The peroxidases and oxidases database
Entry information : MtPrx21 (Medtr2g008160.1[4.0] / Medtr2g008160.1[3.5] / Medtr2g008310.1[3.0])
Entry ID 404
Creation 2006-08-16 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2010-09-16 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Christophe Dunand
Last annotation changes 2014-07-29 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: MtPrx21 (Medtr2g008160.1[4.0] / Medtr2g008160.1[3.5] / Medtr2g008310.1[3.0])
Name (synonym) MtPrx21 (Medtr2g008160.1[4.0] / Medtr2g008160.1[3.5] / Medtr2g008310.1[3.0])
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx015]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Fabaceae Medicago
Organism Medicago truncatula (barrel medic)    [TaxId: 3880 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type Immature seeds
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value MtPrx21
start..stop		 S start..stop
GmPrx03 491 6e-177 1..323 1..323
GmPrx172 482 3e-173 1..323 1..324
LjPrx72 459 1e-164 4..305 1..304
VvPrx12 454 3e-162 1..323 5..328
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 1324905..1325111 207 N° 2 1325196..1325378 183 N° 3 1325487..1325649 163 N° 4 1326923..1327341 419
join(1324905..1325111,1325196..1325378,1325487..1325649,1326923..1327341)


exon

Literature and cross-references MtPrx21 (Medtr2g008160.1[4.0] / Medtr2g008160.1[3.5] / Medtr2g008310.1[3.0])
Literature Grusak,M.A. et al., unpublished
DNA ref. Phytozome 12:   chr2 (1324905..1327341)
Cluster/Prediction ref. Phytozome Gene 12:   31068493 UniGene:   Mtr.14497
Omic ref. Gene atlas:   Mtr.38116.1.S1_s_at Legoo:   MTGI7-TC78886   Mtr.38116.1.S1_s_at
Protein sequence: MtPrx21 (Medtr2g008160.1[4.0] / Medtr2g008160.1[3.5] / Medtr2g008310.1[3.0])
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   323 (301)
PWM (Da):   %s   35404.06 (32858.7)  
PI (pH):   %s   7.06 (6.77) Peptide Signal:   %s   cut: 23 range:23-323
Sequence 484
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Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MARFVFLSLLFLFLFLIDGSKSQLHVGFYSNTCPQVESTVHDVVREAVLFDRTKAAVLLRLHFHDCFVEGCDGSILINTTQNPEKTAFPHAGVKGFEVIERAKAQLEASCPGVVSCADIVALAARDAIVMANGPAYQVPTGRRDGFVSDKSLAGNMPDVNDSIQQLKTKFLNKGLTEKDLVLLSAAHTIGTTACFFMRKRLYEFFPFGSDPTINLNFLPELKARCPKDGDVNIRLAMDEGSDLKFDKSILKNIREGFAVLASDARLNDDFVTKSVIDSYFNPINPTFGPSFENDFVQSMVKMGQIGVKTGSVGNIRRVCSAFN

