Entry information : SbPrx41 (Sb02g040730)
Entry ID 2709
Creation 2008-10-27 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2008-10-27 (Christophe Dunand)
Sequence status theoretical translation / pseudogene
Reviewer Christophe Dunand
Last annotation changes 2015-07-02 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: SbPrx41 (Sb02g040730)
Name (synonym) SbPrx41 (Sb02g040730)
Class Class III peroxidase     [Orthogroup: Prx174]*
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Monocotyledons Poaceae Sorghum
Organism Sorghum bicolor    [TaxId: 4558 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value SbPrx41
start..stop
S start..stop
ZmPrx103 531 0 323..618 264..560
SiPrx115 498 2e-175 326..617 1..291
OsPrx106-1 398 9e-135 323..617 90..383
OsPrx106-2 397 1e-134 323..617 90..383
Gene structure Fichier Exons
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 74628333..74630195 1863  
complement(join(74628333..74630195))


exon

Literature and cross-references SbPrx41 (Sb02g040730)
Literature PlantGDB
DNA ref. Phytozome 12:   chromosome_2 (74630195..74628333)
Protein sequence: SbPrx41 (Sb02g040730)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   620 (595)
PWM (Da):   %s   64096.72 (61587.2)  
PI (pH):   %s   6.85 (6.62) Peptide Signal:   %s   cut: 26 range:26-620
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MVRQKLAAPA AIPVILLALL EAVAGQISNP PSSSPPTYPP SQSQSSRSSV LPPVYHPSPS PSPSQMPTNS QPIPSPISYP PSQNPLSSNP PSYPTNPTPL IYPPSPSPLR SLPPTYPPRP  SQLIYSPSPS PLRLIPPTYP PSKSPSPATH PPSSSSTPPT YPPSANPHVN LSPSPSPSPS TYAPSTSPSP VPPTYPPSAS PSSSISSSPT YPPSTSPNPL ISSPPTYSPS ASPSRSISIP  PTYPPSASPG PSPSITSPPA ASPSPIPSSS ISIPPTYPPS LSPSPSPSIT SPPAASPSPT PSNSISIPPT YPPSPSPSSA PSGLSVGYYK DRCPKAEYIV REAVKSAIDS NRGTGAGLIR  LFFHDCFVQG CDASVLLNTT GSSEPTERAS APNQSLRGFE VIDAAKAALE AACPGVVSCA DIVAFAGRDA TFFLSSNNAV DYFDMPAGRY DGRASLDSEA LANLPPPFAS LEKLKEMFAA  KGLDAEDMVT LSGAHTVGRS RCSSFSDRLP PHVSDMNATL SGTLTSQCNG GDATVPQDAV TPDGLDSQYY RNVLNHEVLF ASDAALLASN QTADMVSANA FTPGLWETKF MAAMVKMGRV 
GIKTSADGEI REKCWMVKAN 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 2, no intron). No EST. Very long PS with multiple repeats AA.
