Entry information : PtaPrx16(PTA00042703)
Entry ID 2052
Creation 2007-02-14 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2007-02-14 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2020-12-29 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: PtaPrx16(PTA00042703)
Name PtaPrx16(PTA00042703)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx021]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Pinaceae Pinus
Organism Pinus taeda (loblolly pine)    [TaxId: 3352 ]
Cellular localisation N/D
Tissue types Roots
Xylem
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value PtaPrx16
start..stop
S start..stop
PabPrx88 624 0 4..331 7..333
PtaPrx61 607 0 2..331 7..336
PpPrx20 581 0 28..331 1..304
PabPrx95 522 0 57..331 1..275
Literature and cross-references PtaPrx16(PTA00042703)
Literature Sederoff,R., Molecular Basis of Wood Formation in the Pine Megagenome, unpublished
EST ref. GenBank:   DR051349 [5' end]   DR052270 [3' end]
Cluster/Prediction ref. UniGene:   Pta.30471   Pta.31501
Protein sequence: PtaPrx16(PTA00042703)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   331 (304)
PWM (Da):   %s   35338.4 (32827.1) Transmb domain:   %s   i5-27o
PI (pH):   %s   5.58 (5.28) Peptide Signal:   %s   cut: 28 range:28-331
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MGASSLSVVV IAVLVGMLQH LGGGASGQLV YNFYRYSCPY VENIVLNVVR SAVQNDTRMA ASLLRLHFHD CMVNGCDASV LLDDTDTITG EKSALPNLNS ARGFEVIDAI KTALENSCNA  TVSCADILAI AARDSVYLSG GPYWQVQMGR RDGTTASKSA ANADIPSPIE SLGSLISKFQ GVGLSVQDLV VLSGAHTIGR AHCGTFSSRL FNFSGSNSAD PTIQQSLLQD LQSLCPDGNS 
DPNTLAPLDP VTKDKFDNVY FRNLQNNSGL LQSDQALFST TNASTAFFVN YYSSFPYAFS RDFPTSMVKM ANISVHTGSD GEIRKNCRFV N 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (incorrect prediction, contains two ORFs coding for two CIII Prxs) and 10 + 27 ESTs (two unigenes).. Few mismatches between DNA and ESTs.
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGGAGCAT CATCTTTATC TGTGGTGGTT ATTGCAGTAC TAGTGGGGAT GCTGCAACAT CTAGGTGGAG GTGCCAGTGG GCAGCTTGTA TACAATTTCT ACAGATATAG TTGTCCTTAT  GTGGAGAATA TCGTGCTGAA CGTTGTTCGG TCCGCTGTAC AAAATGATAC CCGAATGGCA GCTTCGCTCC TTCGCCTCCA TTTCCATGAC TGCATGGTTA ATGTAATTAT TATTATACAT  ATATCCTCCA GTTTCGGTAT CGTTTTATAG AATAGATCTG TATTAAATGC AACAATTTGC