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Entry information : MtRboh06 (Medtr4g109530.1[4.0])
Entry ID 4166
Creation 2006-12-18 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2014-07-31 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Catherine Mathe
Last annotation changes 2016-05-25 (Catherine Mathe)
Peroxidase information: MtRboh06 (Medtr4g109530.1[4.0])
Name (synonym) MtRboh06 (Medtr4g109530.1[4.0])
Class Respiratory burst oxidase homolog    [Orthogroup: Rboh004]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Fabaceae Medicago
Organism Medicago truncatula (barrel medic)    [TaxId: 3880 ]
Cellular localisation N/D
Tissue types Immature pods
Roots
Inducer Glomus versiforme infection
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value MtRboh06
start..stop		 S start..stop
PsRboh07 1436 0 1..815 1..817
CarRboh08 1424 0 41..815 28..800
LjRboh09 1327 0 42..815 41..810
CausRboh09 1290 0 52..815 50..812
Gene structure Fichier Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 45518849..45519227 377 N° 2 45518232..45518394 161 N° 3 45518088..45518136 47 N° 4 45517770..45517883 112
N° 5 45517220..45517621 400 N° 6 45515961..45516347 385 N° 7 45515409..45515504 94 N° 8 45515187..45515302 114
N° 9 45514973..45515075 101 N° 10 45514699..45514884 184 N° 11 45514435..45514569 133 N° 12 45514216..45514344 127
N° 13 45514051..45514129 77 N° 14 45513777..45513886 108  
complement(join(45513777..45513886,45514051..45514129,45514216..45514344,4551443 5..45514569,45514699..45514884,45514973..45515075,45515187..45515302,45515409..4 5515504,45515961..45516347,45517220..45517621,45517770..45517883,45518088..45518 136,45518232..45518394,45518849..45519227))


exon

Literature and cross-references MtRboh06 (Medtr4g109530.1[4.0])
Literature Grusak,M.A., Samac,D.A., Town,C.D., Van Aken,S., Utterback,T., Cheung,F. and Fraser,C.M. More ESTs from developing reproductive tissues of Medicago truncatula
DNA ref. Phytozome 12:   chr4 (45519227..45513777)
EST ref. GenBank:   CA918209 [Fragment]
Cluster/Prediction ref. Phytozome Gene 12:   31108372
Protein sequence: MtRboh06 (Medtr4g109530.1[4.0])
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   815 (167)
PWM (Da):   %s   92407.45 (18851.6) Transmb domain:   %s   o287-304i365-387o420-442i469-491o
PI (pH):   %s   8.26 (9.52) Peptide Signal:   %s   cut: 0 range:Ymax-166
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MDEHMVKSKTSLLALFKSSPSSSSSSYSSSYSYSHSSSSSCTVENDIDSFYPVQTGSKGLHEAEKCGHVAENEALEVMGLKFINDIVGDQGGIMEWKDVENRFNQVAWTGNGPEPVVSWS
QFGFCIMDEHMVKSKTSLLALFKSSPSSSSSSYSSSYSYSHSSSSS
CTVENDIDSFYPVQTGSKGLHEAEKCGHVAENEALEVMGLKFINDIVGDQGGIMEWKDVENRFNQVAWTGNGPEPVVSWS
QFGFCIGIGMQSSPELARELLRALRGCMQWKSDITKTDLHNFWLRMNDDSFNSRMRLFFDMCNRNMDGRITETDIKTILLTASINKLSVTRDEAEDYAALIMESVDNKNKGYIEISEMETLFKESLLKAYSPMKLQGSTNQDCEEQEQEPMSKVEVLFRTYWRRSWVVVLWLVGCFGLFGWKFDQYSKRSGFEVMGYCLPTAKGAAETLKLNMALILLPVCRNTITWLRNDPRL
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NFLTSVYPEGDVRSALLSVIQALHHAKNGTDIVSRTPIHTHFARPNWSNIFSRLARKHVEAKIGVFYCGPSNLATELKNLCTKFSTKTTTRFVFHKENY

