RedOxiBase: View Perox 12952

Entry information : CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)

Entry ID	12952
Creation	2014-09-09 (Christophe Dunand)
Last sequence changes	2016-02-16 (Achraf Jemmat)
Sequence status	complete
Reviewer	Christophe Dunand
Last annotation changes	2016-06-08 (Christophe Dunand)

Peroxidase information: CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)

Name (synonym)

CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)

Class

Ascorbate peroxidase [Orthogroup: APx2002]

Taxonomy

Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Charophyceae Characeae Chara

Organism

Chara braunii [TaxId: 69332 ]

Cellular localisation

N/D

Tissue type

N/D

Inducer

N/D

Repressor

N/D

Best BLASTp hits

Perox	score	E-value	CbraAPx01 start..stop	S start..stop
CvuAPx05	613	0	114..434	1..352
NhyAPx05	544	0	1..433	1..461
NhyAPx02	541	0	1..433	1..460
RobtAPx04	453	7.39e-160	118..434	4..337

Gene structure Fichier

Exons►

Exon	Start..End	Size	Exon	Start..End	Size	Exon	Start..End	Size	Exon	Start..End	Size
N° 1	1581041..1581298	258	N° 2	1565602..1565769	168	N° 3	1564009..1564137	129	N° 4	1559773..1559860	88
N° 5	1557001..1557068	68	N° 6	1555675..1555761	87	N° 7	1552199..1552273	75	N° 8	1551162..1551239	78
N° 9	1548185..1548289	105	N° 10	1546940..1547041	102	N° 11	1538406..1538564	159
complement(join(1538406..1538564,1546940..1547041,1548185..1548289,1551162..1551 239,1552199..1552273,1555675..1555761,1557001..1557068,1559773..1559860,1564009. .1564137,1565602..1565769,1581041..1581298))

Literature and cross-references CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)

Protein sequence: CbraAPx01 (g540.t1 / CHBRA100g00470)

Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)

Length (aa):	438 (328)
PWM (Da):	47358.13 (35027.0)	Transmb domain:	o414-436i
PI (pH):	8.71 (9.39)	Peptide Signal:	cut: 28 range:28-355

Sequence 479
Send to BLAST
Send to Peroxiscan

.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2

MAAIAAQGASLCKSTTLATLSSAGAGDGGETCQRGRLTRGVQGNDVFQARSAVRSGSADERAPRVRSLLPQLPPRRRKFSSQFLPSISRQELRAKQKSSKRGNGIVSPCASAEAIGVRVEQLRGAREALKEIIQSKYCNPILVRLGWHDSGTYNKEIQEWPTAGGATASIRFKPEIDHGANAGERVAGGPKIPMRYGRLDASSPEFCAPDGNLPDAAPPSPADHLRKVFYRMGLNDKDIVALSGAHTIGRSRPDRSGFGKESTKYTKDGPGAPGGQSWTPEWLVFDNSYFKEVKAKRDEDLLVLPTDAALFEDEGFKAYAEKYAEDQEAFFRDYAESHAKLSELGCKFDPPEGIVIDEPASAADSGFEKFVAAKYSAEAAKPSPKKDGLSPEMREKIRKEYVGWGGSPDEPTPNYFLYIIIGISVLAVIVKFLGIVQS

Retrieve as FASTA

Remarks

Complete sequence from RNA seq and genomic (scaffold_100, 10 introns). First and last introns are very long (undetermined nucleotides)

