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Entry information : HaCSD03 (HanXRQChr14g0438141)
Entry ID 13748
Creation 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-05-24 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaCSD03 (HanXRQChr14g0438141)
Name (synonym) HaCSD03 (HanXRQChr14g0438141)
Class Cu/Zn SOD    [Orthogroup: CSD002]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaCSD03
start..stop		 S start..stop
LeCSD02 252 9.82e-88 1..157 1..156
ThasCSD03 238 3.67e-82 2..157 7..161
NoffCSD03-1B 234 2.05e-80 2..157 6..160
TsCSD03 233 3.25e-80 2..157 7..161
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 86763291..86763375 83 N° 2 86763623..86763724 100 N° 3 86763857..86763952 94 N° 4 86764589..86764620 30
N° 5 86764811..86764886 74 N° 6 86765046..86765099 52 N° 7 86765374..86765399 24  
join(86763291..86763375,86763623..86763724,86763857..86763952,86764589..86764620 ,86764811..86764886,86765046..86765099,86765374..86765399)


exon

Literature and cross-references HaCSD03 (HanXRQChr14g0438141)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr14 (86763291..86765399)
Protein sequence: HaCSD03 (HanXRQChr14g0438141)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   157 (310)
PWM (Da):   %s   15977.02 (33781.1) Transmb domain:   %s   o546-568i
PI (pH):   %s   7.02 (6.88) Peptide Signal:   %s   cut: 22 range:19-328
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MGGLKAVAVITGSDNSVKGSLHFLQESNGVTQVRGKISGLKPGPHGFHIHALGDTTNGCNSTGPHFNPLNKEHGAPWDDTRHAGDLGNVIAGQDGVAEVSIDDKIPLSGQYSILGRAVVVHADPDDLGRGNHQLSKTTGNAGARIGCG
VIGLQSS

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Remarks
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGGTGGTTTGAAAGCGGTTGCAGTCATCACCGGCAGCGACAACTCCGTCAAAGGATCTCTTCACTTTCTTCAGGAATCCAATGTGGTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTCACTATGTGTGT
GTGTTTTGTTCTTAAAACACCCAATTGCATCTTTAATTAATTAACAACAAAATCTCATGTGAATTCTTTCTCACTAGTTAAGTTTCTCTAATTCCATATGTTTTTTTTTTCTTTCTAGAG
ATTGCTATTATTAACCTAATATAGTTCATGTATACGGCCTGTATGGTCAGAACCCACTCAAAATTAGTTGATAAATTTAGTGGTTTGAAAACAGGGGTAACTCAAGTGAGAGGTAAGATC
TCAGGGCTTAAACCAGGTCCTCATGGCTTCCATATTCATGCTCTTGGTGATACCACCAATGGCTGCAATTCAACTGTGGTACTTTTTCTTCACAAACTTTTATTTTCACTTATCAATTAT
GTAACTTTTAAGTCAAAATGTTTAATATATTCATTTACGGATGTGATTGGTTACTTGTTCATTCATACATACTTTTGATCCAAAATTTAGGACCTCATTTCAATCCGTTGAACAAAGAAC
ACGGAGCTCCTTGGGATGATACACGCCACGCGGGTGATTTGGGCAACGTTATTGCCGGCCAAGATGTGGTGTGTGCTTCATTGCCCTAAACTCTCGAATTAGTCTTGATTTGGTTAACGA
CCATTTGACATTTTCTTTTGTTGGTTCCATTATTACGCCCCACTTGCTTGCGGTGTGCACATAATATAAATATGTGTGGGCCCTCGGGGGGCAAAAGTGAAATTGTACTAATTTTAATGT
TAATTTACTAATCTCGTGAAAATAACTTTAAAAGAGGCGGACGGTTAATTATGCATCATGTGGTGGCGTTGACAGCCGAAAGACAAAATGGTACATGCACTAACAGGCCTTTGTCCCGAT
TGTTGAGTATTATGTGCCTTATGTCCAAGGCTTGATGCAAAACTACTATTGAGCCAGGGGTTCTCACTGGAAGCAGTCTCTCTATTCCTACGGGGTAGAGGTAAGGCTGTCTACATCTTA
CCCTCCTCAGACCTTACCTTTGCTTTGCTATTGGTGGGATTTACTGAGCATGATGGTGATGATTTGTTGGTTCCATTATACATGAACACATAAAGAATTGATTACAGTCTCAATAAGGGA
TGGTGATTGGGAGCCATGAAATGCAAAGAATTGGCGTAGACGATTCGAGTGTCTACTGTTTATCTTTAGTATCATATAATATACAATCTTTATTCGTTTTGCAGGGGTTGCTGAGGTATC
TATTGATGATAAAAATATGTATGTATCTTATAACTCGCTTGTACCAAATATGTCCTACACGAAATCTTGATTTGGGAAGATAACGGAATTGTTTCTTTCACACATAATCGAAAACCTCAA
TGTTATTCTGACAGAATCGCTCTTTTTTATTTTGGATTTAAAAGCTTTTCTTCTGTTGCATGACTGTATTCTCGGAAATATTTTCCAGATTCCACTAAGCGGGCAATATTCGATTTTGGG
GAGGGCAGTTGTTGTACATGCTGATCCTGATGATCTGGGGAGAGAGGTAACGACTCATGCTTTATGCAAGATTTCATTTTTTTTTTTTTGTAAGTTTTGAAGTAATAGCTACCATATTGA
AGCTATTTAAGGTATTTTAGGAATTTGACTAATATCCGTTATTCATCAACTATCCATTAAATATGTTGCGACTTTCATGCTGCAGGTAATCATCAACTTAGCAAGACAACAGGAAATGCC
GGTGCTAGAATTGGTTGTGTGGTAATTTACTAATTTGCCCCCTTCTCTTTTCACTTATGCTAACAAAATATAAAGATGAACCTGGACAATTTCTAAAATCGTTCAGTTGAAAATACATAT
CGTGATCCGGGTCACTTTATGTTCTCATCAGTAATCTTGGTTAAACCGATCCGAATCTCAGATAATCGTCTTCAAAGATGATTTAGATTTTAGATCAACTGCTTATCATTAAACGGTATA
TATGAATATTCTTGAGAGGAACAGTGATGTTTTTTTTTGCAATGTTATCTAACAGGTGTTATTGGGCTTCAATCTTCAGTG

