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Entry information : MtDiOx01 (Medtr6g007767.1[4.0])
Entry ID 5139
Creation 2007-04-06 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2016-04-06 (Catherine Mathe)
Sequence status complete
Reviewer Catherine Mathe
Last annotation changes 2016-05-25 (Catherine Mathe)
Peroxidase information: MtDiOx01 (Medtr6g007767.1[4.0])
Name (synonym) MtDiOx01 (Medtr6g007767.1[4.0])
Class Alpha-dioxygenase    [Orthogroup: DiOx001]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Fabaceae Medicago
Organism Medicago truncatula (barrel medic)    [TaxId: 3880 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type Roots
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value MtDiOx01
start..stop		 S start..stop
PsDiOx01 1196 0 1..643 1..643
CclDiOx02 1046 0 9..644 4..640
VvDiOx02 1041 0 11..642 6..637
NatDiOx01 1038 0 3..642 2..641
Gene structure Fichierperl './assets/cgi-bin/draw_exon.pl' '5139' 'join(1936593..1936715,1937119..1937382,1938330..1938479,1939857..1939990,1940108..1940321,1940417..1940562,1940797..1941024,1941186..1941388,1941512..1941755,1942082..1942307)' Exons►
ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize ExonStart..EndSize
N° 1 1936593..1936715 121 N° 2 1937119..1937382 262 N° 3 1938330..1938479 148 N° 4 1939857..1939990 132
N° 5 1940108..1940321 212 N° 6 1940417..1940562 144 N° 7 1940797..1941024 226 N° 8 1941186..1941388 201
N° 9 1941512..1941755 242 N° 10 1942082..1942307 224  
join(1936593..1936715,1937119..1937382,1938330..1938479,1939857..1939990,1940108 ..1940321,1940417..1940562,1940797..1941024,1941186..1941388,1941512..1941755,19 42082..1942307)


exon

Literature and cross-references MtDiOx01 (Medtr6g007767.1[4.0])
DNA ref. Phytozome 12:   chr6 (1936593..1942307)
Cluster/Prediction ref. Phytozome Gene 12:   31102859 UniGene:   Mtr.5411
Protein sequence: MtDiOx01 (Medtr6g007767.1[4.0])
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   643
PWM (Da):   %s   73493.96 Transmb domain:   %s   i5-27o
PI (pH):   %s   7.05
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
MWSIITNPIKTIISNIIHHAIHKDFHAAVAKMSIIDAFLFLIVHSIDKLGIWHRLPVFLGLIYLAIRRHLHQEYNLINVGTTPVGVRSNPTDFPYRTADGRYNDPFNENAGSQGSFFGRN
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KDVIDRHYPKMTNKWLNASSAFSVWDAPPNKHNPIPIYLRVPS*

Retrieve as FASTA  
Remarks cDNA from 131 ESTs. Complete sequence from genomic (chromo 6, 9 introns).