DNA
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.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGTGAGGC AGAAGCTCGC CGCCCCCGCC GCCATCCCTG TAATCTTGCT AGCGCTCCTT GAGGCCGTGG CAGGCCAGAT CTCTAATCCT CCAAGCTCAA GTCCACCGAC ATATCCGCCA  AGCCAGAGCC AGAGCTCACG GAGCTCTGTT CTTCCGCCTG TTTATCATCC AAGCCCAAGC CCTAGCCCGA GCCAAATGCC CACTAATTCT CAACCTATCC CAAGCCCAAT CTCTTATCCA  CCAAGTCAAA ATCCATTGAG CTCAAATCCA CCATCTTATC CTACGAACCC GACTCCACTC ATTTATCCGC CTAGCCCAAG TCCATTGAGA TCACTCCCCC CAACTTATCC TCCTAGGCCA  AGCCAACTTA TTTATTCTCC TAGTCCAAGT CCGTTGAGGT TGATCCCACC TACTTATCCT CCGAGTAAAA GCCCAAGCCC AGCCACTCAT CCTCCAAGTA GCAGCTCAAC TCCACCGACT  TATCCTCCAA GTGCAAACCC ACACGTAAAT CTTTCACCAA GTCCAAGCCC AAGCCCATCC ACCTACGCTC CAAGCACAAG CCCTAGTCCA GTTCCACCAA CTTATCCTCC AAGTGCAAGC  CCAAGCTCAT CGATCTCAAG TTCACCAACT TATCCTCCAA GTACAAGCCC AAATCCATTG ATCTCGAGTC CACCAACTTA TTCTCCAAGT GCAAGTCCAA GTCGTTCAAT CTCAATTCCA  CCAACTTACC CTCCAAGTGC AAGCCCAGGC CCAAGCCCAT CAATCACGAG TCCACCGGCG GCTAGTCCCA GCCCAATCCC ATCTAGTTCA ATCTCAATCC CACCCACTTA TCCTCCTAGC  CTAAGCCCAA GCCCAAGCCC ATCGATCACG AGTCCACCGG CGGCTAGTCC CAGCCCAACC CCATCTAATT CAATCTCAAT CCCACCCACT TATCCTCCTA GCCCAAGCCC AAGCAGCGCT  CCTTCAGGGC TTAGTGTCGG CTACTACAAG GATCGATGCC CCAAAGCCGA GTACATTGTG AGGGAGGCCG TGAAGAGTGC CATAGACAGT AACCGTGGCA CGGGCGCGGG GCTCATTCGT  TTGTTCTTCC ACGACTGCTT CGTCCAGGGG TGCGATGCCT CTGTTCTCCT CAACACGACC GGCTCCAGCG AGCCGACGGA GAGGGCGAGC GCGCCCAACC AGAGCCTCCG CGGCTTCGAG  GTGATCGACG CGGCCAAGGC GGCGCTCGAG GCCGCCTGCC CCGGCGTCGT CTCGTGCGCG GACATCGTCG CCTTCGCCGG CCGCGACGCC ACCTTCTTCC TCAGCAGCAA CAACGCGGTC  GACTACTTCG ACATGCCGGC CGGCCGCTAC GACGGGCGCG CGTCGCTCGA CAGCGAGGCC CTCGCCAACC TTCCCCCGCC GTTCGCCAGC CTCGAGAAGC TAAAGGAGAT GTTCGCTGCC  AAGGGGCTCG ACGCCGAAGA CATGGTCACG CTCTCCGGCG CTCACACCGT CGGCCGCTCC CGCTGCTCGT CCTTCTCCGA CCGCCTACCG CCCCACGTCT CTGACATGAA CGCCACGCTC  TCCGGCACGC TGACCTCGCA GTGCAACGGC GGCGACGCCA CGGTGCCGCA GGACGCGGTG ACACCCGACG GCCTGGACAG CCAGTACTAC AGGAACGTGC TCAACCACGA GGTGCTCTTC  GCGTCGGACG CCGCGCTGCT GGCGTCGAAC CAGACGGCGG ACATGGTGTC CGCCAACGCG TTCACGCCGG GGCTGTGGGA GACCAAGTTC ATGGCGGCTA TGGTGAAGAT GGGCCGCGTC 