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGGTGGTTTGAAAGCGGTTGCAGTCATCACCGGCAGCGACAACTCCGTCAAAGGATCTCTTCACTTTCTTCAGGAATCCAATGGGGTAACTCAAGTGAGAGGTAAGATCTCAGGGCTT
AAACCAGGTCCTCATGGCTTCCATATTCATGCTCTTGGTGATACCACCAATGGCTGCAATTCAACTGGACCTCATTTCAATCCGTTGAACAAAGAACACGGAGCTCCTTGGGATGATACA
CGCCACGCGGGTGATTTGGGCAACGTTATTGCCGGCCAAGATGGGGTTGCTGAGGTATCTATTGATGATAAAAATATTCCACTAAGCGGGCAATATTCGATTTTGGGGAGGGCAGTTGTT
GTACATGCTGATCCTGATGATCTGGGGAGAGGTAATCATCAACTTAGCAAGACAACAGGAAATGCCGGTGCTAGAATTGGTTGTGGTGTTATTGGGCTTCAATCTTCAGTG

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGAAGCGGA TTCGGTGGAA GTGCAGAAAC GGTGAAGAAA GCAGATAACC GGAAAAATGG GTGGTTTGAA AGCGGTTGCA GTCATCACCG GCAGCGACAA CTCCGTCAAA GGATCTCTTC  ACTTTCTTCA GGAATCCAAT GGGGTAACTC AAGTGAGAGG TAAGATCTCA GGGCTTAAAC CAGGTCCTCA TGGCTTCCAT ATTCATGCTC TTGGTGATAC CACCAATGGC TGCAATTCAA  CTGGACCTCA TTTCAATCCG TTGAACAAAG AACACGGAGC TCCTTGGGAT GATACACGCC ACGCGGGTGA TTTGGGCAAC GTTATTGCCG GCCAAGATGG GGTTGCTGAG GTATCTATTG  ATGATAAAAA TATTCCACTA AGCGGGCAAT ATTCGATTTT GGGGAGGGCA GTTGTTGTAC ATGCTGATCC TGATGATCTG GGGAGAGGTA ATCATCAACT TAGCAAGACA ACAGGAAATG  CCGGTGCTAG AATTGGTTGT GGTGTTATTG GGCTTCAATC TTCAGTGTAA AGCTAGCAAT CAGGCTCATT TACGCTTTGT ATAACATGCA TTTACTTCTT AATCATGTTA TGAGGTCTAA  ATATTAACTA TAGAAGCATG TTTGGTATAT ACTTTCCTGG TATGTTTCTG TGAATTCAAA GTTATTTCGG TTGTATTAGT ATATAAACTT GAGATAATAA AACGTGTCAA CAATTAAACG  CTACTAGCGT AGTGGTGCCA CCATTAATCT CCGCCACCCA GTGGCAGATC CATGATTTTT AGTCAGCGGG GGACAAAAAC GGTCATGTTG GTATGGATCG GATACTTTGT ATTATTATTT  TTGTTTTTAC ATTAAATTGT AGAAAAAAAG TGACGTTGGA ATCGGGTAAA TTTAGCCTTT TAACCGTGGA CTTTTCTATA CTAGCATGGT TATACACGAG ACATTTGAAT CGGGTAAATT 
GACGTTGGAT ACTTGGATTT AG 

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