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Entry information : HaRboh01 (HanXRQChr02g0034441)
Entry ID 13777
Creation 2016-06-01 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-06-01 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2017-11-23 (Catherine Mathe (Scipio))
Peroxidase information: HaRboh01 (HanXRQChr02g0034441)
Name (synonym) HaRboh01 (HanXRQChr02g0034441)
Class Respiratory burst oxidase homolog    [Orthogroup: Rboh001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Asteraceae Helianthus
Organism Helianthus annuus (Sunflower)    [TaxId: 4232 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value HaRboh01
start..stop		 S start..stop
HaRboh10 1704 0 3..917 16..928
HaRboh04 1563 0 14..917 25..930
HaRboh11 1538 0 10..917 8..913
CsiRboh01 1515 0 1..917 4..922
Gene structure Fichierperl './assets/cgi-bin/draw_exon.pl' '13777' 'complement(join(16964552..16964661,16965124..16965653,16966453..16966520,16966635..16966737,16967066..16967181,16967529..16967624,16967750..16968133,16968409..16968831,16968930..16969043,16969606..16969654,16969752..16969914,16970165..16970762))' Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 16970165..16970762 596 N° 2 16969752..16969914 161 N° 3 16969606..16969654 47 N° 4 16968930..16969043 112
N° 5 16968409..16968831 421 N° 6 16967750..16968133 382 N° 7 16967529..16967624 94 N° 8 16967066..16967181 114
N° 9 16966635..16966737 101 N° 10 16966453..16966520 66 N° 11 16965124..16965653 528 N° 12 16964552..16964661 108
complement(join(16964552..16964661,16965124..16965653,16966453..16966520,1696663 5..16966737,16967066..16967181,16967529..16967624,16967750..16968133,16968409..1 6968831,16968930..16969043,16969606..16969654,16969752..16969914,16970165..16970 762))


exon

Literature and cross-references HaRboh01 (HanXRQChr02g0034441)
DNA ref. HanXRQ genome:   HanXRQChr02 (16970762..16964552)
Cluster/Prediction ref. HanXRQ:   HanXRQChr02g0034441
Protein sequence: HaRboh01 (HanXRQChr02g0034441)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   917
PWM (Da):   %s   103254.7 Transmb domain:   %s   o363-385i505-527o547-569i727-744o
PI (pH):   %s   9.32
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
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Remarks
DNA ►
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GGTGCACCAGCGCAAGACTACAAAAAATACGACGTGGTGTTGCTAGTCGGTTTAGGAATTGGAGCGACCCCAATGATTAGTATTGTGAAAGACATTGTGAATAACATGAAAGCCAAAGAA
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TAACTCGTTTAATAAACGGGCCTCAATTGGACCGACAAGTTTAACCTGTTTAATTAAACAAGCCGGCCCGACAACTTGGTTAATTAAACAAATAGACATGCCAACCCATTTACGACCCAC
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GGGGGGTTTTCTATTGTGGGGCACCAGCACCAACAAAAGAACTGAAACAATTAGCTTTAGATTTCTCACACAAGACATCAACCAAGTTTGACTTCCACAAAGAAAATTTCTAA

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CDS►
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AGTGTCAAGCCCGTCAAGATACTTAAGGTGGCTGTTTATCCTGGAAATGTATTGGCACTTCATATGTCAAAGCCTCAAGGCTTCAAATACAAGAGTGGACAATACATGTTTGTAAATTGT
GCTGCTGTCTCTCCATTTGAATGGCACCCGTTTTCCATCACTTCTGCCCCCGGTGATGACTACTTGAGTGTGCATATCAGGACTCTTGGTGATTGGACTAGGCAACTAAAAACCGTCTTT
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GACTACAAAAAATACGACGTGGTGTTGCTAGTCGGTTTAGGAATTGGAGCGACCCCAATGATTAGTATTGTGAAAGACATTGTGAATAACATGAAAGCCAAAGAAGAAGAAGAAAACGCA
TTAGAACATGGTGGTACACCAAAGAATAAATCGGCCCCAACGAGTGCAAATAACTTCAGAACAACCCGGGCTTATTTCTATTGGGTCACTCGGGAACAAGGTTCGTTTGATTGGTTTAAA
GGTGTTATGAATGAGGTTGCTGAAATGGACAAAAACGGTGTTATAGAGATGCATAATTATTGCACAAGTGTTTATGAGGAAGGTGACGCGAGATCTGCGTTAATTACTATGCTTCAGTCG
ATTAATCACGCTAAAAACGGTGTTGATGTTGTTTCGGGTACACGTGTTAAGTCTCATTTTGCTAAACCGAATTGGCGGAATGTTTACAAGCGAATTGCTCTTAATCACTCCGGTTCGAGA
ATAGGGGTTTTCTATTGTGGGGCACCAGCACCAACAAAAGAACTGAAACAATTAGCTTTAGATTTCTCACACAAGACATCAACCAAGTTTGACTTCCACAAAGAAAATTTCTAA

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cDNA►
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TTAAGCTAAT TTTGTTTTTT TAATTTAAGT TTATGTTGTT GAATAGTGTT CATGGTGTTT TGGGCTAGGG TAACT 

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