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic (chromo 4, 13 introns) and 2 ESTs (BG584576 and CA918209).
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGATGAACACATGGTCAAGTCCAAAACTTCTCTCTTAGCTCTCTTTAAATCATCACCATCCTCTTCATCATCATCTTATTCATCTTCCTATTCTTATTCTCATTCTTCTTCTTCTTCT
TGCACCGTTGAAAATGACATTGATTCATTTTATCCGGTTCAAACCGGGTCCAAGGGTTTGCATGAAGCTGAAAAATGCGGACACGTGGCAGAAAATGAAGCACTTGAAGTGATGGGATTG
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GGGATGCAATCATCACCAGAGTTGGCCAGAGAATTGTTAAGGGCACTACGGGGATGCATGCAATGGAAATCAGATATCACAAAAACTGATTTGCACAATTTTTGGTTACGGATGAATGAT
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GGTTTGTTTGGTTGGAAATTTGATCAGTATAGTAAAAGATCAGGATTTGAAGTAATGGGTTATTGTCTTCCAACAGCTAAAGGTGCAGCTGAGACATTGAAACTCAACATGGCTCTTATT
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TAGGAATAACTTATACATAAACATTTATCATGATAAACATTTATGCTATAAGCTGCAAATTAAGATGTTTACCAAATCAAGATCTATATATTAAACATCACTTAATTTTTATTATTAAAA
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AGCCGCAGGATTTGGCTACCACCAACCTACCTACATGGAAATTTTGGCCACAACAGAAGTTGCAAGTGGGATTGGCATGGTGCTGATAATGGCCATTGCATTTTCACTTGCAACAAAGTG
GCCAAGGCGTCGTTCACCTGTGTTGCCCTTGTCCATCAGAAGGGTCACCGGATACAACACCTTTTGGTATTCTCACCACTTGTTTGTCATTGTCTACGTATTGCTCATTGTTCACTCCAT
GTTCTTGTTCCTAGCCGACAAGTGGATCGAGAAAACGGTAAGCTTCTCTGTCTTTTTTCCATTTTCCATCCTTGCCACTTTGCTTGATCTAAATAAAAATCTAATGTTTGTATTACTAAC
ATTACGTTGAAAGGGAGACTAGACTCTACGAAATACGGTTAGACTCTATGATAGAAATTAGTCATCCACGAAGTAGGTGATAATTTACACCTATAACATGGTTAAAAGAACTGAATTATT
CAAGCTTAGTGTTTTATAAGACATCCAATTTAGCAAATGAATATTGAAGTATATGCAACATTTTTCATTTGTTGAATCATGTTTACTAAATTAATTAAAGTTCTCAATTTCTCGTCACTA
GTCTACTGCATGATTGTTACTGTCTACCACTTAACATGCCTAAGACAGCAGTAAATGTTACTAAAACTCTTGAAAGTAGCACTAATTTTTGTGTAGATTTTCATTTCCTATATATTTATC
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GTTCTGTACCTCAAAATGCAAAAACCAGACGGTTTTAAGTACAGAAGTGGCATGTATATATTCATTCAGTGCCCCCAAATTTCACCCTTTCAATGGTATTAGTTCAACCTTTTCATTTAA
TATTAATCCAATTCATTCTTGCAGTTTGAAACTAGTTAATCAAGATTGATGTTCAATTTTTGAATCTATTTTGCCTAAATTTTCAGGCGCATCCATTTTCCCTGACATCAGGACCACAAG
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ATTTTCCAGTCTCAAAATTGTTACTGCAATATTCTGCAGGCGCAGTGTTGTCCAGGTTGCAAGGGTGTCCAAAACTGTACATAGATGGCCCTTATGGTTCTGCTTCTCAAGACCATGTAA
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GTTTTGCTAATAATATTTTTTTCTTCTTGTGTGTGATATTTACTGCATTCACTAAAATTCAATTGCTCCACTTCTGTTCCATGAAATAAATGACACATTTGGGCATTTGAAAATAGAGAG
TGGTCTCAGAGAATGCAGCTCAACAAAAGGTTCACCATCAAAAGCATATTTATATTGGGTTACAAGAGAACAAAACTCCTTTGATTGGTTTAGAGATGTAATGAAGGAAATAGCAAATTC
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CATAATTTCCTGACTAGTGTATATCCTGAGGGAGATGTTCGTTCGGCTTTGCTAAGTGTCATTCAAGCTTTACATCATGCTAAGAATGGCACTGACATAGTTTCTAGGACTCCTGTAAGT
GCATCTTATCCTTAACTTTGGCCATTATATGTACAGACAAATTATGAAAAAATATAGTGATTTTGTCTCTGAATTTTCAGATATTCACACACATTTTGCTCGACCAAACTGGTCCAACAT
ATTTTCCAGATTGGCTCGCAAGCATGTGGAAGCTAAGATTGGTGAGAAAAATATCATTATGTATATTTAAAAAAGTATGCTAAATTATACATGTCATTAACTTAGCATACTTTGTCATCA
TTCTATATTATTTAAGTTAATGATTGAAATAGACATCATTCTATATTATCTTTTAAGTTCTAACTATGTGGATTTCCTACTACAGGAGAGTTTTTTATTGTGGACCATCTAACTTAGCAA
CAGAGTTGAAGAATTTGTGCACCAAATTTTCCACCAAAACCACAACTAGATTTGTTTTCCACAAGGAAAATTACTAA