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 2, 3 introns) and 13 ESTs. Two other splicing variant but very partial. TC78887 and TC78886 are separately compile in TIGR database but corresponded to the same peroxidase.
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTCGGTTTGTTTTTTTGTCTCTCTTATTCTTATTCTTATTCTTAATTGATGGTTCTAAGAGTCAGCTTCATGTTGGTTTCTACTCCAACACATGTCCTCAAGTAGAGTCCACTGTC
CATGATGTTGTTAGAGAAGCTGTTCTTTTTGACAGAACCAAGGCTGCTGTTCTTCTCAGGCTTCATTTTCATGACTGCTTTGTTGAGGTCTTTCTATCTATATATATGTCTCGTGTTTTA
ATATGTTTTGGTTCTAACATTTTGTGACATGATTTTGATGGAGTTTTTCAGGGATGTGATGGTTCAATACTGATTAATACTACTCAAAATCCAGAGAAGACTGCATTTCCACATGCAGGT
GTTAAAGGATTTGAAGTGATAGAAAGAGCCAAGGCACAATTAGAAGCATCCTGTCCAGGAGTGGTTTCTTGTGCAGATATTGTTGCATTGGCAGCTAGAGATGCAATTGTCATGGTCCTA
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CAAGTTCCAACAGGGAGGAGAGATGGATTTGTTTCAGATAAATCTCTTGCAGGTAATATGCCGGATGTTAATGATTCAATTCAGCAACTCAAGACCAAGTTCCTAAACAAGGGTCTCACA
GAAAAAGACCTTGTTCTTCTCAGTGGTACACTCTCTATCTCTCTCTTACACTATAAAACACAGACACAACATGATCCACGTCGATACTGATAATAATTTTAAAAAATGAATTAAACAAAC
ATAATCCTATATGTCGATGTCAGACACGTAACATGTGTCAGACACTAAACACGCCTTCAATTAGAAATGTCTGTTTCAGTGCTTCAAGACAACACATGCATATTACATGCAGAGTAAATG
AGATCATGGTTGTTGAAGTGGCAAAGTAATATGAACTAGAACAGGGGAAAAACAAAATAAATAATCACAACAAGACATTGGCCATACCAACTACATGATTTACTCAATTTGGGAAATTGA
TAGAGAAGGGTTACTGTATATTAATTAAATATTATGATATAGGATTATAATATTCCAACCAATCACTTTTTTAAGATTTTGTCAATTTTTCAGGATTCTAAGAAATGTTGACACAATATC
TACCACTCTTTGTTTAATGAGCCTGTTACTGGCCCAATTAAATAAAACAAAAAGATCTCGGATCTCTAGGATTATGTTTTCGCACCTTCTTTTTCCGTCCTATTGAGTTTCTCGCGCGTT
TTTTGTAATTTGGATTATAAAATTAGAACGGCATAAACACTCTATAAAATTCTTCCCATTTTATCATAACATTCTTTCTTCTTTGAACAAGTTTATCATCACATTCTTATTACTAGAGGA
TAACCTTTTTTCTGGATTTAAAACCAACTTTCCTTTTGCACCATTTTAGAATTTTGTTCTCTTCTCAAACATATGTCATCATTGTGTATCCTAAAGATAGCAAAGTGTATAGTTTTTAAA
CTCTCGTAAAATAACTAAAACATGTAGTTGATATGAGTGTTAAGAGATTCATAAATTTTTAAATAAGTGGTCAGAGATTCAATCTATAACTTTAATGTATGAAAAAAAATTGATTGGAAT
GTGCGGATTTATCTTGTACTTCCTACAAGTATTTTTGTGAAGAGTTAAAAGATAGTGAATATTTTATATCAATAACATGATTAAAAAAACAATTCTATACTATTTGCATTTGTGCGTTTC
TCATATTCATCCAATCACATATTATTTTAGAAAGGTCATGATAGTGAGATATATGATTGATTGTACGTGTACATTTTTTTTTTAACATTATACAACAATGTATATCAATTAAATTCTTGT
ACGGAAAAAAATGTATATCAATTAAATCTTATTATATGTATATTGTTAATTTCTAACCATAGTAATTGTTCACTGATCTGCCATAAACAAAAATTCAGCTGCACATACAATTGGAACCAC
AGCATGCTTCTTTATGAGAAAAAGACTATACGAATTTTTCCCATTTGGATCAGACCCAACTATTAACCTGAATTTTCTCCCAGAACTGAAAGCAAGGTGCCCTAAGGATGGAGATGTCAA
CATCCGTTTAGCCATGGATGAAGGGAGTGATCTGAAATTTGACAAGAGTATATTGAAAAACATAAGGGAAGGTTTTGCTGTGTTAGCTTCTGATGCAAGACTTAATGATGACTTTGTAAC
AAAGAGTGTCATTGATTCCTACTTCAATCCTATAAATCCAACATTTGGACCTTCTTTTGAAAATGATTTTGTTCAGTCCATGGTAAAAATGGGACAAATTGGAGTAAAGACAGGTTCTGT
TGGAAACATTAGGCGTGTGTGCTCAGCATTTAATTGA