GAGTTTAGGC AGTCTTTAAC CAATGTAAAT TGCTTTATAG GAGGCGGATT TTGATCTTTG  GTTGGTTATA TGGTAGCTTA AAATGGCAGA TTGCATTAAA TTAAGGGCAG ATGGCAGATT AATTTGTTTG TAGATTTCTA AATGTTGATA GGATAGATAT AGTGAAGTCA ATTGTTGGAG  TGAATTGACT TCCAAATTTT CTTATTAATT AGATTTCTAA AATAGTTAGA AAATTTCCAT TAAGCAAAAT CTATAACTTT GTTTTATACT GATAGTAAAG TTCATTACTT TGTTTTATAT  TAATATCAAT TAGCAAAATC CATTGTTTTG TTTTATGCTA ATATTGATTA GCAAAATCCA TTTTTTTGTT TTATACTAAT TACGAAAATT GGGATTTGAC AAAAAAAAAT TAGATAAAGA  AACAATTAAT TAAATAAAGT ATCAACACAA TTATACTGAA ATTTAAATTT TGTAATTCAC CTAAGTTCAG AATTAAATAT ATTAAATATC AACCATTnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnTT ATTATAAATC AAATTTAATA TTCTTATTAT TATTATTTAG AATCAAATTT AATAAGTGAA ATCTATAACT  ATGTATTAAA AAATATTATT TTGTGTATAT AAGATTCTGA CTTTTCTGTG CACAAGTTTC ACAATTATTT TGGTGGGAGA GAAATGTTAA TGAACTGTTG TCTGATGGTG GAAGTATTAA  AAACATTTTT GCGTGTACAA TTTTGTGAAG TACTCTCTAA ATATTAATTT CTACAACTGA AAGAAAGGAA ATGACATGTC TTATATTTAA ATTTTCTAGA ATGCTGAATA AATGTCTCAC  TAATTTAATA CTTTACCTTA TATTTCGATT TTTTAGGAGG CTTAGTTTCA CAGACTTGCG TTACTATAGA CTTGCAGATT ATTTGAAGCA TTTGGCTTTC CAAATGAATT AATGCAACTG  GGTTTTACAG GGGTGCGATG CCTCAGTGTT GCTTGATGAT ACAGATACCA TTACAGGAGA GAAGAGTGCT CTTCCTAATC TTAATTCAGC CAGAGGGTTT GAGGTCATCG ATGCTATCAA  GACAGCCCTA GAGAATTCTT GCAACGCCAC TGTTTCTTGC GCAGATATTC TCGCTATTGC AGCGCGGGAT TCAGTATACC TTGTAATATA TACATATATG TTCCATTTTC CATATAATGT  TCATGTCCTC CAACAAAATT CTAGTTGATT ATCAATTGAA GTATACTTAC TGTGTTTTTT TGTGTGTTGA TACAAGAGCG GTGGGCCTTA CTGGCAAGTG CAGATGGGGA GAAGAGATGG  CACCACTGCC AGCAAAAGTG CAGCAAACGC CGACATCCCT TCTCCTATTG AGTCGCTTGG TTCACTCATA TCCAAATTCC AAGGTGTTGG GCTTTCTGTT CAGGATCTTG TAGTGCTCTC  AGGTATGTGC AATACCAGAT TTACATAGTC TACACTAGCC TAAGATTCTT TCAATACAGG TTTCTCATAT GCAACTGTTT TTGGTAAAAC TGTGTTGTAT TTTAGGATCA CTTTTAATTG  GATTGTAAAT TTTTGAGAAT ATTCTCGCAA CATGACATAG AAAGATTGTA AATTTTGGAA TAATATGTTA ATTCATTGTA TTTTAGGATC ACTTTTAATT GGATTGTAAA TTTTTGAGAA  TATTCTCGCA ACATGACATA GAAAGATTGT AAATTTTGGA ATAATATGTT AATTCTATGA AGAAGAGTAA AATTAATTTT GGATTTTCCT AGTTGATCAA TCAAAAATAA ATATTTAGTT  TATTAAAATT TGAAATGCTT ATTTGAATTG TGTTTATTTA GAGTAGATAT TATTTTTAAG GTGAATTGTG AATAATATTG TGATTTTTTA TTGTTTAAAA TGTACTTTTA ATTACATAAA  TGAATAACAA ATTGAAAAAC TTTTGAAACA TTTGAATTTA TAATTTTAAG AAATATTTAT TACATTTCAA