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGGATGAACACATGGTCAAGTCCAAAACTTCTCTCTTAGCTCTCTTTAAATCATCACCATCCTCTTCATCATCATCTTATTCATCTTCCTATTCTTATTCTCATTCTTCTTCTTCTTCT
TGCACCGTTGAAAATGACATTGATTCATTTTATCCGGTTCAAACCGGGTCCAAGGGTTTGCATGAAGCTGAAAAATGCGGACACGTGGCAGAAAATGAAGCACTTGAAGTGATGGGATTG
AAATTCATCAATGATATTGTTGGTGATCAAGGTGGAATAATGGAGTGGAAGGATGTAGAAAACCGGTTCAACCAAGTAGCTTGGACCGGGAATGGTCCTGAACCTGTCGTGTCATGGTCC
CAATTTGGCTTTTGCATTGGGATAGGGATGCAATCATCACCAGAGTTGGCCAGAGAATTGTTAAGGGCACTACGGGGATGCATGCAATGGAAATCAGATATCACAAAAACTGATTTGCAC
AATTTTTGGTTACGGATGAATGATGATTCTTTTAACTCAAGAATGCGATTGTTCTTTGACATGTGTAACAGAAACATGGACGGAAGAATTACCGAGACAGATATAAAGCAGACAATATTA
TTAACCGCTTCCATAAATAAGCTATCGGTGACACGTGATGAAGCAGAAGACTATGCAGCCTTGATAATGGAATCTGTGGACAACAAAAACAAAGGCTACATTGAGATATCTGAAATGGAG
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ACATACTGGCGACGTAGTTGGGTTGTTGTGTTATGGTTGGTTGGTTGCTTTGGTTTGTTTGGTTGGAAATTTGATCAGTATAGTAAAAGATCAGGATTTGAAGTAATGGGTTATTGTCTT
CCAACAGCTAAAGGTGCAGCTGAGACATTGAAACTCAACATGGCTCTTATTCTTCTTCCTGTTTGTAGAAATACAATCACTTGGCTTCGCAATGATCCCCGTCTTAACTATGTCATTCCT
TTTAATGACAACATTAACTTTCATAAGCTTATTGCTGGAGGAATAGTGGTGGGTGTGATATTGCATGGAGGGACACACCTTACATGTGATTTCCCAAGAATCAGTGATTCAGACAAATCA
ATTTTTCGACAAACAATAGCCGCAGGATTTGGCTACCACCAACCTACCTACATGGAAATTTTGGCCACAACAGAAGTTGCAAGTGGGATTGGCATGGTGCTGATAATGGCCATTGCATTT
TCACTTGCAACAAAGTGGCCAAGGCGTCGTTCACCTGTGTTGCCCTTGTCCATCAGAAGGGTCACCGGATACAACACCTTTTGGTATTCTCACCACTTGTTTGTCATTGTCTACGTATTG
CTCATTGTTCACTCCATGTTCTTGTTCCTAGCCGACAAGTGGATCGAGAAAACGACATGGATGTACATTGCTTTTCCAGTTTTATTGTATGCTGGAGAGAGGATCTTTCGAGCCATTAGA
TCAGGATCTTATGAAGTTGATGTTATGAAGGCAAGTCTCTATCCAGGAAAAGTTCTGTACCTCAAAATGCAAAAACCAGACGGTTTTAAGTACAGAAGTGGCATGTATATATTCATTCAG
TGCCCCCAAATTTCACCCTTTCAATGGCATCCATTTTCCCTGACATCAGGACCACAAGACGAGTACCTGAGTGTGCACATTAGAACTCTTGGTGACTGGAGCTACCAAATATATGCTCTA
TTCCAAGAGGCAGTGTTGTCCAGGTTGCAAGGGTGTCCAAAACTGTACATAGATGGCCCTTATGGTTCTGCTTCTCAAGACCATGTAAAGTATGACATTCTAGTACTTATTGGTCTTGGC
ATAGGAGCTACACCTTTCATTAGCATCCTCAAAGATGTTGCTAATGGTGTCCAGACATCACAACAAAGTAATCATAGTGGTCTCAGAGAATGCAGCTCAACAAAAGGTTCACCATCAAAA
GCATATTTATATTGGGTTACAAGAGAACAAAACTCCTTTGATTGGTTTAGAGATGTAATGAAGGAAATAGCAAATTCAACAAAACAGCAGTCGGTTGTGGAGATGCATAATTTCCTGACT
AGTGTATATCCTGAGGGAGATGTTCGTTCGGCTTTGCTAAGTGTCATTCAAGCTTTACATCATGCTAAGAATGGCACTGACATAGTTTCTAGGACTCCTATTCACACACATTTTGCTCGA
CCAAACTGGTCCAACATATTTTCCAGATTGGCTCGCAAGCATGTGGAAGCTAAGATTGGAGTTTTTTATTGTGGACCATCTAACTTAGCAACAGAGTTGAAGAATTTGTGCACCAAATTT
TCCACCAAAACCACAACTAGATTTGTTTTCCACAAGGAAAATTACTAA

Retrieve as FASTA