Entry information : HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Entry ID 13740
Creation 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Name (synonym) HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Class Copper chaperone for SOD    [Orthogroup: CCS001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaCCS01
start..stop
S start..stop
ThasCCS01 392 5e-138 3..315 4..321
LeCCS01 390 2e-137 37..307 34..309
AtCCS01 382 4e-134 48..315 51..320
MpalCCS01 323 2e-110 70..311 111..355
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 126354600..126354824 225 N° 2 126354912..126354938 27 N° 3 126355584..126355656 73 N° 4 126355734..126355868 135
N° 5 126355947..126356170 224 N° 6 126357322..126357582 261  
join(126354600..126354824,126354912..126354938,126355584..126355656,126355734..1 26355868,126355947..126356170,126357322..126357582)


exon

Literature and cross-references HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr02 (126354600..126357582)
Protein sequence: HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   315
PWM (Da):   %s   33283.92  
PI (pH):   %s   6.15
Sequence 356
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MGFLRTVAAASTTTAITAALTLNSISPSSSSSHNNHNFTKPFFNQPFSSPNRFGLIKNLTSPPSALHMDTKQAPKLDAELPEVMTEFMVDMSCEGCVKAVKNKLQTVNGIKSVDVDLSNQVVRIFGSSPVKTMAEALEQTGRKARLIGQGLPGDVLITAAVAEFKGPQIFGVVRLAQVSMELARIEANFSGLSPGKHGWSINEFGDLTRGAASTGKVFNPVNQLSEEKALGDLGTLEADENGEAFFSGVKKNLKIADLIGRAIAVYENEDRGDAGLAAAVVARSAGVGENYKKLCTCDGTTIWEATNADYVSSKV

