Entry information : PabPrx01(PAB00029954 / MA_185755g0010 /px1)
Entry ID 1676
Creation 2006-08-11 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2006-08-11 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2020-12-29 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: PabPrx01(PAB00029954 / MA_185755g0010 /px1)
Name PabPrx01(PAB00029954 / MA_185755g0010 /px1)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx103]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Pinaceae Picea
Organism Picea abies (Norway spruce)    [TaxId: 3329 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type Xylem
Inducer Lignification
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value PabPrx01
start..stop
S start..stop
PsiPrx06 615 0 1..340 1..341
PtaPrx36 590 0 1..340 1..341
PabPrx17 573 0 1..329 1..330
PabPrx199 569 0 1..340 1..341
Literature and cross-references PabPrx01(PAB00029954 / MA_185755g0010 /px1)
Literature Hilden,K.S., Haapaniemi,P., Lehtonen,M., Marjamaa,K., Teeri,T., Fagerstedt,K. and Lundell,T.K. Three novel, secreted peroxidase genes from Picea abies: role in xylem cell wall lignification
Protein ref. UniProtKB:   Q5W5I3
mRNA ref. GenBank:   AJ566202
Protein sequence: PabPrx01(PAB00029954 / MA_185755g0010 /px1)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   340 (307)
PWM (Da):   %s   37175.17 (33528.2)  
PI (pH):   %s   9.89 (9.81) Peptide Signal:   %s   cut: 34 range:34-340
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MARIKHSPGL TLQFQSVLIT AVALMLWIQT LDAQSCNGLS HHFYYKSCPK AQAIIKSMVE DAVKKEARIA ASLLRLHFHD CFVKGCDASL LLDDNASFTG EKTAIPNKNS LRGFEVVDKI  KSNLEKACPG VVSCADILAV AARDSVAISG GPFWKVLLGR RDSRSASKSG ANEDLPAPNS THQTLETKFK LQGLNVVDLV ALSGAHTIGL ARCASFKQRL YNQTGNKPDQ TLDTTYLKQL 
RTVCPQTGTD NNQTRPFDPV SPTKFDVNYY KNVVAGKGLL NSDEILYSTK GSRTAGFVKY YTTNTHAFFK QFAASMIKMG NISPLTGFHG EIRKNCRRIN 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (incorrect prediction, last exon is missing dure to scaffold border) and 1 cDNA. No EST.
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCACGGA TCAAACATAG TCCCGGCCTG ACACTGCAGT TTCAGTCTGT GCTGATCACG GCAGTGGCAT TGATGCTATG GATCCAGACA TTGGATGCTC AGAGCTGTAA TGGTCTGAGT  CACCATTTTT ATTACAAATC CTGTCCCAAG GCCCAGGCTA TCATTAAATC TATGGTAGAA GATGCTGTGA AAAAGGAAGC TAGAATAGCT GCTTCGTTGC TTCGTTTGCA TTTTCATGAC  TGCTTTGTTA AGGTAAGCAT TCAATGATGT TTAACTAATG CACCAGTTTA TGTAGCAACG TTTAATCCCA CAAGTATTTC TGCAATGGAA AACATTATTC ACCCTGGAAA CTCAAGTTGG  TACCTTCCAA CCTGCCTGCC CATTTATGAT TCTGGCTAGT CCCTTGCAGG AGTATGATGT GGATGATGTT TTGCCTTTTC