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Entry information : MtRboh01 (Medtr8g095520.1[4.0] / Medtr4g144710.1[3.0])
Entry ID 3312
Creation 2007-07-23 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-04-12 (Catherine Mathe)
Sequence status complete
Reviewer Catherine Mathe
Last annotation changes 2016-05-25 (Catherine Mathe)
Peroxidase information: MtRboh01 (Medtr8g095520.1[4.0] / Medtr4g144710.1[3.0])
Name (synonym) MtRboh01 (Medtr8g095520.1[4.0] / Medtr4g144710.1[3.0])
Class Respiratory burst oxidase homolog    [Orthogroup: Rboh001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Fabaceae Medicago
Organism Medicago truncatula (barrel medic)    [TaxId: 3880 ]
Cellular localisation Plasma membrane
Tissue types Cell culture
Roots
Stems
Inducers Glomus versiforme infection
Insect damage (Spodoptera exigua, Meloidogyne, Aphib)
Methyl jasmonate treatment
Mycorrhiza
Nodulation
Pathogen interaction
Phytophthora infection
Salt stress
Wounding
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value MtRboh01
start..stop		 S start..stop
PsRboh03 1723 0 2..899 3..901
CarRboh02 1635 0 5..898 45..933
LjRboh07 1505 0 1..898 1..897
NschRboh01 1501 0 2..898 5..929
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 39980837..39981365 527 N° 2 39981593..39981755 161 N° 3 39981840..39981888 47 N° 4 39982067..39982180 112
N° 5 39982280..39982702 421 N° 6 39982842..39983225 382 N° 7 39983333..39983428 94 N° 8 39983568..39983683 114
N° 9 39983817..39983919 101 N° 10 39984008..39984081 72 N° 11 39985259..39985794 534 N° 12 39986031..39986140 108
join(39980837..39981365,39981593..39981755,39981840..39981888,39982067..39982180 ,39982280..39982702,39982842..39983225,39983333..39983428,39983568..39983683,399 83817..39983919,39984008..39984081,39985259..39985794,39986031..39986140)


exon

Literature and cross-references MtRboh01 (Medtr8g095520.1[4.0] / Medtr4g144710.1[3.0])
Literature Saeed,N.A. and Rose,R.J. Expression of MtRBOH genes in response to wounding, tissue culture and salinity in Medicago truncatula.
DNA ref. GenBank:   AC141864 (36838..42640) Phytozome 12:   chr8 (39980837..39986140)
Cluster/Prediction ref. Phytozome Gene 12:   31073615 UniGene:   Mtr.11466
Other ref. Gene atlas:   Mtr.17607.1.S1_at Legoo:   Mtr.17607.1.S1_at
Protein sequence: MtRboh01 (Medtr8g095520.1[4.0] / Medtr4g144710.1[3.0])
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   898
PWM (Da):   %s   101847.95 Transmb domain:   %s   o343-362i421-443o482-504i517-539o554-572i707-724o
PI (pH):   %s   8.57
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MGGSSADLHHHESDIELIAPENSTKLSTTESKSVTDVDHNIEEDADYVEVTMDIQGDSVALHSVKTVTESDMGEGEHEKQSLTGNKLEKKKSFGASVVQNATIRIKQLKRLASFSKPEPA