Retrieve as FASTA  
Remarks SOD copper chapperone containing two domains: Heavy-metal-associated domain (HMA) and Copper/zinc superoxide dismutase.
DNA
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.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TGGGTTTTCTTAGAACAGTTGCAGCAGCGTCAACAACTACGGCCATTACAGCAGCACTCACCCTTAACTCCATTTCACCATCTTCATCCTCATCACACAATAATCACAACTTCACAAAAC
CCTTTTTCAATCAACCCTTTTCATCCCCAAATCGTTTCGGCCTCATCAAGAATCTCACCAGCCCCCCTTCTGCTCTTCACATGGACACTAAACAGGCTCCAAAG
GTTGCAACTTTTTGCT
TCAATTTGAACAATTGAATTGAGTTCAATATGGGTTTTGGTTTTAATTTGTGGGTTTTTGTTTTCTTGCAGCTTGATGCGGAATTGCCGGAAGTTATGGTGCGTTTTTTTTTTAAAATTA
TTGTTTTTCTGTTGGGTTTTTGATTGGAATAATCTTGTGGTTTCTAGGGTTTCTTTGTTAATTTGGGAATAGTTAAGTTGATATGGATTGGTTAATAGAAATTAACAGAAACTAGGGGTG
TTGATCGTGTTTATTATTCGGGTTTCGGGCAGTTCGGGTGGGGTTTTTTTGTGTATGATGCTGTATCTGATAACCGATCCATATCACTATCAGGTTCAGTCGGGTTGTTTGGTTATCGGG
TTATCGGGTCTGGTAGTTCGAGTTTGGACATATTTGTTAATAACTCTCTTACTATTTGGAAAGTTATGTTTACTCAGGAATTCTTGATAACATGCCAAACGAAACCAATGTAATTCGGGT
TTTGGGTTAATCAGTTTGGTTTATTTGAGTTTTTGATGTTTATATAGGTCGATTTGGCACCCGGCCCTAATAACAATCGGTTTAATCGGTTTTCGGGTAACAGGTTTGTTCGGGTTGGGT
TAATCGGGTATGGGTGAAAGCGGGTCAGGCCGTCAAGTTACTCGGGTATGGCTAAAATCGGCGTGCCTAAACAGAAACCTTAAAAATTGAAAATGTGGGATTAAGTTTTGGTAATCTGAG
ATCTTGTATTCCTGCAATTACAGACAGAGTTCATGGTGGATATGAGTTGTGAAGGTTGTGTTAAAGCTGTCAAGAATAAGTTGCAAACAGTCAATGGTCAGTATTATGAGCACGATCACA
TTACAGTTGGTGTTTTATGTGTTTAACATCTTGTTTATATTATGTTCTTATAGGAATTAAGAGCGTTGATGTGGATTTGAGCAATCAAGTAGTTAGAATTTTTGGGTCTTCACCGGTTAA
GACCATGGCTGAAGCCTTGGAGCAGACCGGTAGGAAAGCCCGGCTAATTGGTCAAGGGTTACCAGGAG
GTTAGTGAGTCAAATAATTCATTTCAAAACACATTCAAAGACCCTCTAAACT
CTCTTTCTGCCCATTTTGCCATTCAGATGTCTTAATTACTGCTGCTGTTGCTGAATTCAAAGGCCCACAAATATTTGGGGTGGTCCGTCTGGCCCAAGTGAGTATGGAATTGGCTAGAAT
CGAAGCCAACTTCAGTGGGTTGTCACCTGGAAAACACGGTTGGTCCATCAACGAATTCGGTGATCTTACTCGAGGTGCCGCCAGTACTGGCAAAGTGTTTAATCCTGTTAATCAGCTCTC
AGAAGAAAAG
GTCAGATTTTATTAACATATCAATAACTTTTAATTGGTGTAGTGTAGGCTGTTTATTATACGGTTAATACCATATCCCTGAACTTAATTTTGGTATATTAAAGTCCCAAA
CTTGTCAAAAATACACACAAAAAGTCCCTCAACCTAATATCGGTATATTCAAGTCCCTAAACTTTTGTATAATGCATGTACATGTGAAATAAAAATAAAATAATGACTTATTACCCACCA
GTAAGGGTGTAAATGAGCCGAGCCGAGCCGAGCCGAGCCTGAGCCTTCTACTACTCGAGCTCGGCTCATCATATTTTTTGAAGCTCGACCTCGGCTCGGTTCCAGCCTACTATTTTGAGA
TCGAGTTCGGATCGCAAGTAACACCCAAAGATCGAGCTCGGCTTGGCTCGAGGTAATTTGAGAACTATCTCAAACAAGCTAAAAGCTCGGCTCAAGCTCGCTTCGATATAGCTTAAACGA
TCCAAAGCTCGTCTCGCCAATGTTACAATAGTTGTATTTTATATATAAAAATAATTTAAAATTACGTTTGGGCTTGCAGGCCTAAGCGAACTTTGTATGTCTAGCTCGAGCTCGGACTCG
ATAACCAAAGTCCAAACGAGTCATGTTTTAAGCTCGGGCCCGGGCCCGGGCTTGTTTGAGCTTTTTATCAATCTGATCCCGAGTAGCCCTCAAGCCGCTGTGCATCGTTCACACTCCTAC
CCACCAGTCAAAATTAGATAAAGTGATATTCAATACTTTTTGCACAAAACAATTCAGACCATCTTATTTTTATCAATTTAAGAGCTAACAAGTTATGCTAAAAAAACTTATTAGTACGTT
CATTTTTATACAAATTTATTGACTTTTTAATATGCTAATTAGAGACTTTTTCGTGTATATTTTACAAGTTTAGGTTAATTGAATTTCATATACTAAAATTGGAGACTTATTTGTGTATAT
TTTCAAGTCTAGGGACTTTAACATATACTAAAATTAGAAACTTTTTCGTGTATTTTTATAAGTTTAGGGACTTTAATGTACCAAAAATTAGTTTGGATTTTTTTGCAAAAAGAAAACGAA
AGTATGTTGGTTTTTTATGGCATTAACCTTTTCTTATATGAAAAAGTAAATCGTCTTCTGGTTAAATAATAATATATGTAGGCGCTCGGTGACCTGGGAACACTAGAGGCTGATGAGAAC
GGTGAAGCGTTCTTCTCGGGTGTGAAAAAGAACCTTAAAATCGCGGATCTTATTGGTCGAGCAATAGCGGTGTATGAAAATGAAGACAGAGGTGATGCTGGGCTTGCGGCAGCGGTTGTA
GCAAGAAGTGCAGGAGTTGGTGAGAACTACAAGAAGCTCTGCACCTGTGATGGCACCACCATTTGGGAAGCAACCAATGCTGATTATGTATCCAGTAAAGTT