TGAAATGCTC TTCTCTTGTA TCAATATAGT GAATAGTCCC  ATCATCAATG TTTTGTTGGT GTTATATATG AGTGATGTGT TAACATCAAT GTTTGTTTGC ATCAATCAAC GTTGGTGTCA TATATGAGCA ATGTGTTCAT GTTTGTTTAC ATCAATAATG  AACCTTTACT TGATCTTATT TTTTAACCTT TTCTGAAGCA TCTAACTGAC TTTGTTCATA CCAGCATAGG TATTGAGAGA GCTGGACAAA AAAATGAATA CAATTTAGAG ACCTTTGTGC  AATTTAGAGA GTTTTGATAA TTCTTAACGT TAACTTTATC AGAAATTTGT TGGTTTAGTG TTTTAATGCA CAGCTATTAA AACTTTGTTT TAGTTTTTAA AATCACAAAT TCACTAAAGC  AGCTCCTCAT TATTGTTGCT GTTACATTTT TTTTTTATGA GTTTGATGTT GCTGTTACAT ATTTTTAATG AGTTTGCATC CATGTTTGTC ATTAAGACTT TGTTTTAGCT TTCAAAATCA  TAAATTCACT AAAGCACCTC CTCATTATTG TTGCTTTTAC ATTTTTTTTT ATGAGTTTGT TGTTGCTGTT ACATTTTTTT TTATGTATTT GCATCCATGT TTATCGTTAA GACTTTGTTT  TAATTTTCAA AATCATAAAT TCACTAAAGC ACCTTCCTCA CTACTATTGC TTTTAGTTTT CAAAATCACA AATTCACTAA AGCACCTCCT CACTACGGTT GCTGTTACAT TTTTTTATGA  GTTTGCATCC ATGTTTGTTG TTTAGACTTT GTTTTAACTT TCAAAATCAC AAATTCACTA AAACACCTCC TCACTACTGT TGTTGTTACA TTTTTTTTAT GAATTTGCAT CCATGTTTGC  AGCTAAGACT TTGTTTTAGC TTTCAAAATC ACGAATTCAC TAAAGCACCT CCTCATTACT GATGCTGTTA CATTTTTTTT ATGAGTTTGT TGTTGCTCTT ACCTTTTCTT TTATGTGTTT  GCATCCATGT TTGTCGTTAT TAAGACTTTG TTTTAGCTTT CAAAATCACA AATTTTCTTT TAGCTTTCAA AATCACAAAT TCTCTAAAAC ACCTTCCTCA TTAATATCGC TTTTAGTTTT  TGTTGCTGTT ACGTTTTTTT ATGAGTTTGT TGTTGCTGTT ACATTTTTTT TTTTTATGTA TTTGCATTCA TGTTTTTAGT TAAAACTTTG TTTTATCTTT GAAAATCACA AATTCTCTAA  AGCACTTTTC TCACTACTAT TGCTTTTAGT TTTCAAAATC ACAAATTCAC TAAAGCACCT CCTCACTACG GTTGTTACAT TTTTTTTATG AGTTTGCATC AATGTTTGTC GTTTAGACTT  TGTTTTAGCT TTCAAATTCA CTAAAACACC TGTTACTTTT TTTTTTATGT TACGTTTTTT TTTTTTTATG AATTTACATC CATGTTTGCT CCTAAGACTT TGTTTTAGCT TTTAAAATCA  CAAATTCACT AAAGCACCTC CTTACTACTG TTGCTGTTAC AGTTTTTATG AGTTTGCATC CATGTTTGCC TCTCATTATC GTTGGTGTTA TATTATAGAT GCGTTTTGAA AACACTTTTC  ATGGTGTTAT GGTTTTTCAT AATAGTATGC TAATTAGTTA TAGGAGACAA GTGGTTAACA GTAGACTAAC AAATACTGTA CATATTAGGA TAACAAATAC TGTACATGTT AGGATAGGAT  ATATATAGAT AAAGTTTTTC AAATTTTACG GTATATATTT CAACAGTACA GCAATAGATG TTGGCTATAT ACAACAAATC TAAGGTTTTA CTGTAACAAA ATGTTGGGAT ATCTAAGGTT  TACTGTAATG CTAAATGCTA GGATATGTAT TGTTCGATTT GATATGATAT ATTTCAGATT ACAGTGTATG TCTCAGCCTA TATCCTTACT ACATTCTTTA ATGGATTTTG ATCTGATAGC  CATATAATAT TGCCTGTCCT GACATTTGAG GTGTGACCCA TATCATTACT ACATTCTTTA ATGGATTTTG ATCTGATATC CATATAATAC TGCCTGTCCT GACATTTGAG GTGTGACCCA  TATCATTACT ACATTCTTTA ATGGATTTTG ATCTGATAGC CATATAATAC TGCCTGTCCT GACATTTGAG GTGTGGGTCT GTTAAAAAGG CTGATTGACA TAAGATATTG CATTCCATCG  ATGCAGGGCT GCGATGCATC ACTTCTGCTT GATGACAATG CCAGCTTCAC GGGGGAGAAG ACAGCGATTC CGAACAAGAA TTCGCTACGA