Entry information : PtaPrx56(PTA00023556)
Entry ID 5942
Creation 2007-11-02 (Christophe Dunand)
Last sequence changes 2007-11-02 (Christophe Dunand)
Sequence status complete
Reviewer Not yet reviewed
Last annotation changes 2020-12-26 (Christophe Dunand)
Peroxidase information: PtaPrx56(PTA00023556)
Name PtaPrx56(PTA00023556)
Class Class III peroxidase    [Orthogroup: Prx013]
Taxonomy Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Pinaceae Pinus
Organism Pinus taeda (loblolly pine)    [TaxId: 3352 ]
Cellular localisation N/D
Tissue type N/D
Inducer N/D
Repressor N/D
Best BLASTp hits
Perox score E-value PtaPrx56
start..stop
S start..stop
PabPrx92 522 0 1..332 1..332
PabPrx218 480 3e-172 13..331 10..326
PtaPrx106 455 1e-162 14..332 11..328
PtaPrx105 451 1e-160 14..332 11..328
Literature and cross-references PtaPrx56(PTA00023556)
Literature Pratt,L., Cordonnier-Pratt,M.M., Lorenz,W.W., Zimmermann,C. and Dean,J.F.D. An EST database from iron-deficient loblolly pine (Pinus taeda) roots.
EST ref. GenBank:   DR164099 [5' end]
Protein sequence: PtaPrx56(PTA00023556)
Sequence Properties
first value : protein
second value (mature protein)
Length (aa):   %s   332 (266)
PWM (Da):   %s   35760.17 (28819.6)  
PI (pH):   %s   8.25 (7.75) Peptide Signal:   %s   cut: 21 range:21-286
Sequence
Send to BLAST
Send to Peroxiscan
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
MTRNNCGAIS SLVVFILGIA FITAVPCPAT GDLTLDFYKT TCPSAESTIK RVATKYIKKD KTLAAPLLRM HFHDCFVRGC DGSVLLNSTQ NNTAEKAAIP NLSLRGFDVI DAAKSELEEI  CPGVVSCADI VSLVARDAVV AANNAGVSWP VKTGRRDGRV SNVSEVLSNI PSPFFNFSQL NAFFAAKGLS IEDLVVLSGG HTIGVGLCNF FSNRLYNFTG KGDMDPSLDK SYAKELKTKC 
TSLADNTTTV PMDPRSSLNF DRHYYRTLES NRGLFQSDAA LLTDSTSKSI AEKQLEGDNF IQNFKISIQR MGSIGVLTGS AGEIRKRCAF VN 