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TGGGTTTTCTTAGAACAGTTGCAGCAGCGTCAACAACTACGGCCATTACAGCAGCACTCACCCTTAACTCCATTTCACCATCTTCATCCTCATCACACAATAATCACAACTTCACAAAAC
CCTTTTTCAATCAACCCTTTTCATCCCCAAATCGTTTCGGCCTCATCAAGAATCTCACCAGCCCCCCTTCTGCTCTTCACATGGACACTAAACAGGCTCCAAAG
CTTGATGCGGAATTGC
CGGAAGTTATG
ACAGAGTTCATGGTGGATATGAGTTGTGAAGGTTGTGTTAAAGCTGTCAAGAATAAGTTGCAAACAGTCAATGGAATTAAGAGCGTTGATGTGGATTTGAGCAATCAAG
TAGTTAGAATTTTTGGGTCTTCACCGGTTAAGACCATGGCTGAAGCCTTGGAGCAGACCGGTAGGAAAGCCCGGCTAATTGGTCAAGGGTTACCAGGAG
ATGTCTTAATTACTGCTGCTG
TTGCTGAATTCAAAGGCCCACAAATATTTGGGGTGGTCCGTCTGGCCCAAGTGAGTATGGAATTGGCTAGAATCGAAGCCAACTTCAGTGGGTTGTCACCTGGAAAACACGGTTGGTCCA
TCAACGAATTCGGTGATCTTACTCGAGGTGCCGCCAGTACTGGCAAAGTGTTTAATCCTGTTAATCAGCTCTCAGAAGAAAAG
GCGCTCGGTGACCTGGGAACACTAGAGGCTGATGAGA
ACGGTGAAGCGTTCTTCTCGGGTGTGAAAAAGAACCTTAAAATCGCGGATCTTATTGGTCGAGCAATAGCGGTGTATGAAAATGAAGACAGAGGTGATGCTGGGCTTGCGGCAGCGGTTG
TAGCAAGAAGTGCAGGAGTTGGTGAGAACTACAAGAAGCTCTGCACCTGTGATGGCACCACCATTTGGGAAGCAACCAATGCTGATTATGTATCCAGTAAAGTT

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TTCTCCATGG TTTTTCAACC ACAAGAGTGT CATCACATCA AGTCATGAAT GGCATGCATC CGGATGCCTC TAGAACCCAC ACCAGAATTT TAATAATAAT AATAATAATA CCTTAATATT  ATTATTCGAT TTTCATTAAA TTCGTCTATT CACAATGGGT TTTCTTAGAA CAGTTGCAGC AGCGTCAACA ACTACGGCCA TTACAGCAGC ACTCACCCTT AACTCCATTT CACCATCTTC  ATCCTCATCA CACAATAATC ACAACTTCAC AAAACCCTTT TTCAATCAAC CCTTTTCATC CCCAAATCGT TTCGGCCTCA TCAAGAATCT CACCAGCCCC CCTTCTGCTC TTCACATGGA  CACTAAACAG GCTCCAAAGC TTGATGCGGA ATTGCCGGAA GTTATGACAG AGTTCATGGT GGATATGAGT TGTGAAGGTT GTGTTAAAGC TGTCAAGAAT AAGTTGCAAA CAGTCAATGG  AATTAAGAGC GTTGATGTGG ATTTGAGCAA TCAAGTAGTT AGAATTTTTG GGTCTTCACC GGTTAAGACC ATGGCTGAAG CCTTGGAGCA GACCGGTAGG AAAGCCCGGC TAATTGGTCA  AGGGTTACCA GGAGATGTCT TAATTACTGC TGCTGTTGCT GAATTCAAAG GCCCACAAAT ATTTGGGGTG GTCCGTCTGG CCCAAGTGAG TATGGAATTG GCTAGAATCG AAGCCAACTT  CAGTGGGTTG TCACCTGGAA AACACGGTTG GTCCATCAAC GAATTCGGTG ATCTTACTCG AGGTGCCGCC AGTACTGGCA AAGTGTTTAA TCCTGTTAAT CAGCTCTCAG AAGAAAAGGC  GCTCGGTGAC CTGGGAACAC TAGAGGCTGA TGAGAACGGT GAAGCGTTCT TCTCGGGTGT GAAAAAGAAC CTTAAAATCG CGGATCTTAT TGGTCGAGCA ATAGCGGTGT ATGAAAATGA  AGACAGAGGT GATGCTGGGC TTGCGGCAGC GGTTGTAGCA AGAAGTGCAG GAGTTGGTGA GAACTACAAG AAGCTCTGCA CCTGTGATGG CACCACCATT TGGGAAGCAA CCAATGCTGA  TTATGTATCC AGTAAAGTTT AATCCAAACC GTTTAAACAC ATTTTGTTTG TTTGTTTGTT TTCAATAAAG TTTAATCCGA TACAGTTTAA ACTATACCTA GGTGTGATTT GAATGCAGAG  AGATTGTTTT ATGTCAATTT GATTGTATCT ACTTGTCTTT ATGTGTTGAT ATTATTGCAC CATCTCTATG TTAAGGGGTC AATGAGCAGT GGCGGATCTA GAAAACTTTC ATAGGGGTAA 
CGTCTTAAAA GAAAGGGGTA ACGAAATCGA AAAA 

Retrieve as FASTA