DNA ►
Send to BLAST

.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2

ATGGCGGCTATCGCTGCTCAGGGGGCTTCGCTTTGCAAGTCAACGACATTAGCCACCCTCTCATCTGCCGGGGCTGGCGATGGCGGAGAAACCTGCCAGCGAGGGAGGCTGACACGTGGC
GTGCAGGGGAACGACGTGTTCCAAGCGCGCTCTGCTGTTCGATCAGGCTCTGCAGATGAGAGGGCGCCACGTGTCAGAAGCTTGTTGCCTCAGTTGCCGCCGCGACGTCGCAAGTTTTCT
TCTCAGTTCCTTCCTTCTGTACGTCGAGCAACTTCCCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTATTCTCTTTCTGTCTCTCTTTCTTTGTTTCTTCGTGAGCA
GGGTGGATATCTGATCAGAGCTCTCTATGCCATTTTATATTTTATATTTTATTTTTTGCTCAAATACCATTTTATATTTTATTTTTTGCTCAAATACTATCGTATATTCATCTGATTACA
AATCAAGATTCGAATTCAGGATGTGTTTACTGCCTTCTTCCCCCGAATACAACGAACGGTCATTATAACTGTATTTGAGGCATCTTTCTGTCTAGATACAGCCATAATGACCGTACGTTG
TATTCGGGGGAAGAAGGTAGCAATTCGTTCTACATTTGTGTATCATTCAGTCACATTCGTGAATAGGTGAACATTGCCTCCACCTTCATCCATACTTTCCTCCCTTTCTCTTCTTCCTTC
TCGTCTTCGTTTTCGTCTTCATCTTCGTCTTCTTCTACCAGTTTCTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTGGTTAAAGGTTCTTTTCCTTGCTTCTTTTTGTCTTCTTCGTCTGCGTCT
TCCTTCTGCTCCTGGATGACTTTTTCATTCTACTTTTATTTACAATAATGATTTCTTTTAGACATGCAGAGTGTTAATTTTATTGATTACATCTTAACAGTCCTGGGCCATATCTTCGAT
CTCTGTCCGTCGTTCCTCGTCCTCGTCCTCGTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATGAACCTTTTCCGAAAGAAACGCCCTTTCTCGCGCAATGTGTGGCGTGAAATCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGAGTATT
AAATTTGCCTTGCATTGTACATATTGGTCAATGGTGGCGGGCAATCCCTCCACATCTCCATCCGGGGGCCAAGTCCCACTAGCAGCGTTGAGTTTCCTCAACGACTGAATCTGGACGTGT
TTGTGGATATGTGTAGAAATGGCGTTGAGTTTTCTCAACTGCACATCTCCACGAACACGTCCAGATTCAGGCGTTGAGGAAACTCAACGCTGCTAGTGGGACCTCGCCCCGGAATGCTGG
GGCCTTCATCATTGGCCAATATGAATGAATAATGCAAGGCAAATTTAATATTTGGCTTGTAAAAATCGGCCACGGTAACTAAAGCATCAACTACCCCCCCCCCAAAAAAAAGAAAAAAAA
AAGCATCAACTATTCCAATGAAAAAAACAATCAAGAGTGGCCAGGGCCGTGGTCTCACTAGCAAAGGGGATAGGAGAGAAATCCTGAATCTGGCAATGTTGTATGCAGAGGTCACAGAAA
AAAGCAGTTCTATGTCGATTTTTTCCTGCTCCTGTCCTCAAACACGTCCAGATTCAGGCATTCACTCCGATGCTCTTTGCTAATGGGACCACGGCCCAGGGGTATTTTGTTTCTCCCGTC
CTCCTTTCGTTTATTTTGGTGATGAAAAAACCAAAAATGTGACTGCTTGGCCAAAAAAAAAAAAAAACCGAGAAAAAATAGTGCCTACCCGCCGTAGTTGGCCAAGGAATGTTATTTTAA
CTTATTGATCAAAAAATTATGAAGGAAATGCATGAAATTCATCCTCCTCCACCCCCTCCACCCCCCCCCCTTCCCCTCCCTTTGCCCCTGGGTCCAAGTCCCACTAGCAGCGTTGAGCTA
CCTCAACGCCTGAATCTGGACATGTTTGTGGAGACGTGCAGTTCAGGAAACTCAACACCATTTCTGCACATCTCAGCAAAAGCGTCCAGATTCAGGGGTTGAGGTAGCTCAACGCTGCTA
GTGGGACTTGGCCCCTGTCTCTCTTTCTTTTTTCCCCAAAAATAACGGCTAAAAGCCTAAAATAGTAAAATTTTTGAACTTCGACTTTTTTTTTTTCCCCCCCGTTTCCGAAGGAATTCT
TATTATTTTAATACGCGCCCAGTCCGCCAGGCAATACGCAACTTTTTTTTATTTTTATTTTTTGTCACACAACAAATATCAATCCAGTTCCAAAAAGGTAACCAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTCCTCCTCTCTTCACCCCTAACCCAACAGCTGCCAAATCTTC