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FAKPNWRTVYKRIALNHPEAQVGVFYCGPSTLTHELRQLSLDFSHNTSTKFDFHKENF*

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 8, 11 introns), cDNA generated from 31 ESTs. cDNA (AY821801) probably contains an erroneous duplication
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGGAGGATCTTCTGCAGATCTTCATCATCATGAATCAGATATAGAACTCATTGCTCCTGAGAACAGCACAAAGTTAAGCACTACTGAGTCCAAATCTGTCACAGATGTTGACCATAAC
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GGAAATGTGTTGGCAATTAATATGTCAAAGCCTCAAGGATTTAGCTATAAGAGTGGACAGTACATGCTTGTCAATTGTGCTGCTGTTTCTCCACTTGAATGTGGTATGGATTTATTTTGA
AGAAACATTCTATAATAAATTAAATGTGGCATCTAATTAGAGCATCATATAAGCTTGAGCTATACTTCACATTTATCTGATTTCTATACCTTCATTCATTGTTTATGCATTCACAGGCAT
CCATTTTCCATAACTTCTGCCCCTAATGATGATTACCTTAGTGTTCATATTAAAATACTTGGTGATTGGACTAGAAGTCTGAAAACCAAATTCTCACAGAGGTGAATATTATTATTAATA
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TTGAAAGGAGATAACAGCCCAAGAGGTATGCCTTATTGTTTTTGCTTTTGGCAAATATTATTATTTTTCTACAAATATCTGATAGTAGGTAGGTAACATGCAAAAACTGTAGTTGGCTAC
GGCACTTAACAAAATATGTTTAGATTTAATTATTCAGATAACCCACTACAAGTGAGTTCCATGTTGGTTAACTTCACCTGTAAGATAAGGATTTAAATATCCGGAAAAGCCTATAACTAA
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TTTATTATTGTTAAAAGAAAAGAAGCTTAAAATGACCTTGGTAAGCTGTAACCCAAAAAAGAAAGATAAAAAGAAATACGTTGCCCAACAGATATGTCACAGGTGGTGATGATTGAAACC
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AGTGTTTACGAACAGGGTGATGCACGCTCTGCTCTTATCGCTATGGTGCAGTCTATAAACCATGCAAAGCACGGGGTGGATGTTGTGTCCGGCACTCGTGTCATGTCTCATTTTGCTAAA
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TAAAAAAAGTACATGTTGATCAATGATCGATAATATGCTTTGGAGTGTTAATTTCAACATAAAAAGAAAACGGTGCTTGCTTTTTTTATCAAAATCAATCATGCATTTACCTTTTTATTT
GACGTGTTTCGTTAAACTTAATAGACAGTTTTTTTTTTTTTTTTTATGTAATGCAGGGGTATTTTACTGCGGGCCATCCACCCTGACCCACGAGCTTCGTCAGCTATCGTTGGATTTCTC
TCACAACACATCAACCAAATTCGACTTTCATAAAGAAAATTTCTGA

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGGAGGATCTTCTGCAGATCTTCATCATCATGAATCAGATATAGAACTCATTGCTCCTGAGAACAGCACAAAGTTAAGCACTACTGAGTCCAAATCTGTCACAGATGTTGACCATAAC
ATAGAAGAAGATGCAGACTATGTTGAGGTGACCATGGACATTCAAGGTGACTCTGTTGCCTTACACAGTGTGAAAACTGTAACAGAAAGTGACATGGGAGAAGGGGAACATGAGAAACAG
TCTTTGACTGGGAATAAGTTGGAGAAGAAGAAATCCTTTGGTGCTTCAGTGGTTCAAAATGCTACTATTCGTATAAAGCAGCTGAAGCGTTTGGCATCGTTTTCAAAACCAGAACCAGCA
AAGCGATTGGAAAGGACCAAGTCTGCGGTGGCTCATGCTCTCACTGGACTCAAGTTTATCAGCAAGACTGATGTTGGTGCAGGATGGTCTGAAGTTGAGAAAGTGTTTGATAAGCTTACC
GTGACAACTGACGGTTATCTTCCTCGCACTCTCTTTGCTAAATGCATAGGATTGAATGAAGAGTCAAAGGCCTATGCTGAGATGCTTTTTGATACTCTTGCTCGGCAGAGAGGGATTCAA
GGAGGTTCGATTAACAAGATCCAGTTTAGGGAGTTCTGGGACTGTATTTCAGACCAAAGCTTTGATACTAGGCTCAAAATATTCTTTGACATGGTTGACAAAGATGCAGATGGAAGAATC