GGAATCAAGA CCAGCGCCGA CGGCGAGATC AGAGAGAAGT GCTGGATGGT CAAGGCCAAC TAA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGTGAGGC AGAAGCTCGC CGCCCCCGCC GCCATCCCTG TAATCTTGCT AGCGCTCCTT GAGGCCGTGG CAGGCCAGAT CTCTAATCCT CCAAGCTCAA GTCCACCGAC ATATCCGCCA  AGCCAGAGCC AGAGCTCACG GAGCTCTGTT CTTCCGCCTG TTTATCATCC AAGCCCAAGC CCTAGCCCGA GCCAAATGCC CACTAATTCT CAACCTATCC CAAGCCCAAT CTCTTATCCA  CCAAGTCAAA ATCCATTGAG CTCAAATCCA CCATCTTATC CTACGAACCC GACTCCACTC ATTTATCCGC CTAGCCCAAG TCCATTGAGA TCACTCCCCC CAACTTATCC TCCTAGGCCA  AGCCAACTTA TTTATTCTCC TAGTCCAAGT CCGTTGAGGT TGATCCCACC TACTTATCCT CCGAGTAAAA GCCCAAGCCC AGCCACTCAT CCTCCAAGTA GCAGCTCAAC TCCACCGACT  TATCCTCCAA GTGCAAACCC ACACGTAAAT CTTTCACCAA GTCCAAGCCC AAGCCCATCC ACCTACGCTC CAAGCACAAG CCCTAGTCCA GTTCCACCAA CTTATCCTCC AAGTGCAAGC  CCAAGCTCAT CGATCTCAAG TTCACCAACT TATCCTCCAA GTACAAGCCC AAATCCATTG ATCTCGAGTC CACCAACTTA TTCTCCAAGT GCAAGTCCAA GTCGTTCAAT CTCAATTCCA  CCAACTTACC CTCCAAGTGC AAGCCCAGGC CCAAGCCCAT CAATCACGAG TCCACCGGCG GCTAGTCCCA GCCCAATCCC ATCTAGTTCA ATCTCAATCC CACCCACTTA TCCTCCTAGC  CTAAGCCCAA GCCCAAGCCC ATCGATCACG AGTCCACCGG CGGCTAGTCC CAGCCCAACC CCATCTAATT CAATCTCAAT CCCACCCACT TATCCTCCTA GCCCAAGCCC AAGCAGCGCT  CCTTCAGGGC TTAGTGTCGG CTACTACAAG GATCGATGCC CCAAAGCCGA GTACATTGTG AGGGAGGCCG TGAAGAGTGC CATAGACAGT AACCGTGGCA CGGGCGCGGG GCTCATTCGT  TTGTTCTTCC ACGACTGCTT CGTCCAGGGG TGCGATGCCT CTGTTCTCCT CAACACGACC GGCTCCAGCG AGCCGACGGA GAGGGCGAGC GCGCCCAACC AGAGCCTCCG CGGCTTCGAG  GTGATCGACG CGGCCAAGGC GGCGCTCGAG GCCGCCTGCC CCGGCGTCGT CTCGTGCGCG GACATCGTCG CCTTCGCCGG CCGCGACGCC ACCTTCTTCC TCAGCAGCAA CAACGCGGTC  GACTACTTCG ACATGCCGGC CGGCCGCTAC GACGGGCGCG CGTCGCTCGA CAGCGAGGCC CTCGCCAACC TTCCCCCGCC GTTCGCCAGC CTCGAGAAGC TAAAGGAGAT GTTCGCTGCC  AAGGGGCTCG ACGCCGAAGA CATGGTCACG CTCTCCGGCG CTCACACCGT CGGCCGCTCC CGCTGCTCGT CCTTCTCCGA CCGCCTACCG CCCCACGTCT CTGACATGAA CGCCACGCTC  TCCGGCACGC TGACCTCGCA GTGCAACGGC GGCGACGCCA CGGTGCCGCA GGACGCGGTG ACACCCGACG GCCTGGACAG CCAGTACTAC AGGAACGTGC TCAACCACGA GGTGCTCTTC  GCGTCGGACG CCGCGCTGCT GGCGTCGAAC CAGACGGCGG ACATGGTGTC CGCCAACGCG TTCACGCCGG GGCTGTGGGA GACCAAGTTC ATGGCGGCTA TGGTGAAGAT GGGCCGCGTC 
GGAATCAAGA CCAGCGCCGA CGGCGAGATC AGAGAGAAGT GCTGGATGGT CAAGGCCAAC TAA 

Retrieve as FASTA