TACCTCTTCAATACATCGACAAACTAATTCAGTCAATTTCTCGACTTGTCCCTATCGTCCTTAATTTAGACCCGGGGCCATGCTAATTAAGGTTCTGAAAATTATAATAATAATAATAAT
ATTAACAACAGTATAATTATAATATTAATAACAACAGTATAATAATAGTAATAATAATAATAATAATAATAATAACAATAATAATAATAAGAAGAAGAAGAAAAATAAAGGTTCTCTTTG
TAGTTCCAAAATTATTTAACGGGAAAAAAAGAAAAACGCATATCCCTCGCGGGGGCTAGGTCCCACTTGCGCTTCCCTCTTTATTTTTTTTATTCTTCCCTTTTTTTCCCCCTTCGTTTC
GTCTGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATTTCTCGATTTATGCTTGTCATCCTTACGCAGGGGCCATGTTAATCTTCTCTGTATCGTTCCAATTTTAACGGTTGTCCCGAAGGACTTGT
TTGAAACACACAAAAAAAAAAAGAAGCTTCAGGAAAAAAAAAAAAAAATCTTCAGAAATTTGTAGATTCGTTTTCGCTTTTTTCTCTTTGACACATGATTGGTCCTGCTCCTCTTCAGCT
TGACCTGTGATGACTCGTTCATCAGACGGATCTCATGACATATGTGAAGGTATATATATAGATATATATATACCTCGTTTGTTGTCCTCTTCTCCCTCTCTGCCTACGGTTTACCGGGCA
GTTCTATTTGACGATATATATTACCGGGCAGTTCTATTTGACGATATATATATATATCGTCAAATAGAACTGCCCGGTAAACCGTAGGCAGAGAGGGAGAAGAGGACAACAAACGAGGGG
CTGTGACAAACTGTTTCGTCGGAGTTTCACCGACTATGTATATCGACGAAACAGTTTGTCACAGCCCCTCGTTTCTTGTCCTCTTCTCTCTCTCTGCCTACGGTTTACGGGNNNNNNNNN
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GAGGAACGGCTGGGCTAAGAGGAATGATTGGTTCCCCGTTCCCGAACGTATATTTTATTATTTTGAATATTTTCACATTTGGACGCAGCTGAGGTGGAACGAGCAATAATGCGTCCTCTT
GCCCGCCTTGCCAGATCAGAAACAGGCTGGTTTATTATGGAAAATCTATCACCTGGTGGTCCCCACAGCGCAATGGCTGGCAAACAACAGTCAGCACAAGGATCAGATGTGTACTGCAGG
GTGTGGACCGGTGGACTCTGTCCCTACCGGTAGTAACCTCTTTGTGCGGTGCCCGACTGCTCGGACCTTTTGGGAATGGTGGGCGCACGAAGGAGCAGACAAGTCTTAGGTGGACGTCGC
GGACTCCGAGGTGGACGATGCAGCGAGGCCTGTGGATCCTGCGGAATGAACGCTGCAGGCAGGGATGCAGGAAGGGAACATCTGCACCGCTGCAAGCATACCAACCAAGAACAGGGGCTG
AAAAATATCAGAGTTGCCCTCCTGGCTGATCTATCGAGATGCAGGCACGCAGGGGAGCAGAAGGAACGAGCCGTCAGGGCAAGATGGGGCCTGTATCCGCAACTGCTCGGCCGGGACCCC
CAGATGGGCCATGATATGCAGTTTGGCCCCTTGCCTGATGCGCCACATGGCACTGCCTAGACCCGAGACAGAGGAAGAATCAGATTAGAGACCTCCACTGATTTGTACTATAGTTAGGAG
GGATGGGTGGGATTGATAGCTGGAGGCTAATAGATGTACTATAGTAGGGAGGATGAAGGGCTGGAAGTAGGTAGATAGGAGAGAGGAACAAGGGAAACTCACTGCTACCAGCGTCGTCAC
CATTGGTTGATGGAAAGGTGTGCTTTCTCATGTTTTGTTGTTTTGCAGATCTCAAGGCAAGAGCTCAGAGCGAAACAGAAATCCTCCAAAAGAGGGAATGGCATTGTCAGTCCTTGTGCT
TCAGCAGAGGCAATCGGTGTGAGAGTTGAGCAGCTAAGGGGCGCAAGGGAGGCATTGAAAGAGATCATCCAGAGCAAATATTGCAATCCAATTTTGGTAGGATTCTGCCTTTTCCTTCTC
CGCTTCATCTGTCTGTCTGTCTGTTTATCACCCTGTCTGTATCTCTGTCTATCTGTCTGTCTGTCGGTCGCTTGGTCAGTTGGTTGGCTGGCCGGGTGTGTCAGATGATCGACTAGTCAG
TCGGTCGGTCAGTTGGTCGGTTGGTCGGTCAGTCAGTAGGTTGGTTGGTTGGTCGGTTCGGTCGGTCAGTGGGTTGGTTGGTTGGGTCAGTTGGTCGGGTCGGTCAATCAGTCGATTGGT
