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Entry information : HaMSD02 (HanXRQChr08g0221521)
Entry ID 13743
Creation 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaMSD02 (HanXRQChr08g0221521)
Name (synonym) HaMSD02 (HanXRQChr08g0221521)
Class Mn SOD    [Orthogroup: MSD001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaMSD02
start..stop		 S start..stop
HaMSD01 432 1.52e-156 1..228 1..226
LeMSD01 401 1.77e-144 1..228 1..228
MyspiMSD01-1A 399 1.06e-143 1..228 1..231
MyspiMSD01-1B 397 6.08e-143 1..228 1..231
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 49977255..49977540 284 N° 2 49976229..49976275 45 N° 3 49976026..49976151 124 N° 4 49975885..49975941 55
N° 5 49975440..49975517 76 N° 6 49974848..49974937 88  
complement(join(49974848..49974937,49975440..49975517,49975885..49975941,4997602 6..49976151,49976229..49976275,49977255..49977540))


exon

Literature and cross-references HaMSD02 (HanXRQChr08g0221521)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr08 (49977540..49974848)
Protein sequence: HaMSD02 (HanXRQChr08g0221521)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   228
PWM (Da):   %s   25266.01  
PI (pH):   %s   7.94
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MALRTLATRKTLGAFSTFPQQLRGLQTFTLPDLAYDYGALEPAISGDIMQLHHQKHHQTYITNYNKALEQLDDAIAKGDASTAVKLQSAIKFNGGGHVNHSIFWKNLAPTEGGGEPPHGS
LGWAIDQSYGSVEKLIAKMNAEGAAVQGSGWVWLAVDKELKRLVVETTANQDPLVTKGPSLVPLIGIDVWEHAYYLQYKNVRPDYLKNIWKVINWKYASEIYEKECP