GGCTTTGAAG TAGTGGATAA GATCAAAAGC  AACCTGGAGA AAGCATGTCC CGGCGTGGTC TCATGCGCTG ACATTCTTGC TGTGGCAGCT CGTGATTCAG TAGCCATTGT AAGTATATGT TTGTGTCATT ATTCATTCAC ATTTAGTCCT  TATATTTGCA CCAGCTAAAC AACGCACGTA AACATTATGC ATATAGCAGT GATGTTATAT TATTTCTTTA TAATTATTTT TTAATATTAA AGTTATCCAT TTTTAATTGT AATGAGAAGG  ATAATGAGGT ATTGTATTGA GAAGGATAAT GAGGTGCTTT ACGGTTTAGT ATAGTATGGG AGATGTTAAA AAATTATATA TATATATATA TAAGTGAACA TTTAAAAATG TAAATACAAT  TAAATTACAT ATTTTGAAAG TTGCAACACT TTTTGATTTA CAGAACATCA TTTTTTAAGG TACATATTCC TAAATAAATA AAGTGTTTTA CATAATATTA TTTTTTAAGA TATATATTCT  CAAATATAGT CTAATCTTTG CAACACTTTT TGATTTTCCA AGACGTAAAG GTTAGTTGTT TAAGGAGTAG GTTAATTTGG GAGTAAATAG ATTAGTTTTT CAAGAAAAAA GAGTTTGAAT  TTAGTCAAAT TTTCAAGGAT AGTCTAAGTT TTATATGAGT TTTATATGGA TCAAATATCC ATGCATTTCA AAACCTTACT CCATTTTAAA CCAACCCAAA TACTCAAAAA ATTAATCAGA  AATAAAAATT GATCAAAAAT TTAAAAACTC AAAAGTTATC TCCTGGAATC AGTTATCACT TGTCACCTCT AGTTTTTCTT TGTGTTCCAG CTTACTCATC TATGTCACGT CCACTCAAAT  CAGTTGTCAC CTCCCGTTTT TCCATCTCTT CCTCAATCCA GGATAAAAAA AACCAGATCT GCTCAGCATA AATATGTTTT TTTAATATAA AGTTTCTTAT TGATTTCGTT GGACATTGAG  CAGAGTGGCG GACCGTTTTG GAAGGTTCTA TTGGGTAGGA GGGACTCGAG AAGTGCAAGC AAGAGCGGTG CAAACGAGGA TCTTCCTGCG CCTAACTCAA CCCATCAGAC CCTGGAAACT 
AAATTCAAAC TCCAAGGTCT CAATGTGGTC GACCTGGTTG CTCTATCAGG TAGTCACTCT GCCCATGTTT TACAGGCCGC TGTCATAAAC TAA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGCACGGA TCAAACATAG TCCCGGCCTG ACACTGCAGT TTCAGTCTGT GTTGATCACG GCAGTGGCAT TGATGCTATG GATCCAGACA TTGGATGCTC AGAGCTGTAA TGGTCTGAGT  CACCATTTTT ATTACAAATC CTGTCCCAAG GCCCAGGCTA TCATTAAATC TATGGTAGAA GATGCTGTGA AAAAGGAAGC TAGAATAGCT GCTTCGTTGC TCCGTTTGCA TTTTCATGAC  TGCTTTGTTA AGGGCTGCGA TGCATCACTT CTGCTTGATG ACAATGCCAG CTTCACGGGG GAGAAGACAG CGATTCCGAA CAAGAATTCG CTACGAGGCT TTGAAGTAGT GGATAAGATC  AAAAGCAACC TGGAGAAGGC ATGTCCCGGC GTGGTCTCAT GCGCTGACAT TCTTGCTGTG GCAGCTCGTG ATTCAGTAGC CATTAGTGGC GGACCGTTTT GGAAGGTTCT ATTGGGTAGG  AGGGACTCGA GAAGTGCAAG CAAGAGTGGT GCAAACGAGG ATCTTCCTGC GCCCAACTCA ACCCATCAGA CCCTGGAAAC CAAATTCAAA CTCCAAGGTC TCAATGTGGT CGACCTGGTT  GCTCTATCAG GCGCACATAC AATAGGTTTA GCGCGATGCG CAAGCTTCAA GCAAAGGCTG TACAATCAGA CCGGAAATAA GCCTGACCAG ACACTTGACA CGACGTACCT GAAGCAGCTG  CGTACAGTGT GTCCTCAAAC CGGCACCGAC AATAATCAAA CAAGGCCATT CGATCCGGTC AGTCCTACAA AATTCGACGT AAATTACTAC AAGAACGTGG TGGCGGGGAA GGGGCTGCTG  AATTCAGATG AGATTCTGTA TTCCACCAAA GGAAGTAGAA CAGCGGGTTT CGTGAAGTAC TACACAACCA ACACGCATGC ATTTTTCAAG CAATTCGCCG CATCAATGAT AAAGATGGGC 
AACATCAGTC CTCTCACCGG GTTTCACGGT GAAATTCGGA AGAACTGTCG TAGAATCAAT TGA 

Retrieve as FASTA