GAGCCCACTGCCAGCCTGCCTGCCTTTCTGTCCATGGGTCAGTCTGTTTGTTGCTCTGTGTGTCAGTCAGTCAGTCAATCAGTCTGTCTGTTTGTCCACCTATCTGCCCACCTGCCCATA
TGTTCGTCCCTCTGTCTGTCTGTCAGTCTCTTTATCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CTCTCCCTACCTCTCCATCCCTCTCCCTCCCTCTCCCTCCCTCTCCCTCCCTCACCTCCTCTTCTCTGTCACTGGCCTTTGCTGATGACAGCAATGCAGCTGTGTTGTTGAATGGGACAG
GTACGGCTTGGTTGGCACGACTCGGGAACGTATAACAAGGAGATCCAAGAATGGCCCACGGCCGGCGGTGCAACGGCAAGCATAAGGTTCAAGCCAGAGATTGATCACGGTGCAAACGCA
GGTGAGAGGGTACTCACACATGGACTTTTCTGGATGTATCTGACGGCAATTACGGCCGACCATGGCTGTATGTGACTCCAATTACGCCCGGAGCTGACTCCAAAAGGTCCTATTGTGAGT
ACGCCAAACGATCAGTTCGGGAGGAACTTGCTCCAGCTATTTAAAACGAAAGCAATTGAAAAAAAGAAGAAATGGAAGAAAAAGAAAGGCAAGGATGGGCCCAGTGAAGCAAATAGCCCG
CAGGCAGGTAACTGACTCCTGGTAGCAAGAACACCGTTGAAATGCAGGCCATGCCGCAATAGGATATTTTATTATTTTTCATGCGTAGTACATGAGCAGATGCGCAAACTGCCAGTACTC
GGCCCCAGCCTTGCAGAAAATGAAGTGGTCCCCACCACCACAAGTTTCGGGGCTTGGCCGTCGTTGACGAATTTCAACAGTGGCCTTCGTCGCGTTTCCGGCCTCCAGAAGTCGAGGTGA
GGGGCCCACAGCCACTTTTCCGGCCTCCGAAAGTCGCAGTGAGGAGTCTGCGGCTGATGTATGGCTGTGTGCTGGTGGTTTAATCATCTTTAATCATTGTTTAAATGTTGTTGTTGTTGT
TGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGTTGCTTTTTGCGGGAGCCTTAGTGCAATCCTAGCAGATAGCACATACAGTAACTCTAGTATGATACATATCCTAGAACAGC
ACATGCACTAGAATAGCACATGCTCTAAAATAGCACATGCACTACTAAGAGTAGCACATGCTCTTGAGTACCACATGCAAGAATAGCACATGCACCAAAGACAGCATATATATTTGTATA
GCAAATGTACAAGCATAGCCCATAATCTACTAGTATAGCACATTTTCAAGCATACCCCGTACACCCGTATAACGCAGATACTAGCGCATATACACACATAGCACATGAACAAGCATATCC
TATATACTGCGGTAGTATAGCACATGTACTCTCATTTAGCACGTGAACAAGCATCGCCCACGTACAAACATAGCCCGTATGCACTAGTATAAAAGAGATACTAGGACATGTACAAGCATA
GCCCATTCACTAGCGTAGCTCATATACATTACCCATCTGAAAACAGTATAACACAGATGCTAGCATATATCAAATAGTGTACTCGCAATACATCTGCCTCAAAGTGTGGTCAGGTACATT
CAGAAACGTAGGGAGGGAAGGGGGGGGAGGGGGGGGGGGGAGAGGAATGCCTCAATCTATCTCTTGTATTTCTCTCCATGGATTCCGTTTGCTGCCATCTTCACCGGAATGGAAACCCCA
GTCATAATTGCTGTATCTAGACTGAAAGTTGCCCCGTATACGGCTATAATGACCACGTGTTCTATTCCAGTGACGATGGTTGGCAGCATTTCTTCTTCTTCTTCTTNNNNNNNNNNNNNN
NNNTGTATCTAGACTGAAAGTTGCCCCGTATACGGCTATAATGACCACGTGTTCTATTCCAGTGACGATGGTTGGCAGCATTTCTTCTTCTTCTTCTTGTTCAGTCTGGAATATCGTTTG
TAACAATTCCTTCAAAGCATTTTTTCATTTTTTTATAACGCGGCACCTTGCGAATATGTTGTGCTGTATCTAAAGCTTTGAGTGATAAGTTTTCAAAGTGTTGAAAATGCGCTTGTACAT
GAAAAATGTGCTAAGAGGGGTTTCCCGCTTATATGCTTTCAGCGGTTCTCCCATACCAACGTAGCTACCCGGCAATGCCACTGGCATGACAACCGGTCCACCATAGGTTGACCCATCCCA
GTCCTCTCGTACTAGGGATGGCTTCTCTCAATTCTCTTCACATCACCAACGGTAGATAGTGAAACAGTTTTCACCTTTGGCAGTAGCCGATGCAGATCCCAGGGGTCGATCCCTTGACCT
CAGCTTACCTGTGTACAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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