Retrieve as FASTA  
Remarks
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTCTACGAACCTTGGCGACCCGTAAAACCCTAGGTGCATTCTCAACATTTCCACAACAATTGCGTGGATTGCAGACATTCACGCTTCCAGATCTTGCATACGATTATGGCGCACTG
GAGCCGGCGATTAGCGGCGATATCATGCAGCTCCACCACCAGAAACACCACCAGACCTACATAACTAACTACAATAAGGCTCTGGAGCAGCTCGATGACGCTATTGCTAAAGGAGACGCT
TCTACTGCTGTCAAATTGCAGAGTGCTATTAAGTTTAATGGCGGAGGTTGAACTCTTAAATTTTATCATATATTATCTCAAGTTATGTAGCTGTTTGTAGTGATACTTGTATTTGATTAT
AGTGTTATTCATTTCAATTGCGGTTTATTGTTTACTTCTGATTTGTACTGGAAACGGAGTGATTTGAAGGTATTTAAGATGCACTTCTTAATTACAATAGAAAATGATTTTGACTTTGCA
ACAATATTAATGTTGAATTTTAATTTGAGAAGTAATTGTAGTTCTGTTTAGGTTGGTGGATGATTATAGATACTTATAGATTAAATATGAGATGTAAATTATGTAATAAGTGGTACAGTT
TTGATGCTAGAAGGATAACGATATCAATATTGATTTGAATACAACAAGTACTAGATTTTGCTTGTTAAAGCTTTAAACATGGATTTGTAATTGGGATGAAAGGAATGATTTTAGTCCCTA
ATCAAATGGTTTGAATCATAGTTGTCAAAGGTGCACTTAAGGCGCCAAGGGTGAGCGTGAGCCTTGGTCGGGCCTAGGTGTAAGGTGCTTAAAAAGCGAGGGCTCGATATAAGCAAGGCT
CATAGCATAAACGAACTATTTTTGGTGTTTTAGACATGTTCTAGGCTTTTTTTAGGGCTAGTTTAGGCCAGGCCTTTTTGCCTGGAATTTGCAGAATTTTGTCTGAATTATCAGGATTTG
GCCGGAAAACTCCCCAAAGGTCACCAGAGCGCCTGAATGGCAGCAAGGCGTGCCCCTGAAGGGCTTTTGACATTATAGGAATCGTGTGTATGACAACTGAGGTTCATCTCTCAGTGAGGC
AGAGGATTTCAGTTTTACCATCACAAGTATTGTTTAACGTATTATATTATTGTTGAAATAAGTAGCATACTTTGATGGGAAATGTTGTAAATGTTGTAGTGGTGTAAAAGCAAATATTTG
ACATCAGTTACTGTTCCAGTGCAAAGGTCCTAACTATTGATCTCTCCTTTTACGTTTCTGAGTAGGTGTCATGTGAATCACTCCATTTTCTGGAAGAATCTGGCTCCCACCAAGGTTAGT
TTATTTTTAAGATTTTAGTGATAATTTGAGCACAGTAAGTTTACTAAGATAGAAAGTGAATTTTATTGCAGGAGAAGGGGGTGGTGAGCCACCACATGGCTCTTTGGGCTGGGCTATTGA
CCAGAGCTATGGTTCTGTAGAAAAGTTGATTGCTAAGATGAATGCTGAAGGTGCTGCTGTTCAGGGTTCTGGATGGGTGGTATGCACCTTGTCTCATTGCTAACTCGGTCATTTTCACAT
ATAATAAAGAGTAATTAACTTTAAAATTGTATAACGTTGACAGTGTGGCTTGCAGTGGACAAAGAGCTAAAGAGGCTTGTGGTTGAAACCACAGCAAACCAGGTACATTAAGATAGTTTT
AGTCTTCTAGGCATCAAATGATATGTCTTCTGCAATTGCTACCTGTCCCAGCTCTAAATTTTTTGGCTTCCTCATTTCCTTGCTGATAATTTGTACCTTTTAATGATATGGCGTTAAATA
CTGGTGTTTTATGCTTCTTTTAACAGCTTAGTATCCATATCTTTTTTTGCTTTTAGTGTTTCTGCCTTATGTATGAGATTAAGAATTACACCTTGTTTATTTTTTCCTTGATCCCCAGTT
GACAGTTGTCTCTTTCTTCAGATTAACAGTGATTTATACAAGTTAATGAAGTCATCATCCTCTTAATTACCTTCACTAATCAAGTTATTCAATATGAATTCTGCTGTAGGAGATCCACTG
GTTACAAAAGGTCCAAGTTTGGTTCCCCTGATTGGCATAGATGTTTGGGAGCATGCATACTATTTGCAGGTAATCAAATAAAGATTCATTTTCGATATAAAGTGGCAGATAGAGGTTGTA
AATTTGACCAATTTATGGGTAAATGGGTTGATTTGGGTTTATGCTTTCCTCGTAACGGGTGAATGTGTTACTAAAAAAGAAACTTGTTGAAACTTGAAAGCCACCAAAAGTGTAATAAAA
TGTGTAAACCTCTTGAATTTGTTTTTCTTAAAAAAGTTATTACTGAACTACATAGGTTTTTAAGCATATTTAGCACCTTAACTATTTATCGAATTCAAGAAGGAAAAAAACAAGTGTCTG
CGGGTCAGCCTGGCCCGTCTGGACTCATTTTGACTAGTTCCAACTTCCAAGAAATACGCGTGTAAACCCGTTTCTCAAATCGCCCAAATTGCCACCTCAAGTCCACCATCGAGATATGTG
GAAAGCCCTTCTAGAATGCAGTCTTAATTCAGTACTTGTGATCTTCCGTCTATATGTTTTAATTTTTGTATATCTTGTGTTCACTTTGCAGTATACAAAAATGTGAGGCCAGATTACTTG
AAGAACATATGGAAGGTGATTAACTGGAAATATGCGAGTGAAATATATGAGAAAGAGTGCCCT

