Entry information : HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Entry ID 13740
Creation 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Name (synonym) HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Class Copper chaperone for SOD    [Orthogroup: CCS001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaCCS01
start..stop
S start..stop
ThasCCS01 392 5.52e-138 3..315 4..321
NoffCCS01-1A 390 2.53e-137 3..315 4..323
LeCCS01 390 2.56e-137 37..307 34..309
AtCCS01 382 3.87e-134 48..315 51..320
Gene structure Fichierperl './assets/cgi-bin/draw_exon.pl' '13740' 'join(126354600..126354824,126354912..126354938,126355584..126355656,126355734..126355868,126355947..126356170,126357322..126357582)' Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 126354600..126354824 223 N° 2 126354912..126354938 25 N° 3 126355584..126355656 71 N° 4 126355734..126355868 133
N° 5 126355947..126356170 222 N° 6 126357322..126357582 259  
join(126354600..126354824,126354912..126354938,126355584..126355656,126355734..1 26355868,126355947..126356170,126357322..126357582)


exon

Literature and cross-references HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr02 (126354600..126357582)
Protein sequence: HaCCS01 (HanXRQChr02g0047721/CCS)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   315
PWM (Da):   %s   33283.92  
PI (pH):   %s   6.15
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MGFLRTVAAASTTTAITAALTLNSISPSSSSSHNNHNFTKPFFNQPFSSPNRFGLIKNLTSPPSALHMDTKQAPKLDAELPEVMTEFMVDMSCEGCVKAVKNKLQTVNGIKSVDVDLSNQ
VVRIFGSSPVKTMAEALEQTGRKARLIGQGLPG
DVLITAAVAEFKGPQIFGVVRLAQVSMELARIEANFSGLSPGKHGWSINEFGDLTRGAASTGKVFNPVNQLSEEALGDLGTLEADEN
GEAFFSGVKKNLKIADLIGRAIAVYENEDRGDAGLAAAVVARSAGVGENYKKLCTCDGTTIWEATNADYVSSKV