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CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGCTCGGTTTGTTTTTTTGTCTCTCTTATTCTTATTCTTATTCTTAATTGATGGTTCTAAGAGTCAGCTTCATGTTGGTTTCTACTCCAACACATGTCCTCAAGTAGAGTCCACTGTC
CATGATGTTGTTAGAGAAGCTGTTCTTTTTGACAGAACCAAGGCTGCTGTTCTTCTCAGGCTTCATTTTCATGACTGCTTTGTTGAGGGATGTGATGGTTCAATACTGATTAATACTACT
CAAAATCCAGAGAAGACTGCATTTCCACATGCAGGTGTTAAAGGATTTGAAGTGATAGAAAGAGCCAAGGCACAATTAGAAGCATCCTGTCCAGGAGTGGTTTCTTGTGCAGATATTGTT
GCATTGGCAGCTAGAGATGCAATTGTCATGGCAAATGGACCTGCATATCAAGTTCCAACAGGGAGGAGAGATGGATTTGTTTCAGATAAATCTCTTGCAGGTAATATGCCGGATGTTAAT
GATTCAATTCAGCAACTCAAGACCAAGTTCCTAAACAAGGGTCTCACAGAAAAAGACCTTGTTCTTCTCAGTGCTGCACATACAATTGGAACCACAGCATGCTTCTTTATGAGAAAAAGA
CTATACGAATTTTTCCCATTTGGATCAGACCCAACTATTAACCTGAATTTTCTCCCAGAACTGAAAGCAAGGTGCCCTAAGGATGGAGATGTCAACATCCGTTTAGCCATGGATGAAGGG
AGTGATCTGAAATTTGACAAGAGTATATTGAAAAACATAAGGGAAGGTTTTGCTGTGTTAGCTTCTGATGCAAGACTTAATGATGACTTTGTAACAAAGAGTGTCATTGATTCCTACTTC
AATCCTATAAATCCAACATTTGGACCTTCTTTTGAAAATGATTTTGTTCAGTCCATGGTAAAAATGGGACAAATTGGAGTAAAGACAGGTTCTGTTGGAAACATTAGGCGTGTGTGCTCA
GCATTTAATTGA

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
GGAGATGTAC CATATTGTAT TGTTGTACTT GTAATTAGTG ATGGCTCGGT TTGTTTTTTT GTCTCTCTTA TTCTTATTCT TATTCTTAAT TGATGGTTCT AAGAGTCAGC TTCATGTTGG  TTTCTACTCC AACACATGTC CTCAAGTAGA GTCCACTGTC CATGATGTTG TTAGAGAAGC TGTTCTTTTT GACAGAACCA AGGCTGCTGT TCTTCTCAGG CTTCATTTTC ATGACTGCTT  TGTTGAGGGA TGTGATGGTT CAATACTGAT TAATACTACT CAAAATCCAG AGAAGACTGC ATTTCCACAT GCAGGTGTTA AAGGATTTGA AGTGATAGAA AGAGCCAAGG CACAATTAGA  AGCATCCTGT CCAGGAGTGG TTTCTTGTGC AGATATTGTT GCATTGGCAG CTAGAGATGC AATTGTCATG GCAAATGGAC CTGCATATCA AGTTCCAACA GGGAGGAGAG ATGGATTTGT  TTCAGATAAA TCTCTTGCAG GTAATATGCC GGATGTTAAT GATTCAATTC AGCAACTCAA GACCAAGTTC CTAAACAAGG GTCTCACAGA AAAAGACCTT GTTCTTCTCA GTGCTGCACA  TACAATTGGA ACCACAGCAT GCTTCTTTAT GAGAAAAAGA CTATACGAAT TTTTCCCATT TGGATCAGAC CCAACTATTA ACCTGAATTT TCTCCCAGAA CTGAAAGCAA GGTGCCCTAA  GGATGGAGAT GTCAACATCC GTTTAGCCAT GGATGAAGGG AGTGATCTGA AATTTGACAA GAGTATATTG AAAAACATAA GGGAAGGTTT TGCTGTGTTA GCTTCTGATG CAAGACTTAA  TGATGACTTT GTAACAAAGA GTGTCATTGA TTCCTACTTC AATCCTATAA ATCCAACATT TGGACCTTCT TTTGAAAATG ATTTTGTTCA GTCCATGGTA AAAATGGGAC AAATTGGAGT  AAAGACAGGT TCTGTTGGAA ACATTAGGCG TGTGTGCTCA GCATTTAATT GAAGTCAAAT TGTGATTACA TATATGTAAT TGATGTTCAC ATATTAATTC TGATCTTATT TTTACTGATA 
CATTTCTTGT TTAAATGTCA TGTAATTTAA AAGATTATAC ACAGTATATA AAATATTCTA CC 

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