DNA ►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGTGGTCTATAATAACGAATCCCATTAAAACCATCATTTCAAATATCATACACCATGCCATCCATAAAGATTTCCATGCAGCAGTGGCAAAAATGTCCATCATAGATGCTTTTCTCTTC
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ATGAATATGCCACATCATAAAAAACGATTTAAAAATTGACGGATATGTCACATCGTTAAAATGACTTAAAAATAAGATGAAAAAACTTGATTTTTATAGTGAAAAGACAAAATTTCTTTG
TTTCAATCCCAAATACTAATAAAAACTAAATTAAATTAGATTCTCTTTGACAAAAATATCAAAATTTATCAATTTACTTGGTTAACCAAGAGTAGTTAATAAAGTCAACACATTATTTTT
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TATGAGGTCCAGACCGGACATGCAAACATCCGTACACCTTGGTGTGGTAAGAATTTTTCTAAATCAGAGACAAAAACATATTTAATCCTAAATTATATAAATTTAAGACCTTTTAAATTG
AACTTACACATGACATGACATGAATGAAACTATATGATAATAGGGATGGAAGTGTGATATATGGAAGCAATCAAGAAGTTTTGGACAAAGTGAGGACTTTCAAAGATGGTAAAATCAAAA
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TGTGTGATTCTCTTAAGAGGTATATGCATATTATATACATTAAACAAATCTATAAAATGATATAATAAAATATAAAAAAACTAACATATATATTTGATAATTGTACTCTATTAGAAGGAA
TACCCAGACTTGGAAGATGAAGATCTTTATCGCTATGCTAGACTGGTAACTTCAGCTGTGATAGCAAAGATTCACACCATAGATTGGACTGTGGAGCTTCTTAAAACTGACACTTTGCTT
GGAGGCATGCGCGCCAATTGTGGTAAGAACACATGCAGTGATTTTCACTGTCGTTATTACTTCATATACGTCTCATTACGGGTCATTGCAAAACTATGTATTTAATATAAAATGCACAAG
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CATACTCTTTAACTGAGGAATTTGCTAGTGTCTATAGAATGCATCCACTCCTGCCTGATTTCCTGCACTTGAGAGACACATCTGCCTCTCCTGGGCCTAACAAATCTCCGCCATTAATCA
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GCTCTTGAAAAAGTATGATATATGAACCTCACCTTTATTTTTAAGAATTTCATTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTACATAGGCCATTTCTTATCTTATATTGAATTGACTTATAATGTGATC
ATATAAATGGTGCAGTTTACAGGGATAGAGAGAGAGGTGTAGCAAGATATAACCAATTCAGGAGAGGACTATTCATGATACCTATTTCTAAATGGGAAGATTTAACAGATGATAAGGAAG
TTATAAAAGTATTGGAAGAGATATATGGTGATGATGTTGAGGAGCTTGATGTGCTTGTAGGTCTCATGGCAGAGAAGAAGATAAAGGGTTTTGCAATTAGTGAGACAGCTTTTTTAATCT
TCCTTCTCATGGCATCTAGAGGTAAAATCGAACTAAATTTTTTATTTTATTTTATTGATGTCTATACCATTTACGAGGGGTAACCTTGGTGCAACTGGTAAAGTTGTTGTCATCTGACTG
GAAGGTCGCGGATTGAAGTCATGTAAACAACCTCTTGTGTAAAAAACAGGGTAAGGCTGCGTACAATACACCGAATGGTGGGACCCCATCCTGGATCTTGTGTATGCGGGAGTTTTTGTG
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GATAGATTTTTCACAAGCAACTACAATGAGGAGACATACACTGAAAAGGGTTTGAAATGGGTGAACACAACTGAAACCTTAAAGGATGTGATTGATCGTCACTACCCAAAAATGACAAAC
AAATGGTTGAATGCTTCAAGTGCTTTCTCTGTTTGGGATGCACCACCAAACAAACACAACCCTATTCCAATTTACTTGCGTGTTCCTAGTTAA