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTCTACGAACCTTGGCGACCCGTAAAACCCTAGGTGCATTCTCAACATTTCCACAACAATTGCGTGGATTGCAGACATTCACGCTTCCAGATCTTGCATACGATTATGGCGCACTG
GAGCCGGCGATTAGCGGCGATATCATGCAGCTCCACCACCAGAAACACCACCAGACCTACATAACTAACTACAATAAGGCTCTGGAGCAGCTCGATGACGCTATTGCTAAAGGAGACGCT
TCTACTGCTGTCAAATTGCAGAGTGCTATTAAGTTTAATGGCGGAGGTCATGTGAATCACTCCATTTTCTGGAAGAATCTGGCTCCCACCAAGGAAGGGGGTGGTGAGCCACCACATGGC
TCTTTGGGCTGGGCTATTGACCAGAGCTATGGTTCTGTAGAAAAGTTGATTGCTAAGATGAATGCTGAAGGTGCTGCTGTTCAGGGTTCTGGATGGGTGTGGCTTGCAGTGGACAAAGAG
CTAAAGAGGCTTGTGGTTGAAACCACAGCAAACCAGGATCCACTGGTTACAAAAGGTCCAAGTTTGGTTCCCCTGATTGGCATAGATGTTTGGGAGCATGCATACTATTTGCAGTACAAA
AATGTGAGGCCAGATTACTTGAAGAACATATGGAAGGTGATTAACTGGAAATATGCGAGTGAAATATATGAGAAAGAGTGCCCT

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
CCAAAACTTA TCCGGTTCAA CAACAAAACC AAAACTTATC CGGTTCACCC CCAAATATTC TCTCCACAAC AAACAAATGG CTCTACGAAC CTTGGCGACC CGTAAAACCC TAGGTGCATT  CTCAACATTT CCACAACAAT TGCGTGGATT GCAGACATTC ACGCTTCCAG ATCTTGCATA CGATTATGGC GCACTGGAGC CGGCGATTAG CGGCGATATC ATGCAGCTCC ACCACCAGAA  ACACCACCAG ACCTACATAA CTAACTACAA TAAGGCTCTG GAGCAGCTCG ATGACGCTAT TGCTAAAGGA GACGCTTCTA CTGCTGTCAA ATTGCAGAGT GCTATTAAGT TTAATGGCGG  AGGTCATGTG AATCACTCCA TTTTCTGGAA GAATCTGGCT CCCACCAAGG AAGGGGGTGG TGAGCCACCA CATGGCTCTT TGGGCTGGGC TATTGACCAG AGCTATGGTT CTGTAGAAAA  GTTGATTGCT AAGATGAATG CTGAAGGTGC TGCTGTTCAG GGTTCTGGAT GGGTGTGGCT TGCAGTGGAC AAAGAGCTAA AGAGGCTTGT GGTTGAAACC ACAGCAAACC AGGATCCACT  GGTTACAAAA GGTCCAAGTT TGGTTCCCCT GATTGGCATA GATGTTTGGG AGCATGCATA CTATTTGCAG TACAAAAATG TGAGGCCAGA TTACTTGAAG AACATATGGA AGGTGATTAA  CTGGAAATAT GCGAGTGAAA TATATGAGAA AGAGTGCCCT TAAAAGGAGT TGTGGGTTCT GCAATAAGTC AAGAGAGTTA CAAAGCCCCA CCCTGTAAGA AAATGCTTCT GAGACCAGTC  TTCCTGTTAG AATAAATAGT GGTTCAACGA TTTGCTTACA TTTATGGTTG TTGCTTTTGC TTGTGTTATA AATCTCAAGT TTCTTTTGTA TGCAAACAAC TTCTGCAACT ACATTTGGCC  CAAATTATAT ATCCATGTGA TACTACTGGC TCAGCGATCA GAAACATGAA ATATGACTCA GGGGCTGTTT GGCAACTTCT GAATGGTTAA GTGCTGAACT AGTAAGAGGT CTGAACCATT  AAGGGCCGGT ACGATGCTTA ACTGTTCAGA GGCAAATGTC TGACCAATTC AGATTAGAGA CCTTAACCAT TCAGACTCAC GTAAAATGTT TAACCATTCA GAGGCAAATG TCGGAACCAT 
TCAGACATTT GCTCGCGA 

Retrieve as FASTA