ATAAAATTGA CCAATTTTAT TTTTCCAAAA TTTAAAATAG TTAAACTACA  ACAAACTTAC TCTTACTAGT TAGGATTTAA AGATTGATGT TATTTTAAAA TTAGCTTTAA GTAGCTGTTA TACAAATTAG ATTTTAGTTA GTATTATTCA TAAATCTAAG TTCTAGTAAA  ATATTAAATT CATAAATATT ATTTAGATAT ATTAAATACT GGGACAACTA TCTAAATTAA ATGACTAATA AATATTAACA GTTGTTAATC TATAATAAAT ATCAAAACAA CTACTTACAC  TTTCTTTTAC TATAAAAATT TTTAATCTGT GAATTAACTT TATTATTATG CTAGAGATTT TTAATTTGTA AATTAACTTT GTGATGACAC CATAAATTAT AAATTTCACA TGCTCTAAAT  TTTATAACTC TTAATATAAC AATTATTCGT GTGTATATTT TTTAAATTAA TCAATTTAAT TAAAAAAACA AAAATAATTT CAATACTTTG AATATCTCCT ACTGAATCCT AACTCATGTC  ACCTCATGTG ACTGGTAATG TTCAGGGGCT CACACCATAG GCCGTGCCCA CTGTGGCACC TTCAGCTCAC GCCTATTCAA TTTCAGCGGC TCAAACAGTG CGGATCCAAC GATTCAGCAA  TCTCTACTGC AAGACCTGCA AAGTTTATGC CCAGATGGAA ACAGTGATCC AAATACCCTG GCGCCACTGG ACCCTGTGAC CAAAGACAAG TTCGATAATG TGTATTTCAG AAATCTTCAG  AACAATTCGG GGCTCCTCCA GTCGGATCAG GCTCTCTTCT CCACCACAAA TGCGTCCACT GCCTTCTTTG TGAATTACTA CAGCAGCTTT CCCTATGCCT TCTCCAGAGA TTTTCCCACT 
TCCATGGTGA AGATGGCCAA CATAAGCGTT CATACTGGAT CAGACGGAGA AATCAGAAAA AATTGTAGAT TTGTCAACTG A 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGGGAGCAT CATCTTTATC TGTGGTGGTT ATTGCAGTAC TAGTGGGGAT GCTGCAACAT CTAGGTGGAG GTGCCAGTGG GCAGCTTGTA TACAATTTCT ACAGATATAG TTGTCCTTAT  GTGGAGAATA TCGTGCTGAA CGTTGTTCGG TCCGCTGTAC AAAATGATAC CCGAATGGCA GCTTCGCTCC TTCGCCTCCA TTTCCATGAC TGCATGGTTA ATGGGTGCGA TGCCTCAGTG  TTGCTTGATG ATACAGATAC CATTACAGGA GAGAAGAGTG CTCTTCCTAA TCTTAATTCA GCCAGAGGGT TTGAGGTCAT CGATGCTATC AAGACAGCCC TAGAGAATTC TTGCAACGCC  ACTGTTTCTT GCGCAGATAT TCTCGCTATT GCAGCGCGGG ATTCAGTATA CCTTAGCGGT GGGCCTTACT GGCAAGTGCA GATGGGGAGA AGAGATGGCA CCACTGCCAG CAAAAGTGCA  GCAAACGCCG ACATCCCTTC TCCTATTGAG TCGCTTGGTT CACTCATATC CAAATTCCAA GGTGTTGGGC TTTCTGTTCA GGATCTTGTA GTGCTCTCAG GGGCTCACAC CATAGGCCGT  GCCCACTGTG GCACCTTCAG CTCACGCCTA TTCAATTTCA GCGGCTCAAA CAGTGCGGAT CCAACGATTC AGCAATCTCT ACTGCAAGAC CTGCAAAGTT TATGCCCAGA TGGAAACAGT  GATCCAAATA CCCTGGCGCC ACTGGACCCT GTGACCAAAG ACAAGTTCGA TAATGTGTAT TTCAGAAATC TTCAGAACAA TTCGGGGCTC CTCCAGTCGG ATCAGGCTCT CTTCTCCACC  ACAAATGCGT CCACTGCCTT CTTTGTGAAT TACTACAGCA GCTTTCCCTA TGCCTTCTCC AGAGATTTTC CCACTTCCAT GGTGAAGATG GCCAACATAA GCGTTCATAC TGGATCAGAC 
GGAGAAATCA GAAAAAATTG TAGATTTGTC AACTGA 

Retrieve as FASTA