Retrieve as FASTA  
CDS►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
ATGTGGTCTATAATAACGAATCCCATTAAAACCATCATTTCAAATATCATACACCATGCCATCCATAAAGATTTCCATGCAGCAGTGGCAAAAATGTCCATCATAGATGCTTTTCTCTTC
CTTATTGTACACTCCATTGACAAGTTGGGAATATGGCACCGTTTACCTGTTTTCTTAGGGCTAATATACTTGGCAATTAGGAGACATCTTCACCAAGAGTACAATCTCATCAATGTTGGA
ACAACACCTGTAGGGGTTAGGTCAAACCCTACTGATTTTCCATACAGAACTGCTGATGGAAGATATAATGATCCTTTTAATGAAAATGCTGGAAGCCAAGGATCTTTCTTTGGCAGAAAC
ATTCTCCCTGTTGATCAGAAGAAAAAGTTGTTGAAACCAGACCCAATGGTGGTGGCAACAAAACTTCTAGAGAGGAGAACATATAAGGACACAGGGAAGCAATTCAATGTGATTGCAGCA
TCTTGGATTCAATTTATGATACATGACTGGATAGATCATATGGAAGACACTCAGCAGATTGAACTCATTGCACCAAGAGAAGTTGTAAACCAATGCCCACTTAAATCTTTCAAGTTCTTC
AAGACAAAGGAAATCCCAACTGGCTTCTATGAGGTCCAGACCGGACATGCAAACATCCGTACACCTTGGTGGGATGGAAGTGTGATATATGGAAGCAATCAAGAAGTTTTGGACAAAGTG
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ATTCACACCATAGATTGGACTGTGGAGCTTCTTAAAACTGACACTTTGCTTGGAGGCATGCGCGCCAATTGGTATGGATTACTGGGAAAGAAATTCAAGGACACATTTGGGCATTCCGGA
AACTCCATATTGAGTGGATTTGTGGGCATGAAGAGAGCAGAAAATCATGGTGTTCCATACTCTTTAACTGAGGAATTTGCTAGTGTCTATAGAATGCATCCACTCCTGCCTGATTTCCTG
CACTTGAGAGACACATCTGCCTCTCCTGGGCCTAACAAATCTCCGCCATTAATCAAAGAGATTCCTATGAACGATTTGATCGGACTACAAGGAGAGAAGACCTTGATAGAGATAGGAGTT
CAAAAACAATTGGTATCAATGGGTCACCAAGCTTGTGGGGCCCTAGAACTTTGGAACTATCCATCATGGCTCAGAAACCTAGTACCACATAACATGGATGGCACAGAAAGATCTGATCAT
GTGGACTTAGCTGCTCTTGAAATTTACAGGGATAGAGAGAGAGGTGTAGCAAGATATAACCAATTCAGGAGAGGACTATTCATGATACCTATTTCTAAATGGGAAGATTTAACAGATGAT
AAGGAAGTTATAAAAGTATTGGAAGAGATATATGGTGATGATGTTGAGGAGCTTGATGTGCTTGTAGGTCTCATGGCAGAGAAGAAGATAAAGGGTTTTGCAATTAGTGAGACAGCTTTT
TTAATCTTCCTTCTCATGGCATCTAGGAGGCTAGAGGGTGATAGATTTTTCACAAGCAACTACAATGAGGAGACATACACTGAAAAGGGTTTGAAATGGGTGAACACAACTGAAACCTTA
AAGGATGTGATTGATCGTCACTACCCAAAAATGACAAACAAATGGTTGAATGCTTCAAGTGCTTTCTCTGTTTGGGATGCACCACCAAACAAACACAACCCTATTCCAATTTACTTGCGT
GTTCCTAGTTAA

Retrieve as FASTA  
cDNA►
Send to BLAST
.........1.........2.........3.........4.........5.........6.........7.........8.........9.........0.........1.........2