Retrieve as FASTA  
Remarks SOD copper chapperone containing two domains: Heavy-metal-associated domain (HMA) and Copper/zinc superoxide dismutase.
DNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGGTTTTCTTAGAACAGTTGCAGCAGCGTCAACAACTACGGCCATTACAGCAGCACTCACCCTTAACTCCATTTCACCATCTTCATCCTCATCACACAATAATCACAACTTCACAAAA
CCCTTTTTCAATCAACCCTTTTCATCCCCAAATCGTTTCGGCCTCATCAAGAATCTCACCAGCCCCCCTTCTGCTCTTCACATGGACACTAAACAGGCTCCAAAG
AGGTTGCAACTTTTT
GCTTCAATTTGAACAATTGAATTGAGTTCAATATGGGTTTTGGTTTTAATTTGTGGGTTTTTGTTTTCTTGCAGCTTGATGCGGAATTGCCGGAAGTTATGTGGTGCGTTTTTTTTTTAA
AATTATTGTTTTTCTGTTGGGTTTTTGATTGGAATAATCTTGTGGTTTCTAGGGTTTCTTTGTTAATTTGGGAATAGTTAAGTTGATATGGATTGGTTAATAGAAATTAACAGAAACTAG
GGGTGTTGATCGTGTTTATTATTCGGGTTTCGGGCAGTTCGGGTGGGGTTTTTTTGTGTATGATGCTGTATCTGATAACCGATCCATATCACTATCAGGTTCAGTCGGGTTGTTTGGTTA
TCGGGTTATCGGGTCTGGTAGTTCGAGTTTGGACATATTTGTTAATAACTCTCTTACTATTTGGAAAGTTATGTTTACTCAGGAATTCTTGATAACATGCCAAACGAAACCAATGTAATT
CGGGTTTTGGGTTAATCAGTTTGGTTTATTTGAGTTTTTGATGTTTATATAGGTCGATTTGGCACCCGGCCCTAATAACAATCGGTTTAATCGGTTTTCGGGTAACAGGTTTGTTCGGGT
TGGGTTAATCGGGTATGGGTGAAAGCGGGTCAGGCCGTCAAGTTACTCGGGTATGGCTAAAATCGGCGTGCCTAAACAGAAACCTTAAAAATTGAAAATGTGGGATTAAGTTTTGGTAAT
CTGAGATCTTGTATTCCTGCAATTACAGACAGAGTTCATGGTGGATATGAGTTGTGAAGGTTGTGTTAAAGCTGTCAAGAATAAGTTGCAAACAGTCAATGTGGTCAGTATTATGAGCAC
GATCACATTACAGTTGGTGTTTTATGTGTTTAACATCTTGTTTATATTATGTTCTTATAGGAATTAAGAGCGTTGATGTGGATTTGAGCAATCAAGTAGTTAGAATTTTTGGGTCTTCAC
CGGTTAAGACCATGGCTGAAGCCTTGGAGCAGACCGGTAGGAAAGCCCGGCTAATTGGTCAAGGGTTACCAGGAG
AGGTTAGTGAGTCAAATAATTCATTTCAAAACACATTCAAAGACC
CTCTAAACTCTCTTTCTGCCCATTTTGCCATTCAGATGTCTTAATTACTGCTGCTGTTGCTGAATTCAAAGGCCCACAAATATTTGGGGTGGTCCGTCTGGCCCAAGTGAGTATGGAATT
GGCTAGAATCGAAGCCAACTTCAGTGGGTTGTCACCTGGAAAACACGGTTGGTCCATCAACGAATTCGGTGATCTTACTCGAGGTGCCGCCAGTACTGGCAAAGTGTTTAATCCTGTTAA
TCAGCTCTCAGAAGAAAAG
AGGTCAGATTTTATTAACATATCAATAACTTTTAATTGGTGTAGTGTAGGCTGTTTATTATACGGTTAATACCATATCCCTGAACTTAATTTTGGTATATT
AAAGTCCCAAACTTGTCAAAAATACACACAAAAAGTCCCTCAACCTAATATCGGTATATTCAAGTCCCTAAACTTTTGTATAATGCATGTACATGTGAAATAAAAATAAAATAATGACTT
ATTACCCACCAGTAAGGGTGTAAATGAGCCGAGCCGAGCCGAGCCGAGCCTGAGCCTTCTACTACTCGAGCTCGGCTCATCATATTTTTTGAAGCTCGACCTCGGCTCGGTTCCAGCCTA
CTATTTTGAGATCGAGTTCGGATCGCAAGTAACACCCAAAGATCGAGCTCGGCTTGGCTCGAGGTAATTTGAGAACTATCTCAAACAAGCTAAAAGCTCGGCTCAAGCTCGCTTCGATAT
AGCTTAAACGATCCAAAGCTCGTCTCGCCAATGTTACAATAGTTGTATTTTATATATAAAAATAATTTAAAATTACGTTTGGGCTTGCAGGCCTAAGCGAACTTTGTATGTCTAGCTCGA
GCTCGGACTCGATAACCAAAGTCCAAACGAGTCATGTTTTAAGCTCGGGCCCGGGCCCGGGCTTGTTTGAGCTTTTTATCAATCTGATCCCGAGTAGCCCTCAAGCCGCTGTGCATCGTT
CACACTCCTACCCACCAGTCAAAATTAGATAAAGTGATATTCAATACTTTTTGCACAAAACAATTCAGACCATCTTATTTTTATCAATTTAAGAGCTAACAAGTTATGCTAAAAAAACTT
ATTAGTACGTTCATTTTTATACAAATTTATTGACTTTTTAATATGCTAATTAGAGACTTTTTCGTGTATATTTTACAAGTTTAGGTTAATTGAATTTCATATACTAAAATTGGAGACTTA
TTTGTGTATATTTTCAAGTCTAGGGACTTTAACATATACTAAAATTAGAAACTTTTTCGTGTATTTTTATAAGTTTAGGGACTTTAATGTACCAAAAATTAGTTTGGATTTTTTTGCAAA
AAGAAAACGAAAGTATGTTGGTTTTTTATGGCATTAACCTTTTCTTATATGAAAAAGTAAATCGTCTTCTGGTTAAATAATAATATATGTAGGCGCTCGGTGACCTGGGAACACTAGAGG
CTGATGAGAACGGTGAAGCGTTCTTCTCGGGTGTGAAAAAGAACCTTAAAATCGCGGATCTTATTGGTCGAGCAATAGCGGTGTATGAAAATGAAGACAGAGGTGATGCTGGGCTTGCGG
CAGCGGTTGTAGCAAGAAGTGCAGGAGTTGGTGAGAACTACAAGAAGCTCTGCACCTGTGATGGCACCACCATTTGGGAAGCAACCAATGCTGATTATGTATCCAGTAAAGTT