Retrieve as FASTA  
Remarks Complete sequence from genomic ( incorrect predict, PTA00023556 contains two ORFs) sand 1 EST. (Short PS and 3' end are missing).
DNA
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGACGAGGA ACAATTGTGG TGCTATTAGT TCACTTGTCG TGTTTATTCT TGGAATTGCA TTTATAACTG CAGTGCCATG CCCTGCGACG GGTGATCTCA CACTGGATTT CTACAAAACT  ACGTGCCCTT CGGCCGAGAG CACGATTAAA AGAGTTGCAA CGAAATACAT AAAGAAAGAT AAAACTCTGG CGGCTCCTCT TCTGAGAATG CACTTTCACG ACTGCTTTGT AAGGGTATGT  GTCGTCTAAT ATATACGCTC TGTTTATCAT ATTTTTTGCT GGAAATGTTA GTGTACTGAT TTCGGTAATA GTGGTACTGC AGGGCTGCGA TGGATCGGTT CTGTTGAATT CTACACAAAA  TAACACGGCA GAGAAAGCCG CAATCCCGAA TCTTTCCCTT CGTGGATTTG ATGTTATAGA TGCAGCCAAG AGTGAATTAG AAGAAATTTG TCCAGGAGTA GTTTCATGCG CTGACATCGT  CTCCCTTGTA GCGCGAGATG CTGTTGTCGC TGCGGTAGTG TATATTTTCA TAGTGTAATT ATTTTATTTA TTTTTTAAAT CGTACGAATG TGCAGTAGAT CTGAATACAG GTGAATGGTA  AGGTAAATTT ACAGTTACGA TTAAGAAAGA AAACAACTGT TCCATTGCTT TTATATATAT AAAATTTTGT TGAACTATGT CGATATATAT ATATATATGT GTGTGGGGGG TGGATGGCAG  CCTAAGTCTT CAATTGCATG ACAGTGCCAT ACAAGGTTGA CTGACAGTTG ATCAACTTTG GTATTTCACT GTTTTCGCGA TGCTCACATT TCCTATACCT GTTCTTCCTG TTAGCTCATT  TATTTAGTTC TTATTCTTTT CTTAGAGTTA CATAATAGTT TGTTTAGGTT ATACATTTTG ATGTTAGCTC ATTTATTTAG TTCTTAGTCT TCTCTTGGAG TTACATAATA GTTTAGTTTA  GGTTATACAT TTTGATTCTT GTTGGTCATT TCTTTCGAAG TTTTGGATAG CTAATTGAAA TTATTTTTAT TAGTATTTTG GTATAGATTT ATTAGTAGGA TTTAATATGA GGTTAGAAGG  ATCAATTTAT TTACATGTAA CTTTTTTTTA GAATGTAAAA TTATTTTTCT AATTGTTTTA TTAGGAAACA TTAATTTTCT AATTACTTTG CAACATACAG CTTCAATGGG ATTAATAGTT  AAGTACATAT GTTTTCTACT ATATGGGTAA AGGATCAAAA CTAGAGGGAG GTAGAGTCAC TTGGAGGAGG TGGGTCCCTT GTCCCACAAA CAAGGGGTCT CATACACCAA TGTGGGTGCG  CCTCATGTCC CACAAACAAG GGGTTCTCAT ACAGCAATCT GGTGTGCTGT CTTGTTTGGT GGGACCTTAA AATTGGCTAA TAATAATAAT AAATTTCTTC TATTATAGCA GACACTATTT  TTTTATTCAA AGCATTTTTA TTTTTATTTT AAAAGGGTAT TTGTACTTTG TCCAACAAAT AAAGGGTCTC ATATACCCAT GTGATGTTAA GATTGGCAAT AACCTTTAAA TTGGATTATA  ATTTTCTTTT ATTATAGCTT TTTTTATTTA GAGCACTTTT TTTAAGAAGG CACTTGTAAC TTGTCCAATA AACAAAAGAT CTCACCAATA TGGTTGACTC TAAAATTGAA TAATAATAAT  AAGACATGAG AACATTTTTT TTTAAATGTG AGAACTCCAT AGATAAACTA ACTTACCCAT CCCCTCTTGC TAGGTTGTAA AATAGGCCTA GGCTCAATAA TTTTGTTAAA AACAAAAAAA  CACTTAATCT CGGTCTTCGC ACAAGTATTT GCTGTGTGTA AAAGCAATGG GCTTGTTTGG ATGCAATAAA GTTGTACATT GCACAGTAAA ATGAATACGT GACCGGTAAC TAAATGGCTG  TTGACAATTA TGCAGAATAA TGCGGGGGTT TCGTGGCCAG TGAAAACAGG CCGCAGGGAT GGAAGGGTAT CCAATGTAAG CGAGGTTTTG AGCAACATCC CTTCTCCCTT CTTTAATTTC  AGCCAGCTTA ATGCGTTTTT TGCCGCAAAA GGACTCAGTA TTGAAGACTT AGTTGTTCTA TCGGGTAACT CCATATCTAA TCTCAAACTA AATATATACA CAAATACAAT TCAAAATGGT  GTATATATAT ATATATATCG AGCTAGCAAT GTTTCTGCTA TATCTAACAA ATTAGGTTTT GATTGGGTAA TGGTATAGGT GGACATACTA TCGGAGTCGG GCTCTGCAAT TTCTTCAGCA  ACAGACTCTA CAACTTCACT GGGAAAGGTG ACATGGATCC CTCCCTGGAC AAGTCCTATG CAAAGGAGCT CAAGACTAAG TGCACGAGCT TAGCAGACAA TACAACCACA GTGCCAATGG  ATCCCCGCAG CTCTCTCAAC TTCGACAGGC ATTATTACAG AACTCTAGAA TCAAACAGAG GGCTATTCCA ATCAGATGCC GCGCTTCTCA CTGACTCCAC TTCCAAAAGT ATTGCCGAGA  AGCAGTTAGA GGGAGACAAC TTTATTCAGA ATTTCAAAAT CTCAATTCAG CGAATGGGAA GTATCGGAGT GCTTACTGGT AGTGCTGGGG AAATCAGAAA GAGGTGCGCC TTTGTCAACT 
AA 

Retrieve as FASTA  
CDS
Send to BLAST
.........1 .........2 .........3 .........4 .........5 .........6 .........7 .........8 .........9 .........0 .........1 .........2
ATGACGAGGA ACAATTGTGG TGCTATTAGT TCACTTGTCG TGTTTATTCT TGGAATTGCA TTTATAACTG CAGTGCCATG CCCTGCGACG GGTGATCTCA CACTGGATTT CTACAAAACT  ACGTGCCCTT CGGCCGAGAG CACGATTAAA AGAGTTGCAA CGAAATACAT AAAGAAAGAT AAAACTCTGG CGGCTCCTCT TCTGAGAATG CACTTTCACG ACTGCTTTGT AAGGGGCTGC  GATGGATCGG TTCTGTTGAA TTCTACACAA AATAACACGG CAGAGAAAGC CGCAATCCCG AATCTTTCCC TTCGTGGATT TGATGTTATA GATGCAGCCA AGAGTGAATT AGAAGAAATT  TGTCCAGGAG TAGTTTCATG CGCTGACATC GTCTCCCTTG TAGCGCGAGA TGCTGTTGTC GCTGCGAATA ATGCGGGGGT TTCGTGGCCA GTGAAAACAG GCCGCAGGGA TGGAAGGGTA  TCCAATGTAA GCGAGGTTTT GAGCAACATC CCTTCTCCCT TCTTTAATTT CAGCCAGCTT AATGCGTTTT TTGCCGCAAA AGGACTCAGT ATTGAAGACT TAGTTGTTCT ATCGGGTGGA  CATACTATCG GAGTCGGGCT CTGCAATTTC TTCAGCAACA GACTCTACAA CTTCACTGGG AAAGGTGACA TGGATCCCTC CCTGGACAAG TCCTATGCAA AGGAGCTCAA GACTAAGTGC  ACGAGCTTAG CAGACAATAC AACCACAGTG CCAATGGATC CCCGCAGCTC TCTCAACTTC GACAGGCATT ATTACAGAAC TCTAGAATCA AACAGAGGGC TATTCCAATC AGATGCCGCG  CTTCTCACTG ACTCCACTTC CAAAAGTATT GCCGAGAAGC AGTTAGAGGG AGACAACTTT ATTCAGAATT TCAAAATCTC AATTCAGCGA ATGGGAAGTA TCGGAGTGCT TACTGGTAGT 
GCTGGGGAAA TCAGAAAGAG GTGCGCCTTT GTCAACTAA 

Retrieve as FASTA