella rubella    [TaxId: 81985 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value CrubPrx17-1B
start..stop
S start..stop
CagraPrx02 674 0 1..328 1..328
AhalPrx10 601 0 1..328 1..329
AtPrx17 600 0 1..328 1..329
BstrPrx57 595 0 13..328 13..328
Literature and cross-references CrubPrx17-1B (Carubv10024601m)
DNA ref. Phytozome 12:   scaffold_4 (579884..581028)
Protein sequence: CrubPrx17-1B (Carubv10024601m)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   329 (309)
PWM (Da):   %s   36762.42 (34502.1)  
PI (pH):   %s   6.37 (5.85) Peptide Signal:   %s   cut: 20 range:20-328
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MSLLHHLILY LTLLTVVRGD ILRPRFYSQS CPEAESIVRR EMKKAMMKEA RSVASVMRLQ FHDCFVNGCD ASVLLDDTPN MLGEKLALSN INSLRSFEVV DNIKEALEKA CPATVSCADI  IIMASRDAVA LTGGPDWEVK LGRKDSLTAS QKDSDDVMPS PRANATYLID LFKRFNLSTK DLVALSASHS IGQARCFSIM FRLYNQSGSG KPDPALETGY RTKLNKLCPL SVDQNVTGDL 
DATAHVFDNM YFKDLVSGRG FLNSDQTLYT TQETREYVKM FSEDQDEFFR AFQEGMIKMG DLQSGRPGEI RYNCRVANRR PIDVLLES* 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (introns 1 and 2).
Promoter
Send to BLAST
Send to cis Analysis
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATTTCGAAAT GTATATTTGG TTTCAATTAT TTGAGAAAAG TGTGTTTCGT AAATTAAATA TAATATTTTA ATAAACTAAA CAAAAGAATG TTTATTAAAC AAATTATATA CTCACAATGT  ATGTGGTGAC AAACCAATCA GCAAAAACCC GTGTATTTTA AAAAGAATCA TGAAAATGTA TAATATTAAA CGAAATTTTG TATATACATG TATCACATAA GACATATGAG TTTGAAAAAT  TTGTATATAC TTGTATCCTA TAAAAATAAA ATAGAAATAT TAATATACAT CATATTGAAT AAGAGATCAT AAACTAAAAT AGTAAACGAT AAAAAAGAAA AAATAGTAAA CAATAAATCA  TAAGAAAAAA CTCAAAATAA AATGTAAAAG TTGGAAAGAA AAAAATGATG TCTTTATTCA ACAAATGTAT GACAATATAT TGTGAGGAGA GGGTATCGAT TTTTTGGGCG ATTATAGCTA  TTTTGAGTTT AAGTGATTCT GAATTCTTAT AGAAAACACC TTTTCAGCTT TTAAAAAAAT TTAAGTGATT TCCTTTAATT TAATCTATAT GTTTAGAACA TTTTAAGGAA AATTCAGAAT  TTAAGGTAAT TTATTTAAAC TAACTTATGG AATATATTAT ATATTCTTTA TGACTGATTT TGTGTTAGTA GTGATTAATA ATTACAAAGA TAAAATATTG TTATGAAAGT CTTTTTTAGT  TAATTATAAT AATTATCCTA AATTTTGAAT TATTTTTTTG TATCCAAAAT ATTTTCGTAT TACTCATTGA AATATATTAA TGATTGTCAA AATATTTTTT TTTTCAAATT TCAAATATAA  CCATTTCTAG ATATATATGG ATCTCTATAA TTTTGCATTA TTTATGCTAC TGATAAAATA TTATTCTTTT TTATAGGTAA TTCAAATTAA TAAAGATTGG AATAATTTTG AAACCTCTTT  TCATATACTA TTTTTTATTC TGATTAAAAT CTTTTATTTA ATATATTAGA AAATATAAAA AATAATAATA AAGATTTTAT TCTGATTAAA ATCATACACA CTAATTTAAT AACATCTTTC  GTTTTTTATA GCCATATATA TATAGATTCA AATTTTATTT TTTGAAACAT TTAACTAATT CAAACTAATT AACATTTTTA TTGATTATAT TACCATTATT TATGTATTTT AGATGCATTT  TTATATTTGT TATACCAAAT ATTTTTAAAT TATTTTTTTC TATATATCAA AGATTTAAAC GTATAAAAAA TATAATTTTT TTTTGTTTTT TCATATAAGA AATTAATATA CTAATTAGAA  TATTTTTAAA AGATTGAGAT CTTTATATTC ATAAACAAAT TTTCCTTATA AGACATATTT TTTATTTAGC ATTAAAATAT TTTAACATTA ATATAGTTTC CTAAATGATA GGAATCTGAT  GTATATTATT GAAATATTTG GAAAATATTT AACAAAAAAT TTGGCAAATA TCCGATTGGA AATTTAACCC GGAATTTTTT GAAAAACCCG ACCCGAATCC CTTGTGTACT TCTCTTTTAC  TATAGTAGGG ATATATAGTT TGAATTATTT GGCCAACCCA ACGTAAATGT GAAGAAGATA AGGTTTATTT CGTTTTACAA AAGTCAAAAG TGCCTTGGAC TATTCATTTT CTTGAAATCA  AAAGTTGAAA AAATTCATTC AACTTCTTTC ATGACCTTTA AAAGCTTATC AGTTAAATGT GTGTTACACT AGTTTTTTTG ATAAAGAACC TGCCATAATA TTCTAATGAC CATTGACCAA  CATTAACTGC TCATTAGGAC CAAAATCCAT AATTAGAAAA AAATTCTTTA ATTCATTGGA AAAGCCACCA CCACACTCAC TTACCCAAAA AAAAAAACCT TCTAAAAACC TCTTTATATA 