TGCACGGACA CACACATTTC ATCAAATTTA GTCCTGTATC AAGCAAAACC ATGTGGTCTA TAATAACGAA TCCCATTAAA ACCATCATTT CAAATATCAT ACACCATGCC ATCCATAAAG  ATTTCCATGC AGCAGTGGCA AAAATGTCCA TCATAGATGC TTTTCTCTTC CTTATTGTAC ACTCCATTGA CAAGTTGGGA ATATGGCACC GTTTACCTGT TTTCTTAGGG CTAATATACT  TGGCAATTAG GAGACATCTT CACCAAGAGT ACAATCTCAT CAATGTTGGA ACAACACCTG TAGGGGTTAG GTCAAACCCT ACTGATTTTC CATACAGAAC TGCTGATGGA AGATATAATG  ATCCTTTTAA TGAAAATGCT GGAAGCCAAG GATCTTTCTT TGGCAGAAAC ATTCTCCCTG TTGATCAGAA GAAAAAGTTG TTGAAACCAG ACCCAATGGT GGTGGCAACA AAACTTCTAG  AGAGGAGAAC ATATAAGGAC ACAGGGAAGC AATTCAATGT GATTGCAGCA TCTTGGATTC AATTTATGAT ACATGACTGG ATAGATCATA TGGAAGACAC TCAGCAGATT GAACTCATTG  CACCAAGAGA AGTTGTAAAC CAATGCCCAC TTAAATCTTT CAAGTTCTTC AAGACAAAGG AAATCCCAAC TGGCTTCTAT GAGGTCCAGA CCGGACATGC AAACATCCGT ACACCTTGGT  GGGATGGAAG TGTGATATAT GGAAGCAATC AAGAAGTTTT GGACAAAGTG AGGACTTTCA AAGATGGTAA AATCAAAATA TCAAAGGAAG GTGAACTTCT TCATAATGAA GATGGAACAG  CAATTTCAGG TGACATTCGT AATAGTTGGG CTGGTGTCAC AACTTTGCAG ACCCTTTTTG TTCTAGAACA CAATGCTGTG TGTGATTCTC TTAAGAAGGA ATACCCAGAC TTGGAAGATG  AAGATCTTTA TCGCTATGCT AGACTGGTAA CTTCAGCTGT GATAGCAAAG ATTCACACCA TAGATTGGAC TGTGGAGCTT CTTAAAACTG ACACTTTGCT TGGAGGCATG CGCGCCAATT  GGTATGGATT ACTGGGAAAG AAATTCAAGG ACACATTTGG GCATTCCGGA AACTCCATAT TGAGTGGATT TGTGGGCATG AAGAGAGCAG AAAATCATGG TGTTCCATAC TCTTTAACTG  AGGAATTTGC TAGTGTCTAT AGAATGCATC CACTCCTGCC TGATTTCCTG CACTTGAGAG ACACATCTGC CTCTCCTGGG CCTAACAAAT CTCCGCCATT AATCAAAGAG ATTCCTATGA  ACGATTTGAT CGGACTACAA GGAGAGAAGA CCTTGATAGA GATAGGAGTT CAAAAACAAT TGGTATCAAT GGGTCACCAA GCTTGTGGGG CCCTAGAACT TTGGAACTAT CCATCATGGC  TCAGAAACCT AGTACCACAT AACATGGATG GCACAGAAAG ATCTGATCAT GTGGACTTAG CTGCTCTTGA AATTTACAGG GATAGAGAGA GAGGTGTAGC AAGATATAAC CAATTCAGGA  GAGGACTATT CATGATACCT ATTTCTAAAT GGGAAGATTT AACAGATGAT AAGGAAGTTA TAAAAGTATT GGAAGAGATA TATGGTGATG ATGTTGAGGA GCTTGATGTG CTTGTAGGTC  TCATGGCAGA GAAGAAGATA AAGGGTTTTG CAATTAGTGA GACAGCTTTT TTAATCTTCC TTCTCATGGC ATCTAGGAGG CTAGAGGGTG ATAGATTTTT CACAAGCAAC TACAATGAGG  AGACATACAC TGAAAAGGGT TTGAAATGGG TGAACACAAC TGAAACCTTA AAGGATGTGA TTGATCGTCA CTACCCAAAA ATGACAAACA AATGGTTGAA TGCTTCAAGT GCTTTCTCTG  TTTGGGATGC ACCACCAAAC AAACACAACC CTATTCCAAT TTACTTGCGT GTTCCTAGTT AATCAATTTA AGTTAGCATT ATATCTATGT TGTATTTGTG TTTATACATA CACATTTATG  TTTATGTGTA TGTATTGGTG TTTATTTATT TGTTGATTTG TATCTTTCAA AATAATCATC TGTCCGTTCA AGAATAAAAT CATGTTTTGT ATTTCAAAAA AAAAAAGAAA AACTAGTTTT 
TTATTTGTAT TATGATGTTT CTAAGTTAAT ATAATGATGC TTAAACTGTA AACTTAACGT TGCACTACAA CATAAT 

Retrieve as FASTA