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ACAGGATATATCTTGATAGGCAATCTCGAGACTCTCTTATTACATGGACCAGAAGAGACTACAAGGGGAGAAAGTAAGTACCTGAGCCAAATGCTAAGCCAAAAGCTTAGGCCTACATTT
GAGGGAAATCCTATTAAGAGGTGGTATAGAGATACCAAGTACTTCTTCCAGGATAACTGGCGAAGATCCTGGGTATTTGCTCTGTGGATTGGTGTCATGTTAGGCCTATTTGCCTTTAAA
TTTGTGCAATATAGGAGAAGATCTGCATATAAAGTGATGGGGCACTGTGTGTGCATGGCAAAAGGGGCTGCTGAAACACTTAAATTGAACATGGCCATTATCTTATTGCCTGTTTGCCGA
AACACCATCACTTGGCTCAGGAATAAGACCAAGCTAGGCGCTTTTGTTCCTTTTGATGATGGCCTCAATTTTCACAAGATGATAGCTCTGGCAATAGCAATTGGTGTTGGTATACATGCT
ATTTATCATCTTGCTTGTGATTTTCCTCGCATTCTTCATGCAAGCAATGAAAAGTACAAGCTGATTGAGCCTTTTTTCGGAGAGAAACCAACAAATTACTGGCATTTTGTCAAATCTTGG
GAAGGGGTAACAGGAATTCTAATGGTTGTGCTAATGGCAATAGCCTTTACACTGGCCAATACTAGGTTCAGGAGGAATCGCACCAAACTACCTAAACCCTTCAACAAACTCACAGGTTTC
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AAGCCTCAAGGATTTAGCTATAAGAGTGGACAGTACATGCTTGTCAATTGTGCTGCTGTTTCTCCACTTGAATGGCATCCATTTTCCATAACTTCTGCCCCTAATGATGATTACCTTAGT
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AACAGCCCAAGTACTTTCCCTAAAGTTTTGATTGATGGTCCGTATGGAGCGCCAGCACAAGACTACAGGGAGTATGAGGTGGTTTTACTTGTGGGGCTGGGAATAGGGGCTACCCCAATG
ATAAGTATACTAAAGGACATGGTCAATAATTTCAAGGCAATGGAAGAGGAAGATGGGTTTGCAATGGAGGAAGGGTCACCGATGACACCAAACCAGAAAGACTCTAGGTTCAGTGACTTC
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TACTGCACCAGTGTTTACGAACAGGGTGATGCACGCTCTGCTCTTATCGCTATGGTGCAGTCTATAAACCATGCAAAGCACGGGGTGGATGTTGTGTCCGGCACTCGTGTCATGTCTCAT
TTTGCTAAACCCAATTGGCGCACTGTCTACAAACGCATTGCACTTAATCATCCGGAAGCACAAGTTGGGGTATTTTACTGCGGGCCATCCACCCTGACCCACGAGCTTCGTCAGCTATCG
TTGGATTTCTCTCACAACACATCAACCAAATTCGACTTTCATAAAGAAAATTTCTGA

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
CGGCCGGGGA AAAAGGAGCA AATGAGTCTG ACAAAAGAGA TCAGAAAGTG TTGAATCAGT GCTTCAGAAA AACAAAACAG CAACATGGGA GGATCTTCTG CAGATCTTCA TCATCATGAA  TCAGATATAG AACTCATTGC TCCTGAGAAC AGCACAAAGT TAAGCACTAC TGAGTCCAAA TCTGTCACAG ATGTTGACCA TAACATAGAA GAAGATGCAG ACTATGTTGA GGTGACCATG  GACATTCAAG GTGACTCTGT TGCCTTACAC AGTGTGAAAA CTGTAACAGA AAGTGACATG GGAGAAGGGG AACATGAGAA ACAGTCTTTG ACTGGGAATA AGTTGGAGAA GAAGAAATCC  TTTGGTGCTT CAGTGGTTCA AAATGCTACT ATTCGTATAA AGCAGCTGAA GCGTTTGGCA TCGTTTTCAA AACCAGAACC AGCAAAGCGA TTGGAAAGGA CCAAGTCTGC GGTGGCTCAT  GCTCTCACTG GACTCAAGTT TATCAGCAAG ACTGATGTTG GTGCAGGATG GTCTGAAGTT GAGAAAGTGT TTGATAAGCT TACCGTGACA ACTGACGGTT ATCTTCCTCG CACTCTCTTT  GCTAAATGCA TAGGATTGAA TGAAGAGTCA AAGGCCTATG CTGAGATGCT TTTTGATACT CTTGCTCGGC AGAGAGGGAT TCAAGGAGGT TCGATTAACA AGATCCAGTT TAGGGAGTTC  TGGGACTGTA TTTCAGACCA AAGCTTTGAT ACTAGGCTCA AAATATTCTT TGACATGGTT GACAAAGATG CAGATGGAAG AATCACCGAG GAAGAGATAA AAAATATTAT ATGCCTGAGT  GCCACTGCCA ACAAACTGTC AAATATCCAG AAACAAGCAG AGGAATATGC