ATCCAACAAA CAAGTCTCTT CTTCTTCTTC ATCATCACTG AAACACAACA CCAAGAACAA GAAAGCAAGA AAAAAAAAAC 

Retrieve as FASTA  
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGTCTCTTC TTCACCATCT CATCCTTTAC CTAACACTCT TGACGGTGGT CAGAGGAGAC ATTCTCCGAC CAAGATTCTA CAGCCAGTCA TGCCCTGAAG CTGAATCCAT CGTAAGAAGA  GAAATGAAGA AAGCTATGAT GAAAGAAGCA AGAAGCGTCG CTTCAGTCAT GCGTCTCCAA TTTCATGACT GTTTCGTCAA TGTAATAAAA ACACAATCTC TCTCTTTCGC TGTCTCTCTC  TGTTTCTTGA TTTTATATTT ATTTAAATTC TTTGAATTTC AACTCAGGGA TGTGATGCAT CTGTGTTGCT TGACGACACA CCAAACATGC TTGGTGAGAA ACTTGCACTT TCCAACATCA  ACTCTCTGAG ATCTTTCGAA GTCGTTGACA ACATTAAAGA AGCTTTAGAG AAAGCTTGTC CTGCTACTGT CTCTTGTGCC GACATCATTA TCATGGCCTC TCGTGACGCC GTTGCTCTTG  TAAGTTCAAT TCAATCAATT TCCCGATTTA AAGATTTCGT TTTAGTGATC TTTTGGTCTT TGAAAAACCA GACAGGAGGA CCAGATTGGG AGGTGAAGCT AGGGAGAAAA GACAGTTTAA  CAGCGAGTCA GAAAGATTCA GACGATGTAA TGCCAAGTCC AAGAGCCAAC GCTACTTACT TGATCGATCT CTTCAAAAGA TTCAATCTTT CTACAAAAGA CTTGGTGGCT TTATCCGCTT  CACACTCAAT TGGTCAAGCT AGGTGCTTTT CGATCATGTT CAGACTTTAT AACCAGTCCG GTTCAGGTAA ACCGGATCCA GCTCTTGAAA CCGGTTACCG TACCAAGCTC AACAAGCTTT  GTCCTTTGAG TGTAGACCAG AACGTGACAG GAGATCTAGA CGCGACGGCT CATGTTTTTG ATAATATGTA CTTTAAAGAC TTGGTCTCAG GGAGAGGGTT TCTAAACTCT GACCAGACTT  TGTACACGAC TCAAGAGACG AGAGAGTATG TGAAGATGTT TAGCGAGGAC CAAGATGAGT TCTTTAGGGC TTTTCAAGAA GGGATGATCA AGATGGGTGA TCTGCAATCT GGGAGGCCTG 
GTGAGATTAG GTATAATTGT AGGGTTGCTA ATAGAAGGCC TATTGATGTA TTGCTTGAGT CTTGA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGTCTCTTC TTCACCATCT CATCCTTTAC CTAACACTCT TGACGGTGGT CAGAGGAGAC ATTCTCCGAC CAAGATTCTA CAGCCAGTCA TGCCCTGAAG CTGAATCCAT CGTAAGAAGA  GAAATGAAGA AAGCTATGAT GAAAGAAGCA AGAAGCGTCG CTTCAGTCAT GCGTCTCCAA TTTCATGACT GTTTCGTCAA TGGATGTGAT GCATCTGTGT TGCTTGACGA CACACCAAAC  ATGCTTGGTG AGAAACTTGC ACTTTCCAAC ATCAACTCTC TGAGATCTTT CGAAGTCGTT GACAACATTA AAGAAGCTTT AGAGAAAGCT TGTCCTGCTA CTGTCTCTTG TGCCGACATC  ATTATCATGG CCTCTCGTGA CGCCGTTGCT CTTACAGGAG GACCAGATTG GGAGGTGAAG CTAGGGAGAA AAGACAGTTT AACAGCGAGT CAGAAAGATT CAGACGATGT AATGCCAAGT  CCAAGAGCCA ACGCTACTTA CTTGATCGAT CTCTTCAAAA GATTCAATCT TTCTACAAAA GACTTGGTGG CTTTATCCGC TTCACACTCA ATTGGTCAAG CTAGGTGCTT TTCGATCATG  TTCAGACTTT ATAACCAGTC CGGTTCAGGT AAACCGGATC CAGCTCTTGA AACCGGTTAC CGTACCAAGC TCAACAAGCT TTGTCCTTTG AGTGTAGACC AGAACGTGAC AGGAGATCTA  GACGCGACGG CTCATGTTTT TGATAATATG TACTTTAAAG ACTTGGTCTC AGGGAGAGGG TTTCTAAACT CTGACCAGAC TTTGTACACG ACTCAAGAGA CGAGAGAGTA TGTGAAGATG  TTTAGCGAGG ACCAAGATGA GTTCTTTAGG GCTTTTCAAG AAGGGATGAT CAAGATGGGT GATCTGCAAT CTGGGAGGCC TGGTGAGATT AGGTATAATT GTAGGGTTGC TAATAGAAGG 
CCTATTGATG TATTGCTTGA GTCTTGA 

Retrieve as FASTA