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGGTTTTCTTAGAACAGTTGCAGCAGCGTCAACAACTACGGCCATTACAGCAGCACTCACCCTTAACTCCATTTCACCATCTTCATCCTCATCACACAATAATCACAACTTCACAAAA
CCCTTTTTCAATCAACCCTTTTCATCCCCAAATCGTTTCGGCCTCATCAAGAATCTCACCAGCCCCCCTTCTGCTCTTCACATGGACACTAAACAGGCTCCAAAG
CTTGATGCGGAATTG
CCGGAAGTTATG
ACAGAGTTCATGGTGGATATGAGTTGTGAAGGTTGTGTTAAAGCTGTCAAGAATAAGTTGCAAACAGTCAATGGAATTAAGAGCGTTGATGTGGATTTGAGCAATCAA
GTAGTTAGAATTTTTGGGTCTTCACCGGTTAAGACCATGGCTGAAGCCTTGGAGCAGACCGGTAGGAAAGCCCGGCTAATTGGTCAAGGGTTACCAGGAG
ATGTCTTAATTACTGCTGCT
GTTGCTGAATTCAAAGGCCCACAAATATTTGGGGTGGTCCGTCTGGCCCAAGTGAGTATGGAATTGGCTAGAATCGAAGCCAACTTCAGTGGGTTGTCACCTGGAAAACACGGTTGGTCC
ATCAACGAATTCGGTGATCTTACTCGAGGTGCCGCCAGTACTGGCAAAGTGTTTAATCCTGTTAATCAGCTCTCAGAAGAAAAG
GCGCTCGGTGACCTGGGAACACTAGAGGCTGATGAG
AACGGTGAAGCGTTCTTCTCGGGTGTGAAAAAGAACCTTAAAATCGCGGATCTTATTGGTCGAGCAATAGCGGTGTATGAAAATGAAGACAGAGGTGATGCTGGGCTTGCGGCAGCGGTT
GTAGCAAGAAGTGCAGGAGTTGGTGAGAACTACAAGAAGCTCTGCACCTGTGATGGCACCACCATTTGGGAAGCAACCAATGCTGATTATGTATCCAGTAAAGTT

Retrieve as FASTA  
cDNA
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TTCTCCATGG TTTTTCAACC ACAAGAGTGT CATCACATCA AGTCATGAAT GGCATGCATC CGGATGCCTC TAGAACCCAC ACCAGAATTT TAATAATAAT AATAATAATA CCTTAATATT  ATTATTCGAT TTTCATTAAA TTCGTCTATT CACAATGGGT TTTCTTAGAA CAGTTGCAGC AGCGTCAACA ACTACGGCCA TTACAGCAGC ACTCACCCTT AACTCCATTT CACCATCTTC  ATCCTCATCA CACAATAATC ACAACTTCAC AAAACCCTTT TTCAATCAAC CCTTTTCATC CCCAAATCGT TTCGGCCTCA TCAAGAATCT CACCAGCCCC CCTTCTGCTC TTCACATGGA  CACTAAACAG GCTCCAAAGC TTGATGCGGA ATTGCCGGAA GTTATGACAG AGTTCATGGT GGATATGAGT TGTGAAGGTT GTGTTAAAGC TGTCAAGAAT AAGTTGCAAA CAGTCAATGG  AATTAAGAGC GTTGATGTGG ATTTGAGCAA TCAAGTAGTT AGAATTTTTG GGTCTTCACC GGTTAAGACC ATGGCTGAAG CCTTGGAGCA GACCGGTAGG AAAGCCCGGC TAATTGGTCA  AGGGTTACCA GGAGATGTCT TAATTACTGC TGCTGTTGCT GAATTCAAAG GCCCACAAAT ATTTGGGGTG GTCCGTCTGG CCCAAGTGAG TATGGAATTG GCTAGAATCG AAGCCAACTT  CAGTGGGTTG TCACCTGGAA AACACGGTTG GTCCATCAAC GAATTCGGTG ATCTTACTCG AGGTGCCGCC AGTACTGGCA AAGTGTTTAA TCCTGTTAAT CAGCTCTCAG AAGAAAAGGC  GCTCGGTGAC CTGGGAACAC TAGAGGCTGA TGAGAACGGT GAAGCGTTCT TCTCGGGTGT GAAAAAGAAC CTTAAAATCG CGGATCTTAT TGGTCGAGCA ATAGCGGTGT ATGAAAATGA  AGACAGAGGT GATGCTGGGC TTGCGGCAGC GGTTGTAGCA AGAAGTGCAG GAGTTGGTGA GAACTACAAG AAGCTCTGCA CCTGTGATGG CACCACCATT TGGGAAGCAA CCAATGCTGA  TTATGTATCC AGTAAAGTTT AATCCAAACC GTTTAAACAC ATTTTGTTTG TTTGTTTGTT TTCAATAAAG TTTAATCCGA TACAGTTTAA ACTATACCTA GGTGTGATTT GAATGCAGAG  AGATTGTTTT ATGTCAATTT GATTGTATCT ACTTGTCTTT ATGTGTTGAT ATTATTGCAC CATCTCTATG TTAAGGGGTC AATGAGCAGT GGCGGATCTA GAAAACTTTC ATAGGGGTAA 
CGTCTTAAAA GAAAGGGGTA ACGAAATCGA AAAA 

Retrieve as FASTA