GGCTTTGATC ATGGAAGAAC TAGACCCGGA TGACACAGGA TATATCTTGA TAGGCAATCT CGAGACTCTC  TTATTACATG GACCAGAAGA GACTACAAGG GGAGAAAGTA AGTACCTGAG CCAAATGCTA AGCCAAAAGC TTAGGCCTAC ATTTGAGGGA AATCCTATTA AGAGGTGGTA TAGAGATACC  AAGTACTTCT TCCAGGATAA CTGGCGAAGA TCCTGGGTAT TTGCTCTGTG GATTGGTGTC ATGTTAGGCC TATTTGCCTT TAAATTTGTG CAATATAGGA GAAGATCTGC ATATAAAGTG  ATGGGGCACT GTGTGTGCAT GGCAAAAGGG GCTGCTGAAA CACTTAAATT GAACATGGCC ATTATCTTAT TGCCTGTTTG CCGAAACACC ATCACTTGGC TCAGGAATAA GACCAAGCTA  GGCGCTTTTG TTCCTTTTGA TGATGGCCTC AATTTTCACA AGATGATAGC TCTGGCAATA GCAATTGGTG TTGGTATACA TGCTATTTAT CATCTTGCTT GTGATTTTCC TCGCATTCTT  CATGCAAGCA ATGAAAAGTA CAAGCTGATT GAGCCTTTTT TCGGAGAGAA ACCAACAAAT TACTGGCATT TTGTCAAATC TTGGGAAGGG GTAACAGGAA TTCTAATGGT TGTGCTAATG  GCAATAGCCT TTACACTGGC CAATACTAGG TTCAGGAGGA ATCGCACCAA ACTACCTAAA CCCTTCAACA AACTCACAGG TTTCAATGCC TTTTGGTATT CTCATCACCT CTTCATCATT  GTGTATGCCA TGTTGATTAT CCATGGAACC AAACTTTACT TGACTAAGGA ATGGAACCAT AAAACGACTT GGATGTATCT GGCTATTCCC ATCACCATTT ATGGATTGGA GAGACTTATT  AGAGCACTTA GATCAAGCAT CAAGTCTGTG CGAATATTGA AGGTGGCTGT TTATCCTGGA AATGTGTTGG CAATTAATAT GTCAAAGCCT CAAGGATTTA GCTATAAGAG TGGACAGTAC  ATGCTTGTCA ATTGTGCTGC TGTTTCTCCA CTTGAATGGC ATCCATTTTC CATAACTTCT GCCCCTAATG ATGATTACCT TAGTGTTCAT ATTAAAATAC TTGGTGATTG GACTAGAAGT  CTGAAAACCA AATTCTCACA GGCTTGCCAG CCAGCCATCA ATGGACAGAG TGGACTTCTA AGAGCTGAAT GCTTGAAAGG AGATAACAGC CCAAGTACTT TCCCTAAAGT TTTGATTGAT  GGTCCGTATG GAGCGCCAGC ACAAGACTAC AGGGAGTATG AGGTGGTTTT ACTTGTGGGG CTGGGAATAG GGGCTACCCC AATGATAAGT ATACTAAAGG ACATGGTCAA TAATTTCAAG  GCAATGGAAG AGGAAGATGG GTTTGCAATG GAGGAAGGGT CACCGATGAC ACCAAACCAG AAAGACTCTA GGTTCAGTGA CTTCAAGACA AGGAGGGCAT ACTTCTATTG GGTGACAAGA  GAGCAGGGTT CCTTTGATTG GTTTAAAGGG GTGATGAATG ATGTAGCTGA GGAGGATAGA AGGGGATTGA TTGAGCTACA CAGCTACTGC ACCAGTGTTT ACGAACAGGG TGATGCACGC  TCTGCTCTTA TCGCTATGGT GCAGTCTATA AACCATGCAA AGCACGGGGT GGATGTTGTG TCCGGCACTC GTGTCATGTC TCATTTTGCT AAACCCAATT GGCGCACTGT CTACAAACGC  ATTGCACTTA ATCATCCGGA AGCACAAGTT GGGGTATTTT ACTGCGGGCC ATCCACCCTG ACCCACGAGC TTCGTCAGCT ATCGTTGGAT TTCTCTCACA ACACATCAAC CAAATTCGAC  TTTCATAAAG AAAATTTCTG ATAAGAAGAA AATAATTGAG GATAACAGTG GAAGGTGTGG AACGAGCCAG TCCTCCACCA AGATGACTCA GCTATAATCA TGTATTGTCA CCACCCTTTT  GTTGATAACT ATAGTGTGCT TCTATACCAA TGGTTGTTAA TTGTTATAGC TTTGTAAAAG GACCAAGGTA AACGTGGGGT AAATGGTTAG GTGGTGAGTT GGCTACCAAA TACTAAAGGT  GAGGTCGGAT GGCCCCCTTG GATAAGTGTG TCGTCATGTC TGTATAAATT TAATTAATTA TTAAAGGGAA ATAGATAACC ATGAGAAGGC TTTTTTGTTT TTTTGTTTTG TTTTTCATTC  ATTATAGTCG TCCCAGGAGA AGGGACCTGG AAGGAAGTAA ATCAGGAGGG AAATAATTTG TCCAGATGCA GTACAATTAA TAGTTTATTT TTAATTTTTG TTCAAAAAAA AAAAAAAAAA 
A 

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